卻說康熙帝即位，由四位輔政大臣，盡心佐理，首擬肅清宮禁，將內官十三衙門，盡行革去。什麼叫作十三衙門？即司禮監、尚方司、御用監、御馬監、內官監、尚衣監、尚膳監、尚寶監、司設監、兵仗局、惜薪司、鐘鼓司、織染局便是。這十三衙門中，所用的都是太監，順治帝在日，曾立內十三衙門鐵牌，嚴禁太監預政，只因衙門未撤，終不免鬼鬼祟祟，暗裡藏奸，康熙帝即位，就裁撤十三衙門，宮廷內外，恭讀上諭，已自稱頌不置。清聖祖為一代令主，所以開場敘事即表明德政。到了元年三月，平西王吳三桂、定西將軍愛星阿先書三桂，特標首惡。奏稱：「奉命征緬，兩路進兵，緬酋震懼，執偽永歷帝朱由榔獻軍前，滇局告平。」此奏一上，特降殊旨，進封三桂為親王，鎮守如故，命愛星阿即日班師。原來桂王寄居緬甸，本已困辱萬分。李定國時在景線，連上三十餘疏，迎駕往彼，都被緬人阻住。定國復出軍攻緬城，緬人固守不下，忽聞清兵亦來攻緬，只得引還景線。適緬酋巴哇喇達姆摩弒兄自立，欲借清朝的勢力，壓服緬人，遂陰使通款清兵，願執獻桂王。三桂應允，限期索獻。緬酋遂發兵三千，圍住桂王住所，托名詛盟，令從官出飲咒水。馬吉翔先出，開了頭刀，李國泰作了吉翔第二，接連是走出一個，殺死一個，共死四十二人。惟沐天波與將軍魏豹，格死緬人數名，自刎而亡。馬、李等死有餘辜，惟沐天波似覺可惜。桂王自知不免，含淚修書，遣人投遞清營，交與吳三桂，其辭非常沉痛，詳錄如下：
將軍新朝之勳臣，亦舊朝之重鎮也。世膺爵秩，封藩外疆，烈皇帝之於將軍，可謂厚矣。國家不造，闖賊肆惡，覆我京城，滅我社稷，逼我先帝，戮我人民，將軍志興楚國，飲泣秦庭，縞素誓師，提兵問罪，當日之初衷，固未泯也。奈何遂憑大國，狐假虎威，外施復仇之名，陰作新朝之佐？逆賊既誅，而南方土宇，非復先朝有矣。諸臣不忍宗社之顛覆，迎立南陽，枕席未安，干戈猝至，弘光北狩，隆武被弒，僕於此時，幾不欲生，猶暇為社稷計乎？諸臣強之再三，謬承先緒，自是以來，楚地失，粵東亡，驚竄流離，不可勝數。猶賴李定國迎我貴州，接我南安，自謂與人無患，與世無爭矣。而將軍忘君父之大德，圖開創之豐功，提師入滇，覆我巢穴，由是僕渡荒漠，聊借緬人以固我圉，山遙水長，言笑誰歡，只益悲矣。既失山河，苟全微息，亦自息矣。乃將軍不避阻險，請命遠來，提數十萬之眾，窮追逆旅，何以視天下之不廣哉？豈天覆地載之中，猶不容僕一人乎？抑封王賜爵之後，猶欲殲僕以徼功乎？既毀我室，又取我子，讀鴟鴞之章，能不慘然心惻乎？將軍猶是世祿之裔，即不為僕憐，獨不念先帝乎？即不念先帝，獨不念列祖列宗乎？即不念列祖列宗，獨不念己之祖若父乎？不知大清何恩何德於將軍，僕又何仇何怨於將軍也？將軍自以為智，適成其愚，自以為厚，適成其薄，千載而下，史有傳，書有載，當以將軍為何如也？僕今日兵衰力弱，煢煢之命，懸於將軍之手矣，如必欲僕首領，則雖粉骨碎身，所不敢辭；若其轉禍為福，或以遐方寸土，仍存三恪，更非敢望，苟得與太平草木，同沾雨露於新朝，縱有億萬之眾，亦當付於將軍矣。惟將軍命之！
這封書信，若到別人手中，也要存點惻隱，為桂王顧恤三分，偏這忍心害理的吳三桂，毫不動心，仍檄催緬酋速獻桂王。桂王方等三桂復書，忽見緬兵七、八十名，蜂擁而入，不問情由，把桂王連人帶座，抬了就走。還有桂王眷屬二十五人，號哭相隨。桂王此時精神恍惚，由他抬著，經過了若干路程，滿望是荊蔓葛籐，無情一碧。正是荊天棘地。到了緬都城外，見有大營數座，旗幟分懸，右首是平西大將軍字樣，左首是定西大將軍字樣，緬兵從平西大將軍營內進去，放下桂王，出營自去。這裡自有營兵接住，桂王問此處是哪裡？營兵道：「是清平西大將軍吳王爺大營。」桂王道：「是否平西王吳三桂。」營兵應了一個「是」字，桂王歎了數聲。又見眷屬多蓬頭赤足，被緬兵押令入營，到桂王前，個個放聲大哭。營內走出一員部將，大喝道：「王爺出來，休得胡鬧！」狐假虎威。眷屬被他一嚇，噤住哭聲。
