這樣，他只和那些卑微的朋友們生活著：他的助手和他的瘋癡的朋友，還有是更微賤的伴侶——他的家畜：他的母雞與他的貓。一五五三年安焦利尼在他離家時寫信給他道："公雞與母雞很高興；——但那些貓因為不看見你而非常憂愁，雖然它們並不缺少糧食。"
實在，他是孤獨的，而且他愈來愈孤獨了。"我永遠是孤獨的，"他於一五四八年寫信給他的侄兒說，"我不和任何人談話。"他不獨漸漸地和社會分離，且對於人類的利害、需求、快樂、思想也都淡漠了。
把他和當代的人群聯繫著的最後的熱情——共和思想——亦冷熄了。當他在一五四四與一五四六年兩次大病中受著他的朋友裡喬在斯特羅齊家中看護的時候，他算是發洩了最後一道陣雨的閃光，米開朗琪羅病癒時，請求亡命在里昂的羅伯托·斯特羅齊向法王要求履行他的諾言：他說假若弗朗西斯一世願恢復翡冷翠的自由，他將以自己的錢為他在翡冷翠諸府場上建造一座古銅的騎馬像。一五四四年七月二十一日裡喬致羅伯托·迪·菲利波·斯特羅齊書。一五四六年，為表示他感激斯特羅齊的東道之誼，他把兩座《奴隸》贈與了他，他又把它們轉獻給弗朗西斯一世。
但這只是一種政治熱的爆發——最後的爆發。在他一五四五年和賈諾蒂的談話中，好幾處他的表白類乎托爾斯泰的鬥爭無用論與不抵抗主義的思想："敢殺掉某一個人是一種極大的僭妄，因為我們不能確知死是否能產生若干善，而生是否能阻止若干善。因此我不能容忍那些人，說如果不是從惡——即殺戮——開始決不能有善的效果。時代變了，新的事故在產生，慾念亦轉換了，人類疲倦了……而末了，永遠會有出乎預料的事情。"
同一個米開朗琪羅，當初是激烈地攻擊專制君主的，此刻也反對那些理想著以一種行為去改變世界的革命家了，他很明白他曾經是革命家之一；他悲苦地責備的即是他自己。如哈姆萊特一樣，他此刻懷疑一切，懷疑他的思想、他的怨恨、他所信的一切。他向行動告別了。他寫道："一個人答覆人家說：'我不是一個政治家，我是一個誠實之士，一個以好意觀照一切的人。'他是說的真話。只要我在羅馬的工作能給我和政治同樣輕微的顧慮便好！"一五四七年致他的侄兒利奧那多書。
實際上，他不復怨恨了。他不能恨。因為已經太晚："不幸的我，為了等待太久而疲倦了，不幸的我，達到我的願望已是太晚了！而現在，你不知道麼？一顆寬宏的、高傲的、善良的心，懂得寬恕，而向一切侮辱他的人以德報怨！"詩集卷一百○九第六十四首。在此，米氏假想一個詩人和一個翡冷翠的流戍者的談話——很可能是在一五三六年亞歷山大·特·梅迪契被洛倫齊諾刺死後寫的。
他住在ＭａｃｅｌｄｅＣｏｒｖｉ'，在特拉揚古市場的高處。他在此有一座房子，一所小花園。他和一個男僕、一個女傭、許多家畜佔據著這住宅。在他的僕役之中，有過一個法國人叫做理查的。他和他的僕役們並不感到舒服。因為據瓦薩裡說："他們老是大意的、不潔的。"他時常更調僕役，悲苦地怨歎。一五五○年八月十六日，他寫信給利奧那多說："我要一個善良的清潔的女僕但很困難：她們全是髒的，不守婦道的，我的生活很窮困，但我僱用僕役的價錢出得很貴。"他和僕人們的糾葛，與貝多芬的差不多。一五六○年他趕走了一個女傭之後喊道："寧願她永沒來過此地！"
