之後蔣介石因為身體如江河日下，再也沒有回到南部澄清湖等地度假。但即使蔣介石去世後，澄清樓依舊門禁森嚴，直到1991年才由省自來水公司第七區管理處收回管理權，開放民眾參觀。
目前澄清樓三樓保存蔣介石臥房原樣，左牆掛了董其昌「無慾靜虛」字書，二樓改為史料館，存有日本政府在南京所遞投降書、國民會議頒訂的《中華民國訓政時期約法》、「三七五減租」、孫文特任蔣中正為陸軍軍官學校校長的大元帥令，蔣介石手書的「新生活運動」訓諭，以及蔣介石親筆所寫「千秋氣節久彌著，萬古精神又日新」對聯一副，及「忠勇為愛國之本」《十二條青年守則》及墨寶等珍貴史料。
行館一樓左側是會議室，右側是會客廳，正廳牆上懸掛蔣介石彩色肖像，兩側各有長形木質櫥櫃，上層為透明玻璃覆蓋，櫥櫃上端牆上懸掛蔣介石與宋美齡、國外友人在澄清樓活動的黑白放大照片。原本是侍衛居住的傳習齋則改為「救國團」青年活動中心，供青年活動住宿。
至於作戰指揮中心也一度廢棄近20年，從牆壁到器具幾乎斑駁腐蝕殆盡。
最後由地方政府重新改裝成水族館，將通道改成水族箱，分深海稀有動物區、海洋珍稀展示區、海洋貝類區等不同區域，租給民間經營，並加注許多圖解及說明後對外開放。
蔣介石心愛的鐘樓則因敲鐘不易，蔣介石去世後就未曾再響過，一直鎖在頂樓直到民進黨執政後才重新開啟、響鐘，作為一個新的景點。