在行館落腳的蔣介石，除了登壽山、視察要塞與部隊，召見第十二兵團司令胡璉〔胡璉（1907年10月1日-1977年6月22日），字伯玉，陝西人，黃埔軍校第四期畢業，屬陳誠的「土木系」。抗戰時曾以第十一師師長於鄂西保衛戰中死守石牌要塞，成功阻止日軍自三峽進窺重慶，榮獲「青天白日勳章」。胡璉第十八軍為國軍五大主力之一，善打硬仗，深獲蔣介石信賴，將第十八師擴編為第十二兵團，但在徐蚌會戰中覆滅。胡璉身受重傷，後在上海接受手術。手術後，蔣介石指示重建第十二兵團，在1949年古寧頭戰役大顯身手。1949年後任金門防衛司令，並率部指揮金門炮戰，歷任「駐越南共和國大使」「總統府戰略顧問」等職。〕，指示出兵打通後方補給地潮汕準備保衛台灣外；由於東南戰事緊張，蔣介石此次赴台行程從舟山群島搭機離開大陸開始，一直保持高度保密，並不對外洩露，以策安全。
因此李宗仁與多名非蔣介石高度信賴的黨政要員，根本搞不清楚蔣介石的動向與落腳處。倒是蔣介石藉著在西子灣行館停留的空當，著手草擬防守及治理台灣的計劃。因此蔣經國在日記中記載，蔣介石此時已認為，「此後應以台灣防務為中心」。換言之，他已確定要把台灣當作「反共復興基地」了。
◆西子灣行館側面
樹木掩映下的行館披著淡綠色的外牆，既有保護色的作用，夏日也透出一陣清涼舒爽的感覺。1937 年，該建築物落成，采和風形式，高兩層。西子灣行館是蔣介石時代在高雄最重要的象徵，隔絕市區、毗鄰海灣的特點凸顯了它的地理特色。至今，裡面仍舊陳列著蔣介石來台的重要文物，與已改為藝廊的建築本體相得益彰。
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◆這是一張罕見的老照片，向來低調的蔣方良少有交際時的留影。1956 年，蔣經國夫人方良女士常常來到位於高雄的西子灣，探視她當時在「陸軍官校」受訓的長子蔣孝文。在這座位於高雄西子灣內的「總統行館」旁的涼亭當中，方良女士與一行女友留下一幀照片，照片內衣著得體、氣質頗佳的女友們有些面生，但個個都是高雄西子灣高官的親眷。右側第一位是高雄要塞司令張國疆將軍的夫人；右二是石覺將軍夫人張復權女士；右三是高雄鳳山「陸軍官校」校長謝肇齊先生的夫人謝余立女士。在其晚年，她以64 歲的高齡在舊金山獲得針灸行醫資格，自我追求之精神讓人肅然起敬。左三為方良女士；左二為陳叔同夫人周痕靜女士（陳叔同先生是陳佈雷之幼弟，日後亦步乃兄之後塵，擔任蔣介石機要秘書）；最左側一位應是當時空軍屏東運輸聯隊隊長宋樹中先生的夫人。因方良女士在此年頻繁前往高雄西子灣，與軍政要人的夫人也有頗多互動。
6月2日，剛好是端午節，蔣介石與蔣經國父子雖然同聚高雄，但已無過節的雅致，反倒是蔣經國曾自述，在這番風雨裡，想起了愛國詩人屈原投江的故事，足見當時情勢之緊張。
至於蔣介石，一方面加緊研究整軍、防務，並手擬八項應在台採取的重要政策方針，由台灣省主席陳誠盡速辦理；包括台幣改革、軍隊人事、施政方針與經濟政策、預算與兵額、成立三軍將校團、軍隊生活改良、軍紀整頓、軍民合作。同時計劃召開台灣軍事會議，目標是集中管理軍中財務調度，解決兵額編組與防務等問題。
此時蔣經國也向蔣介石提議，需緊抓特務機構，防杜幹部叛變與動亂，因此蔣介石與蔣經國在高雄特地召集唐縱、毛人鳳等人，成立了政治行動委員會，即台灣日後的「總統府機要室資料組」與「國家安全局」的前身，統籌陸續抵台的各情報與治安機關，由蔣經國全權負責，為蔣經國接下來負責「監督籌劃情報業務，對大陸游擊活動的派遣和指揮」，以及為安定台灣情勢而執行的全面肅清政治動作做準備。〔接下來推動的軍中黨部、政戰體系等措施，深受許多人抨擊，包括吳國楨、孫立人與雷震，都因此對蔣經國相當不滿，連帶讓蔣經國在20世紀50年代的形象備受爭議。以雷震為例，原先是蔣介石重要幕僚，參與國民黨改造工作，蔣經國在蔣介石溪口下野時期，看到雷震甚至以叔叔稱之，卻因為雷震反對軍中黨部，主張軍隊國家化，兩人不但翻臉，蔣經國甚至曾當面痛斥雷震，從此兩人如同陌路。〕
