1656年，阿姆斯特丹的猶太人公會永久性地革除了斯賓諾莎的教籍，理由是他發佈異端學說，公開地對《聖經》中記述的歷史表示質疑。斯賓諾莎富庶的家庭隨後也因此宣佈剝奪了他的繼承權，這時，斯賓諾莎只有24歲。
斯賓諾莎是17世紀歐洲著名的哲學家。他信奉按照自己的天性生活，從不顧別人的議論和想法，也從不把自古以來的真理放在心上！因此，許多哲學家就說，「談論斯賓諾莎就像談論一條死狗！」
斯賓諾莎是猶太人。不過那時的猶太人還沒有受過猶太隔離區的侮辱。他們的祖先在西班牙半島定居的時候，那裡還是摩爾人居住的一個省。西班牙征服以後，引進了「西班牙屬於西班牙人」的政策，最後使國家陷入崩潰，斯賓諾莎一家被迫離開了老家，他們走水路來到荷蘭，在阿姆斯特丹買了幢房子，辛勤工作，積攢錢財，很快就大名鼎鼎，成為移民中最受尊敬的家族中的一員。
斯賓諾莎生在阿姆斯特丹，因此幸而沒有遭到大部分親戚生來就遭到的苦難。他首先被送進猶太教堂（合適的稱呼是「生命之樹」）掌管的學校，學會希伯萊文的動詞變化以後便被送到博學的恩德博士那兒，攻讀拉丁文和科學。
恩德教小斯賓諾莎拉丁文，但他熱情追求科學領域的最新發現，對喬達諾·布魯諾崇拜得五體投地，因此毫無疑問教給了這孩子一些正統猶太家庭一般不應提及的事情。
小斯賓諾莎一反當時的習慣，沒有和其他學生同住，而是住在家裡。他的學識很深，頗使家人驚奇，親戚們都自豪地叫他小先生，毫不吝嗇地給他零用錢。他沒把這錢浪費在煙草上，而是買了哲學書，並狂熱地喜歡上了笛卡爾。這直接導致了前面所說的革除教籍事情的發生。
被革除教籍後，斯賓諾莎不得不離開故鄉，到外地過著半隱居式的生活，靠磨鏡片維持生計。這樣的遭遇反而使他可以潛心思考哲學問題。1660至1675年，斯賓諾莎用近15年的時間完成了他的《倫理學》和《神學政治論》、《政治論》等代表性的著作，並和笛卡爾一樣，於兩年後因肺病餅早地離開了人世。
斯賓諾莎是第一個對《聖經》進行歷史性批判的人物，從許多方面來看，他都稱得上是笛卡爾的學生。年輕的斯賓諾莎仔細研究了笛卡爾的理論，結合自己的心得重新建立了自己的思想體系。
斯賓諾莎與笛卡爾的觀點的最大區別就是對上帝的態度截然相反。對笛卡爾而言，上帝的存在是顯而易見的事實，而在斯賓諾莎那裡，上帝被整個自然所取代。這就是斯賓諾莎著名的自然神論，又叫泛神論。
斯賓諾莎認為，實體不能由其它東西產生，存在必然是它自身。他繼承笛卡爾的觀念，認為實體有無限多的屬性，人們只知道兩種，即思維和廣延。這兩種屬性構成了我們所知道的自然界的一切。任何事物都是由這兩種屬性構成，大自然才是創造一切的神，是真實的上帝，而聖經中所說的上帝是不存在的，是人們幻想和虛構的事物。他明確地說，上帝不是一切，一切均在上帝之中，大自然本身就是上帝，而實體就是神。所有獨立的實體都是有生命的，每一個有形體的事物的觀念就是它的靈魂。所有的精神活動，所有的物質活動都是自然的一部分，都是神的一部分。自然法則是所有事物的內在原因，也是支配世界的真正的上帝。
斯賓諾莎和笛卡爾一樣，對數學方法在哲學方面的應用非常感興趣，對演繹法有很深的造詣。他《倫理學》就像歐幾里德的《幾何原本》一樣，充滿了許多的定義、公理、定理，當然這些非同尋常的寫作方法未必會得到其它人的理解和贊同，因為沒有多少人會對這些深奧的哲學命題來作數學式的解答，所以在很長一段時間裡斯賓諾莎幾乎被湮沒了，直到17世紀末，法國人貝勒在其名作《歷史批判辭典》中對斯賓諾莎作出了較高評介之後，人們才開始重新認識到他的價值。
《倫理學》一書中的倫理學部分獨樹一幟，充分展示了斯賓諾莎哲學最有價值的部分。
他認為，人是自然的一部分，人的自然本質決定了人的本性就是要自我保存。因此，追求個人利益乃是人的最高自然權利，是人性的普遍規律和惟一的道德基礎。這是他的倫理學的出發點。由此出發，他認為，善與惡的標準是是否有利於自我的保存。人的自我保存的意圖與身心聯繫時就產生情感，痛苦、快樂、慾望是人的三大情感。人的最大快樂是獲得至善，而獲得至善就意味著人的心靈與整個自然獲得完全的一致。他在《倫理學》結尾寫道，「賢達者，只要他被認為是賢達者，其靈魂絕少擾動，他按照某種永恆的必然性認識自身，認識神，認識物，決不停止存在，而永遠保持靈魂的真正的恬淡自足」。這樣的思想同中國古代的道家思想如出一轍。
斯賓諾莎的哲學理論基本上從神學的桎梏之中擺脫出來了，使人們從自然的角度重新認識這個世界。
雖然斯賓諾莎的思想對於人們認識物質世界本身有莫大的益處，但是他的認識是表面的，他的辯證法是機械決定論的。盡避如此，斯賓諾莎仍然稱得上是一位開拓性的人物，特別是後來的唯物論學者，包括謝林、費爾巴哈、馬克思等人都從他的理論中獲得過靈感。