少頃，一位雄赳赳氣昂昂的大員，帶了數名護衛，緩步出來，對了桂王，一個長揖。桂王見他頭戴寶石頂，身穿黃馬褂，早料著是大將軍模樣，恰故意問是誰人？答稱「清平西王吳，……」說到吳字，停住。桂王道：「你便是大明平西伯吳三桂麼？」偏要提出大明二字，桂王也算辣口。三桂聞得「大明」二字，好像天雷劈頂一般，頓時毛骨俱悚，不由的雙膝跪下，顫聲道：「是。」天良終自難泯。桂王道：「好一個平西伯，果然能幹！可惜是忘本了。但事到如今，也不必說，朕正思北去，一謁祖宗十二陵寢，你能替朕辦到，朕死亦瞑目了。」三桂仍顫聲道：「是。」桂王命他起來。三桂即辭歸營內，對眾將道：「我自從軍以來，大小經過數百戰，並沒有什麼恐懼，不意今日見這末代皇帝，偏令我跼蹐難安，真正不解，真正不解。」有何難解？隨令部將護著桂王及桂王家眷，簇擁前行，自己邀同愛星阿，拔營歸滇。不幾日到了雲南省城，將桂王拘禁別室，與愛星阿商議處置桂王的法子。愛星阿擬獻俘北京，聽朝廷發落。吳三桂道：「倘中途被劫，奈何？據我愚見，不如奏請就地處決為是。」愛星阿系滿人，尚不欲死永歷，何物三桂，悍忍至此？愛星阿不便抗議，照三桂意拜發奏折。到了四月十四日，奉了清聖祖諭旨：「前明桂王朱由榔，恩免獻俘，著即傳旨賜死。欽此。」誌明月日，作為明宗絕滅一大紀念。三桂立即升帳，傳齊馬、步各軍，將桂王及眷屬二十餘人，都擁到篦子坡法場，令即絞決。桂王也不多說。只有桂王儲嗣，年只十二齡，大罵三桂道：「三桂黠賊！我朝何負於汝？我父子何仇於汝？乃竟置我死地。天道有知，必不令黠賊善終！」是日，天昏地暗，風霾交作，滇人無不悲悼，改喚篦子坡為迫死坡。福、唐、桂三藩事，至此結局。
時李定國方聯結暹羅、古刺諸國，擬大舉攻緬，索還桂王，忽聞緬人已把桂王獻與吳三桂，急引兵追截；途次，又聞桂王被弒，望北大哭，嘔血數升。兵士見主帥已病，請即退還。回到猛獵，病勢日重一日，臨危時，尚三呼永歷帝，悠然而逝。還算是他。
定國已死，西陲無遺患，獨東南尚有張煌言、鄭成功。煌言隱居南田島，隨從只有數人，明知大勢已去，無能為力，只是忠心未泯，還與台灣常通音問，屢促成功進兵。不料成功一病身亡，煌言聞訃大哭道：「延平一歿，還有何望？」從此深島屏居，謝絕一切，暇時或著書遣悶，借酒消愁。一日，方在門外閒眺山水，見有數人著了明裝，走到煌言面前，瞧了又瞧。煌言方自驚詫，但聽來人道：「君非張煌言先生麼？」煌言不便道出姓名，卻轉問來人。來人道：「我等皆故明遺民，因聞先生居此，特來拜謁。先生何必隱匿名姓，難道疑我等為奸細麼？」煌言便邀到窟穴，彼此各道姓字，無非是張三、李四一流人物。坐談之頃，滿口思明，聲聲忠義，與煌言說得非常投機，並云：「島口有來舟數號，舟中同志，約數百人，一成一旅，也可中興，請先生出去一會，訂定盟約，共圖恢復便是。」煌言熱心復明，便隨了來人，步至島口，果見口外泊船數艘，將要上船，舟中突起數人，都是辮發的清兵，煌言始知中他詭計。清兵提起鐵索來縛煌言，煌言厲聲道：「士可殺不可辱！」道言未絕，岸上引誘煌言的來人，即搖手阻住。當下偕煌言上船，乘著風勢，到了寧波，復由寧波轉達杭州，由清兵上岸，雇了肩輿，抬煌言入署。巡撫趙廷臣下階迎接，請他上坐，便嘮嘮叨叨的勸他降清。煌言道：「如公厚誼，非不足感，但煌言義不事清，有死無二。任他辯如秦、儀，不能搖動方寸，還是早日就死，完我貞心。」廷臣見無可說，便從他志願，送出清波門，令他就義，把遺骸送入鳳凰山中。迄今鳳凰山有張蒼水先生墓，就是煌言遺塚。
