20世紀70年代中期長沙馬王堆漢墓“女屍”的發現震驚中外。其屍骨保存之完好舉世罕見。由此，有人推測秦始皇的遺體也會完好地保存下來。
雖然客觀上具備保護遺體條件，但秦始皇遺體是否完好地保存下來呢?如果單從遺體保護技術而言，相距秦代不足百年的西漢女屍能很好地保護下來，秦代也應具備保護遺體的防腐技術。
問題是秦始皇死在出巡途中，而且更糟的是正值酷暑時節，“屍體”未運多遠，便發出了熏人的腥味，為了防止腥味擴散，走漏 “風聲”，趙高、胡亥立即派人從河中撈了一筐筐鮑魚，將鮑魚與“屍體”放在一起以亂其臭。
這樣，經過50餘天的長途顛簸，九月，屍骨終於運回咸陽發喪。秦始皇由死到下葬間隔近兩個月。根據當代遺體保護經驗，一般遺體保護須在死者死後即刻著手處理。如若稍有延誤，屍體本身已開始變化，恐怕再先進的技術也無能為力。
秦始皇遺體途中就開始腐敗，屍體運回咸陽等不到處理恐怕早已面目全非了。據此推測秦始皇遺體保存完好的可能性很小。
謎團2：秦陵幽幽地宮深幾許?
據最新考古勘探資料表明：秦陵地宮東西實際長260米，南北實際長160米，總面積41，600平方米。秦陵地宮是秦漢時期規模最大的地宮，其規模相當於5個國際足球場。
通過考古鑽探進一步證實，幽深而宏大的地宮為豎穴式。司馬遷說“穿三泉”，《漢舊儀》則言“已深已極”。說明深度挖至不能再挖的地步，至深至極的地宮究竟有多深呢?神秘的地宮曾引起了華裔物理學家丁肇中先生的興趣。
他利用現代高科技與陳明等三位科學家研究撰文，推測秦陵地宮深度為500至1500米。
現在看來這一推測近乎天方夜譚。假定地宮挖至1000米，它超過了陵墓位置與北測渭河之間的落差。那樣不僅地宮之水難以排出，甚至會造成渭河之水倒灌秦陵地宮的危險。
盡避這一推斷懸殊太大，但卻首開了利用現代科技手段探索秦始皇陵奧秘的先河。國內文物考古、地質學界專家學者對秦陵地宮深度也作了多方面的研究探索。根據最新鑽探資料，秦陵地宮並沒有人們想像的那麼深。
實際深度應與芷陽一號秦公陵園墓室深度接近。這樣推算下來，地宮坑口至底部實際深度約為26米，至秦代地表最深約為37米。這個數據應當說不會有大的失誤，這是依據目前勘探結果推算的。但是否如此尚有賴於考古勘探進一步驗證。
謎團3：秦陵地宮埋“水銀”之謎
始皇陵以水銀為江河大海的記載見於《史記》，《漢書》中也有類似的文字。然而，陵墓中究竟有沒有水銀始終是一個謎。現代科技的發展為驗證秦陵地宮埋水銀這一千古懸案提供了必要的前題條件。
地質學專家常勇、李同先生先後兩次來始皇陵採樣。經過反覆測試，發現始皇陵封土土壤樣品中果然出現“汞異常”。相反其它地方的土壤樣品幾乎沒有汞含量。科學家由此得出初步結論：《史記》中關於始皇陵中埋藏大量汞的記載是可靠的。
謎團4:兵馬俑伉被焚之謎
考古人員在清理兵馬俑坑時發現，一、二號坑中有很多火燒的痕跡，陵區有大面積的火燒土分佈，同樣考古人員在對秦陵陪葬坑的挖掘中也發現了大量火燒土和殘餘焦木，坑中的棚木基本上都被化為灰燼。究竟是誰對兵馬俑坑進行了如此巨大的破壞?
