女孩子豆豆上學沒有幾天就被學校勸退了。
漂亮的班主任很無奈地對豆豆的媽媽說：「真是沒有辦法，請您把她轉到別的學去吧。」豆豆在學校裡到底做了什麼，讓老師如此無奈呢？
豆豆第一天到學校，就興奮地發現學校的書桌和家裡的桌子是不一樣的。家裡桌子的抽屜是往外拉的，而學校書桌的蓋子是往上提的。太棒了！豆豆於是就把書桌的蓋子開了關，關了開，足有上百次。老師告訴她，沒有事的時候，不要總是把書桌開開關關。於是，豆豆都就把所有的文具和書本一樣一樣地放進書桌。寫字的時候，她打開書桌，拿出一支鉛筆，寫下「A」，然後，又把鉛筆放進去。再打開書桌，拿出鉛筆，寫下「B」……如此循環往復，把老師的頭都搞暈了。
等豆豆習慣了學校的書桌後，她又迷上了新的東西。上課的時候，她總是在教室臨街的窗口，和來來往往的宣傳藝人打招呼！「哎，給我們來一個吧。」豆豆對路過的宣傳藝人懇求道。
於是，藝人們在教室的窗口下開始了盛大的演出。正在上課的學生們都「呼啦」一聲全部向窗口湧去。剩下老師一個人在講台上，無奈地等著演奏告一段落。
總算一曲終了，藝人們走遠了，孩子們也都紛紛回到了座位。老師想：這下總可以上課了罷。可是，豆豆還是在窗口，她在等下一撥的宣傳藝人！
第二天，豆豆的注意力又轉移了。老師正在上課，突然傳來豆豆大聲的問話：「哎，你在做什麼？哎，你在做什麼？」原來，豆豆在和窗口屋簷下的燕子說話呢。
就這樣，每一天豆豆總能做出不同的事情讓老師不勝其煩。
媽媽只能為豆豆轉學了。她希望找到一所能夠理解這個孩子性格的學校，教會豆豆和大家一起學習。
媽媽並沒有把被學校勸退的事情告訴豆豆，她不想讓孩子的心裡留下自卑的情結。
豆豆和媽媽來到了新的學校。它真的和原來的學校不一樣：大門是兩棵非常矮的樹做成的，而且樹上還長著綠色的葉子！校牌歪歪斜斜地掛在大門上，上面寫著「巴學園」。
豆豆彎下腰，把頭鑽進大門旁邊樹木枝葉的空隙裡，往裡面張望。她看到了一幅只有在夢中才能見到的景象：教室就是一輛輛真正的電車！它們在早晨的陽光下閃閃發光。
歡喜得不得了的豆豆在媽媽的陪同下去見校長。她還要和校長談過話以後，才可以到這所學校上學呢。
校長把椅子拉到豆豆跟前，面對著豆豆坐了下來，說：「好了，你跟老師說說話吧，說什麼都行。把想說的話全部說給老師聽。」豆豆一聽，可開心了。她還以為校長要問問題呢。
於是，豆豆就開始說了。開得很快的電車、漂亮的女老師、媽媽做的衣服、家裡的狗、爸爸會游泳……豆豆不停地說，校長邊聽邊笑著，點著頭，有時候還問「後來呢」。四個時過去了，豆豆實在找不出要說的話來了。這時候，校長起來，摸摸豆豆的頭，說：「好了，從現在起，你就是這個學校的學生了。」豆豆感到，她生平第一次遇到了真正喜歡自己的人！
無論是從前，還是這以後，沒有一個大人這麼認真地聽豆豆說話。和這所學校的校長先生在一起，豆豆感覺非常安心和溫暖，「如果和這個人永遠在一起就好了。」
這個校長叫林宗作，一個懷著激情和理想的教育家。他在兩次遊歷歐洲後，用個人資產創辦了這所能實踐自己教育理念的巴學園。
正是這所只有五十幾個學生的巴學園成了豆豆以後記憶一生的樂園。
從第一天起，豆豆就不斷發現著新學校和以前的學校的區別。
教室就是一節節真正的電車；在電車裡每一個同學的位置都不是固定的，你可以根據當天的心情和方便，每天自由選擇自己喜歡的座位；沒有固定的上課順序，老師在第一節課開始的時候，把這一天要學的所有科目的要點寫在黑板上，學生可以根據自己的喜歡從任何一門課開始；上課多半是自習的形式，老師會給每一個同學隨時提供幫助；如果同學們努力，在上午就把一天的學習任務完成了，那麼下午老師就會領著大家到外面去散步。在散步的時間裡，大家一邊開心地玩著，一邊問著老師很多的東西：蝴蝶忙忙碌碌在幹什麼？油菜為什麼要開花？
……
其實，巴學園的獨特還遠遠不止豆豆所發現的。學校裡的每一項有趣的活動都凝聚著校長先生的苦心。
在午休的時間突然宣佈大家一起去游泳。沒有帶泳衣的孩子們鬧哄哄地脫了衣服，一個接一個往游泳池跑。瘦弱的孩子也好，胖胖的孩子也好，男孩子也好，女孩子也好，全都像剛生下來那樣光著身子，大家笑著鬧著，吵著叫著，在水裡盡情嬉戲。
為什麼要突然宣佈去游泳使孩子們都不穿泳衣呢？校長先生是這樣認為的：如果男孩和女孩覺得對方的身體和自己的身體不一樣，是很奇怪的事，那就不好了。在別人面前拚命地掩飾自己的身體，是不自然的事。
