考成法, 說白了, 其實就類似於現代公司裡頭的績效考核, 年初官員們把今年各自需要做的事情羅列在折子裡呈到京城, 就是工作計劃，京城會有專門的人員將這些工作計劃記錄在冊。比如你說去年縣裡洪水氾濫, 今年要修築堤壩, 等到年底檢查, 好, 堤壩沒修, 處分。處分程度也因你的完成程度而不同，如果大部分完成了，可能就是降職，如果完成率很低，那就是革職了。
大明雖然有針對官員考核的京察和外察，可除非是像太祖皇帝那樣眼睛裡揉不得沙子的人，才能震懾百官，否則這些考核只是流於形式，甚至成為排除異己的工具, 隆慶六年曾經利用京察清楚高拱餘黨的張居正當然再明白不過，所以「工作考核」的實施就成了當務之急，只有把那些尸位素餐的官員淘汰掉, 提拔一批會做事的人上來, 他後面那些改革才能實現。
這是張居正的得意之作, 在他之前, 幾乎從來沒有人明確提出這樣一個辦法，而且對於那些只會埋頭做事，卻不會討好上司的人來說，考成法無異於一件好事。——當然，這種人還是比較少的，所以就算張居正身為首輔，也壓不住許多怨聲載道的聲音。
趙肅也贊同考成法，只不過他旁觀者清，卻也看到一些其中的不足之處。
首先這裡頭對官員的工作計劃規範並不足夠明確，趙肅建議把每一個部門具體的職責分情況羅列出來，再根據各個事項制定具體的獎罰制度。
譬如說一個知府，他今年需要巡視轄下所有縣的百姓，再將每個縣的情況上報，要主持府試，要徵收賦稅，要審理若干案件，那麼如果他全部完成，甚至超額完成，就能得到豐厚的獎勵，包括銀兩和全國性通報褒獎，其中銀兩的獎勵，則是從其它革職官員的俸祿裡扣除，不需要朝廷再出一分錢。
其次，考成法還容易出現一個弊端，那就是由上級下，工作計劃的層層積壓。如朝廷要求某地今年需要徵收多少的稅收，巡撫或按察使當然不可能親自去收，這個任務就交給了下頭的人，知府又分派給知縣。
以前的稅收，沒有明確的強制性要求，朝廷擔心老百姓負擔過重，把賦稅一降再降，低得不能再低，但即便這樣，也有很多大戶中戶拖稅漏稅，官府也樂得清閒，收多收少沒所謂，反正自己吃的是公糧，損失的是國家，但是現在不行了，稅收得少了，今年「工作計劃」沒完成，大家都別想好過，所以知縣感到壓力很大，就把這種壓力轉嫁給地主們，而地主們當然轉嫁給佃戶。其結果就是，隨著時間的推移，考成法反倒可能失去它原來的優勢，成為老百姓的沉重負擔。
在幾十年後，一個叫黃宗羲的人，曾經總結過一條規律，說歷朝歷代的所謂賦稅改革，每改革一次，老百姓的負擔反而要相應地增加。這裡頭有一個很重要的原因，涉及到考成法的弊端，那就是考成法並沒有按照每個地方的實際情況來制定徵稅標準。無論是顆粒無收還是五穀豐登，全國只有一個統一的徵稅標準，這就容易造成災荒之年，下面拿不出一粒糧食，但官員為了保住烏紗帽，還要強迫老百姓交出糧食。
這就是為什麼歷史上在張居正死後，朝廷廢除了考成法的重要原因，像王安石一樣，張居正的出發點或許是好的，卻忽略了很多實際情況，而其他人只看到壞的一面，不由分說就把這個東西徹底廢除。
針對這個情況，趙肅又向內閣和皇帝提出幾點建議。
一是考成法所制定的徵稅標準要按照地區和收成不同來區分，有些地方今年豐收，那就按照實際情況多收一點，有些地方今年洪水淹沒了農田，那不僅要降低稅收，還得撥款賑災。
二是為了防止各地官員中飽私囊，出現向下橫徵暴斂，向上瞞報的情況，定期從朝廷派人到各地暗訪抽查，如有發現這種情況的，嚴懲不貸，以震懾餘者。
世上沒有一個完美的制度，考成法也一樣，但它所涉及的層面，又如此龐大，如果能夠很好地推行，不僅吏治卓有成效，國庫收入也將大大增加，因此趙肅不希望它的效果只能維持幾年，更不希望它被徹底否決。
所以，他竭盡所能在給張居正拾漏補缺，讓它起碼在這幾十年內能夠適用，至於幾十年後，他也並不擔心，到時候文化的開放早已達到一定程度，在他的推波助瀾之下，西方科學將會衝擊這個古老帝國，屆時自然會有有識之士，提出與時俱進的辦法。
