朱高煦隻身出城後，立即被城外的官軍捆綁了押到朱瞻基軍帳前，朱瞻基當即命扈從的御史于謙朗聲宣讀其罪狀。這個于謙就是後來在明英宗「奪門之變」後被殺的那位兵部尚書、寫過《石灰吟》的著名忠臣。據《明史·于謙傳》記載，當時他「正詞嶄嶄，聲色震厲」使朱高煦「伏地戰慄」(怕是被氣得，而未必是被嚇得)，而朱瞻基身邊的文武群臣也紛紛「列奏其罪，請正典刑」，要求皇帝「大義滅親」。據記載，這時跪在地上的朱高煦自己也說「臣罪萬死，惟生殺在皇上」。
然而，或許朱瞻基認為就這樣直接殺了只身受縛的親叔父，未免不太合適，最終以「彼固不義，祖訓於待親藩自有成法」而回絕了群臣的鼓噪。朱瞻基一面讓人將群臣告發朱高煦謀反的劾章給其看，一面令其寫信，召諸子同歸京師(這也說明朱高煦的兒子們當時並未集中於樂安，朝廷先前所掌握的朱高煦「立五軍都督府：指揮王斌領前軍，韋違左軍，千戶盛堅右軍，知州朱烜後軍。諸子瞻垐、瞻域、瞻埣、瞻墿各監一軍。高煦率中軍，世子瞻垣居守」純屬虛妄之辭)。並遣其所親信內侍回到漢王府，慰安宮眷。同時派錦衣衛逮捕了被指認為「同謀」的王斌、王彧、韋達、朱恆、錢巽等數十人。
或許是要在樂安等待將朱高煦已分封為濟陽、臨淄、昌樂、淄川、齊東等地郡王的兒子們一一抓來，朱瞻基及所率親征大軍又在這裡停留了三天。在這三天裡，一是安排陽武侯薛祿、兵部尚書張本及御史給事中等安撫軍民，收繳民間兵器。二是於八月二十二日，下令改樂安州為武定州。三是在八月二十三日，以勝利平定了朱高煦的「反叛」，分派官員敕諭在北京居守的皇弟鄭王瞻峻、襄王瞻墡代為祭告天地、宗廟、社稷，並分別奏報皇太后、告諭北京文武群臣，同時派員專程送信給自己的另一位叔叔趙王朱高燧，詳細通報了自己討伐朱高煦的原委及過程，並說明了自己對朱高煦「以親親之故，不忍棄絕。令同宮眷居於北京，以全始終之恩」的處置方式。同日，下詔讓各處動員之兵不必再前進，同時停止了為這次親征提供保障的糧餉運輸，派禮部官員先期出發告拜班師歸程所過山川。八月二十四日，在命陽武侯薛祿、尚書張本仍留武定州安撫軍民，並設置武定守禦千戶所，調德州衛前所官軍充實其兵員，強化了對樂安一帶的守備之後，朱瞻基的征討大軍取道相對來程偏西的樂陵、東光方向，讓太監「護送」著朱高煦父子和全部家眷，讓錦衣衛官「械系」著所逮捕的所有「同逆者」緊隨其後，一路浩浩蕩蕩踏上了班師歸程。
當朱瞻基率領這支「勝利之師」離開樂安不遠，未到樂陵黃家店時，久日不雨的天空竟然下起了滂沱大雨，迫使他不得不在這裡停留兩日。後又在獻縣單橋為是否轉向彰德削除趙王斟酌兩天。九月初六，車駕回到北京，朱瞻基就馬上親自祭告天地、宗廟，擺筵向社稷行謁謝禮。當他出御奉天門視朝時，刑部、都察院、大理寺暨文武廷臣再次劾奏朱高煦「謀危宗社，大逆不道，宜正國典，以為亂臣賊子之戒」。朱瞻基仍以「國家待宗藩具有祖訓，朕宗社，大逆不道，宜正國典，以為亂臣賊子之戒」。朱瞻基仍以「國家待宗藩具有祖訓，朕不敢違」為辭，下令工部專門在西安門內建造一館室，用以囚禁朱高煦父子妻女。但當群臣復奏「叛逆之人不分首從，皆得處極刑」時，他就下令要從王斌、韋達、朱恆等人審訊出朱高煦謀反實情，依法處置。