而更重要的是，在巴學園有一些同學的身體存在著障礙，如曾經患過麻痺症、身體極為矮等。校長先生想讓大家都光著身體玩耍的時候，消除這些同學的自卑心理，並讓孩子們明白：無論什麼樣的身體，都是美麗的。
巴學園的運動會來到了。所有的項目都是校長先生心設計的。「鑽鯉魚比賽」、「找媽媽比賽」、「老師和同學的拔河比賽」、「全校跑台階接力賽」 等等，這些比賽讓所有的家長和老師也和孩子一樣從頭至尾興奮地參與著。
運動會開始後，出現了一個驚人的現象，那就是，每一個項目的第一名都被全校個子最矮、手腳最短的高橋拿走了！於是，的高橋在孩子們羨慕的注視中驕傲地抽動著鼻子，一次又一次地登上領獎台。而這樣的結果，正是校長先生所希望看到的：讓不可能長高的高橋在人群中沒有自卑心理。
巴學園的課程裡每週有兩次音樂塗鴉課，這也是孩子們非常喜歡的課程。
在禮堂裡，每人手裡拿一枝粉筆。大家在禮堂的地板上各據一方，採取最舒服的姿勢：有的滾在地板上，有的跪坐著……校長彈起鋼琴，孩子們合著老師琴聲的節奏，在禮堂的地板上寫出音符。寬敞的禮堂可以讓孩子們隨意地寫，想寫多大就寫多大。白色的粉筆在淺淺的茶色地板上塗寫，感覺真是好極了。上課結束後，大家再齊心協力把地板上的粉筆字擦掉。
「自由的身體運動」、「盡情地快速書寫」、「輕鬆自在地欣賞音樂」、「表達音樂的節奏」……有趣的課程中蘊涵著校長先生對運動感覺的獨到認識。
更有意思的是，這個課程還附帶地產生了很多其它的效果：巴學園的孩子從來不在外面的牆壁上亂塗亂畫，因為他們在課堂裡已經盡情享受了塗鴉的樂趣，而且，他們也知道了收拾乾淨是一件多麼不容易的事。
巴學園裡的每一天，對豆豆來說都是那麼快樂。那些有趣的課程和活動使她很快地融入了一種集體的生活，那種在以前學校裡被排斥的感覺已經煙消雲散了。很多次，校長先生碰到她時，總要由衷地對她說一句：「你真是一個好孩子！」這句話不斷地鼓起豆豆的自信。對豆豆這樣與眾不同的孩子，校長先生同樣給予了足夠的耐心和尊重。
有一次，豆豆在上廁所時，不心把心愛的錢包掉到了下面。豆豆可不是一個輕易哭鬧的孩子。她自己跑到堆放工具的庫房，扛了一把灑水用的長把勺子。雖然勺子足有兩個豆豆高，但豆豆照舊拖著它在校園深處轉來轉去，尋找廁所的掏口。終於，在離外牆一米左右的地方，她發現了一個圓形的混凝土蓋子。她使勁把它推開，下面是一個深深的洞口，果然是廁所的掏口。
於是，豆豆開始了她的浩大工程。把長把勺子伸到掏口裡面，開始向外面舀起來。一勺又一勺，舀出來的東西，都堆在掏口周圍。可是，錢包好像藏在什麼地方了，總是不肯露面。這時候，上課的鈴聲響了。「怎麼辦呢？」豆豆想，「好不容易干到這裡了……」索性又接著干了下去。而且，她比剛才更加賣力地舀了起來。
舀出來的東西已經堆成了一座山。這時候，校長先生正巧路過這裡。他問：「你在幹什麼呢？」
豆豆顧不得停下手裡的活，一邊舀一邊答道：「我的錢包掉到池子裡面了。」
「是嗎？」校長先生一邊說一邊把手背在身後，就像平時散步那樣，又走開了。
又過了一會，錢包還是沒有出現，地上的山卻越來越高。校長先生又走了過來，問：「找到了嗎？」
豆豆滿頭大汗，臉上也紅彤彤的，被圍在山當中，回答說「沒有」。先生稍微湊近了豆豆的面孔，像好朋友似的說：「弄完以後，要把這些東西全部放回去，啊。」說完，他又像剛才那樣走開了。
豆豆答應了一聲，又繼續幹起活來。
結果，地面上堆起了一座挺高的山，便池幾乎被掏空了，但是錢包仍然無影無蹤。
這時豆豆已經覺得「即便錢包沒有了也挺滿意的」，因為自己幹了那麼多的活。而更讓豆豆滿足的是，校長先生對自己做的事情沒有生氣，很信任自己。
確實，像校長先生那樣處理這件事的，恐怕不會有第二人了。而這，正是林宗作先生的了不起！
豆豆是幸運的，她在巴學園度過的歲月恰恰是林宗作先生的理想之花綻放的瞬間。不久以後，巴學園在二次大戰的炮火中被毀。戰爭結束後，林先生受著種種的障礙，直至去世都沒能重新創立一個自己的學校。
但，「你真是一個好孩子」這句話深深地影響了豆豆的一生，就像「你絕對能做到」深深影響了矮的高橋的一生一樣。
所有在巴學園上過學的孩子在長大以後都清晰地記憶著林先生和學校的一切。