此臣與諸邊臣所能為。至用人之人，與為人用之人，皆至尊司其鑰。何以任而勿貳，信而勿疑？蓋馭邊臣與廷臣異。軍中可驚可疑者殊多，但當論成敗之大局，不必摘一言一行之微瑕。事任既重，為怨實多，諸有利於封疆者，皆不利於此身者也。況圖敵之急，敵亦從而間之，是以為邊臣甚難。陛下愛臣知臣，臣何必過疑懼？但中有所危，不敢不告。」
袁崇煥還沒有到任，寧遠已發生了兵變。兵變是因欠餉四個月而起，起事的是四川兵與湖南、湖北的湖廣兵。兵卒把巡撫畢自肅、總兵官朱梅等縛在譙樓上。兵備副使把官衙庫房中所有的二萬兩銀子都拿出來發餉，相差還是很多，又向寧遠商民借了五萬兩，兵士才不吵了。畢自肅自覺治軍不嚴有罪，上吊自殺。兵士的糧餉本就很少，拖欠四個月，叫他們如何過日子？這根本是中央政府財政部的事。連寧遠這樣的國防第一要地，欠餉都達四個月之久，可見當時政治的腐敗。畢自肅在二次寧遠大戰時是兵備副使，守城有功，因兵變而自殺，實在是死得很冤枉的。袁崇煥於八月初到達，懲罰了幾名軍官，其中之一是後來大大有名的左良玉，當時是都司；又殺了知道兵變預謀而不報的中軍，將兵變平定了。
但京裡的餉銀仍是不發來，錦州與薊鎮的兵士又嘩變。如果這時清軍來攻，寧遠與錦州怎麼守得住？局勢實在危險之至。袁崇煥有甚麼法子？只有不斷的上奏章，向北京請餉。崇禎的性格之中，也有他祖父神宗的遺傳。他一方面接受財政部長的提議，增加賦稅，另一方面對於伸手來要錢之人大大的不高興。袁崇煥屢次上疏請餉，崇禎對諸臣說：「袁崇煥在朕前，以五年復遼、及清慎為己任，這缺餉事，須講求長策。」又說：「關兵動輒鼓噪，吝邊傚尤，如何得了？」
禮部右侍郎周延儒奏道：「軍士要挾，不單單是為了少餉，一定另有隱情。古人雖羅雀掘鼠，而軍心不變。現在各處兵卒為甚麼動輒鼓噪，其中必有原故。」崇禎道：「正如此說。古人尚有羅雀掘鼠的。今雖缺餉，哪裡又會到這地步呢？」「羅雀掘鼠」這四字崇禎聽得十分入耳。周延儒由於這四個字，向著首輔的位子邁進了一步。周延儒是江蘇宜興人，相貌十分漂亮，二十歲連中會元狀元，這個江南才子小白臉，真是小說與戲劇中的標準小生，可惜人品太差，在《明史》中被列入《奸臣傳》。本來這人也不算真的十分奸惡，他後來做首輔，也做了些好事的，只不過他事事迎合崇禎的心意。周延儒之奸，主要是崇禎性格的反映。但「逢主之惡」當然也就是奸。這個人和袁崇煥恰是兩個極端。袁崇煥考進士考了許多次才取，相貌相當不漂亮，性格則是十分的鯁直剛強。「羅雀掘鼠」是唐張巡的典故。張巡在睢陽被安祿山圍困，苦守日久，軍中無食，只得張網捉雀、掘穴捕鼠來充飢，但仍是死守不屈。羅雀掘鼠是不得已時的苦法子，受到敵人包圍，只得苦挨，但怎能期望兵士在平時都有這種精神？周延儒乘機中傷，崇禎在這時已開始對袁崇煥信心動遙他提到袁崇煥以「清慎為己任」，似乎對他的「清」也有了懷疑。崇禎心中似乎這樣想：「他自稱是清官，為甚麼卻不斷的向我要錢？」袁崇煥又到錦州去安撫兵變，連疏請餉。十月初二，崇禎在文華殿集群臣商議，說道：「崇煥先前說道『安撫錦州，兵變可彌』，現在卻說『軍欲鼓噪，求發內帑』，為甚麼與前疏這樣矛盾？卿等奏來。」「內帑」是皇帝私家庫房的錢。因為戶部答覆袁崇煥說，國庫裡實在沒有錢，所以袁崇煥請皇帝掏私人腰包來發欠餉。再加上說兵士鼓噪而提出要求，似乎隱含威脅，崇禎自然更加生氣。
哪知百官眾口一辭，都請皇上發內帑。新任的戶部尚書極言戶部無錢，只有陸續籌措發給。崇禎說：「將兵者果能待部屬如家人父子，兵卒自不敢叛，不忍叛；不敢叛者畏其威，不忍叛者懷其德，如何有鼓噪之事？」
「羅雀掘鼠」和「家人父子」這兩句話，充分表現了崇禎完全不顧旁人死活的自私性格。兵士有四個月領不到糧餉，吵了起來。崇禎不怪自己不發餉，卻怪帶兵的將帥對待士兵的態度不如家人父子。他似乎認為，主帥若能待士兵如家人父子，沒有糧餉，士兵餓死也是不會吵的。俗語都說：「皇帝不差餓兵。」崇禎卻認為餓兵可以自己捉老鼠吃。周延儒揣摩到了崇禎心意，又乘機中傷，說道：「臣不敢阻止皇上發內帑。現在安危在呼吸之間，急則治標，只好發給他。然而決非長策，還請皇上與廷臣定一經久的方策。」崇禎大為贊成：「此說良是。若是動不動就來請發內帑，各處邊防軍都學樣，這內帑豈有不乾涸的？」崇禎越說越怒，又是憂形於色，所有大臣個個嚇得戰戰兢兢，誰也不敢說話。袁崇煥請發內帑，其實正是他不愛惜自己、不怕開罪皇帝、而待士兵如家人父子。本來，他只須申請發餉，至於錢從何處來，根本不是他的責任。國庫無錢，自有別的大臣會提出請發內帑，崇禎憎恨的對象就會是那個請發內帑之人。以袁崇煥的才智，決不會不明白其中的關鍵，但他愛惜兵士，得罪皇帝也不管了。說不定朝中大臣人人不敢得罪皇帝，餉銀就始終發不下來，那麼就由我開口好了。
當袁崇煥罷官家居之時，皇太極見勁敵既去，立刻肆無忌憚，不再稱汗而改稱皇帝。
袁崇煥回任之後，寧遠、錦州、薊州都因欠餉而發生兵變，當時自然不能與清兵開仗，於是與皇太極又開始了和談，用以拖延時間。皇太極對和談向來極有興趣，立即作出有利的反應。袁崇煥提出的先決條件，是要他先除去帝號，恢復稱「汗」。皇太極居然答允，但要求明朝皇帝賜一顆印給他，表示正式承認他「汗」的地位。這是自居為明朝藩邦，原是對明朝極有利的。但明朝朝廷不估計形勢，不研究雙方力量的對比，堅持非消滅滿清不可，當即拒絕了這個要求。皇太極一直到死，始終千方百計的在求和，不但自己不停的寫信給明朝邊界上的官員，又托朝鮮居間斡旋，要蒙古王公上書明朝提出勸告。每一個戰役的基本目標，都是「以戰求和」。他清楚的認識到，滿清決計不是明朝的敵手，明朝的政治只要稍上軌道，滿清就非亡國滅種不可。滿族的經濟力量很是薄弱，不會紡織，主要的收入是靠搶劫。皇太極寫給崇禎的信，可說謙卑到了極點。
然而崇禎的狂妄自大比他哥哥天啟更厲害得多，對滿清始終堅持「不承認政策」，不承認它有獨立自主的資格，決不與它打任何交道。為了與滿清作戰，萬曆末年已加重了對民間的搜括，天啟時再加，到崇禎手裡更大加而特加，到末年時加派遼餉九百萬兩，練餉七百三十餘萬兩，一年之中單是軍費就達到二千萬兩（萬曆初年全國歲出不過四百萬兩左右），國家財政和全國經濟在這壓力下都已瀕於崩潰。明末民變四起，主要原因便在百姓負擔不起這沉重的軍費開支。
敵人提出和平建議，是不是可以接受，不能一概而論。我以為應當根據這樣的原則來加以考慮：敵人的和議不過是一種陰謀手段，目的在整個滅亡我們？還是敵人因經濟、政治、軍事、或社會的原因而確有和平誠意？必須假定締結和約只是暫時休戰，雙方隨時可以破壞和平而重啟戰端。目前一直打下去對我方比較有利？還是休戰一段時期再打比較有利？締結和約或進行和平談判，會削弱本國的士氣民心、造成社會混亂、損害作戰努力、破壞聯盟關係、影響政府聲譽？還是並無重大不良後果？和約條款是片面對敵人有利？還是雙方平等，或利害參半，甚至對我方有利？如果是前者，當然應當斷然拒絕；若是後者，就可考慮接受，必要時甚至還須努力爭齲在當時的局勢下，成立和議顯然於明朝有重大利益。不論從政略、戰略、經濟、人民生活哪一方面來考慮，都應與滿清議和。
拒絕和滿清議和，是崇禎一生最大的愚蠢。他初即位時清除魏忠賢逆黨，處理得十分精明，於是臣下大捧他為「英主」。他從此就飄飄然了，真的以「英主」自居，認為「英主」決不能和叛逆的「建州衛」妥協。在明朝君臣的觀念中，「建州衛」始終是中國皇帝屬下一個小官的領地，皇帝決不能跟小官談和。至於使得全國億萬人民活不下去，那是另一回事，皇帝的尊嚴不能有絲毫損害。
他可以和察哈爾蒙古人談和，付給金銀以換取和平。因為明朝的江山是從蒙古人手裡奪來的，明朝承認蒙古是敵國。堅持政治原則，本來不錯。然而政治原則是要以正確的策略來貫徹的。完全忽視實際情形，把國家與人民的生死存亡置之不顧，和「英主」兩字可相差十萬八千里了。袁崇煥和皇太極一番交涉，使得皇太極自動除去了帝號，本來是外交上的重大勝利。但崇禎卻認為是和「叛徒」私自議和，有辱國體，心中極不滿意，當時對袁崇煥倚賴很重，隱忍不發，後來卻終於成為殺他的主要罪狀。
１《明史·錢龍錫傳》：「龍錫奏辯，言：『崇煥陛見時，臣見其貌寢，退謂同官：此人恐不勝任。』」錢龍錫這話也是胡說八道，怎能見人家相貌難看，便說他不能擔當大事？
２《烈皇小識》：「時天威震迅，憂形於色。大小臣工皆戰懼不能仰對，而延儒由此荷聖眷矣。」
３關於這場交涉，因皇太極稱帝之後再自動除去，又向明朝要求發印而不得，在滿清方面是受到重大屈辱，所以清方官文書中都無記載，或有記載而後來都刪去了。但清內閣檔案中還留存皇太極天聰四年頒示的一道木刊諭文，其中公開承認這件事：「逮至朕躬，實欲罷兵戈，享太平，故屢屢差人講說。無奈天啟、崇禎二帝渺我益甚，逼令退地，且教削去帝（號），及禁用國寶。朕以為天與土地，何敢輕與？其帝號國寶，一一遵依，易汗請印，委曲至此，仍復不允。」
４《明清史料》丙編，皇太極諭諸將士：「爾諸將士臨陣，各自奮勇前往，何必爭取衣物？縱得些破壞衣物，尚不能資一年之用。爾將士如果奮勇直前，敵人力不能支，非與我國講和，必是敗於我們。那時穿吃自然長遠，早早解盔卸甲，共享太平，豈不美哉？」
５《天聰實錄稿》，七年九月十四日，清太宗致朝鮮國王信：「貴國斷市，不過以我國無衣，因欲困我。我與貴國未市之前，豈曾赤身裸體耶？即飛禽走獸，亦自各有羽毛……滿洲、蒙古固以搶掠為生，貴國固以自守為素。」
