向來講國學的是把自然科學除外的，如清末士大夫主張「中學為體，西學為用」，即認為自然科學是西學，而中學則不過是經學、史學、理學、詞章之學罷了，章太炎也說國學只包含經學、哲學、史學、文學，並不包含自然科學，這表現了我國自然科學在學術上地位的低微。其實我國並不是完全沒有自然科學，不過是自然科學沒有形成理論的體系，也沒有分門別類的獨立的發展，換句話說，即沒有發展成為近代歐洲那樣的自然科學罷了。
在我國文化猛進的周秦時期，自然科學的發展相當地快，但經過漢至清的兩千年文化停滯時期，過去的科學傳統已經衰微，近數百年歐洲科學發達的時期，又因為中西交通的隔絕而不能隨時接受歐洲的影響，所以直到清末西洋科學輸入以前，我國學術界沒有給自然科學以重視。但在過去魄力較大的學者，對於自然現象的研究，也曾於研經習史的餘暇加以注意，特別是與「敬授民時」有關的天文學，與制禮作樂有關的音樂理論（律呂學），以及與天文有關的數學，頗有人當作經學或史學範圍內的專門之學來研究。所以中國社會如果有進一步的發展（指西學輸入以前），自然科學就可能從經學、史學裡面分化出來，而取得獨立的地位。
我們現在研究我國固有的自然科學，主要的意義是把它當作文化史的一部分來考察，而不是要在這裡面尋求現代科學所沒有的東西。這正和我們研究中國文學一樣，不是要學習作舊詩、填詞、作曲，而是要研究中國文學的發展史。自然，我們在祖先的學術遺產中，仍然可以接受若干寶貴的經驗，如文學上的表現手法等，而自然科學，雖則貧乏，也未必沒有這種附帶的收穫的可能，例如醫藥學中的特殊療治方法，也許可以補充現代醫藥學的缺陷。