《紅樓夢》有五個書名，其一為《金陵十二釵》。秦可卿是《紅樓夢》中的正十二釵之一，由此可知她在書中的地位多麼重要。我們曾經論述過：作者曾將《紅樓夢》寫完過，共有一百一十回。然而現存僅有八十回，但是帶有脂硯齋批語。那麼，後三十回到哪裡去了呢？——是作者自己親手砍去的。見《帶脂批的八十回〈石頭記〉即曹著之全璧》，載於《紅樓解夢》第一集。
我們也曾論述過：這樣一部帶脂硯齋批語的八十回本《紅樓夢》(原叫《石頭記》)，看起來是不完整的半部書，實際上卻同時包含了兩部完整的書——一部小說，一部歷史。作者將後三十回主要人物的命運寫入了前八十回中，比如第五回的判詞便起到了這種作用。因而，讀者可以從判詞中瞭解到十二釵最後的結局。然而，在這十二釵中，唯獨秦可卿是個例外。秦可卿從第五回出場，到第十三回她就去世了，第十四回為她送葬，這個人物的故事就此結束，當然此後她就不可能再出現了。
假如單單從小說角度看，秦可卿既然到第十四回故事便結束了，讀者就應對這個人物有一個完整的概念，但是實際情況並非如此。只要認真思考一下，便會發現，在秦可卿身上存在著大量的「誤謬」，也就是「謎」。這種「誤謬」是一種客觀存在，是作者有意留給讀者的，因而作為讀者，就不應迴避它，而要正視它、揭示它、研究它。通過發現、揭示、研究、解決這些「誤謬」，讀者便可熟悉到《紅樓夢》堪稱「謎書」，或者就像我們曾作過的形象比喻——《紅樓夢》就像一部「密電碼」見《帶脂批的八十回〈石頭記〉即曹著之全璧》，載於《紅樓解夢》第一集。。誰假如能夠解開這些「密碼」，誰就能夠成為曹著的「解味人」！
下面我們來看看秦可卿身上存在著哪些謎。
秦業的「營繕郎」是一種什麼樣的職業？假如說相當於清代的「營繕清吏司」。其司職位有兩種：正五品之郎中和從五品之員外郎。這是一種並不很低的官員。既然如此，為什麼秦業竟窮得不能供兒子秦鍾上學，偏要讓他借讀於賈家的家學呢？按照小說描寫：「秦業……因當年無兒女，便向養生堂抱了一個兒子並一個女兒」，這個女兒便是秦可卿。秦業待秦可卿如同親生兒女，為什麼脂批卻說「如此寫出可兒來歷，亦甚苦矣！」秦可卿苦在何處？
書中談到秦業時，甲戌本有夾批曰：「妙名，業者，『孽』也。」「業」為何是「妙名」？為何「業」諧音「孽」，就是妙名？書中寫寶玉睡在秦氏床上，在「猶似秦氏在前，遂悠悠蕩蕩，隨了秦氏，至一所在」處，戚序本和甲戌本有側批曰：「此夢文情固佳，然必用秦氏引夢，又用秦氏出夢，竟不知立意何屬？」小說中寫了秦氏引夢，但寶玉的夢是在墜入「迷津」後被嚇醒的，怎麼能說是「秦氏出夢」？
書中為警幻仙姑寫了一篇賦，脂硯齋對此賦加批曰：「前有寶玉二詞，今復見此一賦，何也？蓋此二人，乃通部大綱。」第五回以後，警幻並未再出場，怎麼警幻與寶玉二人倒成了《紅樓夢》的「通部大綱」？
警幻說寶玉是「天下古今第一淫人」。寶玉怎麼就成了「天下古今第一淫人」？可卿仙子與可卿是什麼關係？是一個人？是兩個人？脂硯齋批語曰：「『群芳髓』可對『冷香丸』。」「群芳髓」是太虛幻境中的香，而「冷香丸」是寶釵吃的一種藥，這兩種東西如何相對？脂硯齋說：「萬艷同杯」的「杯」隱「悲」字，如此說來「萬艷同杯」，豈不成了「萬艷同悲」，這是什麼意思？脂硯齋說：「千紅一窟」的「窟」隱「哭」字，如此說來「千紅一窟」，豈不成了「千紅一哭」，這又是什麼意思？
當書中寫道：「二人因攜手出去遊玩，忽至一個所在，但見荊榛滿地，狼虎成群」處，脂硯齋批道：「凶極！試問觀者：此系何處？」——這是何處呢？張友士醫生說可卿之病是「憂慮傷脾，肝木忒旺」。自小說中何處可看出她的這種憂慮？書中寫秦可卿：「那長一輩的想他素日孝順，平一輩的想他素日和睦親密，下一輩的想他素日慈愛，」秦可卿在賈府中的輩分是最低的，這裡說「下一輩的」指誰？焦大罵道：「爬灰的爬灰，養小叔子的養小叔子。」「爬灰的」指誰？「養小叔子的」又指誰？