６《天聰實錄稿》六年六月，清太宗致崇禎皇帝信：「滿洲國汗謹奏大明國皇帝：小國起兵，原非自不知足，希圖大位，而起此念也。
只因邊官作踐太甚，小國惱恨，又不得上達……今欲將惱恨備悉上聞，又恐以為小國不解舊怨，因而生疑，所以不敢詳陳也。小國下情，皇上若欲垂聽，差一好人來，俾小國盡為申奏。若謂業已講和，何必又提惱恨，惟任皇帝之命而已。夫小國之人，和好告成時，得些財物，打獵放鷹，便是快樂處。謹奏。」最後這句話甚是質樸動人。
７崇禎五年，宣府巡撫沈棨和清軍立約互不侵犯，崇禎便把兵部尚書熊明遇革職查辦，沈棨下獄。此後他更下旨給守邊的官員，任何人不得與滿清有片紙隻字的交通。
８《明史·食貨志》：「自古有一年而括二千萬以輸京師，又括京師二千萬以輸邊乎？」
崇禎對袁崇煥的猜忌，從「請發內帑事件」開始。帶兵的統帥追討欠餉，本是理所當然的事情，但債戶對於債主追討欠款，不論債主的理由如何充足，債戶自然而然的會對他十分憎恨，如果債主威名震於天下而又握有武力，十幾歲的少年債戶除了憎恨之外還會恐懼。崇禎又不敢懲罰袁崇煥和皇太極談和。這「不敢」兩字之中，自然隱伏了「將來和你算帳」的心理因素。該年閏四月，加袁崇煥太子太保的頭銜，那是從一品，比兵部尚書又高了一級。到了下個月，便發生了殺毛文龍事件，這又增加了崇禎內心對他的不滿和恐懼。
毛文龍是浙江杭州人。袁崇煥殺毛文龍在崇禎二年（公元一六二九），那是己巳年。早了一百八十年（一四四九），同樣是己巳年，我另一位同鄉杭州人于謙為明朝立了安邦定國的大功。那一年發生土木堡之變，皇帝被蒙古人擄去，于謙擊退外敵，安定了國家。于謙和袁崇煥都是兵部尚書，於做總督，袁做督師，地位相等。兩人後來都被皇帝處死，都是明朝出名的大忠臣。
杭州人在江南雖然有「杭鐵頭」之稱，然而那是與性格柔和的蘇州人「蘇空頭」相對而言，很少去當兵打仗的。戚繼光率領來平定倭寇、守禦北邊，後來在戚死後又去抗日援朝的浙江兵，都是浙東義烏一帶的人。
毛文龍所以投軍，主要由於他有個舅舅在兵部做官。毛文龍喜歡下圍棋，常通宵下棋，愛說：「殺得北斗歸南。」捧他場的人，說他的棋友中有一個道人，從圍棋中傳授了他兵法。如果真有這樣的事，毛文龍的棋力一定相當低，因為他的兵法實在並不高明。又有一個傳說：他上京去投靠舅舅的前夕，睡在於廟（于謙的廟，在杭州與岳廟並稱）裡祈夢，夢到于謙寫了十六個字給他：「欲效淮陰，老了一半。好個田橫，無人作伴。」這十六個字後來果然「應驗」了：韓信二十七歲為大將，毛文龍為大將時五十二歲；田橫在島上自殺時，有五百士自刎而殉，毛文龍在島上被殺，死的只他一人。這當然是好事之徒事後捏造出來的。于謙見識何等超卓，又怎會將他這個無聊同鄉去和韓信、田橫相比？
毛文龍到北京後，得他舅舅推薦，到遼東去投效總兵李成梁，後來在袁應泰、王化貞兩人手下，升到了大約相當於團長的職位。他的功績主要是造火藥超額完成任務和練兵，可見此人是一個能幹的後勤人員。遼東失陷後，他帶了一批部隊，在沿海各島和遼東、朝鮮邊區混來混去，打打游擊。他的根據地是在朝鮮，招納遼東潰散下來的中國敗兵和難民，勢力漸漸擴充，終於找到了一個機會，帶領了九十八人，渡鴨綠江襲擊鎮江城，俘虜了清軍守將。這是明軍打敗清兵的罕有事件，王化貞大為高興，極力推薦，升他的官，駐在鎮江城。但不久清兵大軍反攻，鎮江城就失去了。毛文龍將根據地遷到朝鮮的皮島，自己仍在遼東朝鮮邊區打游擊。皮島在鴨綠江口，與朝鮮本土只一水之隔，水面距離只不過相當於過一條長江而已，北岸便是朝鮮的宣川、鐵山。當時朝鮮的義州、安州、鐵山一帶，因為鄰近中國，從遼東逃出來的漢人難民和敗兵紛紛湧到，喧賓奪主，漢人佔了居民十分之七，朝鮮人只十分之三。皮島橫約八十里，逃到島上的漢人為數不少。毛文龍作為根據地後，再招納漢人，聲勢漸盛。明朝特別為他設立一個軍區，叫作東江鎮，升毛文龍為總兵。那時袁崇煥剛出山海關，還未建功。明朝唯一能與清兵打一下的，只有毛文龍一軍，所以他名氣相當大。當時董其昌曾上奏說：國家只要有兩個毛文龍，努爾哈赤可擒，遼地可復。他這道奏章，當然只有書法上的價值，但由此也可見到一般朝臣對毛文龍的觀感。
毛文龍不斷陞官，升到左都督，掛將軍印，賜尚方劍。天啟皇帝提到他時稱為「毛帥」，不叫名字。天啟四年五月，毛文龍遣將沿鴨綠江、越長白山，攻入滿清東部，被守將擊敗，全軍覆沒；五年六月及六年五月，曾兩次派兵襲擊滿清城寨，兩次都喪師敗歸。毛文龍打仗是不行的，可是連年襲擊滿清腹地，不失為有牽制作用。那時候明軍一見清兵就望風而遁，毛文龍膽敢主動出擊，應當說勇氣可嘉。天啟七年正月，清兵征朝鮮，因為毛文龍不斷在後方騷擾，於是分兵去攻他所駐守的鐵山。毛文龍大敗，逃上了皮島。他在中朝邊區打游擊時，雖然屢戰屢敗，卻也能屢敗屢戰。上了皮島之後，有了大海的阻隔，清軍沒有水師，安全感大增，加之又上了年紀，很快就腐化起來。他開始發揮後勤才能，在皮島大做生意，徵收商船通行稅，那便是海上買路錢，派人去遼東和朝鮮挖人參。一方面向朝廷要糧要餉，又向朝鮮要糧食，理由是幫朝鮮抵抗清兵，要收保護費。朝鮮也只得時時運糧給他。他陞官發財之後，對打仗更加沒有興趣了。當時皮島駐軍有二萬八千，戰馬三千餘匹，皮島之東的身彌島駐兵千餘，作為皮島的外圍，寧錦大戰之時，毛文龍手擁重兵在旁，竟不發一兵一卒去支援，也不攻擊清兵後方作牽制。袁崇煥當然極不滿意，但因管他不著，無可奈何。天啟年間，毛文龍不斷以大量賄賂送給魏忠賢和其他太監、大臣，對朝中當權派的公共關係做得極好。天啟五年，御史麥之令彈劾毛文龍，認為他無用，遼東軍務不能依靠他。魏忠賢極力袒毛，說麥之令是熊廷弼的同黨，將他殺了。這樣一來，所有反對魏忠賢的東林黨清流派都恨上了毛文龍。崇禎接位後，毛文龍作風不改。朝廷覺得皮島耗費糧餉太多，要派人去核數查帳。毛文龍多方推托，總之是不歡迎御用會計師駕臨。
袁崇煥的新任命，理論上是有權管到皮島東江鎮的。朝中於是有人建議皮島的糧餉經由寧遠轉運，意思是交由袁崇煥控制。甚至有人主張撤退皮島守軍，全部調去寧遠。這些主張，都遭到毛文龍的抗拒，而兵部又對毛相當支持。袁崇煥寫信給首輔錢龍錫商量，要殺毛文龍。錢回信勸他一切慎重。袁在北京時，也曾和錢龍錫商議過殺毛的事，當時袁對錢龍錫說，要恢復遼東，必須從整肅東江鎮的軍紀開始。袁崇煥決心要解決這件事。崇禎二年五月二十二日，袁崇煥離寧遠，去和毛文龍會談，約定了在旅順附近的一個小島上相會，這小島叫做島山。從寧遠經渤海到旅順，和從皮島經黃海到旅順，海程大致相等，所以旅順是一個中間地點，也可說是中立地帶。那時毛文龍對袁崇煥已心存疑忌，如邀他到寧遠相會，他是不肯來的。袁崇煥如去皮島，卻又是身入險地。袁崇煥除座船外，帶船三十八艘，出發前先試放西洋大炮，射程遠的五六里，近的三四里。二十六日到雙島，登州的軍官帶了兵船四十八艘來會。二十七日到島山停泊，旅順的軍官前來參見。袁崇煥帶眾將上山，到龍王廟去拜龍王，對眾將訓話：「本朝開國，中山王徐達、開平王常遇春諸君起初在鄱陽湖、採石磯大戰，後來一直打到漠北，水戰固然勝，馬步戰也勝，才能驅逐胡元，統一中國。現在你們的水師只能以紅船在水上自守，滿清韃子不下海，難道能趕他們入海打水戰麼？所以水師必須也能陸戰。」他的抱負是要將水師訓練成為海軍陸戰隊。六月初一，毛文龍率領將士到達島山，與袁互相交拜。毛文龍呈上禮帖三封和三桌筵席。在船中吃過，袁崇煥和他談話，說道：「遼東海外，只有我和貴鎮二人，務必同心共濟，方能成功。我歷險來此，旨在商議進齲軍國大事，在此一舉。我有一個良方，只不知生病的人肯不肯服這一帖藥。」當晚兩人直談到二更。初二袁崇煥上島，犒賞毛的部屬，和毛又密談到三更。初三日又再談，袁崇煥要求皮島設文官監軍，糧餉由寧遠轉發，改編部隊，連談三日三夜，毛文龍始終不同意，到這時談判終於破裂。袁崇煥給他最後一個機會，勸他辭職回鄉。毛文龍說：「辭職回鄉這件事，我一直是在盼望的。只不過我對遼東事務很熟悉，解決了滿洲之後，可順勢襲取朝鮮了。」袁崇煥聽他大言不慚，更是不滿。酒散後，袁傳副將汪翥上船密議，五更方畢。通宵部署，要殺毛文龍了。初四日，袁崇煥犒賞毛部兵將共三千五百七十五名，軍官每名三五兩不等，兵每名數錢，又將帶來的餉銀十萬兩交卸。同時和毛劃分職權，此後旅順以東由毛指揮，旅順以西由袁指揮。毛文龍收到大筆銀子，對指揮權的區劃又十分滿意，減少了提防警惕。初五日，袁崇煥邀毛文龍一起檢閱將士比賽射箭。相見後，袁崇煥說：「我明天要回寧遠了。貴鎮身當國家海外重寄，請受我一拜。」說著下拜，毛文龍跪下還禮。大家上山後，袁的親信參將謝尚政指揮各營士兵布成一個大圍。毛文龍和隨從官員百餘名在圍內，將毛部兵丁都隔在圍外。袁崇煥問起毛文龍手下將官的姓名，居然大多數姓毛。袁崇煥覺得奇怪。毛文龍說：「他們都是我的義孫。」袁崇煥笑了起來，跟著對毛部眾將說道：「你們在海外辛苦，兵士每個月只有五斗米的糧，甚至家中幾口人都分食此糧，想起來令人痛心。請大家受我一拜，感謝你們為國家盡力，以後大家不必擔心沒有糧餉。」當即下拜。眾將磕頭答禮，甚是感動。袁崇煥隨即提出幾件事來責問毛文龍，毛文龍抗辯。袁崇煥不客氣了，斥責道：「本部院披肝瀝膽，與你說了三日，只道你回頭是岸，也還不遲。哪曉得你狼子野心，總是一片欺誑到底。你目中沒有本部院，那也罷了。方今聖天子英武天縱，國法豈容得你？」命人除下他衣冠，綁了起來。毛文龍的態度仍是十分倔強，自稱無罪有功。
