原來，聖瑪麗亞德教堂是個世界聞名的“人骨教堂”，裡面用一萬多具男女修士的骨頭作裝飾。本來，這裡平時很少對外開放，但近年來，一些年輕人為了追求刺激和留下深刻記憶，開始在這裡舉行婚禮，不料新人們在這裡接二連三地遭遇鬼魅。難道世上真的有鬼魂？那些鬼魂到底是什麼？
新娘嚇瘋
塞格爾是意大利羅馬大學生物學教授，他的女兒海倫娜是個芭蕾舞演員。3年前，羅馬市政府秘書勞倫斯跟著塞格爾讀在職博士研究生，愛上了海倫娜，開始瘋狂地追求她。
勞倫斯雖然出身普通家庭，但他好學上進，人也長得不錯，所以海倫娜答應了他的求愛。但是，此後勞倫斯幾次提出要跟海倫娜結婚，都被她婉言拒絕了，她想等兩年再說。對一個芭蕾舞演員來說，一旦結婚，藝術生涯也就結束了。
2010年10月1日，海倫娜終於答應嫁給勞倫斯了，兩個人在一起商量在哪舉行婚禮時，勞倫斯說：“我的好幾位朋友都選擇在聖瑪麗亞德教堂舉行婚禮，他們說在那裡舉行婚禮，既有意義，又新鮮刺激，還能留下終身難忘的記憶。我們是不是也在那裡舉行婚禮？”
海倫娜吃了一驚，她雖然時常聽說聖瑪麗亞德教堂的事，但連一次都沒敢進去過。因為這個教堂已經有400多年歷史了，當地男女修士們認為，死後將屍身獻給上帝是對上帝的讚美和無上光榮的事，教堂是靈魂最好的歸宿，所以都願意死後把遺骨獻給教堂。後來，因為遺骨太多，實在放不下，神父們就用人的屍骨做成教堂的各種裝飾，先後用掉一萬多具人的屍骨。
想想那種地方就讓人毛骨悚然，海倫娜有些猶豫：“聽說那裡有時鬧鬼……”勞倫斯說：“有我在，鬧鬼怕什麼？再說鬧鬼更刺激！”想到自己因為事業，到現在才答應跟勞倫斯結婚，有些虧欠他，海倫娜還是答應了。
他們將婚禮定在11月1日舉行，由於11月1日也是羅馬天主教的萬聖節，就是鬼節，是修士們祭奠先聖的日子。所以勞倫斯和海倫娜的婚禮，要等修士們祭奠後才能舉行。等修士們祭奠後離開，再做做準備，已經是傍晚時分了。
海倫娜第一次走進這個教堂，面對堆積如山的人骨，特別是懸在牆上的頭骨黑而空洞的眼窩注視著自己，海倫娜緊張得汗毛孔都張開了。
婚禮按正常的程序進行，一切都很順利。婚禮結束的時候，海倫娜在伴娘的陪伴下，走進教堂側室，準備補一下妝然後陪著大家去婚宴現場，其他人都在外面等著。然而，就在海倫娜走進教堂側室僅3分鐘後，忽然從側室裡傳出一陣尖叫，接著，海倫娜和兩個伴娘全都披頭散髮衣冠不整地跑了出來，一邊跑一邊大喊救命。大家想攔住她們問問是怎麼回事，但三個女孩都像瘋了一樣，誰攔就抓誰咬誰。海倫娜跑回家後，一頭栽倒在地，昏死過去。大家手忙腳亂地把她弄醒，海倫娜已經目光呆滯，嘴裡一直胡言亂語。
海倫娜精神失常了。
父親臥底
事後，一個伴娘在清醒過來後才告訴大家實情：當時，海倫娜正在教堂側室裡換衣服，忽然，側室裡的燈開始忽閃忽滅，接著從屋樑上傳來一聲淒厲的尖叫。驚魂未定的三個人抬頭一看，只見有一個齜牙咧嘴的惡鬼正睜著一雙空洞洞的眼睛盯著她們獰笑，然後怪叫一聲向她們撲來，在她們的頭上脖子上亂抓，她們唯一能做的就是趕快逃命。
海倫娜的父親塞格爾仔細檢查了海倫娜和伴娘的頭部，發現在她們的頭皮和脖子上，的確留有什麼東西抓過的痕跡：如果伴娘的話是假的，這些痕跡是怎麼回事？如果她的話是真的，難道人骨教堂真的有鬼？塞格爾不相信世上有鬼，咬著牙說：“要想治好海倫娜的病，就必須找到病根，我倒要親眼看看海倫娜到底遇到了什麼鬼！”
勞倫斯卻表示反對，他勸岳父說，聽說人骨教堂到了晚上，有些冤死的骷髏會復活，他們從牆上紛紛爬下來，踩著其他骷髏的骨頭，發出吱吱作響的聲音，然後狂歡，有的還會跳到柱子上蕩來蕩去，如果這時有人打擾他們，就會受到攻擊：“都怪我們的婚禮辦得晚了，打擾了那些冤魂。我看還是先把海倫娜送到醫院再說吧。”
