《阿彌陀經》說，若有善男子善女人聞說阿彌陀佛，執持名號，從一日乃至七日能夠一心不亂，此人臨命終時心不顛倒，即得往生西方極樂世界。《藥師如來本願功德經》等所說的東方藥師佛居住教化的琉璃世界，也是佛教徒所嚮往的理想國土。那裡的地面由琉璃構成，連藥師佛的身軀，也如同琉璃一樣內外光潔，所以稱琉璃世界。佛經上說此世界和西方極樂世界一樣，具有說不盡的莊嚴美妙；那裡沒有男女性別上的差異，沒有五欲的過患；琉璃為地，金繩界道；城垣、宮殿都是七寶所成。人們只要在生前持誦《藥師經》[稱念藥師佛名號，並廣修眾善，死後即可往生琉璃世界。
十二大願
藥師佛藥師如來在過去世行菩薩道時，為救度眾生而發十二大願如下：
第一大願
願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然，照耀無量無數無邊世界。以三十二大丈夫相、八十隨形好莊嚴其身，令一 切有情，如我無異。
第二大願
願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，焰網莊嚴，過於日月，幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。
第三大願
願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。
第四大願
願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之。
第五大願
願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。
第六大願
願我來世得菩提時，若諸有情其身下劣，諸根不具，醜陋頑愚、盲聾瘖啞、攣躄背僂、白癩顛狂種種病苦，聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。
第七大願
願我來世得菩提時，若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號，一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。
第八大願
願我來世得菩提時，若有女人，為女百惡之所逼惱，極生厭離，願捨女身，聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提。
第九大願
願我來世得菩提時，令諸有情出魔罥網，解脫一切外道纏縛；若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提。
第十大願
願我來世得菩提時，若諸有情王法所加，縛錄鞭撻。系閉牢獄。工當刑戮及余無量災難凌辱。悲愁前逼。身心受苦。若聞聲名。以我福德威神力故皆得解脫一切憂苦。
第十一大願
願我來世。得菩提時。若諸有情。飢渴所惱。 為求食故。造諸惡業。得聞我名。專念受持。我當天以上妙飲食飽足其身。後以法昧畢竟安樂。而建立之。
第十二大願
願我來世得菩提時。若諸有情，貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱，若聞我名，專念受持，如其所好，即得種種上妙衣服。亦得一切實莊嚴具。華鬘塗香，鼓樂眾伎，隨心所玩，皆令滿足。
功德利益
一：藥師法門以讀誦《藥師琉璃光如來本願功德經》，念藥師咒，念南無藥師琉璃光如來名號為根本，法門殊勝。修藥師法門的人切記多多幫助病苦的人，多多施藥關心病人，如經所說而行。如法修持，獲福無邊。
二：藥師法門是現生就能得福慧的法門。藥師佛行菩薩道時發十二大願，令我們發揮財富，所求皆得。
三：藥師法門是最適合相貌不好的人修。有人體身下劣諸根不具。醜陋頑愚，盲聾瘖啞，攣躄背僂，白癩癲狂，種種病 苦。念南無藥師琉璃光如來名號，來生就會長得非常美麗。
四：藥師法門是最適合貧窮的人修。念南無藥師琉璃光如來名號，很快就能得到財富。
五：藥師法門是最適合病苦的人修。眾人有病，逼切無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦。念南無藥師琉璃光如來名字，一經其耳，眾病悉得除身心安樂，家屬資具悉皆豐足。乃至證得無上菩提。
六：藥師法門是最適合諸事不順的人修。眾生心中隨所樂求，一切皆遂。求長壽得長壽。求富饒得富饒。求官位得官位。求男女得男女 。
七：藥師法門是最適合一心求生極樂世界，而沒有把握的人修。有人願生西方極樂世界無量壽佛所。聽聞正法，而未定者。修學藥師法門，臨命終時有八菩薩。乘神通來示其道路，即於彼界種種雜色眾寶華中自然化生。易得彌陀本願海，唯修藥師本願海。
八：藥師法門是最適合持戒不嚴的人修。有人學習如來正法。而破戒律。有雖不破戒律而破軌則。有於戒律軌則雖得不壞，聽到藥師琉璃光如來名號。便捨惡行修諸善法。不墮惡趣。設有不能捨諸惡行，修行善法。墮惡趣者。由於如來本願威力。令其現前暫聞名號。從彼命終還生人趣。得正見精進善調意樂。
九：藥師法門是最適合災難重重的人修。災難起時，所謂人眾疾疫難，外國侵逼難，國家政變難，星宿變怪難，日月薄蝕難，非時風雨難，過時不雨難。如果能供養藥師琉璃光如來，眾難解脫。
十：修藥師法門，不會九橫死，不會中邪，因為有藥叉菩薩保護。
十一：若是女人討厭女人身，聽到世尊藥師如來名號，至心稱念，於後不復更受女身。
十二： 修藥師法門，聰明智慧，勇健威猛，如大力士，速成佛道。