袁崇煥厲聲道：「你道本部院是個書生，瞧我不起。本部院卻是能管將官之人。你說沒有罪麼？你犯了十二大罪，我數給你聽：「一、明朝的制度，大將在外，必由文臣監督，你專制一方，軍馬錢糧不肯受核。二、殺戮降人難民，謊報冒功，說殺的是清兵。三、宣稱如果南下，取登州和南京猶如反掌。四、每歲餉銀數十萬，但發給兵士的糧餉每月只有三斗半，侵盜軍糧。五、在皮島開馬市，擅自與外國貿易。六、部將數千名都冒稱姓毛，擅自封官。七、敗退時剽掠商船。八、你自己強搶良家婦女，部下傚尤。九、驅策難民到遼東去偷挖人參，不肯去的就不發糧食，讓他們大批在島上餓死。十、將大量金銀送去京師賄賂，拜魏忠賢為義父，在島上替魏忠賢塑像。十一、鐵山一仗，大敗喪師，卻報稱有功。十二、設立軍區已達八年，不能恢復寸土，觀望養敵。」這十二條罪狀數了出來，毛文龍魂不附體，只有叩頭求饒。袁崇煥問毛的部將：「毛文龍該斬麼？」諸將都嚇得不敢作聲。有人說毛文龍這些年來雖無功勞，但也辛苦出力。袁崇煥叱道：「毛文龍本來只不過是個尋常百姓，現今官居極品，滿門封蔭，已足夠酬答他的辛勞了，為甚麼他還這樣悖逆？」於是向著北京叩頭，宣稱：「臣今天誅毛文龍以整肅軍紀，諸將中若有行為如毛文龍的，也一概處決。臣如不能成功，請皇上也像誅毛文龍一樣的處決臣！」請出尚方劍來，命旗牌官將毛文龍在帳前斬決，向毛文龍部屬諭示：「只誅毛文龍一人，其餘各人一概無罪。」毛文龍麾下將士無一敢動。袁崇煥命人收殮毛文龍，次日開吊拜奠，說：「昨日斬你，是為了朝廷大法。今日祭你，是為了僚友私情。」
隨即將毛部分為四隊，派毛文龍的兒子毛承祿、副將陳繼盛等四人分領，犒賞軍士，盡除皮島毛文龍的虐政。回寧遠後上奏稟報，最後說：毛文龍是大將，不是臣有權可以擅自誅殺的。臣犯了死罪，謹候皇上懲處。
崇禎得訊，大吃一驚，非常不以為然。但想毛文龍已經死了，目前又正倚賴袁崇煥盡力，只得下旨嘉獎他一番，又下旨公佈毛文龍的罪狀，逮捕毛文龍的駐京辦事處主任，以安袁崇煥之心。袁崇煥擔心毛文龍的部下生變，奏請增加餉銀。但查核部隊實數，兵員比毛文龍虛報時少得多了。崇禎見兵員少了，餉銀反增，頗為懷疑，但都一一批准。以崇禎這樣剛強的性格，這時迫於形勢而不敢得罪袁崇煥，實已深深伏下了殺機。毛文龍在皮島，儼然是獨立為王的模樣，不接受朝廷派文官監察核數、濫殺難民冒功、侵吞軍糧、軍紀不肅，的確有罪。但袁崇煥以尚方劍斬他的方式，卻也未免太戲劇化了些。明朝賜尚方劍給主帥，用意是給主帥以絕對權威，部將如不聽指揮，立即可以誅殺。然而毛文龍的罪行都非緊急，也不是反叛作亂。何況毛文龍也是受賜尚方劍的。毛文龍在皮島，畢竟曾屢次出兵，騷擾滿清後方，是當時海上惟一的一支機動游擊隊，滿清對他也一直頗為重視忌憚。這十二條罪狀中，有幾條平心而論並不能成立。毛文龍說取登州、南京如反掌，只不過一時誇口，並非真的要造反；向外國買馬，當是軍中需要；擅自封官是得到朝廷授權的，部將喜歡姓毛，旨在拍主帥的馬屁，也沒有甚麼大不了；不能恢復寸土，只能說他無能，卻非有罪，要打敗清兵，恢復失地，談何容易？在島上為魏忠賢塑像，更難以加他罪名。
天啟年間，魏忠賢權勢熏天，各省督撫都為魏忠賢建生祠、塑像而向他跪拜。當時袁崇煥在寧遠也建了魏忠賢的生祠。時勢所然，人人難免。毛文龍死後，部將心中不服，頗有逐漸叛去的，其中重要的叛將有孔有德、耿仲明、尚可喜。這三人投降滿清，為清朝出了很大力氣，後來都封王。清初四大降王，除吳三桂外，其餘孔、耿、尚三人都是毛文龍的舊部。不過這也不能說是袁崇煥的過失。對於「殺毛事件」，當時輿論大都同情毛。一般朝臣認為，毛文龍即使有罪，他是一個大軍區司令，也只能由皇帝下旨誅殺。皇帝的統治手段，主要只是賞與罰。袁崇煥擅殺大將，是嚴重的侵犯了君權。我也覺得袁崇煥這件事做得不對，過分的橫蠻。將毛文龍逮捕，押解北京，交由皇帝去處置，才是合理的方式。當時小說盛行，有人做了小說來稱譽毛文龍。一部是四十回的《遼海丹忠錄》，是杭州人陸雲龍所作，大捧向鄉毛帥。另一部是作者不署名的《鐵冠圖》（不是講李自成事跡的那一部），以毛文龍為主角。當時大名士陳眉公對「殺毛事件」抨擊甚烈。另一個大名士錢謙益是毛文龍的朋友，對朝野輿論當然也有影響。《明季北略》甚至說：袁崇煥捏造十二條罪名來害死了毛文龍，與秦檜以十二道金牌來害死了岳飛完全一樣。卻又是過分的批評了。推測袁崇煥所以用這樣的斷然手段殺毛，首先是出於他剛強果決的性格。其次，文人帶兵，一定熟讀孫子兵法，對於孫子殺吳王愛姬二人、因而使得宮中美女盡皆凜遵軍法的故事，對於「將在軍，君命有所不受」的軍法觀念，一定印象十分深刻。那時候寧遠、錦州、薊州各處軍事要地都曾發生兵變，如不整飭軍紀，根本不能打仗。袁崇煥明知這樣做不對，還是忍不住要殺毛，推想起來，也有自恃崇禎奈何他不得的成分。最後，毛文龍接近魏忠賢，袁崇煥接近東林清流，其中也難免有些黨派成見。
１督師本來比總督略高，但在于謙的時候還沒有設督師當時總督是地位最高的帶兵文官。見吳晗：《明代的軍兵》。
２即今遼寧省安東之北的九連城，與朝鮮的義州隔鴨綠江相對。
３皮島在朝鮮寫作椴島。這個「椴」字，漢文音「駕」，但朝鮮人讀作Pi音，所以中國人就簡稱為皮島。有一本相當流行的講清史的通俗著作說皮島即海洋島，地理弄錯了。海洋島在皮島和大連之間，離皮島約一百海里。皮島是朝鮮地方，海洋島是中國地方。
４據朝鮮派去皮島的使者記載：毛文龍每天吃五餐，其中三餐有菜餚五六十品，寵妾八九人，珠翠滿身，侍女甚多。
５一般書籍（包括《明史》）上記載，都說袁毛的會晤地是在雙島。《荊駝逸史》中輯有《袁督師計斬毛文龍始末記》一文，採用的是日記體，從五月二十二日袁崇煥出發到六月十一日回寧遠，逐日記錄海程、所經島嶼、風勢、船隻、兵員、官員姓名等等，十分詳盡，作者顯然是袁崇煥隨行的幕僚或部屬。他寫作態度異常忠實，對於袁毛密談三日三夜，只記兩人「二更後方散」、「密語三更方散」，記錄兩人密談後的神色，卻不記密語內容，全天憑空推測的言辭，合於現代要求最嚴格的報導體。該書記載袁毛相會的地點是在島山，離旅順陸路十八里，水路四十里，距雙島有半日水程，中間隔了松木島、豬島、蛇島、蝦蟆島等許多島嶼。我比較各種資料，覺得島山的說法更為可信。
６《始末記》記載當時情形說：「酒敘至終，（袁）方有傲狀，毛帥有不悅意態。」
７後來大大有名的孔有德、耿精忠、尚可喜都是毛文龍的義孫，那時叫做毛有德、毛精忠、毛可喜。
８梁啟超在《袁崇煥傳》中說：「吾以為此亦存乎其人耳。毛文龍不死，安知其不執□為諸降王長？」意思說，毛文龍如果不死，說不定他反而是第一大降王呢。然而這也是揣測之辭了。
這時候朝廷又欠餉不發了。袁崇煥再上奏章，深深憂慮又會發生兵變，更憂慮兵卒嘩變後不再接受安撫，從此變為「大盜」。他說一定要發生一次兵變，才發一次欠餉，而發了欠餉之後，又一定將負責官員捉去殺了一批，這樣下去，永遠是「欠餉——兵變——發餉——殺官——欠餉」的循環。這道奏章，當然只有再度加深崇禎對他的憎恨。崇禎二年春，袁崇煥上奏，說山海關一帶防務鞏固，已不足慮，但薊門單弱，須防敵人從西路進攻。這時薊遼總督是劉策，懦弱而不懂軍事。袁崇煥看到了防務弱點的所在，第一道奏章上去，朝廷沒有多加理會，他再上第二道、第三道。崇禎下旨交由部科商議辦理，但始終遷延不行。拖到十月，清兵果然大舉從西路入犯，正在袁崇煥料中。首當其衝的，正是剛剛發生過索餉兵變的遵化。
明朝初年為了防備蒙古人，對北方邊防是全力注意的，好好修築了長城，設立遼東、薊州、宣府、大同、太原（統偏頭、寧武、雁門三關）、陝西、延綏、寧夏、甘肅九大邊防軍區，那便是所謂「九邊」。東起鴨綠江，西至酒泉，綿延數千里中，一堡一寨都分兵駐守。但後來注意力集中於遼東，其他八鎮的防務就廢弛了。明太祖本來建都南京，成祖因為在北京起家，將都城遷了過去。在中國整個地形上，北京偏於東北，和財賦來源的東南相距甚遠。最不利的是，北京離國防第一線的長城只有一百多里，敵軍一攻破長城，快馬奔馳半天，就兵臨北京城下。金元兩朝以北京為首都，因為它們是來自北方的遊牧民族，不敢深入中原，一旦有變，可以立刻轉身逃回本土。明朝的情況卻根本不同。成祖對蒙古採取攻勢，建都北京便於進攻，後來兵力衰弱，北京地勢上的弱點立刻暴露無遺。本來，兩個互相敵對的社會是不可能長期對峙的，僵持一段時期之後，終究是非進則退。明朝既堅決不肯和滿清議和，形勢上又無力進攻，再將京城暴露在敵人大兵團朝發夕至的極近距離之內，根本戰略完全錯誤。以漢人為主的中華民族所以偉大，主要是在文治教化，征戰本非所長，如果基本戰略一錯，局勢就難以收拾了。
這次進軍皇太極親自帶兵，集兵十餘萬，知道袁崇煥守在東路，攻打不進，於是由蒙古兵作先導，繞道西路進攻。出發前對王公大臣說：「明朝若是肯和，我們採參開礦，與他們交易，換來布匹，大家共享太平，豈不極好？但我幾次三番的求和，明朝總是不允，這次非狠狠打一仗不可。」十月初五，抵達喀喇沁的青城。這條路很遠，行軍不便，諸將見到了前途的艱難，不少人便主張退兵，其中以代善及莽古爾泰兩大貝勒主張最力，認為：深入敵境，勞師襲遠，如果糧匱馬疲，又怎麼回得去？縱使攻進了長城，明人勢必聚集各路兵馬圍攻，我們便眾寡不敵，要是後路遭到堵截，恐無歸路。金人的根本是在遼寧、吉林一帶。從山海關進攻北京，那是安全的進軍路線，如果打不勝，退回去就是了。現在遠遠的繞道蒙古，當時運輸工具簡陋，糧草很容易接濟不上。那時代善四十九歲，是皇太極的二哥，莽古爾泰四十三歲，是皇太極的五哥，兩人比較老成持重。
