陽明書屋面積約15公頃，由於先前蔣介石並未同意捐地之議，到民進黨崛起後，產權問題變成了燙手山芋，更引起曾入主台北市政府的陳水扁與國民黨黨史會之間的連串爭議。甚至地主李氏家族也一度表示，既然當初李家並未捐地，應可要求收回產權。
書屋所在地產權共計土地51筆，其中31筆是私有地，多屬瑞芳李家所有，另有一筆土地為市政府所有，其餘均為「國有地」。但當時陳水扁即提出地籍資料質疑，書屋主建築雖位在私人土地上，不過外圍三間辦公室、三間警衛室及從辦公室到書屋的道路均佔用市有地。包括三間警衛室及私有道路佔用建設局1076平方米土地，大門前三間辦公室佔用公園處5979．97平方米土地。
另外，辦公室前屬於財政局的約5000平方米土地也被黨史會納為己有，不准民眾進入。
建築方面共9棟，面積6500平方米，為國民黨出資興建，因此國民黨始終主張應有管理權。不過因為當初行館的主管單位陽明山管理局已併入台北市政府，故陳水扁在與國民黨叫陣時堅稱陽明書屋屬於市產，市政府還常編列預算維修，因此市政府應有權處理。
他也批評書屋主建築包括國民黨史料館及辦公廳捨全都沒有建築登記，裁撤陽明山管理局後，也未將陽明書屋列入移交清單，因此陽明書屋根本是個大違建，是「又漏稅，又無籍的幽靈屋」。
陳水扁要求國民黨黨史會提出陽明書屋建築證明，與此同時，市政府建設局也向黨史會追討陽明書屋週遭建築佔用的市有土地。建設局表示，已要求國民黨黨史會歸還佔用的市有地，否則要循法律途徑要回市產，更不排除把還是違建的陽明書屋依法拆除。
在各方爭議之下，國民黨改弦更張，擬將陽明書屋產權捐贈給「內政部」，以求列入陽明山公園管轄範圍，迴避所有台北市政府有管轄權的問題，以保全陽明書屋及黨史會。國民黨甚至指出，陽明書屋所在地屬於公園遊憩區，原本用途設計即為「文物保存」用，因此國民黨如將陽明書屋捐出，即可符合文物保存用途讓公園管理處利用。只是此舉立刻遭民進黨批評為私相授受，蓄意規避追討市產。
無視民進黨的批評，國民黨於1996年9月將陽明書屋捐出，歷經9個月、花費400多萬元整修後，開放遊客參觀，從此陽明書屋成為陽明山公園遊憩景點，內藏珍貴史料全數交還國民黨位於台北市區的黨史館典藏。
雖然一開始，行館正房仍未開放，但由於從陽明書屋可遠眺台北盆地、淡水河、基隆河，近眺紗帽山、尖山與華岡及大埔台地，視野廣闊，加上「兩蔣」行館的神秘感，立刻成為陽明山知名遊憩據點。
不過陳水扁還是繼續上演「追討市產」的大戲，並親自到陽明書屋勘察，質疑書屋部分土地及建築佔用市有地，甚至陽明書屋範圍內道路及花園也佔用到養工處及建設局的地。按當時台北市政府的訴求，從進入大門右側的大義館開始，沿花木扶疏的道路至正館間約有200米距離，起碼約七八十米屬於佔用市有地的道路，如果切割歸還，包括梅園及林園均將被強行劃分，勢必園不成園。
陳水扁此舉無疑是希望凸顯市政府繼收回士林官邸後，仍在繼續突破禁忌與國民黨特權，並宣稱不惜與國民黨對簿公堂。不過「內政部」陽明山管理處仍於1997年完成各私有地徵收事宜，唯獨那一筆市有地歸還台北市政府。經陽明山管理處後續行文市政府要求撥地，已經扯足順風旗的陳水扁態度一百八十度大轉彎，決定將地無償撥用給陽明山管理處，這才徹底化解了爭議，連租金都免了，陽明書屋也就正式對外開放參觀。