這時候，鎮守閩地的耿繼茂，復與閩督李率泰，水師提督施琅，借了荷蘭國夾板船數艘，攻克金、廈二島，復名思明州為廈門。鄭軍退保台灣，由成功子經據守台地，仍奉永歷正朔，效節海外。清廷將鄭芝龍正法，並其子鄭成恩、世恩、世蔭等，亦一律斬首。芝龍臨刑時，長歎道：「早知如此，何必投降。」悔已遲了。鄭經聞芝龍受刑，痛乃祖之被戮，悲厥考之無成，搶地呼天，枕戈飲血，可奈逋地徒成孤立，銜石不足填波，只得遵晦養時，再作計較。
那時八齡天子，坐享承平，歸馬放牛，修文偃武，太常紀績，頒世祿以報功，勝國搜賢，予隆謚以表節。光陰荏苒，已是四年，天子大婚，冊內大臣噶布喇女何捨裡氏為皇后，龍鳳雙輝，滿廷慶賀。太皇、太后與皇太后，各上徽號，雖是照例應有的事情，免不得錦上添花，愈加熱鬧。只範文程、洪承疇等一班勳臣，先後逝世，朝綱國計，統歸輔政四大臣管理。這四大臣中，索尼是四朝元老，資格最優，人品亦頗公正。遏必隆蘇克薩哈勳望較卑，凡事俱聽索尼主裁。獨這鰲拜隨征四方，自恃功高，橫行無忌，連索尼都不在眼中，他想把索尼諸人，一一除掉，趁著皇帝沖幼，獨攬大權，因此暗中設法，先從蘇克薩哈下手。蘇克薩哈系正白旗人，鰲拜乃鑲黃旗人，順治初年，睿親王多爾袞曾把鑲黃旗應得地，給與正白旗，別給鑲黃旗右翼地，旗民安居樂業，已二十多年。鰲拜倡議，欲將原地各歸原旗，明明是借題生釁。宗人府會議照準，遂命直隸總督朱昌祚，巡撫王登聯，會同國史館大學士蘇納海，經理易地事宜。俗語說道：「多一事不如少一事。」這安居樂業的旗民，無緣無故要他遷徙，不免要多費財力；況且原地易還，屯莊亦須互換，彼此各有損失，各有困難，自然而然的怨恨起來。蘇納海、朱昌祚、王登聯等，俯順輿情，奏請停止，康熙帝召見四大臣，將原奏交閱。鰲拜怒道：「蘇納海撥地遲誤，朱昌祚阻撓國事，統是目無君上，照例應一律處斬。」這是鰲拜自創的律例。康熙帝問索尼等人道：「卿等以為何如？」遏必隆連忙答道：「應照輔臣鰲拜議。」索尼亦隨即接口道：「臣意也是如此。」口吻略有不同，然都是敲順風鑼。只蘇克薩哈俯首無言。鰲拜怒目而視，恨不將蘇克薩哈吞入肚中，轉向康熙帝道：「臣等所見皆同，請皇上發落！」康熙帝猶在遲疑，鰲拜即向御座前，檢出片紙，提起御用的硃筆，寫著：「蘇納海、朱昌祚、王登聯，不遵上命，著即處斬」十七個大字，匆匆徑出。索尼等亦隨了出來。鰲拜就將矯旨付與刑部，刑部安敢怠慢，即提到蘇納海、朱昌祚、王登聯三人，綁出市曹，一概梟首。暗無天日。
康熙帝見鰲拜這副情形，遂有意親政，陰令給事中張維赤等聯銜奏請。貝勒王大臣同聲贊成，獨鰲拜不發一詞。康熙帝又延了年月，直到康熙六年秋季，始御乾清門聽政。隔了數日，索尼病逝，鰲拜欲加專恣，蘇克薩哈恐不能免禍，遂呈上奏折，略云：
臣以菲材，蒙先皇帝不次之擢，廁入輔臣之列，七載以來，毫無報稱，罪狀實多。茲遇皇上躬親大政，伏祈令臣往守先皇帝陵寢，如線余息，得以生全，則臣仰報皇上豢育之恩，亦得稍盡。謹此奏聞。