少壯派大將岳托與濟爾哈朗等人則支持皇太極（當時三十八歲，排行第八）的進軍主張。岳托是代善的兒子，當時年齡不詳，相信最多三十歲，濟爾哈朗是皇太極的堂弟，三十四歲，都是勇氣十足。那日開軍事會議密商，直開到深夜，在皇太極的堅持下決定繼續進攻。但皇太極也知道此行極險，第二日早晨重申軍令，不准吃明人的熟食，以防下毒，不准酗酒，採取柴草時必須眾人同行，不可落單，充分顯露了戰戰兢兢的心情。皇太極愛讀《三國演義》，這次出師，很有鄧艾伐蜀、深入險地的意味。
自青城行了四天，到老河，兵分三路，皇太極命岳托、濟爾哈朗率右翼四旗和右翼諸部蒙古兵攻大安口；七哥阿巴泰、十二弟阿濟格率左翼四旗及左翼諸部蒙古兵攻龍井關；他自己親率中軍攻洪山口。三路先後攻克，進入長城，進迫遵化。袁崇煥於十月二十八日得訊，立即兵分兩路，北路派鎮守山海關的趙率教帶騎兵四千西上堵截。他自己率同祖大壽、何可綱等大將從南路西去保衛北京。沿途所經撫寧、永平、遷安、豐潤、玉田諸地，都留兵佈防，準備截斷清兵的歸路。崇禎正在惶急萬狀之際，聽得袁崇煥來援，自然是喜從天降，大大嘉獎，發內帑勞軍（這次是心甘情願了），發表袁崇煥作各路援軍總司令。
袁崇煥部十一月初趕到薊州，十一、十二、十三，三天中與清兵在馬升橋等要隘接仗，每一仗都勝。清軍半夜裡退兵。但北路援軍卻遭到了重大挫敗。趙率教急馳西援，到達三屯營時，總兵朱國彥竟緊閉城門，不讓他部隊進城。趙率教無奈，只得領兵向西迎敵，在遵化城外大戰，被清軍阿濟格所部的左路軍包圍殲滅，趙率教中箭陣亡。遵化陷落，巡撫王元雅自殺。清軍越三河，略順義，至通州，渡河，進軍牧馬廠，兵勢如風，攻向北京。大同總兵滿桂、宣府總兵侯世祿中途堵截，都被擊潰。滿、侯兩部兵馬退保北京。
袁崇煥得到趙率教陣亡、遵化陷落的消息，既傷心愛將之死，又知局面嚴重，於是兩日兩夜急行軍三百餘里，比清軍早到了二天，駐軍於北京廣渠門外。
袁崇煥一到，崇禎立即召見，大加慰勞，要他奏明對付清兵的方略，賜御饌和貂裘。
同時召見的還有滿桂。他解去衣服，將全身纍纍傷疤給皇帝看，崇禎大為讚歎。袁崇煥以士馬疲勞，要求入城休息。但崇禎心中頗有疑忌，不許他部隊入城。袁崇煥要求屯兵外城，崇禎也不准，一定要他們在城外野戰。清兵東攻，一路上勢如破竹，在高密店偵知袁軍已到，都是大驚失色，萬萬想不到袁崇煥會來得這樣快。二十日，兩軍在廣渠門外大戰。
袁崇煥這時候不能再輕袍緩帶、談笑用兵了，他穿了甲冑，親自上陣督戰。從上午八時打到下午四時，惡鬥八小時，勝負不決。滿桂率兵五千守德勝門。當時北京軍民在城頭觀戰，但見清兵衝突而西，從城上望下來，如黑雲萬朵，挾迅風而馳，須臾已過。一場激戰，滿桂受傷，血染征袍，五千兵只剩下了三千人。清兵威猛如此，北京人自然看得心驚膽裂。北京城頭守軍放大炮支援滿桂，但炮術奇差，炮彈打入滿桂軍中，殺傷了不少士卒。主戰場是在廣渠門。袁崇煥和清兵打到傍晚（幸好城頭守軍沒有放炮支援袁軍），清兵終於不支敗退，退了十餘里。袁軍直追殺到運河邊上。這場血戰，清軍勁旅阿巴泰、阿濟格、思格爾三部都被擊潰。袁崇煥也中箭受傷。這一役之後，清兵眾貝勒開會檢討。皇太極的七哥阿巴泰按軍律要削爵。皇太極說：「阿巴泰在戰陣和他兩個兒子相失，為了救兒子，才沒有按照預定的計劃作戰，然而並不是膽怯。我怎麼可以定我親哥哥的罪？」便寬宥了他。可見這一仗清軍敗得很狼狽。皇太極與諸貝勒都說：「十五年來，從未遇到過袁崇煥這樣的勁敵。」於是不敢再逼近北京，駐兵在海子、采囿之間。袁崇煥來援北京時，因十萬火急，只帶了馬軍五千作先頭部隊，其後又到了騎兵四千，廣渠們這場大戰，是以九千兵當十餘萬大軍，其實是勝得十分僥倖的。當時一來袁軍一鼓作氣，奮勇抗敵，二來清軍突然遇到袁軍，心中先已怯了，鬥志不堅。袁崇煥知道這一仗僥倖獲勝，在軍事上並不可取，尤其在京城外打仗，更不能貪圖僥倖。他對部屬說：「按照兵法，僥倖得勝，比打敗仗還要不好。」因為碰運氣而打勝，也可因運氣不好而敗，一敗就不可收拾。但如謀定而後戰，事先籌劃好第二個步驟，即使敗了一仗，也無大患。可是崇禎見清兵沒有遠退，不斷的催促袁崇煥出戰。袁崇煥說，估計關寧步兵全軍於十二月初三、初四可到。一等大軍到達，就可和清兵決戰。這時清軍中的大將見到袁崇煥兵少，主張立刻攻城。皇太極終是忌憚袁崇煥，不肯攻城，推托說是怕損失良將。其實即使在袁崇煥步軍大隊開到之後，還是不應和清兵決戰。明軍的戰鬥力遠不如清兵，雙方人數如約略相等，明軍勝少敗多。在京城外決戰，在明方是太過冒險，萬一（其實不是萬一，而是極有可能）袁軍潰敗，甚至全軍覆沒，北京立刻失陷，崇禎就得提前十五年上吊了。決不能拿京師和皇帝來孤注一擲，作為賭注。但多過得一天，明軍從四面八方趕來的勤王之師便多到一批。任何平庸的將才也看得到：應當大軍在城外堅守不戰，派遊軍去截斷清兵的糧道，焚燒清兵糧草，再派兵去佔領長城各處要隘，使清兵完全沒有退路，然後與清兵持久對抗。簡單說來，就是「堅壁清野」。在任何地方打仗，都須設法立於不敗之地。在京城抗敵，更是絕對要立於不敗之地。除非先將皇帝與統帥部先行撤出京城。時間一久，清軍身在險地，軍心必然動搖，困在北京郊外，進是進不得，退又退不了，變成了甕中之鱉。這時袁崇煥兵權統一，只待援軍雲集，就可對清軍四面重重圍困。兩軍交戰，勝敗之分全在乎一股氣勢。明軍戰鬥力雖然不行，但眼見必勝，兵將都想立功，自然不會一觸即潰。三個月、四個月的打下來，清兵非覆沒不可。
在這其間，明軍應當再派兵進攻遼陽、瀋陽。清兵傾巢而出，本部全然空虛。明軍要攻佔遼沈決非難事。取得遼沈後，將一些清軍的家屬送去清軍營中，清兵哪裡還有鬥志？
事實上當然不能這樣順利。皇太極和眾貝勒善於用兵，立刻就會全軍急退，衝出長城，如果退得早，退得快，明軍尚未合圍，相信袁崇煥攔他們不祝但西路沿途追擊，東路另出大軍去攻遼沈而作牽制，清兵大軍雖能退回本部，卻非輸得一敗塗地不可。皇太極這次偷襲實在十分冒險。孫子兵法的重要原則是：設法引敵人進入於我有利的陣地；讓敵人辛辛苦苦的遠道來攻，我以逸待勞；敵人初來時兵勢鋒銳，應當持重不戰，待得敵人困頓怠懈而想退兵之時，便乘機進擊。這些求之不得的良機，突然之間都出現了。袁崇煥熟讀孫子兵法，以他的大才，當然能善於利用，就算不能一舉而滅了滿清，至少也可以令清兵十餘年不敢再來進犯。
二次世界大戰時德軍猛攻斯大林格勒。蘇軍一面扼守堅城，一面另遣大軍抄德軍後路，終於聚殲德軍三十三萬人。經此役後，德軍就此一蹶不振。蘇軍元帥朱可夫的戰略，基本原則也不過是「守堅城，抄後路，聚殲之」九字而已。然而崇禎是個十分急躁、毫無韌力的青年，那時還沒滿十九歲，一見袁崇煥按兵不動，登時便不耐煩起來，不住的催他出戰。袁崇煥一再說，要等步兵全軍到達才可進攻，現在只有九千騎兵，和敵兵十餘萬決戰，難求必勝。料想崇禎就懷疑起來了：「你不肯出戰，到底是甚麼居心？想篡位麼？想脅迫我答應議和麼？你從前不斷和皇太極書信往來，到底有甚麼密謀？你為甚麼一早就料到金兵要從西路來攻北京？」他的性格本來就十分多疑，敵軍兵臨城下，又驚又怕之際，想像力定然十分豐富。這時又有尤世威一路援兵到達，另有侯世祿部一軍，兩路部隊人數不多，戰鬥力也不強，如派去和清兵交鋒，一戰即潰，反而擾亂全軍軍心，影響京師城防。
袁崇煥派尤世威部去守昌平，那是明成祖以來歷代皇帝的陵寢所在，如果給清兵攻佔，掘了皇帝祖宗的墳墓，此事非同小可。他派侯世祿部去守三河，以作薊州的後應，目的是牽制清軍，乘機可截斷清兵歸路。北京的衛戍部隊本來有所謂「京營」，在明太祖時是全國諸軍之冠，精銳之極，可是這時久未訓練，早已無用，所以袁崇煥派滿桂和自己所帶的九千騎兵守北京。崇禎見他並不將所有援兵都調來守北京，更加憂慮重重。總之，他見清兵來攻，已嚇得魂飛魄散，只盼望所有援軍的一兵一卒，都在北京城外保衛他皇上萬歲一個人。他完全不明白打仗的道理。一支部隊如果派出去攻擊敵軍後路，所發生的作用，往往比守在北京城外要大得多。
清兵於十一月二十七日退到南海子，潰敗之後，心中不忿，便在北京郊外大舉燒殺出氣。北京城裡居民的心理是和皇帝一樣的，顧到的只是自己身家性命，大家聽信了謠言，說袁崇煥不肯出戰，別有用心。許多人說清兵是他引來的，目的在「脅和」，使皇帝不得不接受他一向所主張的和議。於是有人在城頭向城下的袁部騎兵拋擲石頭，罵他們是「漢奸兵」。石頭砸死了幾名兵士。
這種盲目的群眾心理，實在是很可怕的，近代的群眾心理學書籍中常有提到。第一次寧遠大戰，清兵猛攻，眼見城破在即，百姓就大罵袁崇煥害人，清兵退後，便即大哭拜謝。據動物學家的調查報告，合群的動物（如老鼠）在遇到危難時，往往會撕殺同類，或許是出於同一心理。就在這時候，清兵捉到了兩名明官派在城外負責養馬的太監，一個叫楊春，一個叫王成德。皇太極心生一計，派了副將高鴻中、參將鮑承先、寧完我、巴克甚、達海等人監守。俘虜了兩名小小太監，何必要派五名將領來監守？其中當然有計。高、鮑、寧三人是投降滿清的漢人。到得晚上，鮑承先與寧完我二人依照皇太極所授的密計，大聲「耳語」，互相說道：「這次撤兵，並不是我們打了敗仗，那是皇上的妙計。你不見到麼？皇上單獨騎了馬逼近敵人，敵人軍中有兩名軍官過來，參見皇上，商量了好久，那兩名軍官就回去了。皇上和袁督師已有密約，大事不久就可成功。」