在西子灣，蔣介石也接見了剛接替何應欽出任行政院長的閻錫山〔何應欽請辭行政院長後，李宗仁原擬由國民黨大佬居正接任，但遭蔣介石堅決反對，他對外雖未表示意見，私下卻痛批居正與桂系連手是打算亡黨賣國，因此委由吳鐵城、陳立夫聯繫國民黨各派系立委反對，並派出曹聖芬等人赴廣州傳達他的意見；最後居正以一票之差落選，創下中華民國有史以來行政院長人事案第一個被立法院否決未通過的案例。李宗仁迫於無奈，找上同樣有老資格的閻錫山組閣，在蔣介石默許下順利通過，不過閻錫山就職也被外界視為國民黨內右派勢力與「CC派」企圖影響政局的勝利。6月間，閻錫山赴台北處理其繼母陳太夫人喪禮，因此也借此機會，搶在正式組閣前南下謁見蔣介石。〕，除了交付閻錫山關於當前國民黨政府應執行之七項政策，與未來新閣國防、外交等重要人事等指示，蔣介石再度堅決反對白崇禧出任國防部長，由於擔心李宗仁把駐美大使顧維鈞換掉，從而掌控整個外交體系，他並指示閻錫山關於英、美等重要國家使節不宜輕易更動。此外，蔣介石也約了俞鴻鈞一同共商閻錫山內閣的財政與經費問題。
根據蔣介石指示的戰略佈局，他要求「國府」軍事應采東西兩方面作戰，東面以舟山、台灣、瓊州、長山各島為根據地，向沿海各省發展；西面以甘肅、青海、四川、西康、西藏為基地，向中原發展。金融財政方面由台灣接濟東南各省。此時蔣介石也指示空軍，實施舟山群島定海機場轟炸上海龍華機場，並由海軍佈雷封鎖吳淞港等動作。
但情勢如此，蔣介石根本難挽大局，不但陳誠對他下野後以「總裁」身份越級指揮抱怨連連，多次在雷震或部屬面前指責蔣介石凡事插手的作風，更因抱怨各項整軍備戰計劃欠缺準備，讓他人力物力籌調困難而一度請辭。連蔣經國都稱，「贛南及福州的軍事情況，已日漸緊張……我軍之頹勢已難挽回……」讓他感到「連夜多夢，睡眠不安」。
百般無奈之下，連蔣介石自己也在日記中寫道，「很想能扭轉危局，但環境如此惡劣，包袱又太重，自然是非常艱苦」，「念大勢憂心如焚，幾乎不知人生有何意義矣，悒鬱悶損莫可言狀」。
但是為了穩定軍心，蔣介石還是表達出強硬立場，強調自己雖然已下野，但仍是「革命領袖」，對「革命軍隊」擁有無上權力，與是否是「總統」無關，他也「決不放棄『革命領袖』之職責與權力，無論軍政，必盡我監督與指導之職責，任何人亦不能加以違抗也」。
不過蔣介石之前對陳誠若有似無的不信賴，似乎在抵台後出現轉機，當時蔣經國重申，對陳誠治台不表樂觀，認為台灣危機四伏，不早日改進恐將發生動亂，「陳誠先生恐難負治台之重任」，因此建議以俞大猷取代陳誠。不過蔣介石並未多做回應，反而在返回台北召開東南軍事會議後，委託陳誠接任東南軍事長官職務。
此外，此時為調解李宗仁與蔣介石的矛盾，挽救國民黨在廣州岌岌可危的局勢，於右任、閻錫山、吳鐵城、朱家驊、陳立夫5人銜命來台，前往高雄等地請示蔣介石意見，這番大陣仗迎駕才讓蔣介石在台灣駐留的消息曝了光。不過蔣介石對此並未立即回應，因為如何處理美國政府的負面態度，才是蔣介石真正的燙手山芋。
美方早已打算棄蔣，改與中共發展正式關係，主張台灣地位未定或聯合國托管者也不在少數；人在西子灣的蔣介石可說如風中殘燭，一日數驚，據說在西子灣停留的這幾天中，還接到宋美齡兩封來信，都在警告他留意美方可能強佔台灣。極度憂慮的蔣介石除特地在6月17日召見王世傑，商議台灣處境與美方態度，更在6月18日日記中寫道：「余必死守台灣，確保領土，盡我國民天職。」
但當時兩岸風聲鶴唳，麥克阿瑟〔麥克阿瑟（1880年1月26日－1964年4月5日），著名軍事將領，美國陸軍史上最年輕的西點軍校校長、陸軍參謀長。1944年因「二戰」戰功卓著，晉陞五星上將。1950年6月25日朝鮮戰爭爆發，麥克阿瑟任美軍總司令。因反對杜魯門有限戰爭主張，於1951年4月11日以「未能全力支持美國和聯合國的政策」為由撤職，引爆美國反對杜魯門示威，使杜魯門競選失敗。為表達對麥克阿瑟的感謝，台灣地區第一條快速公路即命名為「麥克阿瑟公路」，又名「麥帥公路」。〕等駐日盟軍高級將領更由於擔心蔣介石守不住台灣，被解放軍佔領，因此由盟軍總部參謀長阿蒙德草擬了一個將台灣暫時移交給盟軍總部或聯合國監管的計劃，並告知國民政府駐日軍事代表團。
6月20日，蔣介石接獲正式信息，立刻通過駐日本東京代表團團長朱世明聯繫麥克阿瑟，強調暫管違反中國國民心理，「絕對無法接受」，更與中國在開羅會議堅持爭回台澎主權的立場完全相反。他也堅稱，決心與中共作持久戰，「國民政府」亦決不會成為流亡政府，因此希望麥克阿瑟協助說服美國政府確保台灣，中共新政權同時勸阻托管行動。懷抱著未卜的心情，1949年6月21日下午，蔣介石與蔣經國一同搭機離開岡山，當晚抵達桃園大溪暫歇，之後再轉到台北草山行館居住，暫時結束了這一段在南台灣低迷蕭條的日子。