僅僅過了三天，九月初九，就將作為朱高煦「逆黨」的青州中護衛指揮王斌、樂安知州朱恆、樂安千戶所千戶盛堅，漢王府典仗侯海、長史錢巽、教授錢常、群牧所百戶井盛等六十餘人一併處決，只有漢王府長史李默以曾經「諫諍」而免死，被判流放口外。翌日，九月初十，又處決了同樣被指為朱高煦「逆黨」的山東都指揮使靳榮及其兒子靳義等。此後，因被捲入此案被殺的還有天津衛鎮守都督僉事孫勝、青州左衛指揮史誠、河間衛鎮撫溫英、德州衛指揮鄭興、鎮撫劉志等六百四十餘人。連在錦衣衛大獄中被拷問至死的山西都指揮張傑、楊雲也被「戮其屍」。其他因「知而故縱與藏匿叛人」被免死罪發配至邊軍者一千五百餘人，被流放至邊境為民者七百二十七人。
在處決靳榮等人的第二天，朱瞻基對隨其親征的人員按官階大發賞錢：公三千貫、侯二千五百貫、伯二千貫;都督一千貫、都指揮五百貫、指揮四百貫、千戶鎮撫三百貫、百戶所鎮撫二百貫、總小旗將軍一百五十貫、軍士校尉力士各一百貫。文職官六品以上如武職例，七品八品一百五十貫，九品以下一百貫。廚役五十貫。病故溺死官軍加半倍給其家人。接著又在九月十二「賜隨征樂安州還京文武官太師英國公張輔等六千八百五十人宴於奉天門。加賜扈從文武官軍旗校人等彩幣絹布：公，彩幣六表裡;侯、伯五表裡;都督、尚書四表裡;都指揮及文職三品、四品一表裡;指揮，絹二;文職五品以下及千百戶、鎮撫將軍、力士校尉旗軍絹一;廚役綿布各一」。九月二十一，又命法司及錦衣衛，將所緝捕的樂安州「同逆」親屬分賞給功臣及三品以上的文臣家中做奴婢。(由此我們可以想見，在封建社會「謀反」的後果有多麼嚴重！)
在此期間，九月十九日，朱瞻基還將原來在樂安附近的軍隊進行了調防，將青州中護衛(其指揮王斌被認定為朱高煦的主要黨羽)分拆到遼東各衛，將原樂安千戶所調去了甘肅。在如此忙碌之餘，朱瞻基還殫精竭慮地親自寫了一篇《東征記》(按：從北京至山東樂安本為向南而來，不知這位皇帝是否一直掉向)，詳細記述了朱高煦的種種罪孽和朝廷「不得已發兵」的原委，於九月二十二日讓群臣傳閱。朱瞻基做了這麼多，究其根本，應該是不讓人們對他勞師動眾進行的這次親征有任何質疑，同時也是進一步坐實朱高煦的反叛罪名，以證明自己的正確性。如此，罪名定了，同逆也殺了，就容不得朱高煦再做任何辯解，也不會給他任何解釋的機會了。然而，只有朱瞻基自己清楚，他這樣給未曾奪過一城一池、未曾殺過朝廷一官一卒的親叔王硬性定罪，並大動干戈地跑到樂安將其縛來，內心是不是虧。在崇尚尊長和孝道的封建社會，作為一國之君，如此對待為江山立下過蓋世之功的自己的親叔父，如果沒有一個冠冕堂皇的充分理由，是無論如何也說不過去的。但他為了削藩，剪除有可能威脅到自己皇位的異己勢力，還是一意孤行地這樣做了。既然做了，就只能做到底，做到不容質疑。
或許正因為朱瞻基內心存在著一些難以言說的矛盾，在他主動宣示自己親征叔王行為的正義性和正確性的同時，卻不願意別人更多地攪和進來。因此，當他班師歸京的第二天，面對文武群臣上表，要行慶賀大禮時，他就以「此國家之不幸也，何以賀為！」來制止了。九月二十八，又有魯王朱肇煇啟奏，要為他「親率六師討叛逆以安宗社」，請詣到北京皇宮恭賀，他更深歎一句「此家之不幸事也，中心愧之，何用賀為！」(按：此句中的「中心」，意同「內心深處」。)隨後，諸王有奏請來京恭賀者，一律被回絕了。試想，諸王與漢王朱高煦、宣德皇帝朱瞻基一樣，都是明太祖朱元璋的一脈血親，一句「中心愧之」掩藏了多少難以名狀的心境和內幕，只有讓聽者去咂摸了。