這兩名太監睡在旁邊，將兩人的話都聽得清清楚楚。十一月三十日，皇太極命守者假意疏忽，讓楊春逃回北京。楊春將聽到的話一五一十的稟報了崇禎。
第二天，十二月初一，崇禎召袁崇煥和祖太壽進宮，問不了幾句，就喝令將袁崇煥逮捕，囚入御牢。祖大壽眼見之下，嚇得手足無措，出北京城後等了三天，見袁崇煥始終沒有獲釋。崇禎派太監向城外袁部宣讀聖旨，說袁崇煥謀叛，只罪一人，與眾將士無涉。眾兵將在城下大哭。祖大壽與何可綱驚怒交集，立即帶了部隊回錦州去了。正在兼程南下赴援的袁部主力部隊，在途中得悉主帥無罪被捕，北京城中皇帝和百姓都說他們是「漢奸兵」，當然也就掉頭而回。中國歷史上甚麼千奇百怪的事都有，但敵軍兵臨城下而將城防總司令下獄，卻是第一次發生。
崇禎見祖大壽帶領精兵走了，不理北京的防務，這一下可急起來了，忙派了內閣全體大學士與九卿到獄中，要袁崇煥寫信招祖大壽回來。袁崇煥心中不服，不肯寫，說道：「皇上如有詔書，要我寫信，我當然奉旨。再說，我本來是督師，祖大壽聽我命令。現今我是監獄裡的犯人，就算寫了信，祖大壽也不會重視。」但崇禎不肯低頭，不肯正式下旨命他寫信，只是不斷派太監出來催促。後來兵部職方司郎中余大成勸袁崇煥說：「你的忠心和大功，天下皆知。君要臣死，不得不死，終須以國家為重。」袁崇煥想到了「以國家為重」五字，於是克制了自己的倔強脾氣，寫了一封極誠懇的信，要祖大壽回兵防守北京。
這時候祖大壽已衝出山海關北去，崇禎派人飛騎追去送信。追到軍前，祖大壽軍中喝令放箭，這時袁部將士怒不可遏，已把崇禎當敵人了。送信的人大叫：「我奉袁督師之命，送信來給祖總兵，不是朝廷的追兵。」祖大壽騎在馬上，等他過來。使者遞過信去。祖大壽讀了信後，下馬捧信大哭，一軍都大哭。祖大壽對母親很孝順，他母親又很勇敢，兒子行軍打仗，八十多歲的老太太常常跟著部隊。這時她勸兒子說：「本來以為督師已經死了，咱們才反出關來，謝天謝地，原來督師並沒有死。你打幾個勝仗，再去求皇上赦免督軍，皇上就會答允。現今這樣反了出去，只有加重督師的罪名。」祖大壽覺得母親的話很對，當即回師入關，和清兵接戰，收復了永平、遵化一帶。也即是切斷了清兵的兩條重要退路。如果這時崇禎立刻悔悟，放袁崇煥出來重行帶兵，仍然大有擊破清兵的機會。但崇禎只是一味急躁求戰，下旨分設文武兩經略。這又是事權不統一的大錯誤，大概他以為文武分權，總不能兩個經略一起造反。文經略是兵部尚書梁廷棟，武經略是滿桂。清兵於十二月初一攻克良鄉，得到袁崇煥下獄的消息，皇太極大喜，立即自良鄉回軍，至蘆溝橋，擊破明副總兵申甫的車營，迫近北京永定門。
申甫的所謂「車營」，是崇禎在惶急中所做的許多可笑事情之一。申甫本來是個和尚，異想天開的「發明」了許多新式武器，包括獨輪火車、獸車、木製西式槍炮等等，自吹效力宏大。崇禎信以為真，立即升他為副總兵，發錢給他在北京城裡招募了數千名市井流氓，成立新式武器的戰車部隊。大學士成基命去檢閱新軍，認為決不可用，崇禎不聽。皇太極回師攻來時，這個戰車部隊出城交鋒，一觸即潰，木製大炮自行爆炸，和尚發明家陣亡。
滿桂身經百戰，深知應當持重，不可冒險求戰，但皇帝催得急迫之至，若不出戰，勢必與袁崇煥一樣，無可奈何之下，只得與總兵孫祖壽、麻登雲、黑雲龍等集騎兵、步兵四萬列陣。皇太極令部屬冒穿明兵服裝，拿了明軍旗幟，黎明時分突然攻近。明軍不分友敵，登時大亂，滿桂、孫祖壽都戰死，黑雲龍、麻登雲被擒。京師大震。
這時祖大壽、何可綱等得到袁崇煥獄中手書，又還兵來救。皇太極對袁部終是忌憚，感到後路所受到的威脅嚴重，於是並不進攻北京，寫了兩封議和的信，放在安定門和德勝門城門口，取道冷口而還遼東。
當清兵圍城時，崇禎的張皇失措，不單表現在將袁崇煥下獄一事上，此外倒霉的大臣還有不少。他認為兵部尚書王洽處置不善，下獄。王洽相貌堂堂，魁梧威猛，當時是很出名的。崇禎用他做兵部尚書，就是看中了他的相貌，說他像個「門神」。當時北京人私下說，門神一年一換，這個王門神的兵部尚書一定做不長久。果然不到過年，門神就除下來了。圍城時一切混亂，監獄中的囚犯乘機大舉越獄，於是刑部尚書和侍郎下獄。崇禎又「發覺」北京的城牆不大堅固，似乎擋不住清兵猛攻，其實，那時城牆就算堅固之極，他也會覺得還不夠堅固，於是將工部尚書和工部幾名郎中一起在朝廷上各打八十棍再下獄。三個郎中兩個年老、一個體弱，都在殿上當場活活打死了。至於那個薊遼總督劉策，他負責的長城防線被清兵攻破，崇禎將他處死，更是不在話下。當時各地來北京勤王的部隊著實不少，本來由袁崇煥統一指揮，大可發揮威力。袁崇煥一下獄，各路兵馬軍心大亂，再加上欠餉和指揮混亂，山西和陝西的兩路援軍都潰散回鄉，成為「流寇」的骨幹。「流寇」本來都是饑民，只會搶糧，不會打仗，這些潰兵一加入，有了軍事上的領導，情形完全不同了。「流寇」真正成為明朝的威脅，就從那時開始。
１《明清史料》甲編，崇禎二年五月，袁崇煥奏：「今各邊兵餉，歷過未給二百餘萬。凡請餉之疏，俱未蒙溫諭，而索餉兵嘩，則重處任事之臣。一番共嘩，一番發給，一番逮治。嘩則餉，不嘩則不得餉。去年之寧遠，今年之遵化，謂嘩不由餉乎？近各鎮多以嘩矣。嘩不勝嘩，誅不勝誅，外防虜訌，內防兵潰。如秦之大盜，嘩兵為倡，可鑒也。」
２黃宗羲《明夷待訪錄·建都》：「北都之亡忽焉，其故何也？曰：亡之道不一，而建都失算，所以不可救也……有明都燕不過二百年，而英宗狩於土木，武宗困於陽和，景泰初京城受圍，嘉靖二十八年受圍，四十三年邊人闌入。崇禎間京城歲歲戒嚴，上下精神斃於寇至，日以失天下為事，而禮樂政教猶足觀乎？」C.P.Fitzgerald: China, A ShortCultural History（中國文化簡史）：「首都的地位，是明朝主要的弱點之一，是它覆亡的主要原因。」該書對明朝建都北京的不利有詳細分析，見P463-464頁。
３Arnold Toynbee: A Study of History（歷史研究）的引論中說：「一個比較文明的社會與一個比較落後的社會之間的疆界，如果不再推移，疆界不會就此平衡穩定，時間過去，發展會傾向於對比較落後的社會有利。」
４Bertr and Russell: The Problem of China（中國問題）：「中華帝國所以能夠一直持續到今日，並非由於任何軍事技術；相反的，以它的疆域和資源來說，在大多數時間中，它在戰爭中的表現都是衰弱無能的。」５皇太極在回軍的諭示中說，此行是「渡陳倉、陰平之道，（定）破釜沉舟之計。」
６《崇禎長編》，十一月十五日兵部有疏云：「畿東州縣，風鶴相驚，人無固志。
自督師提兵入援，分派駐防，遂屹然無恙。」得旨：「諭兵部：袁崇煥入關赴援，駐師豐潤，與薊軍東西猗角，朕甚嘉慰。即傳諭崇煥，多方籌劃，計出萬全，速建奇功，以膺懋賞。」又諭：「各路援兵，全聽督師袁崇煥調度。」崇禎這道上諭中，「計出萬全」與「速建奇功」兩件事根本是大大矛盾的。
７朝鮮對明清戰事密切注意，所以朝鮮方面的記載也很有參考價值。據朝鮮《仁祖實錄》卷二十二：「（袁）軍門領諸將及一萬四千兵……由間路馳進北京，與賊對陣於皇城齊化門。賊直到沙窩門。袁軍門、祖總兵等，自午至酉，魔戰十數合，至於中箭，幸而得捷，賊退兵三十里。賊之得不攻陷京城者，蓋因兩將力戰之功也。」
８《清史稿·阿巴泰傳》。
９《孫子》：「故善戰者，致人而不致於人。」「以近待遠，以佚待勞。」「故善用兵者，避其銳氣，擊其惰歸。」
《崇禎長編》二年十一月十七日，兵科給事中陶崇道疏言：「昨工部尚書張風翔親至城頭，與臣同閱火器，見城樓所積者，有其具而不知其名，有其名而不知其用，詢之將領，皆各茫然，問之士卒，百無一識。有其器而不能用，與無器同；無其器以乘城，與無城同。臣等能不為之心寒乎？」明軍守城，主要是靠火器，守城將士連火器都不會使用，由放大炮反而殺傷滿桂部隊可知。如果沒有袁崇煥來援，北京非給清兵攻陷不可。據王氏《東華錄》天聰三年所載。又據《崇禎長編》二年十二月甲子：「大清兵駐南海子，提督大壩馬房太監楊春、王成德為大清兵所獲，口稱：『我是萬歲爺養馬的官兒。』大清兵將楊春等帶至德勝門鮑姓等人看守。」崇禎二年十二月甲戌，祖大壽疏言：「比因袁崇煥被拿，宣讀聖諭，三軍放聲大哭，臣用好言慰止，且令奮勇圖功以贖督師之罪，此捧旨內臣及城上人所共聞共見者，奈訛言日熾，兵心已傷。
初三日，夜哨見海子外營火，發兵夜擊，本欲拚命一戰，期建奇功，以釋內外之疑，不料兵忽東奔……」祖大壽此疏當然有卸免自己責任的用意，但當時士卒憤慨萬分，自動東奔的情形也必存在。袁崇煥獄中寫信、祖大壽接信後回師等情狀見余大成《剖肝錄》。永平即今盧龍縣，當時為府治。