從這幾條建議，都能看出趙肅的用心良苦，朱翊鈞那邊自然沒有異議，張居正也不是不識好歹的人，內閣由此進入幾十年來難得一見的和諧時期。張居正剛當上首輔，性格裡霸道的一面還不太顯露，他又急於在考成法上得到內閣其他人的認可，所以大家縱然在小事上各有異議，大方向上卻很有默契地達成一致。
另一方面，朱翊鈞也開始從軍隊下手。
自從戚繼光那本《練兵紀要》刊印出來，發放全國軍隊將領之後，他自己也仔仔細細讀了好幾遍，直到能把書倒背如流為止，並且要求駐邊將領將自己在帶兵過程中的心得也寫成條陳，上呈御前。
每個武將帶兵的經驗都不一樣，但這裡頭也不乏對軍事一竅不通，純粹是紙上談兵的人，東西寫上來，是龍是蟲，是抄兵書的還是自己體會的，皇帝對照著看，又找來久經沙場的兵部尚書楊博一起研究，也能挖出不少渾水摸魚的蛀蟲。
熟悉軍事，瞭解軍事，是為了在戰爭一起的時候，作為國家的最高統治者，不至於被人欺瞞，兩眼一抹黑，很容易鬧出笑話，而且身為皇帝，也是軍隊最高統帥，理應擁有武將的擁戴，但如果你沒有本事，就算因為地位的緣故而不得不讓人屈服，也終究達不到打動人心，讓人心服口服的效果。
從小受趙肅熏陶的朱翊鈞很明白這一點，而且身體力行，每天起碼要花上兩個時辰親自參與京營禁軍的操練，有時甚至親自下場與將士一起訓練比劃。為此內閣不少人，包括張居正都強烈反對，認為天子不該和士兵廝混在一起，有失身份，但趙肅獨排眾議，與兵部尚書楊博一起，支持皇帝這樣的行為。
實際上，效果是顯著的，由於朱翊鈞不怕吃苦和一視同仁，得到了京營中不少將士的擁護，而皇帝通過這樣的親身實踐，也想出了不少辦法，用來提拔有才能的人，淘汰在軍隊裡混日子的。
為了讓皇帝能夠更加熟悉地形地貌和戰場上的情況，趙肅讓工部又做了薊州和宣大兩地的沙盤，而這個時期，在戚繼光手下當兵的賀子重，也會經常與朱翊鈞書信往來，跟他描述一些實際情況。
當然，要指望賀子重的書法和文筆是不可能的事情，所以皇帝經常會在信中看到不少令人啼笑皆非的別字和病句。
這就又讓朱翊鈞發現一件可以做的事情：提高軍隊士兵的文化水平。
在明朝當武將有幾種途徑，一是進士出身的文官外放，像譚綸。二是世襲武職，像戚繼光。三是通過武舉授職，一步步升上去，像毛文龍。四是雖然沒什麼文化水平，但是跟著老大打天下，後來老大成了皇帝，下面的人自然也就雞犬升天了。
如今第四種情況幾乎沒有可能，所以明朝武將一般都要識字的，但是對士兵就沒有那麼多的要求。在這個時代，好鐵不打釘，好男不當兵，明朝士兵的地位極其低下，加上國庫空虛，常常拿不出軍餉發放，一支連吃都吃不飽，也沒有任何信仰的軍隊，怎麼能指望他們打贏戰？
戚繼光之所以百戰百勝，就是因為他給了士兵足糧足餉，而且定下嚴格軍紀，這才有了名震天下的戚家軍。朱翊鈞想改革軍隊這種惡性循環的現狀，就要先從清點軍隊人數，和發放足額軍餉開始。
清點全國軍隊人數，是為了防止剋扣軍餉，吃空餉的情況，發放足額軍餉，則是讓士兵吃飽飯，才有力氣打仗。
再然後，就是對五品以上武將進行定期考核，考核內容包括軍事知識，對防地的瞭解，每月的操練規定，並派人實地驗收等，以免這些人時日一久，不思進取，敵人一來連打都不用打，就直接逃跑了。
最後則是對普通士兵文化水平的普及，朱翊鈞原先的想法是讓武將直接給士兵授課，但趙肅又想了一個辦法，那就是讓那些在考成法中不幸落馬的革職官員去教士兵識字，戴罪立功，一年之後考核士兵，如果全部考核通過了，說明這些人教得好，可以考慮讓他們重新為官，如果士兵考核沒通過，那不好意思，再派個人來，反正朝廷裡每年因為工作考核不合格而被罷官的人不知凡幾，永遠不必擔心沒有人選。
當然這些事情都是一步步來的，光是清點軍隊人數這件事情，就進行了大半年，一直到萬曆二年春天才基本完成，其中還包括淘汰一些老弱病殘，或者根本不存在，卻在軍隊裡占空餉的名額。
這段時間內，人人忙得腳不沾地，內閣閣老們一天十二個時辰，幾乎有十個時辰是在內閣裡度過的，有時候困了就直接倒在內閣裡間的小屋子裡歇會。
為了提高效率，皇帝也索性把辦公場所暫時搬到內閣，不看不知道，一看嚇一跳，每天待在這裡，才發現內閣的環境是多麼簡陋，一想到趙肅，哦不，是所有閣老每天就在這種環境下辦公，朱翊鈞二話不說，下令擴充內閣，重新整修。