他的臥室幽暗如一座墳墓。詩集卷八十一。"蜘蛛在內做它們種種工作，盡量紡織。"同前。——在樓梯的中段，他畫著背負著一口棺材的《死》像。棺材上寫著下面一首詩："我告訴你們，告訴給世界以靈魂肉體與精神的你們：在這具黑暗的箱中你們可以抓握一切。"
他和窮人一般生活，吃得極少，瓦薩裡記載："他吃得極少。年輕時，他只吃一些麵包和酒，為要把全部時間都放在工作上。老年，自從他作《最後之審判》那時起，他習慣喝一些酒，但只是在晚上，在一天的工作完了的時候，而且極有節制地。雖然他富有，他如窮人一般過活。從沒有（或極少）一個朋友和他同食：他亦不願收受別人的禮物；因為這樣他自以為永遠受了贈與人的恩德要報答。他的儉約的生活使他變得極為警醒，需要極少的睡眠。""夜間不能成寐，他起來執著巨剪工作。他自己做了一項紙帽，中間可以插上蠟燭，使他在工作時雙手可以完全自由，不必費心光亮的問題"。瓦薩裡留意到他不用蠟而用羊油蕊作燭台，故送了他四十斤蠟。僕人拿去了，但米開朗琪羅不肯收納。僕人說："主人，我拿著手臂要斷下來了，我不願拿回去了。如果你不要，我將把它們一齊插在門前泥穴裡盡行燃起。"於是米開朗琪羅說："那麼放在這裡吧；因為我不願你在我門前做那傻事。"（瓦薩裡記載）他愈老，愈變得孤獨。當羅馬一切睡著的時候，他隱避在夜晚的工作中：這於他已是一種必需。靜寂於他是一件好處，黑夜是一位朋友："噢夜，噢溫和的時間，雖然是黝暗，一切努力在此都能達到平和，稱頌你的人仍能見到而且懂得；讚美你的人確有完美的判別力。你斬斷一切疲乏的思念，為潮潤的陰影與甘美的休息所深切地透入的；從塵世，你時常把我擁到天上，為我希冀去的地方。噢死的影子，由了它，靈魂與心的敵害——災難——都被擋住了，悲傷的人的至高無上的救藥啊，你使我們病的肉體重新獲得健康，你揩乾我們的淚水，你卸掉我們的疲勞，你把好人洗掉他們的仇恨與厭惡。"詩集卷七十八。
有一夜，瓦薩裡去訪問這獨個子在荒涼的屋裡，面對著他的悲愴的《哀悼基督》的老人：瓦薩裡叩門，米開朗琪羅站起身來，執著燭台去接應。瓦薩裡要觀賞雕像；但米開朗琪羅故意把蠟燭墮在地下熄滅了，使他無法看見。而當烏爾比諾去找另一支蠟燭時，他轉向瓦薩裡說道：我是如此衰老，死神常在拽我的褲腳，要我和它同去。一天，我的軀體會崩墜，如這支火炬一般，也像它一樣，我的生命的光明會熄滅。"
死的意念包圍著他，一天一天地更陰沉起來。他和瓦薩裡說："沒有一個思念不在我的心中引起死的感觸。"一五五五年六月二十二日書。
死，於他似乎是生命中惟一的幸福：
"當我的過去在我眼前重現的時候——這是我時時刻刻遇到的，——喔，虛偽的世界，我才辨認出人類的謬妄與過錯。相信你的諂諛，相信你的虛幻的幸福的人，便是在替他的靈魂準備痛苦與悲哀。經驗過的人，很明白你時常許諾你所沒有、你永遠沒有的平和與福利。因此最不幸的人是在塵世羈留最久的人；生命愈短，愈容易回歸天國……"詩集卷一百○九第三十二首。
"由長久的歲月才引起我生命的終點，喔，世界，我認識你的歡樂很晚了。你許諾你所沒有的平和，你許諾在誕生之前早已死滅的休息……我是由經驗知道的，以經驗來說話：死緊隨著生的人才是惟一為天國所優寵的幸運者。"詩集卷一百○九第三十四首。