袁崇煥蒙冤下獄，朝中群臣大都知他冤枉。內閣大學士周延儒和成基命、吏部尚書王來光都上疏解救。總兵祖大壽上書，願削職為民，為皇帝死戰盡力，以官階贈蔭請贖袁崇煥之「罪」。袁崇煥的部屬何之壁率同全家四十餘口，到宮外申請，願意全家入獄，代替袁崇煥出來。崇禎一概不准。崇禎一定很清楚的知道，單憑楊太監從清軍那裡聽來的幾句話，就此判定袁崇煥有罪，那是不能令人信服的，何況這「群英會蔣干中計」的故事，人人皆知。皇帝而成了大白臉曹操，太也可羞。這時發生了一件奇怪的事：御史曹永祚忽然捉到了奸細劉文瑞等七人，自稱奉袁崇煥之命通敵，送信去給清軍。這七名奸細交給錦衣衛押管。崇禎命諸大臣會審，不料到第二天辰刻，諸大臣會齊審訊，錦衣衛報稱：七名奸細都逃走了。眾大臣相顧愕然，心中自然雪亮，皇上決心要殺袁崇煥。錦衣衛是皇帝的御用警察，放走這七名「奸細」，自然是出於皇帝的密旨。猜想起來，那御史曹永祚本來想附和皇帝，安排了七名假奸細來誣陷袁崇煥，但不知如何，部署無法周密，預料眾大臣會審一定會露出馬腳。崇禎就吩咐錦衣衛將七名奸細放了，更可能是悄悄殺了滅口。對於這件事，負責監察查核軍務的兵科給事中錢家修向皇帝指出了嚴重責問。崇禎難以辯駁，只得敷衍他說，待將袁崇煥審問明白後，便即派去邊疆辦事立功，還準備升他的官。崇禎這個答覆，其實已等於承認袁崇煥無罪。兵部職方司主管軍令、軍政，對軍務內情知道得最清楚。職方司郎中（司長）余大成極力為袁崇煥辯白，與兵部尚書梁廷棟幾乎日日為此事爭執。當時朝廷加在袁崇煥頭上的罪名有兩條，一是「叛逆」，二是「擅主和議」。所謂叛逆，惟一的證據是擅殺毛文龍，去敵所忌。袁崇煥擅殺毛文龍，手續上固有錯誤，可是毛死之後，崇禎明令公佈毛文龍的罪狀，又公開嘉獎袁崇煥殺得對，就算當真殺錯，責任也是在皇帝了，已不能作為袁崇煥的罪名。
嘉靖年間，曾有過一個類似的有名例子：在徐階的主持下，終於扳倒了大奸臣嚴嵩、嚴世蕃父子。嚴世蕃十分工於心計，在獄中設法放出空氣，說別的事情我都不怕，但如說我害死沈煉、楊繼盛，我父子就難逃一死。三法司聽到了，果然中計，便以此定為他的主要罪名。徐階看了審案的定稿之後，說道：「這道奏章一上去，嚴公子就無罪釋放了。」
三法司忙問原因。徐階解釋理由：殺沈楊二人，是嘉靖皇帝下的特旨，你們說沈楊二人殺錯了，那就是指責皇上的不是。皇上怎肯認錯？結果當然釋放嚴世蕃，以證明皇帝永遠正確。三法司這才恍然大悟，於是胡亂加了一個「私通倭寇」的罪名，就此殺了嚴世蕃。但崇禎對於這樣性質相同的簡單推論，竟是完全不顧。至於「擅主和議」，也不過是進行和平試探而已，並非「擅締和約」。袁崇煥提出締和建議而給朝廷否決，崇禎如果認為他「擅主和議」是過失，當時就應加以懲處，但反而加他太子太保的官銜，自二品官升為從一品，又賜給他蟒袍、玉帶和銀幣。又升又賞，「擅主和議」這件事當然就不算罪行了。這時關外的將吏士民不斷到總督孫承宗的衙門去號哭，為袁崇煥呼冤，願以身代。孫承宗深信袁崇煥是無罪的，極力安撫祖大壽，勸他立功，同時上書崇禎，盼望以祖大壽之功來贖袁崇煥之「過」。崇禎不予理睬。
有一個沒有任何功名職位的布衣程本直，在這時候顯示了罕有的俠義精神。這樣的事，縱然在輕生重義的戰國時代，也足以轟傳天下。程本直與袁崇煥素無淵源，曾三次求見都見不著，到後來終於見到了，他對袁欽佩已極，便投在袁部下辦事，拜袁為老師。袁被捕後，程本直上書皇帝，列舉種種事實，為袁崇煥辯白，請求釋放，讓他帶兵衛國。這道白冤疏寫得怨氣沖天，最後申請為袁崇煥而死。崇禎大怒，將他下獄，後來終於將他殺了，完成他的志願。
大學士韓□是袁崇煥考中進士的主考官，是袁名義上的老師，因此而被迫辭職。御史羅萬爵申辯袁崇煥並非叛逆，因而削職下獄。御史毛羽健曾和袁崇煥詳細討論過五年平遼的可能性，因此而罷官充軍。
當時朝臣之中，大約七成同情袁崇煥，其餘三成則附和皇帝的意思，其中主張殺袁崇煥最力的是首輔溫體仁和兵部尚書梁廷棟。溫體仁是浙江烏程（吳興）人，在《明史》中列於《奸臣傳》。他和毛文龍是大同鄉，一心要為毛報仇。梁廷棟和袁崇煥是同年，同是萬曆四十七年的進士，又曾在遼東共事。當時袁崇煥是他上司，得罪過他。他心中記恨，既想報仇，又要討好皇帝。崇禎身邊掌權的太監，大都在北京城郊有莊園店舖私產，清兵攻到，焚燒劫掠，眾太監損失很大，大家都說袁崇煥引敵兵進來。
毛文龍在皮島當東江鎮總兵之時，每年餉金數十萬，其中一大部分根本不運出北京，便在京城中分給了皇帝身邊的用事太監。毛文龍一死，眾太監這些大收入都斷絕了。此外還有幾名御史高捷、袁弘勳、史等人，也主張殺袁崇煥，他們卻另有私心。當袁崇煥下獄之時，首輔是錢龍錫，他雖曾批評袁崇煥相貌不佳，但一向對袁很支持。高捷等人在天啟朝附和魏忠賢。懲辦魏忠賢一夥奸黨的案子叫做「逆案」，高捷、史等案中有名，只不過罪名不重，還是有官做。錢龍錫是辦理「逆案」的主要人物之一。高捷一夥想把袁崇煥這案子搞成一個「新逆案」，把錢龍錫攀進在內。因為袁崇煥曾與錢龍錫商量過殺毛文龍的事，錢並不反對，只勸他慎重處理。「新逆案」一成，把許多大官誣攀在內，老逆案的臭氣就可沖淡了。結果新逆案沒有搞成，但錢龍錫也丟官下獄，定了死罪，後來減為充軍。
滿桂部隊最初敗退到北京時，軍紀不佳，在城外擾民，北京百姓不分青紅皂白，把罪名都加在袁崇煥頭上。個人的私怨、妒忌、黨派衝突、謠言，交織成了一張誣陷的羅網，而最令人感到痛心的，是袁崇煥親信謝尚政的叛賣。謝尚政是東莞人，武舉，袁崇煥第一次到山海關、第一次上奏章就保薦他，說是自己平生所結的「死士」，可見是袁崇煥年輕時就結交的好朋友。他在袁的提拔下升到參將。袁殺毛文龍，就是這個謝參將帶兵把毛部士卒隔在圍外。兵部尚書梁廷棟總覺得要殺袁沒有甚麼充分理由，便授意謝尚政誣告，答允他構成袁的罪名之後可以升他為福建總兵。謝尚政利慾熏心，居然就出頭誣告這個平生待他恩義最深的主帥。以袁崇煥知人之明，畢竟還是看錯了謝尚政。要瞭解一個人，那是多麼的困難！袁崇煥對崇禎的糊塗與奸臣的誣陷，或許並不痛恨，因為崇禎與眾奸臣本來就是那樣的人，但對於謝尚政的忘恩負義，一定是耿耿於懷吧？或許，他也曾想到了，就算是岳飛，也被部下大將王貴所誣告，因而構成了風波亭之獄。只是王貴誣告，是由於秦檜、張俊的威迫，謝尚政卻是受了利誘，比較起來，謝尚政又卑鄙些。可是謝尚政枉作小人，他的總兵夢並沒有做成，不久梁廷棟以貪污罪垮台，查到謝尚政是賄賂者之一，謝也因此革職。袁崇煥的罪名終於確定了，是糊里糊塗的所謂「謀叛」。崇禎始終沒有叫楊太監出來作證。擅殺毛文龍和擅主和議兩件事理由太不充分，崇禎無論如何難以自圓其說，終於也不提了。本來定的處刑是「夷三族」，要將袁崇煥全家、母親的全家、妻子的全家都滿門抄斬。余大成去威嚇主理這個案子的兵部尚書梁廷棟：「袁崇煥並非真的有罪，只不過清兵圍城，皇上震怒。我在兵部做郎中，已換了六位尚書，親眼見到沒一個尚書有好下常你做兵部尚書，怎能保得定今後清兵不再來犯？今日誅滅袁崇煥三族，造成了先例，清兵若是再來，梁尚書，你顧一下自己的三族罷。」
梁廷棟給這番話嚇怕了，於是和溫體仁商議設法減輕處刑，改為袁崇煥凌遲，七十幾歲的母親、弟弟、妻子，幾歲的小女兒充軍三千里。母家、妻家的人就不牽累了。「凌遲」規定要割一千刀，要到第一千刀上才能將人殺死，否則劊子手有罪，那就是所謂「千刀萬剮」。所以罵人「殺千刀」是最惡毒的咒罵。袁崇煥被綁上刑場，劊子手還沒有動手，北京的眾百姓就撲上去搶著咬他的肉，直咬到了內臟。劊子手依照規定，一刀刀的將他身上肌肉割下來。眾百姓圍在旁邊，紛紛叫罵，出錢買他的肉，一錢銀子只能買到一片，買到後咬一口，罵一聲：「漢奸！」因為北京城的百姓認定，去年清兵圍城是他故意引來的。很難說這樣的謠言從何而來，是痛恨袁崇煥的大臣與太監們散播出去的？還是一般群眾天生的喜歡聽信謠言？又或許，受到了重大驚恐和損失的北京百姓需要一個發洩的對象？
從長遠來說，人民的眼睛確是雪亮的，然而當他們受到欺蒙之時，盲目而衝動的群眾，可以和暴君一樣的糊塗，一樣的殘酷。但隔得遠了一些，自己的生命財產並不受到直接的影響時，人們就可以冷靜地思考了，所以除了北京城裡一批受了欺騙的百姓，天下都知道袁崇煥是冤枉的，連朝鮮的君臣百姓也知道他的冤枉，為他的被害感到不平。袁崇煥死後，骸骨棄在地下，無人敢去收葬。他有一個姓余的僕人，順德馬江人，半夜裡去偷了骸骨，收葬在廣渠門內的廣東義園。隔一道城牆，廣渠門外的一片廣場之上、城壕之中，便是八個半月之前袁崇煥率領將士大呼酣戰的地方。他拚了性命擊退來犯的十倍敵軍，保衛了皇帝和北京城中百姓的性命。皇帝和北京城的百姓則將他割成了碎塊。那姓余的義僕終身守墓不去，死後就葬在袁墓之旁。非常奇怪的是，余君的子孫世世代代都在袁崇煥墓旁看守。直到民國五年，看守袁墓的仍是余君的子孫，他們說是為了遵守祖宗的遺訓。程本直、余僕的行為表現了人性中高貴的一面。謝尚政的行為表現了人性中卑劣的一面。袁崇煥的死法，卻又顯示了群眾在受到宣傳的愚弄、失卻了理性之後，會變得如何狂暴可怖。袁崇煥是一團火一樣的人，在他周圍，燃燒的是高貴的火焰、邪惡的火焰、狂暴的火焰。這些火焰就像他本人靈魂中的火焰那樣，都是猛烈地閃亮的。
袁崇煥死後，舊部祖大壽、何可綱率軍駐守錦州、寧遠、大凌河要塞，清軍始終不能越雷池一步。崇禎四年八月，皇太極以傾國之師，在大凌河將祖大壽緊緊包圍，十月間祖大壽不支投降。副將何可綱不降，被殺。祖大壽騙皇太極說可為滿清去取錦州，但一到錦州，立即就守城，此後皇太極派大將幾次進攻都打不下來。皇太極兩次御駕親征，攻錦州、攻寧遠，都無功而退。直到崇禎十四年三月，清兵大軍再圍錦州，整整圍攻一年，到第二年三月，先擊潰了洪承疇十四萬大軍，祖大壽糧盡援絕，又再投降。祖大壽到順治十三年才死，始終不曾為滿清打過一仗，大概是學了《三國演義》中「身在曹營心在漢」的宗旨，滿清也沒有封他甚麼官。比之滿桂、趙率教、何可綱、孫祖壽等人，祖大壽有所不如，但比之其餘的降清大將卻又遠勝了。
