1、身體原因
(1)某些胃腸道疾病的影響：消化性潰瘍、急慢性肝炎、慢性腸炎以及各種原因的腹瀉及慢性便秘等都可能會引起小兒厭食症，應具體排查找到原疾病；(
(2)某些藥物的副作用會引起消化道變態反應，易引起噁心、嘔吐等，如紅黴素、氯黴素、磺胺類藥物以及氨茶鹼等藥物會導致食慾不振，厭食。維生素A或維生素D中毒也表現有厭食。一些抗癌藥物更容易引起厭食。
(3)身體缺乏某種微量元素及某些內分泌素不足也有可能引起厭食。如缺鋅常表現有厭食，某些內分泌素如甲狀腺功能低下、腎上腺皮質激素相對不足也可表現厭食。
(4)全身性疾病如結核病、膠原病、貧血、及一些慢性感染等。
(5)其他如肝功能不全、高血壓、酸中毒、尿毒症、以及心功能不全消化道淤血。
2、父母方面的原因
(1)餵養不當
因為家庭經濟改善、市場兒童零食供應增多，小孩子容易受不了誘惑亂吃零食，高蛋白、高糖的飲食使食慾下降，兩餐之間隨意吃糖果、點心、花生、瓜子等零食，以及吃飯不定時、生活不規律都影響食慾；
(2)錯誤教育的影響
家長對兒童要求過高，限制自由，阻止與其他兒童玩耍，或限制他想去的地方，影響其情緒，使食慾降低。家長過分注意兒童進食，容易因為一次的進食不成功而對孩子發脾氣，反覆誘導或以威脅手段使小兒容易患上厭食症；
(3)家長本身有厭食偏食的習慣
給孩子留下不良的印象。
3、小兒情緒的影響
(1)因家長溺愛對小兒進食採取不適當的態度，反而引起神經性厭食。
(2)夏季氣候過熱，濕度過高以及過多的冷飲都影響消化液的分泌，而影響食慾。
(3)急性精神刺激：如小兒受到強烈驚嚇之後，精神萎靡、活動受抑制，食慾降低。這種厭食，往往時間不會太長，恐嚇心理過去食慾也就會恢復。
(4)亞急性或慢性精神刺激：離開親人及熟悉的環境進入托兒所或其他新環境時，對新環境不適應，情緒低落，食慾降低。家庭不幸或父母離異等情況都有可能是厭食症的原因。