他的侄兒利奧那多慶祝他的孩子的誕生，米開朗琪羅嚴厲地責備他："這種鋪張使我不悅。當全世界在哭泣的時候是不應當嬉笑的。為了一個人的誕生而舉行慶祝是缺乏知覺的人的行為。應當保留你的歡樂，在一個充分地生活了的人死去的時候發洩。"一五五四年四月致瓦薩裡書，上面寫道"一五五四年四月我不知何日"。
翌年，他的侄兒的第二個孩子生下不久便夭殤了，他寫信去向他道賀。
大自然，為他的熱情與靈智的天才所一向輕忽的，在他晚年成為一個安慰者了。雖然他在鄉間度過不少歲月，但他一向忽視自然。風景在他的作品中佔有極少的地位；它只有若干簡略的指示，如在西斯廷的壁畫中。在這方面，米氏和同時代的人——拉斐爾、提香、佩魯吉諾、弗朗奇亞、達·芬奇——完全異趣。他瞧不起佛蘭芒藝人的風景畫，那時正是非常時髦的。一五五六年九月，當羅馬被西班牙阿爾貝大公的軍隊威脅時，他逃出京城，道經斯波萊泰，在那裡住了五星期。他在橡樹與橄欖樹林中，沉醉在秋日的高爽清朗的氣色中。十日杪他被召回羅馬，離開時表示非常抱撼。——他寫信給瓦薩裡道："大半的我已留在那裡；因為惟有在林中方能覓得真正的平和。"
回到羅馬，這八十二歲的老人作了一首歌詠田園，頌讚自然生活的美麗的詩，在其中他並指責城市的謊騙；這是他最後的詩，而它充滿了青春的朝氣。
但在自然中，如在藝術與愛情中一樣，他尋求的是神，他一天一天更迫近他。他永遠是有信仰的。雖然他絲毫不受教士、僧侶、男女信徒們的欺騙，且有時還挖苦他們，一五四八年，利奧那多想加入洛雷泰的朝山隊伍，米開朗琪羅阻止他，勸他還是把這筆錢做了施捨的好。"因為，把錢送給教士們，上帝知道他們怎麼使用！"（一五四八年四月七日）皮翁博在蒙托廖的聖彼得寺中要畫一個僧侶，米開朗琪羅認為這個僧侶要把一切都弄壞了："僧侶已經失掉了那麼廣大的世界；故他們失掉這麼一個小教堂亦不足為奇。"在米開朗琪羅要為他的侄兒完姻時，一個女信徒去見他，對他宣道，勸他為利奧那多娶一個虔敬的女子。米氏在信中寫道："我回答她，說她還是去織布或紡紗的好，不要在人前鼓弄簧舌，把聖潔的事情當作買賣做。"（一五四九年七月十九日）但他似乎在信仰中從未有過懷疑。在他的父親與兄弟們患病或臨終時，他第一件思慮老是要他們受聖餐。一五一六年十一月二十三為了父親的病致博納羅托書，與一五四八年正月為了兄弟喬凡·西莫內之死致利奧那多書提及此事。他對於祈禱的信心是無窮的；"他相信祈禱甚於一切藥石"；一五四九年四月二十五致利奧那多書。他把他所遭受的一切幸運和他沒有臨到的一切災禍盡歸之於祈禱的功效。在孤獨中，他曾有神秘的崇拜的狂熱。"偶然"為我們保留著其中的一件事跡：同時代的記載描寫他如西斯廷中的英雄般的熱狂的臉相，獨個子，深夜，在羅馬的他的花園中祈禱，痛苦的眼睛注視著佈滿星雲的天空。弗拉·貝內德托記載此事甚詳。
有人說他的信仰對於聖母與使徒的禮拜是淡漠的，這是不確的。他在最後二十年中全心對付著建造使徒聖彼得大寺的事情，而他的最後之作（因為他的死而沒有完成的），又是一座聖彼得像，要說他是一個新教徒不啻是開玩笑的說法了。我們也不能忘記他屢次要去朝山進香；一五四五年他想去朝拜科姆波斯泰雷的聖雅克，一五五六年他要朝拜洛雷泰。——但也得說和一切偉大的基督在一樣，他的生和死，永遠和基督徒一起。