性醜聞調查
事情並沒有因為萊溫斯基的宣誓書而劃上句號。1998年1月29日，當時負責「白水門事件」的獨立檢察官肯尼思·斯塔爾要求將萊溫斯基立案審查，這表明他正式介入克林頓性醜聞調查。他決定抓住萊溫斯基這條線索，向克林頓發起全面進攻。
第二天上午，聯邦調查局找到將事情捅出來的萊溫斯基的閨蜜，在她身上安裝了竊聽器，並利用她將萊溫斯基約出來。她們在一個酒吧裡見了面，一見面，萊溫斯基就責備她的閨蜜口無遮攔，同時指責她背著自己偷偷地錄音，出賣了自己。
在得到準確的信息後，聯邦調查局的特工們將萊溫斯基帶到了樓上的一間房子裡，向她施壓，說服她出庭作證。
最後，萊溫斯基不得不屈從，她表示如果不追究她作偽證的法律責任，她願意出庭證明自己和克林頓確實發生過性關係一事。肯尼思·斯塔爾同意了她的條件。
這次性醜聞案是非常嚴重的，遠遠超過之前的「白水門事件」，如果克林頓被證實與萊溫斯基的性醜聞，他至少要承擔三項重罪——編造證據，教唆他人作偽證，妨礙司法公正。如果罪名成立，他立即會受到國會的彈劾，並極有可能因此下台，成為美國歷史上繼約翰遜總統、尼克松總統之後的第三位被彈劾的總統，第一位因為性醜聞而被彈劾下台的總統。
1998年8月6日，萊溫斯基在陪審團面前作證，陳述了案情。與此同時，她拿出了一份重要的證據——那件藍色的裙子，上面留下了總統的精液。
由於葆拉·瓊斯的先例，克林頓在第一時間使用了赦免權，避免他在法庭上面對萊溫斯基。
然而，這一次由於案情重大，克林頓無法逃避了，法庭要求克林頓必須在8月17日出庭作證。
在當天的庭審中，克林頓用巧妙的語言技巧向肯尼思·斯塔爾等人還擊，並一一揭穿他們的政治陰謀，同時他恰如其分地將葆拉·瓊斯的案子牽出來，指出這是「政敵對我下的一個圈套，而不幸的是我一不留神踩在套子邊上。」這一說法被肯尼思·斯塔爾駁斥，接下來他們用大量的時間去爭論性行為到底是什麼，克林頓一再強調他只是接受服務的一方，這並不算發生性關係。
庭審結束後，克林頓向全國發表電視講話，承認與萊溫斯基有不正當關係。
開展彈劾調查
1998年9月9日，在對克林頓與萊溫斯基的性醜聞進行大半年的調查後，肯尼思·斯塔爾向國會遞交了一份長達445頁的調查報告。這份報告與其他有關附件，一式兩份，用了36個紙箱子，由兩輛小麵包車運抵國會。
根據程序，調查報告將先由國會眾議院司法委員會審閱，就此舉行聽證會，並投票決定是否啟動彈劾程序。如果該委員會通過啟動彈劾程序，並獲得整個眾議院的認可，彈劾案就將提交參議院進行最後審理。但是，要彈劾總統下台，必須有三分之二以上的參議員投票贊成。
很快，眾議院批准對克林頓展開正式彈劾調查。
得知消息後，克林頓立刻召集內閣成員為他出謀劃策。首先，他承認自己曾經對他們撒了謊，他說他會用未來全部的時間來彌補錯誤。令克林頓感到欣慰的是，內閣成員中的大部分都選擇支持克林頓。
1998年9月11日，美國眾議院公佈肯尼思·斯塔爾的調查報告。整個國家都震驚了，數以萬計的美國人，包括克林頓的女兒切爾西，在電視上、新聞報紙上、網絡上都看到了這份報告。報告用一種近乎苛刻的語氣介紹克林頓與萊溫斯基之間的關係，並附加了大量的漫畫，將克林頓描繪成一個沉迷美色的色情狂。當時的克林頓，顏面掃地，變成了一個徹頭徹尾的過街老鼠。
離婚不是唯一選擇
希拉裡可是一個不甘心站在丈夫身後的第一夫人，在克林頓當選總統後，她的身影頻繁地出現於美國各大媒體。為克林頓塑造公眾形象的時候，她也會自己打造出耀眼的形象。
然而，克林頓的性醜聞事件幾乎將她的努力化為泡影。一時之間，希拉裡成為幾十億人的笑柄，她塑造的嚴於律己的女強人的尊嚴也被踐踏得一絲不剩。
聰明的希拉裡明白所有人都在關注著她，關注著她下一步該怎麼走。
2003年，希拉裡親筆撰寫的回憶錄《親歷歷史》出版，其中最引人注目的內容自然是她對於克林頓與萊溫斯基性醜聞的反應。希拉裡在她的回憶錄中寫道：「我一生中最難的抉擇是（在萊溫斯基事件後）選擇繼續當克林頓的妻子和競選紐約州參議員。」