吳三桂是祖大壽的外甥。吳的父親吳襄曾做寧遠總兵，和祖大壽是關遼軍中同袍，都是袁崇煥的部屬。當明清之際，漢人的統兵大將十之七八是關遼一系的部隊。吳三桂、孔有德、耿仲明、尚可喜、左良玉、曹文詔、曹變蛟、黃得功、劉澤清等都是。這些人有的投降滿清，有的為明朝戰死，都是極有將才之人，麾下都是悍卒健士。袁崇煥若是不死而統率這一批精兵猛將，軍事局面當然完全不同了。吳三桂如是袁崇煥的部將，最多不過是「抱頭痛哭為紅顏」而已，根本沒有機會讓他「衝冠一怒」，為了陳圓圓而引清兵入關。
袁崇煥無罪被殺，對於明朝整個軍隊士氣打擊非常沉重。從那時開始，明朝才有整個部隊向滿清投降的事。更有人帶了西洋大炮過去，滿清開始自行鑄炮。遼東將士都說：「袁督師這樣忠勇，還不能免，我們在這裡又幹甚麼？」降清的將士寫信給明將，總是指責明朝昏君奸臣陷害忠良。袁崇煥不是高瞻百世的哲人，不是精明能幹的政治家，甚至以嚴格的軍事觀點來看，他也不是韓信、岳飛、徐達那樣善於用兵的大軍事家。他行事操切，性格中有重大缺點，然而他憑著永不衰竭的熱誠，一往無前的豪情，激勵了所有的將士，將他的英雄氣概帶到了每一個部屬身上。他是一團熊熊烈火，把部屬身上的血都燒熱了，將一群萎靡不振的殘兵敗將，燒煉成了一支死戰不屈的精銳之師。他的知己程本直稱他是「癡心人」，是「潑膽漢」，全國惟一肯擔當責任的好漢。袁崇煥卻自稱是大明國裡的一個亡命徒。亡命徒是沒有家庭幸福的，日日夜夜不得平安。官居一品，過的卻是亡命徒生涯，只因這十年之中，他生命之火在不斷的猛烈燃燒。司馬遷在《留侯世家》中說，本來以為張良的相貌一定魁梧奇偉，但見到他的圖形，容貌卻如美女一般。我們看到袁崇煥的遺像時，恐怕也會有這樣的感覺。圖像中的袁崇煥雖不怎樣俊美，但洵洵儒雅，很難想像這樣的一個人竟會如此剛強俠烈。
１錢家修《白冤疏》：「嗟嗟！錦衣何地？奸細何人？竟袖手而七人竟走耶？抑七人俱有翼而能上飛耶？總欲殺一崇煥，故不惜互為陷阱。」其中又說：「方天啟年間，諸陽失衛，山海孤寒。當此時誰能生死忘心，身家不顧？獨崇煥以八閩小吏，報效而東，履歷風霜，備嘗險阻，上無父母，下乏妻孥，夜靜胡笳，徵人淚落。煥獨何心，亦堪此哉？毋亦君父之難，有不得不然者耳。」崇禎批答：「批覽卿奏，具見忠愛。袁崇煥鞫問明白，即著前去邊塞立功，另議擢用。」
２袁崇煥下獄後，毛文龍的朋友乘機要求為毛翻案，請求賜撫恤。崇禎不准，說毛之死是「罪有應得」，不准以袁崇煥為借口而翻案。見程本直：《漩聲》。
３程本直《白冤疏》中說：「總之，崇煥恃恩太過，任事太煩，而抱心太熱，平日任勞任怨，既所不辭，今日來謗來疑，宜其自齲獨念崇煥就執，將士驚惶，徹夜號啼，莫知所處，而城頭炮石，亂打多兵，罵詈之言，駭人聽聞，遂以萬餘精銳，一潰而散。」最後說：「臣於崇煥，門生也。生平意氣豪傑相許。崇煥冤死，義不獨生。伏乞皇上駢收臣於獄，俾與崇煥駢斬於市。崇煥為封疆社稷臣，不失忠。臣為義氣綱常士，不失義。臣與崇煥雖蒙冤地下，含笑有餘榮矣。」
４朝廷抄袁崇煥的家，家裡窮得很，沒有絲毫多餘的財產。他在遼西的家屬充軍到浙江，後來改充軍到貴州，在廣東東莞的充軍到福建。《明史》說袁崇煥沒有子孫。近人葉恭綽則說：「袁後裔不知以何緣入黑龍江漢軍旗籍。」當時滿清擄掠大量漢人至遼東為奴，我猜想袁崇煥的子孫多半是給滿清擄掠了去，到黑龍江苦寒之地作農奴，因而編入漢軍旗籍。袁崇煥的冤獄，到清朝乾隆年間方才得以真相大白。《明史》完成於乾隆四年七月，其中《袁崇煥傳》中，根據清方的檔案紀錄，直言皇太極如何用反間計的經過。乾隆皇帝隔了幾十年，才讀到《明史》中關於袁崇煥的記載，對袁的遭遇很是同情，下旨查察袁崇煥有無子孫，結果查到只有旁系的遠房子孫，乾隆便封了他們一些小官，那已是乾隆四十八年的事了。
５見《明季北略》。
６清人所修的《明史·袁崇煥傳》說：「遂磔崇煥於市……天下冤之。」朝鮮《仁祖實錄》八年二月丁丑載：朝鮮的使者樸蘭英到瀋陽，滿清的王公當著他面互相「耳語」，說袁經略果然和我們同心，只可惜事情敗露而被逮捕。這樣的國家機密，怎會當著外國使臣的面而互相耳語，故意讓他聽到？樸蘭英明白他們的用意，只不過想借他而傳言到明朝去，以便盡快殺了袁崇煥，所以他在給朝鮮國王的奏章中說：「此必行間之言也。」直到一百年之後，朝鮮的君臣們在討論明朝覆亡的原因時，還說主要原因是殺袁崇煥（見朝鮮《英宗實錄》六年十一月辛未，即雍正八年，公元一七三○年）。
７民國五年，東莞人張伯楨的兒子死了，他佩服袁崇煥，將兒子葬在袁墓的旁邊。
當時看守袁墓的仍是佘氏子孫，叫做余淇。張伯楨為袁崇煥的義僕也立了碑。
８楊士聰《五堂薈記》卷二：「袁既被執，遼東兵潰數多，皆言：『以督師之忠，尚不能自免，我輩在此何為？』……封疆之事，自此不可問矣。」《明史·袁崇煥傳》：「自崇煥死，邊事益無人，明亡征決矣。」
９《明清史料》丙編，遼將自稱「在此立功何用」，故「北去胡」而投降滿清，其中有人致書旅順明將：「南朝主昏臣奸，陷害忠良。」程本直《漩聲》：「掀翻兩直隸，踏遍一十三省，求其渾身擔荷、徹裡承當如袁公者，正恐不可再得也。此所以袁公值得程本直一死也。」程本直《漩聲》中引袁崇煥的話說：「子何人哉？十年以來，父母不得以為子，妻孥不得以為夫，手足不得以為兄弟，交遊不得以為朋友，予何人哉？直謂之曰：『大明國裡一亡命之徒也』可也。」
崇禎所以殺袁崇煥，並不只是中了皇太極的反間計那麼簡單。如果是出於一時誤信，可說他只是愚蠢。《三國演義》寫曹操誤中周瑜反間計，聽信蔣干的密報，立刻就殺了水軍都督蔡瑁、張允，等到兩人的首級獻到帳下，曹操登時就省悟了，自言自語：「我中計了！」那只是片刻之間的事。然而崇禎於十二月初一將袁崇煥下獄，到明年八月十六才處死，中間有八個半月時間深思熟慮。他曾幾次想放了袁崇煥，要他再去守遼，因此有「守遼非蠻子不可」的話，從宮中傳到外朝來。既然有這樣的話，當然已充分明白皇太極的反間計。他稱袁崇煥為「蠻子」，那是既討厭他的倔強，卻又不禁佩服他的幹勁和才能。然而為甚麼終於殺了他？顯然，崇禎不肯認錯，不肯承認當時誤中反間計的愚蠢。殺袁崇煥，並不是心中真的懷疑他叛逆，只不過要隱瞞自己的愚蠢。以永遠的卑鄙來掩飾一時的愚蠢！為甚麼隔了這麼久才殺他？因為清兵一直佔領著冀東永平等要地，威脅北京，直到六月間才全部退出長城，在此以前，崇禎不敢得罪關遼部隊。要等到京師的安全絕對沒有了問題才動手。在此以前，他不是不忍殺，而是不敢殺。崇禎在位十七年，換了五十個大學士（相當於宰相或副宰相），十四個兵部尚書（那是指正式的兵部尚書，像袁崇煥這樣加兵部尚書銜的不算）。他殺死或逼得自殺的督師或總督，除袁崇煥外還有十人，殺死巡撫十一人、逼死一人。十四個兵部尚書中，王洽下獄死，張鳳翼、梁廷棟服毒死，楊嗣昌自縊死，陳新甲斬首，傅宗龍、張國維革職下獄，王在晉、熊明遇革職查辦。可見處死大臣，在他原不當是一件大事。這些兵部尚書中，有些昏憒糊塗，有些卻也忠耿幹練，例如傅宗龍，只因為向崇禎奏稟天下民窮財盡的慘狀，崇禎就大為生氣，責備他道：「你是兵部尚書，只須管軍事好了，這些陳腔濫調，說它幹甚麼？」後來便將他關入獄中，關了兩年。崇禎傳下來的筆跡，我只見到一個用在敕書上的花押，以及「九思」兩個大字。「九思」出於《論語》。孔子說：君子有九種考慮：看的時候，考慮看明白了沒有；聽的時候，考慮聽清楚了沒有；考慮自己的表情溫和麼？態度莊重麼？說話誠懇老實麼？工作嚴肅認真麼？遇到疑難，考慮怎樣去向人家請教；要發怒了，考慮有沒有後患；在可以得到利益的時候，考慮是不是該得。這就是所謂「九思」。此人大書「九思」，但自己顯然一思也不思。倒是在死後，得了個「思宗」的謚法，總算有了一思。
我九歲那一年的舊歷五月二十，在故鄉海寧看龍王戲。看到一個戲子悲愴淒涼的演出，他披頭散髮的上吊而死，臨死時把靴子甩脫了，直甩到了戲台竹棚的頂上。我從木牌子上寫的戲名中，知道這齣戲叫作《明末遺恨》。哥哥對我說，他是明朝的末代皇帝崇禎。
當時我只覺得這皇帝有些可憐。一九五○年秋天，我在北京住了一段時候，曾去了崇禎吊死的煤山，望到皇宮金黃色的琉璃瓦，在北京秋日的艷陽下映出璀璨光彩，想到崇禎在吊死之前的一剎那曾站在這個地方，一定也向皇宮的屋頂凝視過了，儘管這人卑鄙狠毒，卻也不免對他有一些悲憫之情。
他孤獨得很，身邊沒有一個人可以商量，因為他任何人都不相信。崇禎十七年三月十七日，北京在李自成猛攻下眼見守不住了，他召集文武百官商議，君臣相對而泣，束手無策。他用手指在案上寫了「文臣個個可殺」六個字，給身邊的近侍太監看了，當即抹去。
