梁山最大的派系無疑是宋江自己的派系。宋江的嫡系主幹是由三部分組成的，第一部分是他的嫡系中的嫡系，這包括宋江上梁山前的好友加兄弟花榮、朱仝、雷橫，他的親弟弟宋清，以及江州大牢裡曾經同生共死的戴宗，還有小跟班李逵，日後主動投靠過來的吳用，還有他的徒弟孔明、孔亮，及貼身護衛呂方、郭勝；第二部分是依附宋江的小派系。主要是青州的降將秦明、黃信，其中秦明是花榮的妹夫，這層關係秦明似也可以歸入宋江嫡系中的嫡系。清風山的燕順、王矮虎、鄭天壽，加上後來嫁給王矮虎的扈三娘。揭陽鎮的李俊、李立、穆弘、穆春、張橫、張順、童威、童猛、薛永、侯健。黃門山的歐鵬、蔣敬、馬麟、陶宗旺。這些都是宋江直接招募來的；第三部分就是間接投入宋江派系的人馬，如自己來投奔的石勇，戴宗招募來的楊林，李逵招募來的湯隆、焦挺、鮑旭等。總共37人，占梁山組織的三分之一。
梁山的第二大派系是魯智深的三山系統。三山原指二龍山的魯智深、楊志、武松、施恩、曹正、張青、孫二娘；桃花山的周通、李忠；和白虎山的孔明、孔亮。但是考慮到孔明、孔亮是宋江的徒弟這層關係，而且兩人在梁山上又一直擔任老大的貼身侍衛，所以應該歸在宋江嫡系。相反少華山的史進、朱武、陳達、楊春同魯智深的關係更為密切，所以三山應指二龍山、桃花山和少華山。這個派系有13人。其中武松同宋江淵源很深，早在柴進莊上，武松就為宋江所籠絡。
梁山的第三大派系則是原梁山的晁蓋系統，晁蓋死後林沖就是這個派系的老大。他們就是宋江上梁山初坐左邊的那九個頭領，林沖、劉唐、阮小二、阮小五、阮小七、杜遷、宋萬、朱貴、白勝。再加上日後由李逵帶上山的朱貴的兄弟朱富。這個派系是資格最老，對梁山貢獻最大的派系。其中劉唐和三阮都是和吳用一起劫生辰綱的生死兄弟，同宋江也頗有淵源。而林沖同三山系統的老大魯智深則是生死之交。這個派系共有10個人。
梁山的第四大派系是降將派系，主要是由幾次政府征討梁山和梁山主動攻擊政府軍時被梁山收服的政府軍軍官組成。林沖、秦明、花榮等雖然也是前政府軍軍官出身，但是同梁山另有淵源，所以不算在降將派系中。這個派系比較鬆散，名義上的領袖是大刀關勝，是由三個小派系組成，再加上雙槍將董平、急先鋒索超。三個小派系是呼延灼派系、關勝派系和張清派系。呼延灼派系主要是梁山破高唐州後，第一次朝廷派出征討軍的軍官，有呼延灼、韓滔、彭[王己]、凌振等4人。關勝派系是一個比較大的派系，主要是梁山攻打大名府時，朝廷派出的兩支征討軍的軍官，共有關勝、宣贊、郝思文、單廷珪和魏定國等5人。張清派系是梁山打東昌府收服的東昌府政府軍軍官，張清、龔旺和丁得孫三人。這個鬆散的降將派系總共14人。但考慮到單個派系的人數都比較少，整體上的聯繫又不夠緊密，所以無齋主人將其排在第四大派系。
梁山的第五大派系是盧俊義派系。盧俊義上梁山很晚，但還是有自己的班底的。主要成員是忠心耿耿的燕青和在北京大牢中結下生死情誼的石秀（石秀同盧俊義的關係可比戴宗同宋江的關係），以及幫過他的蔡福、蔡慶兄弟。楊雄、時遷同石秀原屬一個小集團，聯繫也十分緊密，所以因為石秀的關係，這兩人也歸在了盧俊義的派系。盧俊義派系共有7人。
除此之外，梁山還有不少小派系。比如孫立的登州派系，這批人就是三打祝家莊時投奔梁山的解珍、解寶、孫立、孫新、鄒淵、鄒潤、顧大嫂和樂和等8人。這個派系的人數不少，但缺乏重量級的人物，所以只能算個小派系。