「整個華盛頓就只談論著這件事，我感覺在全國也一樣。每個人都想知道她在想些什麼，希拉裡的真實想法是什麼。」希拉裡說道。
希拉裡也很沮喪，她不知道該如何處理這件事。
此時，希拉裡的母親多蘿西給了她很重要的幫助。她認真地告訴希拉裡：除非萬不得已，否則不要離婚。
希拉裡想到母親多蘿西的經歷。多蘿西8歲時就被親生父母拋棄了，童年時代沒有一個真正意義上的家，所以完整的家庭的意義對多蘿西來說意義重大。儘管她後來嫁給了一個性格暴躁的丈夫，也就是休·羅德姆，但多蘿西還是強迫自己盡量跟丈夫和睦相處。
在克林頓與萊溫斯基的性醜聞被炒得沸沸揚揚時，希拉裡問過自己的母親，為什麼當初沒有考慮過與丈夫離婚？她的母親說了一句很重要的話：「維持家庭的完整性要比獨立追求個人夢想或逃避丈夫的凌辱更重要，雖然我不得不眼睜睜看著你們受到苛刻的對待。這就是我如此逆來順受的原因。」
同時，真相大白的那天，切爾西過得很不愉快，她出現了從未有過的沉默和冷淡，大部分時間都在發呆，一言不發。很顯然，她對自己的父親十分失望。
希拉裡沒有選擇離婚，不僅因為克林頓的政治前途，更多是因為女兒切爾西，她要給女兒一個完整的家庭。
「我曾不斷地問自己，為什麼萊溫斯基事件後，我還和克林頓在一起？我只能說，是對克林頓數十年的愛、對女兒的撫育、對父母的贍養、擁有共同的朋友和信仰等，使我們沒有分開……事實上，我一直愛著克林頓，在我心中，克林頓一直都是最風趣、最有激情、最充滿活力的人。當一切慢慢恢復平靜後，我們決定，用我們的信任、愛情和共同的回憶重建婚姻。我真心希望克林頓和我能白頭偕老。」希拉裡在自傳中這樣寫道。
很快，希拉裡宣佈，她會支持自己的丈夫，幫助丈夫走出低谷。
希拉裡的選擇讓很多人大呼驚訝，一直以強硬形象示人的希拉裡居然能夠容得下丈夫有如此行徑。
共同面對彈劾
1998年12月19日，眾議院以「作偽證」和「妨礙司法」為由彈劾克林頓。在此之前，希拉裡毅然站出來擋在丈夫面前，決定幫助克林頓渡過危機。
一開始，克林頓計劃借憲法修正案的第五條逃避出庭作證，第五條的內容是「除非根據大陪審團的報告或起訴書，任何人不受死罪或其他重罪的刑事審判，但發生在陸、海軍中或發生戰時或出現公共危險時服役的民兵中的案件除外。任何人不得因同一犯罪行為而兩次遭受生命或身體的危害；不得在任何刑事案件中被迫自證其罪；非經正當法律程序，不得被剝奪生命、自由或財產。非經公平補償，私有財產不得充作公用。」
在葆拉·瓊斯案中，克林頓曾經有過出庭的經歷，完全符合這一條例的規定。
但是希拉裡則否定了這種方式，理由是：逃避是無法解決問題的，犯了錯誤就要勇敢承認，承認錯誤比逃避錯誤更容易得到人的原諒。同時，克林頓可以借出庭作證的機會，將真相全部都告訴陪審團，也告訴所有的美國人民。只有這樣，克林頓才有機會得到民眾的原諒，從而渡過這次危機。
另外，希拉裡還要為克林頓的彈劾案辯論，她親力親為，將克林頓將會用到的證詞字字斟酌，不放過任何一個可能反駁的字句。最終，她的努力沒有白費，她完成了一份完美到無懈可擊的證詞。
這一段時間，希拉裡承受的壓力絲毫不亞於克林頓。作為一個妻子，一個母親，希拉裡在這次實踐中身心都受到了巨大的傷害。試想，丈夫出軌一般都是私下裡進行。即便事情暴露，也只是小範圍的。就算影響再大，無非就是本地區之內，而希拉裡，卻是當著全世界的人丟臉。
她所做的一切，克林頓都看在眼裡，記在心上，除了萬分悔恨，還有對希拉裡的感激。
很快，克林頓在公眾面前因為性醜聞公開致歉，希拉裡選擇站在他的身旁，做他堅強的後盾。
1999年1月7日，克林頓彈劾案進入參議院表決程序。2月12日，參議院在對克林頓彈劾案的最終表決中，以45票贊成對55票反對否決了對克林頓的第一項彈劾條款，即指控他在緋聞案中「作偽證」。以50票贊成對50票反對否決了他「妨礙司法」的第二項彈劾條款。兩項表決都沒有達到憲法規定的對克林頓定罪和免職的票數。至此，參議院審理克林頓彈劾案宣告結束。
而這一切，都離不開希拉裡的默默支持。