在工商銀行系統完成改造的同時，支付寶自身的系統升級也迎來了攻堅的時刻。
當時支付寶主要分為財務和技術兩條線，老苗領銜技術這條線，他的工作任務是滿足整個產品鏈上買家和賣家的需求，使淘寶的交易過程能順暢地完成，同時他還負責解決進出兩條線的資金核算與對賬等問題。那時，阿里巴巴B2B業務一天有一千多筆收入，對賬的工作已經讓員工焦頭爛額了，但支付寶是10萬甚至20萬筆交易，僅打印出來的賬單就很長，老苗每天對賬直到很晚。當時支付寶的技術人員只有老苗一個人，他不分晝夜地開發，但活兒依然做不完，好在淘寶有外包的技術團隊在協同，這分擔了他的一部分工作。
2004年下半年，隨著淘寶交易量的迅速提升，原本簡單的PHP+MySQL的架構已經捉襟見肘，需要用新的架構和系統來代替，阿里巴巴集團在集結內部最強技術力量的同時，還請了外部的合作夥伴SUN公司。當時SUN公司也聚集了一批資深的架構師，這個外包的技術團隊，在做淘寶網新架構項目的同時，也在為支付寶做基礎平台的搭建工作。
有意思的是，這個項目中的很多人後來加入了支付寶。比如，當時項目總架構師是SUN公司的李靜明，他後來一度擔任支付寶的CTO。在SUN公司的外包團隊中，還有一位來自上海交通大學的在讀博士程立（花名「魯肅」），他正是在這個項目之後，放棄了在讀的博士學位，加入了支付寶。現在他是螞蟻金服CTO和阿里巴巴集團的合夥人。
這個項目耗時很長，一共做了三期。第一期和第二期做淘寶網，這兩期把淘寶網的新架構建了起來，第三期做支付寶。程立在做完前兩期後，開始協助老苗一起做支付寶。當時，他和老苗一起為這個系統寫下了四千多行代碼。
那時，很多淘寶網的用戶都希望盡快使用新系統，程立還記得，當時有一個淘寶用戶在論壇裡面發帖說：「冰天雪地，360度裸身跪求支付寶上線。」
經過幾個月的緊張開發，2004年12月29日，支付寶獨立的會員賬戶體系終於上線，然而系統剛上線卻遭遇「難產」，幾經周折才發佈成功，發佈的時候已經是清晨，多日勞累的老苗終於能睡一會兒了。那天，杭州正好下了一場大雪，在杭州這個不經常下雪的城市，很多人都記得那場雪格外大。
後來，陸兆禧回憶起這段往事時，不無感慨地說：「當時能夠挺過來，最重要的是因為大家相信這件事情能做成，就堅持熬過來了，熬到最後系統準備好了，以往的問題就不是問題了，我們又開始面臨新的問題。」
「事情就是這樣做出來的。」陸兆禧說。