從文獻資料推測，破壞兵馬俑的人應當是項羽。由於項羽的祖父項燕在秦滅楚時被秦將王翦所殺，叔父項梁亦死於秦將手下，因此與秦始皇結下深仇大恨。項羽火燒咸陽城和阿房宮，仍不足以洩憤，於是再破壞秦始皇陵，燒燬了秦始皇陵園中的宮殿建築。至今陵園的建築遺址上還有大火焚燒過的紅色土塊和灰燼。
但如果是項羽火燒了秦陵，陪葬坑裡完好保存著精美的銅鶴、銅鵝、銅鴨子等珍寶一件都沒有被運走卻讓人覺得不可思議。
秦始皇陵墓之謎
謎團5：兵馬俑詛咒之謎
在秦末亂世，秦始皇兵馬俑軍團原型的秦京師軍下落不明。這個問題不僅涉及到兵馬俑軍團性質，也涉及到整個帝國秦軍的動向，甚至牽涉到秦帝國的滅亡、楚霸王的失敗和漢帝國的勝利等諸多問題。
據野史記載，曾經擊垮了秦帝國的楚霸王項羽，最後卻死於“兵馬俑”之手。最後在烏江邊斬殺項羽的5位騎兵將士，都是關中地區出身的秦人，也都是舊秦軍將士，都是秦兵馬俑的原型。
垓下之戰，漢軍60萬，楊喜、楊武、呂勝、王翳、呂馬童這5名騎士能夠留下名字，已經是奇跡了。在十二萬分之一的幾率中脫穎而出的5人，卻是百分之百的舊秦軍的將士，而且官職都合於秦京師軍，更是決非偶然了。
謎團6：秦陵地宮有無飛雁之謎
據《三輔故事》記載，楚霸王項羽入關後，曾以三十萬人盜掘秦陵。在他們挖掘過程中，突然有一隻金雁從墓中飛出，一直朝南飛去。斗轉星移過了幾百年，有一位三國太守張善還見到了這隻金雁。
瀏覽史書，我們發現司馬遷和班固都留下“黃金為鳧雁”之說。至於說金雁製作精巧，而且還能飛，這也是有可能的。因為在春秋時期，魯班已經能製造出木雁，能飛到天空，一直飛到宋國城牆上。
不過一個金屬物體在空中飛翔要像風箏和輕氣球那樣簡單易行，如果沒有機械動力單靠自然界風力，不要說空中飛行，恐怕連起飛都成問題。再進一步分析，假設秦代有能力製作會飛的金雁，那麼金雁埋入地宮之後將會不停地自動飛翔，一直在地宮內飛行了近一千個日日夜夜。當項羽打開地宮墓道時，這個自動飛翔的金雁又沿著墓道順利地飛出地面，然後又越過秦陵南側數千米高的山峰飛往遙遠的南方。
秦始皇陵墓之謎
謎團7：秦始皇陵暗藏“九層妖塔”?
坐在飛機俯視秦陵封土，可以清清楚楚地看見一個正方形錐體，所以美國人叫它“黃土金字塔”。其實美國人錯了，秦始皇陵不是三層台階式“覆斗形封土”，而是建造在九層夯土之上的中華土木大金字塔，甚至比埃及胡夫金字塔更大。還不僅如此，秦陵地宮也是一個同等規模的“倒金字塔”。更讓人難解的是，封土台九層夯土似乎暗合了“九層妖塔”之說，這在世界上是絕無僅有的。
“九層妖塔” 雖是小說之言，但是空穴來風。《老子》講哲學以建築作比喻，有“九層之台，始於壘土”之說，可見在春秋就有“九層之台”建築了，可惜還沒有發現東周“九層之台”遺跡。
謎團8：秦始皇陵封土取自何處?
眾所周知，皇陵的封土，是用方夯白灰、砂土、黃土摻合成的三合土，又用糯米湯澆固，加了鐵釘。不怕風吹雨打，十分的堅固。當時盜墓，一鑿子下去就一白點，用炸藥都炸不開。體積龐大的秦始皇陵封土堆堪稱國內之最，封土堆呈覆斗形，高76米，長和寬各約350米，如此大規模的封土堆在國內堪稱之最。但它的土究竟是取自秦始皇墓中，還是挖自魚池一帶?
《史記·秦始皇本紀》：“復土驪山”。《正義》曰：“謂出土為陵，即成，還復其土，故言復土。”意思是說把原來從墓穴中挖出來的土，再回填到墓上去。
秦始皇陵墓之謎
謎團9：地宮設有幾道門?
2002年9月17日，世人通過電視直播目睹了考古學家探測金字塔內部空間的過程。當考古學家從第一道石門洞口將機器人放進去之後，想不到機器人又碰上了一道石門。
舉世矚目的金字塔考古工程只好擱淺。金字塔地宮可能不只兩道門。那麼，秦陵地宮當年建造了幾道墓門呢?秦陵地宮門道數量問題，其實《史記》中早有答案。只是未引起學者們的重視罷了。
《史記》清楚的記載：“大事畢，已藏，閉中羨，下外羨門，盡閉工匠藏，無復出者。”棺槨及隨葬品全部安置放在中門以內。工匠正在中門以內忙活，突然間“閉中羨門，下外羨門。”工匠“無復出者”，也成了陪葬品。
這裡涉及既有中羨門，又有外羨門，其中內羨門不言自明。地宮三道門似乎無可辨駁。值得注意的是司馬遷中羨門用了個“閉”字，外羨門則有了個“下”字，說明中羨門是可以開合的活動門，外羨門則是由上向下放置的。
中羨門可能是橫向鑲嵌在兩壁的夾槽中，是一道無法開啟的大石門。內羨門可能與中羨門相似。三道羨門很可能在一條直線上。
謎團10：“旁行三百丈”究竟何意?
一說：地宮巡遊通道遇阻改了方向;一說：地宮初挖點向北移了700米
史料《漢舊儀》一書中有一段關於修建秦陵地宮的介紹：公元前210年，丞相李斯向秦始皇報告，稱其帶了72萬人修築驪山陵墓，已經挖得很深了，好像到了地底一樣。秦始皇聽後，下令“再旁行三百丈乃至”。“旁行三百丈”一說讓秦陵地宮位置更是撲朔迷離。
科技人員運用遙感和物探的方法分別進行了探測，證實地宮就在封土堆下，距離地平面35米深，東西長170米，南北寬145米，主體和墓室均呈。