脂硯齋說：「一部《紅樓》，淫邪之處，恰在焦大口中揭明。」焦大對於淫邪之處不就揭明瞭「爬灰」和「養小叔子」兩件事嗎，如何說「一部《紅樓》」中的「淫邪之處」都是他「揭明」的？寶玉在聽說秦可卿死了以後，「只覺心中似戳了一刀的，不忍『哇』的一聲，直奔出一口血來」。賈蓉是秦可卿的丈夫，自己的妻子死後，無動於衷，寶玉卻吐血，什麼原因？
在「直奔出一口血來」處，甲戌本有側批曰：「寶玉早已看定，可繼家務事者，可卿也。今聞死了，大失所望，急火攻心，焉得不有此血？」寶玉當時只是個十三四歲的少年，誰「繼家務事」是他考慮的問題嗎？而且還「今聞死了，大失所望，急火攻心，焉得不有此血？」即是說寶玉吐血，理所當然，合乎邏輯嗎？
在「賈珍哭的淚人一般」處，甲戌本有側批曰：「可笑，如喪考妣。此作者刺心筆也。」賈珍的哭，如何成了「作者刺心筆」？《紅樓夢》第十三回，靖藏本有回前批曰：「『秦可卿淫喪天香樓』，作者用史筆也。」「史筆」的意思是說這裡所描寫的是真實事件。什麼真實事件？《紅樓夢》第十三回的回前批「秦可卿淫喪天香樓」，本身就頗不合理。前面已說明秦可卿病臥在床，她還如何能與賈珍私通？又怎能是「淫喪」？
在第五回「好事終」曲「箕裘頹墮皆從敬」處，有脂批曰：「深意他人不解。」假如按小說來解釋，「敬」指賈敬，有何不可理解的？脂批的含義是什麼？第十三回寫道：賈珍「一面吩咐去請欽天監陰陽司……」。「欽天監」是皇宮中主管天文氣象的機構，賈家只是一個公的後代，有這種資格嗎？
文中說：「這四十九日，單請一百單八眾禪僧，在大廳上拜大悲懺，超度前亡後化諸魂，以免亡者之罪;另設一壇於天香樓上，是九十九位全真道士，打四十九日解冤洗孽醮。然後停靈於會芳園中，靈前另外五十眾高僧、五十眾高道，對壇按七作好事。」按書上的說法，為了超度亡魂，召來了三撥僧道：一撥在大廳，一撥在天香樓，一撥在停靈處的會芳園。作為一個公的後代，其孫媳的殯儀可能有如此大的規模嗎？
秦可卿所用的棺木，「原系義忠親王老千歲要的」。不必說像秦可卿這樣賈家的孫媳，就是賈蓉的五世祖寧國公，在等級制度十分嚴格的封建時代，也是不能使用這種棺木的，為什麼秦可卿能用這種棺木？
第十四回甲戌本有回後總批曰：「豈是安富尊榮坐享人能想得到處？」秦可卿在賈府中輩分最小，怎麼成了「安富尊榮坐享人」？書中寫道：「只這四十九日，寧國府街上一條白漫漫人來人往……。」所謂「白漫漫人來人往」是指穿孝的人非常之多，而且在祭弔的四十九天裡天天如此。按照中國的傳統，只有小輩人給老輩人穿孝，而秦可卿在賈府輩分最低，那麼這些穿孝者是何人？
第十四回在「奉天洪建兆年不易之朝」處，庚辰本有眉批曰：「……奇甚，妙甚！」「奇」在何處？「妙」在何處？書中還寫道：「只這四十九日，寧國府街上……花簇簇官去官來。」所謂「花簇簇官去官來」是指穿官服來弔唁者非常之多，而且這四十九日天天都如此。但是官服是不能隨便穿的，只有正式場合才答應。賈珍只不過是個三品爵威烈將軍，為什麼這些官員紛紛來為一個爵位並不高的官員的兒媳婦穿著官服進行祭弔？
為秦可卿送喪的還有公侯伯子男各級貴族成員，東西南北四路王爺都有祭棚，秦可卿喪事的規格為何如此之高？秦氏喪儀原定七七四十九日後才送葬，但到「五七正五日」時就發喪了，原因何在？為什麼北靜王身穿孝服親來為秦可卿送葬？
書中說北靜王「每不以官俗國體所縛」，「每」此處意即「從來」。在等級森嚴的封建社會，有從來不以「官俗國體所縛」的王爺嗎？北靜王為什麼如此對待賈家？賈蓉是秦可卿的丈夫，但當秦可卿去世後，裡裡外外進行張羅的是賈珍，後來又讓鳳姐來協理，賈蓉幾乎就沒有怎麼露面，原因何在？
第十四回寫道：「賈政聽說，忙回去，急命寶玉脫去孝服。」這說明寶玉原本是身穿孝服的，但寶玉是秦可卿的叔叔，哪有叔叔給侄媳婦穿孝的？北靜王召見寶玉是在為秦可卿送殯的路上，當時送殯的人都穿著孝服，就是北靜王也不例外，但是賈政為何卻「命寶玉脫去孝服」？