塞格爾不答應，教堂的馬休神父和塞格爾是中學同學，他早就想搞清楚教堂鬧鬼到底是怎麼回事了，表示願意跟塞格爾一起住進那間側室仔細觀察研究。
那間側室只有十幾個平方米，窗框、門框和神像的四周都鑲著用人骨做的裝飾，特別是頭頂上那個吊燈，是用人的頭骨做成，燈泡裝在頭骨裡面，顯得陰森而恐怖。但因為有馬休神父陪著，塞格爾也是個無神論者，所以他並不害怕。
然而，兩人住進教堂幾個晚上，什麼異常情況也沒發生。第六天晚上，馬休神父先睡了。塞格爾有個睡前翻雜誌的習慣，他靠在床上看雜誌。忽然，屋樑上傳來一陣陰森森的竊竊私語和偷笑聲，接著燈滅了。但塞格爾的眼睛還沒適應過來，燈又亮了起來。就在這燈光閃爍之間，塞格爾清楚地看到屋樑上慢慢爬起一個骷髏人，只見他咧著嘴獰笑著，兩隻黑洞洞的眼窩裡閃著綠光，燈光每閃一次，他就往下爬一點，他的骨頭碰到柱子上發出咚咚的輕響。
塞格爾開始毛骨悚然：原來世上真的有鬼！他連忙去喊馬休神父，馬休神父也被眼前的情形嚇蒙了，“撲通”一聲跪在地上禱告。就在這時，燈光完全滅了，夜色中，只見那個骷髏人已經下到了地面，開始一步一步地向他們走來。
塞格爾害怕了，他悄悄地站了起來，輕輕踢了馬休神父一腳，小聲地說：“我喊一二三，我們得趕快跑！”
不料他的話剛說完，就聽那骷髏人一聲怪叫，塞格爾感覺一股陰風向自己撲來，他還沒邁開腿，就感到已經有東西撲到了他的身上，在他的頭上脖子上撕扯起來。塞格爾和馬休神父一邊抵擋一邊往門外退，退到門口時，他們連忙關上門。骷髏鬼還不甘心，在門裡面又嘎吱嘎吱地抓了一會兒，才慢慢沒了動靜。
兩人好半天才喘了口氣，這才發現身上全都汗透了。但是，塞格爾仔細一想，又覺得有問題：剛才明明只看到有一個骷髏鬼，為什麼自己和馬休神父都受到了攻擊？還有，當自己受到骷髏鬼攻擊時，他明明是一副骷髏，自己為什麼隱約記得攻擊自己的鬼有肉還有毛？
塞格爾把自己的懷疑說了出來，馬休神父也回想起來了，攻擊他的骷髏鬼似乎也有肉身和毛髮，他的手上甚至還沾著一些細細的毛髮，但他還是不明白：“可是，我們親眼看到那個骷髏鬼從牆上爬下來的，還有當時只有我們兩個人，為什麼燈會忽明忽滅？而且我也聽到了骷髏鬼的竊笑，那麼陰森。”塞格爾說：“我不敢再進去了，明天再說吧。”
第二天，塞格爾再次來到教堂，仔細觀察後，他讓馬休神父找來一架長長的梯子，然後爬上了屋樑。這時，勞倫斯也來了，他勸岳父趕快下來。塞格爾沒理他，在屋樑上觀察了半天後，對馬休神父說：“我明白了，馬休，今天晚上看我把鬼捉給你看！”
原來，通過仔細觀察，塞格爾發現，在這個古老教堂的屋樑上，竟然幾乎沒有灰塵。在屋樑的盡頭，有一個老式按鈕式電線開關，可能是當初教堂做照明改造時臨時用於控制電源的，後來忘了拆掉，他伸手按了一下開關，它控制的正是教堂側室的燈。在開關的一側，有一個直徑只有十幾厘米的小洞，可以通往教堂的屋頂。如果有誰想從屋樑的這一頭通過小洞鑽到屋頂上，必須得路過那個開關。塞格爾在開關的旁邊，發現有一隻小小的動物腳印，趴下去一聞，還有一股臊臭味。
他頓時明白了：當地很多老建築物中，都生活有一種名叫鼬的小動物，體重有一公斤多，非常聰明靈活，它們以老鼠和在屋頂過夜的麻雀為食，所以老百姓都喜歡它們：一定是有一群鼬經常從屋樑穿過去屋頂捉麻雀，正好踩在了按鈕開關上，由於它們不止一個，每踩到一次，燈就會忽明忽暗一次，這就是教堂鬧鬼的原因。
真鬼假魅