一五一二年他在致父親書中說："我和基督一同過著清貧的生活"；臨終時，他請求人們使他念及基督的苦難。自從他和維多利亞結交之後——尤其當她死後——這信仰愈為堅固強烈。從此，他把藝術幾乎完全奉獻於頌讚基督的熱情與光榮，後期的雕塑，如十字架，如殉難，如受難像等都是。同時，他的詩也沉浸入一種神秘主義的情調中。他否認了藝術，投入十字架上殉道者的臂抱中去："我的生命，在波濤險惡的海上，由一葉殘破的小舟渡到了彼岸，在那裡大家都將對於虔敬的與冒瀆的作品下一個判斷。由是，我把藝術當作偶像，當作君主般的熱烈的幻想，今日我承認它含有多少錯誤，而我顯然看到一切的人都在為著他的苦難而欲求。愛情的思想，虛妄的快樂的思想，當我此刻已迫近兩者之死的時光，它們究竟是什麼呢？愛，我是肯定了，其他只是一種威脅。既非繪畫，亦非雕塑能撫慰我的靈魂。它已轉向著神明的愛，愛卻在十字架上張開著臂抱等待我們！"詩集卷一百四十七。但在這顆老耄的心中，由信仰與痛苦所激發的最精純的花朵，尤其是神明般的惻隱之心。這個為仇敵稱為貪婪的人，這些流言是拉萊廷與班迪內利散佈的。這種謊話的來源有時因為米開朗琪羅在金錢的事情上很認真的緣故。其實，他是非常隨便的；他並不記賬；他不知道他的全部財產究有若干，而他一大把一大把地把錢施捨。他的家族一直用著他的錢。他對於朋友們、僕役們往往贈送惟有帝王所能賜與般的珍貴的禮物。他的作品，大半是贈送的而非賣掉的；他為聖彼得的工作是完全盡義務的。再沒有人比他更嚴厲地指斥愛財的癖好了，他寫信給他的兄弟說："貪財是一件大罪惡。"瓦薩裡為米氏辯護，把他一生贈與朋友或信徒的作品一齊背出來，說"我不懂人們如何能把這個每件各值幾千金幣的作品隨意贈送的人當作一人貪婪的人"。一生從沒停止過施惠於不幸的窮人，不論是認識的或不認識的。他不獨對他的老僕與他父親的僕人，——對一個名叫莫娜·瑪格麗塔的老僕，為他在兄弟死後所收留，而她的死使他非常悲傷，"彷彿死掉了他自己的姊妹那樣"；一五三三年致兄弟喬凡·西莫內信；一五四○年十一月到利奧那多信。對一個為西斯廷教堂造台架的木匠，他幫助他的女兒嫁費……瓦薩裡記載。——表露他的動人的真摯之情，而且他時時在佈施窮人，尤其是怕羞的窮人。他愛令他侄子與侄女參與他的施捨，使他們為之感動，他亦令他們代他去做，但不把他說出來：因為他要他的慈惠保守秘密。一五四七年致利奧那多書："我覺得你太不注意施捨了。"一五四七年八月："你寫信來說給這個女人四個金幣，為了愛上帝的緣故，這使我很快樂。"一五四九年三月二十九日："注意，你所給的人，應當是真有急需的人，且不要為了友誼而為了愛上帝之故。不要說出錢的來源。""他愛實地去行善，而非貌為行善。"孔迪維記載。由於一種極細膩的情感，他尤其念及貧苦的女郎：他設法暗中贈與她們少數的奩資，使她們能夠結婚或進入修院。他寫信給他的侄兒說："設法去認識一個有何急需的人，有女兒要出嫁或送入修院的。（我說的是那些沒有錢而無顏向人啟齒的人。）把我寄給你的錢給人，但要秘密地；而且你不要被人欺騙……"一五四七年八月致利奧那多書。
此外，他又寫：
"告訴我，你還認識有別的高貴的人而經濟拮据的麼？尤其是家中有年長的女兒的人家。我很高興為他們盡力。為著我的靈魂得救。"一五五○年十二月二十日致利奧那多書。