他在自殺之前，用血寫了一道詔書，留在宮中，對李自成說，這一切都是群臣誤我的，你可以碎裂我的屍體，可以將我的文武百官盡數殺死。可見他始終以為一切過失都是在文武百官，痛恨所有為他辦事的人。他哥哥天啟從做木工中得到極大樂趣，依戀乳娘，相信魏忠賢一切都是對的，精神上倒很平安。崇禎卻只是煩躁、憂慮、疑惑、?廂澹鍪唚昊實郟聳唚暉純嗟娜兆印彰氚旌霉掖笫攏賜耆恢澇趺窗觳攀恰；實凼遣荒艽侵暗模∷揮幸桓穌嬲仔諾娜耍褐蟻投濟揮小Ｋ揮芯襠系男叛觶歡忍誦旃餛艫娜案娑歐釤溜鶻蹋陌擁苛櫫跎。溜髏揮芯然詈⒆擁男悅愣蘊溜魘戳誦判摹Ｋ揮姓嬲陌謾Ｋ緩蒙略蒼艙庋拿琅徒疾桓行巳渤齬礎Ｔ謚洩蓋昀分校鞅壞腥朔不蟶彼賴暮芏啵謖渲斜簧鋇母啵儻Ｗ隕鋇娜粗揮諧珈躋蝗恕Ｓ捎謁淖隕保筧碩運鈉蘭郾惚人導視Φ玫暮玫枚唷Ｖ灰蛩緩鎂粕謨謖攏筧司鴕暈舊硎歉齪沒實邸Ｉ踔晾鈄猿傻南鬧幸菜鄧⒉徽嫻氖趾浚徊還艿狡勖桑磺謝凳露際僑撼幾傻摹Ｖ灰蛩炮幸罄鈄猿剎灰彼酪桓靄儺眨筧吮鬩暈嫻陌儺眨訓浪唚曛興鋇陌儺棧股倭耍浚灰蛩倒半薹峭齬畛冀醞齬肌保筧吮鬩暈鞒醞觶鶉問竊諶撼忌砩稀Ｆ涫鄧嫡庋幕埃捅礱魎嗆俠淼耐齬Ｋ滌芯緣娜疇Γ唇行酥肌⒅喂教煜輪忌鋇納薄盞陌眨慌齬甲唄淼瓢慊煥椿蝗潛愎鉤閃送齬奶跫Ｃ鞒侵洩飛獻鈄ㄖ啤⒆罡堋９持握咦畈斜┐某矯髂└晌洩曛凶詈詘檔氖逼謚弧Ｃ鞒比揮Ω猛觶雜謚洩嗣瘢宄讓鞒玫枚唷Ｈ歡緇攬咕藶迦肭鄭床荒芩凳譴砹恕５筆甭宥悅鞒允且熳澹峭夤灞喝聳頡６虻姆踩際親魑蚺├Ｇ灞劑熗酥洩耐戀爻鞘校蓯巧丈苯俾印⒓鋅岬吶按喝恕２荒苡捎諍蟠逋持問嗣鞒衷諑逵殖晌謝褡逯幸桓霾豢煞擲氳牟糠鄭湍ㄉ妨嗽緇賴筆笨褂庾迦肭值鬧卮笠庖濉Ｕ緗詞瀾鞝笸螅膊荒芊穸殼案鞴３侄懶⒑土焱林魅ㄍ暾鬧髡擰Ｇ宄讓鞒茫徊還洩嗽似茫齙攪思父鮒洩飛獻詈玫幕實邸Ｈ歡緇賴筆筆遣換嶂賴摹Ｖ灰ㄖ貧啦玫鬧貧卻嬖諞惶歟蠹揖橢緩門鱸似Ｔ緇籃鴕諭蛑洩嗣裨似緩茫鏨狹順珈酢３珈踉似緩茫鏨狹嘶實邸Ｋ只食齬且煌恚崞鸞＠聰蚺焦髡堵涫保噯凰檔潰骸澳鬮趺瓷諼壹遙俊閉撬黨雋俗約旱男囊狻Ｋ男願瘛⒉拍堋⒛炅洌疾慌渥穌莆杖筧ǖ幕實邸９楦岬祝親ㄖ浦貧群α慫埠α飼蟯蛑洩嗣瘛Ｔ諍俠淼惱沃貧扔肷緇嶂貧認攏蚶梢猿晌桓鼉韉納倘耍詈蟊凰腿虢潿舅Ｌ炱羰且桓鼉傻哪窘場３珈踝鏨趺春媚兀克腥淌壬保┬甓嘁桑願裰杏星苛業姆缸鍇閬穎諳執緇嶂屑贍晌桓齜缸鑭牟渙記嗄輳緙右允實鋇慕逃胙盜罰梢栽諭澇壯≒凶鐾婪穎ㄎ業比徊⒉皇撬低婪蠐蟹缸鍇閬穎且彩嵌隕緇嵊洩畢椎模荒蘢雋勻耍蛭耆狽δ托摹?/P>
後世的評論者大都認為，袁崇煥如果不死，滿清不能征服中國。我以為這種說法是不對的。只要崇禎是皇帝，袁崇煥便有天大的本事也改變不了基本局面，除非他殺了崇禎而自己來做皇帝，這當然不符合他的性格。在君主專制獨裁的制度之下，權力在皇帝手裡。
袁崇煥死後二百三十六年，那時清朝也已腐爛得不可收拾了，在離開袁崇煥家鄉不遠的地方，誕生了孫中山先生。他向中國人指明：必須由見識高明、才能卓越、品格高尚的人來管理國家大事。一旦有才幹的人因身居高位而受了權力的腐化，變成專橫獨斷、欺壓人民時，人民立刻就須撤換他。袁崇煥和崇禎的悲劇，明末中國億萬人民的悲劇，不會發生於一個具有真正民主制度的國家中。把決定千千萬萬人民生死禍福的大權交在一個人手裡，是中國數千年歷史中一切災難的基本根源。過去我們不知道如何避免這種災難，只盼望上天生下一位聖主賢君，這願望經常落空。那是歷史條件的限制，是中國人的不幸。孫中山先生不但說明了這個道理，更畢生為了剷除這個災禍根源而努力。
在袁崇煥的時代，高貴勇敢的人去抗敵入侵，保衛人民；在孫中山先生的時代，高貴勇敢的人去反抗專制，為人民爭取民主自由。在每一個時代中，我們總見到一些高貴的勇敢的人，為了人群而獻出自己的一生，他們的功業有大有小，孫中山先生的功業極大，袁崇煥當然小得多，然而他們都是奮不顧身，盡力而為。時代不斷在變遷，道德觀念、歷史觀點、功過的評價也不斷改變，然而從高貴的人性中閃耀出來的瑰麗光彩，那些大大小小的火花，即使在最黑暗的時期之中，也照亮了人類歷史的道路。歷史上有許多人為人群立了大功業，令我們感謝；有許多人建立了大帝國和長久的皇朝，令我們驚歎。然而袁崇煥「亡命徒」式的努力和苦心，他極度悲慘的遭遇，這個生死以之的「癡心人」，這個無法無天的「潑膽漢」，卻更加強烈的激盪了我們的心。崇禎和袁崇煥兩人的性格，使得這悲劇不可能有別的結局。兩人第一次平台相見，袁崇煥提出「五年平遼」的諾言，殺機就已經伏下了。以後他請內帑、主和議、殺毛文龍，悲劇一步步的展開，殺機一層層的加深，到清軍兵臨北京城下而到達高潮。在這悲劇的高潮中，崇禎不許袁部入城是第一個波浪；袁部苦戰得勝，崇禎催逼他去追擊十倍兵力的清軍，是第二個波浪；北京城裡譭謗袁崇煥的謠諑紛傳是第三個波浪；終於，皇太極使反間計而崇禎中計。至於後來的凌遲，已是戲劇結構上的蕩漾餘波了。
即使沒有皇太極的反間計，崇禎終於還是會因別的事件、用別的借口來殺了他的。我們想像崇禎二年臘月中國北方的情形：在永平、灤州、遷安、遵化一帶的城內和郊外，清兵的長刀正在砍向每一個漢人身上，滿城都是鮮血，滿地都是屍首……在通向長城關口的大道上，數十萬漢人男女哭哭啼啼的行走，騎在馬上的清兵揮舞鞭子在驅趕。清兵不斷的歡呼大叫，這些漢人是他們俘虜來的奴隸，男的押去遼東為他們做苦工，女的分給兵將淫樂……在陝西，災荒正在大流行。樹皮草根都吃完了，飢餓的父母養不活兒女，只好將他們拋在城角的空場上，這些孩子有的在哭號，呼叫：「爸爸，媽媽！」有的拾起了糞便在吃。到第二天，這些孩子都死了。但又有父母抱了孩子來拋棄。做母親的看著滿地死兒，捨得把手裡的孩子拋下來嗎？但如帶回家去，難道眼看他活活的餓死……流離在道路上的饑民不知道怪誰才好，只有怪天。他們向來對老天爺又敬又怕，這時反正要死了，就算在地獄中上刀山、下油鍋也不管了，他們破口大罵老天爺，有氣無力的咒罵，終於倒在地下，再也起不來……在北京城的深宮裡，十八歲的少年皇帝在拍著桌子發脾氣。他又是焦急，又是害怕，不斷的問太監：「袁蠻子寫了信沒有？怎麼還不寫好？這傢伙跟我過不去，非將他千刀萬剮不可。你們再去催，叫他快寫信給祖大壽！」他憔悴蒼白的臉上泛起了潮紅，眼中佈滿了紅絲，不斷的說：「殺了他！殺了他！」……在陰森寒冷的御牢裡，袁崇煥提筆在寫信給祖大壽，硯台裡會結冰吧？他的手會凍得僵硬嗎？會因憤怒而顫抖嗎？他的信裡寫的是些甚麼句子？淚水一定滴上了信箋罷？皇帝的信使快馬馳出山海關外，將這封信交在祖大壽的手裡。祖大壽讀信之後，伏地大哭。訊息傳了開去：「督師有信來！」遼河大平原上白茫茫的一片冰雪。數萬名間關百戰、滿身纍纍槍傷箭疤的關東大漢，伏在地下向著北京號啕痛哭，因為他們的督師快要被皇帝殺死了。戰馬悲嘶，朔風呼嘯，綿延數里的雪地裡儘是伏著憤怒傷心的豪士，白雪不斷的落在他們的鐵盔上、鐵甲上……
１見余大成《剖肝錄》。
２《論語·季氏》：「孔子曰：『君子有九思：視思明，聽思聰，色思溫，貌思恭，言思忠，事思敬，疑思問，忿思難，見得思義。』」崇禎死後，因為沒有確定的接班人，也就沒有確定的謚法，有毅宗、莊烈帝、懷帝、愍帝、思宗等謚。思宗的「思」字，不是美謚，《逸周書》的謚法解中說：「道德純一曰思，大省（即「眚」，災害的意思）兆民曰思，追悔前過曰思，外內思索曰思。」漢朝的王逸作過一篇楚辭，叫作《九思》，是哀悼屈原的，共有九章：逢尤、怨上、疾世、憫上、遭厄、悼亂、傷時、哀歲、守志。所說的悼亂傷時，疾世哀歲，逢尤遭厄，和袁崇煥的心境和遭遇倒也差不多。但崇禎寫這《九思》二字時，所想到的當然不會是王逸的《九思》。
３崇禎遺詔：「朕自登極十七年，上邀天罪，致虜陷地三次，逆賊直逼京師，皆諸臣誤朕也。任爾分裂朕屍，可將文武盡皆殺死，勿壞陵寢，勿傷我百姓一人。」這道遺詔，和相傳留在他身上的遺書文字稍有不同。
４「君非甚□，孤立而煬蔽恆多；臣盡行私，比黨而公忠絕少。」
５梁啟超在《袁崇煥傳》的題目上，加了「明季第一重要人物」的形容詞，傳中說：廣東崎嶇嶺表，數千年來與中原的關係很淺薄，歷史上影響到全中國的人物極少，只有唐朝六祖慧能光大了禪宗，明朝陳白沙在哲學上倡明唯心論，成為王陽明的先驅，而「以一身之言動、進退、生死，關係國家之安危、民族之隆替者」，只有袁崇煥一人。（其實，他即使不提到孫中山先生，也應當提洪秀全。）又說：「故袁督師一日不去，則滿洲萬不能得志於中國。」康有為在《袁督師遺集序》中說：「若吾粵袁督師之喪於讒間也，天下震動，鬼神號泣，明社遂屋，餘禍烈烈，波蕩至今。嗚呼，天下才臣名將多矣，讒死亦至伙，而惻惻於人心，震惕於敵國，非止以一身之生死系一姓之存亡，實以一身之生命關中國之全局，則豈惟杜郵、鐘室、涼風、金牌之淒感也。……假若間不行而能盡其才，明或不亡。」他認為白起、韓信、斛律光、岳飛四人被讒而死，雖令人感歎，但於國家存亡無關，不及袁崇煥事件影響深遠。
李濟深《重修明督師袁崇煥詞墓碑》：「論明清間事者，僉以為督師不死，滿清不能入主中原。」葉恭綽謁袁崇煥墓詩：「史筆只今重論定，好申正氣息群紛。」注云：「近日史學家鉤稽事實，證明袁如不死，滿洲不能坐大，即未必克入主中原，故袁死所關之重，有同岳飛於宋。文天祥輩尚非其比也。」
６戲劇結構上高潮過後的餘波（anti-climax），通常譯作「反高潮」，似不甚貼切。
７《清史列傳》卷三：「岳托（滿清大將，代善之子，皇太極的侄兒）曰：遼東以久不降，故誅之。殺永平人，乃貝勒阿敏所為……六年正月，（岳托）奏言：前克遼東、廣寧，漢人拒命者誅之，復屠永平、灤州漢人。」
８滿清每次出兵，都俘虜大量漢人去做生產工具。這次進攻北京之役俘虜的實數無記錄，但知阿巴泰攻掠山東之役（《碧血劍》中提到的那一次）「俘獲人民三十六萬九千名口。」相信崇禎二年一役中俘虜漢人也必達數十萬，《太宗實錄》卷六：「上因問達海（奉命監守明宮太監而使反間計的五將之一）等：『是役俘獲視前二次如何？』對曰：『此行俘獲人口，較前甚多！』上曰：『金銀幣帛，雖多得不足喜，惟多得人口為可喜耳！』」
９《陝西通志》，崇禎二年馬懋才《備陳災變疏》：「殆年終而樹皮盡矣，則又掘山中石塊而食……安塞城西，有糞場一處，每晨必棄二三嬰兒於其中，有涕泣者，有叫號者，有呼其父母者，有食其糞者。」蕭一山《清代通史》捲上：「崇禎間有民謠曰：『老天爺，你年紀大，耳又聾來眼又花。為非作歹的享盡榮華，持齋行善的活活餓煞。老天爺，你年紀大。你不會作天，你塌了罷！』此種時日曷喪之心理，非人民痛苦至極者，寧忍出此？」