但是，馬休神父還是不明白：“骷髏變成鬼是怎麼回事？那可是我們親眼看到的，還有攻擊我們的是什麼？我們的頭和肚子上的抓痕還在呢！”塞格爾說：“這也正是我想搞清楚的事，不過我已經有了懷疑，只不過還需要驗證。”馬休神父問：“你懷疑什麼？”塞格爾說：“在沒有證據前我不會說的，但你很快就會知道事情的真相了。”
經醫院診治，海倫娜的病情慢慢穩定了下來，但還是不太正常，睡覺時必須開著燈，還經常被驚醒，然後大叫：“有鬼，有鬼！”心病還需心藥治，像海倫娜這種因驚嚇發作的精神方面疾病，必須找到病根，揭開事實真相，否則就算病治好了，她心裡的陰影也永遠不會消除。
在勞倫斯的陪同下，塞格爾想帶著女兒再去教堂，把鼬鬧鬼的真相告訴她，但她無論如何也不敢走進教堂。塞格爾只好在外面地上一邊畫一邊把鼬是如何鬧鬼的事一點一點說給女兒聽。但海倫娜一邊聽一邊搖頭不相信。勞倫斯勸岳父說：“既然她不相信就算了，以後再也不讓她來這裡了。”塞格爾看了女婿一眼，什麼也沒說。
其實，那天塞格爾爬到教堂的屋樑上，還發現了一個秘密，就是不知什麼人用極細的鋼絲把一副人的骨架連接了起來，不仔細看根本看不見。鋼絲的一頭連接在屋樑上，並設了一個小小的機關，如果有鼬路過，那副骨架就會慢慢從屋樑上放下，就像人的骨架變成了骷髏鬼爬下來一樣。他還懷疑攻擊自己和馬休神父的，並不是骷髏鬼，而是那些鼬，但鼬為什麼會攻擊人呢？還有，是什麼人把人骨架串起來的？他想幹什麼？塞格爾懷疑這一切都是勞倫斯干的，但他為什麼要這樣做？再說，自己連一點證據也沒有啊！所以他誰都沒告訴。
塞格爾一邊給女兒治病，一邊開始悄悄地調查勞倫斯。通過調查，勞倫斯的朋友們很快就把人骨架變鬼的秘密說了出來。原來，幾個月前，一個朋友要在人骨教堂舉行婚禮，勞倫斯和幾個朋友一起，決定捉弄一下新郎和新娘，他們把一副人骨架用細鋼絲串了起來，趁新娘換衣服時悄悄地把骨架放了下來，結果把新娘嚇了個半死，大家覺得非常開心。
塞格爾繼續調查，結果他意外地發現，由於海倫娜一直沒有同意跟勞倫斯結婚，勞倫斯竟愛上了一個名叫梅伊的女孩，並讓梅伊懷了孕！另外，塞格爾還發現，勞倫斯竟然學會了吸毒！會不會因為這個事，勞倫斯想嚇死海倫娜？但他又是用什麼手段讓鼬攻擊人的呢？塞格爾實在理不清頭緒，他決定報案。
3天後，警方將正在吸毒的勞倫斯抓了個正著，當即以吸毒的罪名拘捕了他。因為勞倫斯有毒癮，警方不讓他吸毒，他很快就交代了事情的原委。
原來，的確像塞格爾調查的那樣，因為海倫娜一心想跳舞，不僅幾年都不跟勞倫斯結婚，平時連跟他親熱都十分保守，慢慢地，勞倫斯開始移情別戀，愛上了一個名叫梅伊的女孩，並讓她懷了孕。
但是，海倫娜的父親塞格爾是他的導師，他還沒拿到博士學位，他不敢提出跟海倫娜分手，生怕得罪了導師無法畢業。想到海倫娜天性膽小，他決定用自己曾經參與的用人的骨架變骷髏鬼嚇壞新娘的辦法，來嚇唬海倫娜，因為海倫娜的膽子特別小，他覺得就算嚇不死她，也會把她嚇成精神病，這樣自己就有理由跟她分手了。
為了把事情做得更有把握，他甚至想到了一個更加陰毒的辦法：趁著到教堂參加別人婚禮的機會，悄悄地給那些鼬餵食毒品，等它們上癮後，再訓練它們到人的身上來找。結果那些鼬犯了毒癮後，只要看到有人進了側室，就會瘋狂地撲上來找毒品，如果找不到，它們就瘋狂地撕咬，那些竊竊私語聲，實際上是鼬的叫聲……
得知教堂鬧鬼的真相後，海倫娜驚得目瞪口呆，好半天她才清醒過來，憤怒地說：“這個勞倫斯，只要他告訴我他有毒癮，我就會主動跟他分手，哪要他這樣做？這下可好，真是害人又害己！他就是那個真正的鬼魅！”