近年來由於人們對於鈣質流失和骨質疏鬆的問題越來越重視，對於咖啡也產生相當的疑惑。至於咖啡因的攝取和骨質疏鬆症的關係，仍在持續研究中，目前並沒有直接證據顯示咖啡因會導致骨質疏鬆症，但是某些研究則指出咖啡因會增加鈣質的流失。因此在此建議咖啡愛好者應該多吃些高鈣食品來補充鈣質，如準備吉士片或吉士蛋糕等搭配咖啡享用，不僅能補充鈣質，還能使咖啡更加美味。
喝咖啡會造成鈣質流失嗎？喝咖啡會引起骨質疏鬆症嗎
喝咖啡的5大壞處：
1、易患不孕症
研究人員統計發現，每天飲1杯咖啡的婦女比不飲咖啡的婦女易患不孕症。有關專家曾調查了有飲用咖啡習慣的104名婦女，其中約有50名婦女不易受孕。也有些生育專家認為，這是小範圍的研究，不能最後證實咖啡對生育的特殊作用。但是，研究人員強調指出如果不能從醫學上說明不育症的原因，則應考慮不育症與咖啡因有關。
2、增加心梗危險
美國波士頓大學公共衛生學院的醫學家們通過對858例在45～69歲首次患心肌梗塞的婦女和858例從未患過心肌梗塞的婦女進行了為期4年的研究，結果表明，每日飲5杯或更多的咖啡，可使婦女患心肌梗塞的危險增加70%，而且危險性隨著飲咖啡的數量增加而增加。
3、孕婦飲咖啡對胎兒不利
早在80年代初，美國食品與藥品管理局的考林博士即在實驗中發現，每天給小白鼠飼喂相當於成人飲12～24杯濃咖啡的量後，妊娠鼠就會生育出畸形的小鼠。為此，研究者以美國食品與藥品管理局的名義告誡孕婦：應暫停飲用咖啡。
4、易引起糖尿病
芬蘭和美國的研究人員通過調查分析發現，這兩個國家都是消費咖啡最多的國家，其結果是，這兩個國家中患糖尿病的人數也最多。其中，芬蘭人的咖啡消費量居世界之首，該國的糖尿病患者也是世界上最多的。其它北歐國家的咖啡消費量也大，患糖尿病的人數也多。相反，日本人的咖啡消費量在世界上是最少的，糖尿病患者也最少。研究者分析認為，咖啡飲料中含有的咖啡因可以透過胰臟而沉澱到胎兒組織中，尤其是胎兒的肝臟、大腦，使出生後的嬰兒可能患糖尿病。
5、妊娠高血壓綜合征
是孕婦特有的一種疾病，患者表現為浮腫、高血壓和蛋白尿，如不及時防治，可危及母胎安全。據澳大利亞一項研究結果表明，每日只飲幾杯咖啡就會升高血壓。為此，孕婦不宜飲用咖啡。
此外，不論男女，飲咖啡均可增加患心臟病、高血壓的危險性，還會導致成癮現象。