《明史》在「朱高煦傳」的最後，只以「高煦及諸子相繼皆死」九個字寫了朱高煦的結局，卻沒寫朱高煦最後是怎麼死的。根據《明宣宗實錄》中，在宣德四年四月，還有作為朱瞻基叔爺爺、也就是在朱棣「靖難」初期援以朵顏、福余、泰寧等兀良哈三衛精銳騎兵的寧王朱權以「不避斧鉞之誅，干冒天聽，伏望赦免」的上奏，似乎可以推想，朱高煦在被囚禁的狀態下又活了兩年多。同時人們也不難想像，曾經叱吒風雲，而今身陷囹圄成為「籠中虎」的朱高煦，如果再遇到自己悲劇命運的始作俑者，該會有怎樣的反應？朱高煦被以「謀反」罪名押至北京後就被削去王位，廢為庶人，關在朱瞻基專門給他建的牢舍內，名之曰「逍遙城」。對他的最後結局，《明史紀事本末》說的比較具體：「漢庶人高煦鎖縶之內逍遙城。一日，帝往，熟視久之。庶人出不意，伸一足勾上踣地。上大怒，亟命力士舁銅缸覆之。缸重三百斤，庶人有力，頂負缸起。積炭缸上如山，燃炭，逾時火熾銅鎔，庶人死。諸子皆死。」其中「熟視久之」四字，不僅寫得活靈活現，而且非常耐人品味。
我們不妨把這段文字用當今人們習慣用的通俗語言白話一下，說的是已經是庶人的朱高煦被鎖鏈拴著，囚禁在皇帝在大內專門給他建造的「逍遙城」內。或許是在接到叔祖父寧王朱權為朱高煦求情的上奏之後的某一天，皇帝朱瞻基內心有些鬱悶。因為叔祖父在這份奏折裡，也倚老賣老，公然直接拿宣德元年八月的事情借題發揮，指責自己在一些事情上違背祖制，但他卻不能接二連三，再像當年對待叔王一樣，也給他戴上個謀反罪名，把這位爺爺輩的有功王爺也「武定」了。作為一國之君，內心窩火卻沒處撒，油然讓他想起該去看一下已經被自己關了兩年多的親叔叔。當他出現在被鎖鏈綁縛的朱高煦面前時，可以說「仇人相見，分外眼紅」。「熟視良久」四字，說明他們之間用眼神對了很長時間的話。一個說：「你這個坑爹的小子竟然如此陰損，說讓我解釋，卻直接把我騙了來綁在這裡，硬按上謀反的罪名，還冤殺了那麼多人。看你穿著皇帝的龍袍，不過是個衣冠禽獸！」一個說：「你當年不是挺有能耐麼，敢與我爭太子位。現在我是皇帝，你再有能耐，卻已經成為我的階下囚。」一個說：「你這個不講恩義的東西，當年若不是我在戰場上衝鋒陷陣，助你皇爺爺打下江山，現在的皇帝還不知是誰呢！哪輪到你這個畜生！」一個說：「你別嘴硬。現在我就是皇帝，不僅可以把你綁在這裡，而且我想什麼時候殺你就什麼時候殺你，還有你的老婆孩子！」
話說到這裡，性情本暴烈的朱高煦已經怒不可遏，冷不防地伸腿一掃——儘管他帶著腳鐐，但由於自幼練武，加上把多年的積怨、滿腔的怒火都凝聚於這一腿部動作上，一下把不可一世的皇帝朱瞻基摔出老遠，跌了個嘴啃泥。一幫隨從趕忙一邊按住朱高煦，一邊扶起狼狽不堪、惱羞至極的朱瞻基。但朱高煦力大無比，幾個侍從用盡全力也按不住他。氣急敗壞的朱瞻基一邊躲閃，一邊想起宮殿門外有重達數百斤的消防用大銅缸，立即命幾位大力士去抬了一口來，眾人七手八腳地把朱高煦反扣在大銅缸之下。沒想到，膂力超常的朱高煦依然能把銅缸頂起，對著周圍的人橫衝直撞，朱瞻基情急之下，竟生出極端陰損的殺機，命人將宮中囤積的木炭搬來，把被扣在銅缸裡的朱高煦堆埋起來，然後把堆成小山一樣的木炭點燃。眼見著炭火熊熊，越燒越旺，青煙瀰漫中，大銅缸由最初的劇烈搖晃到慢慢泛紅、透亮、塌陷、熔化……可歎與當年被朱棣趕下台的建文帝朱允炆同為火字輩的朱高煦，就這樣在烈火中得到了他的歸宿。
除掉朱高煦之後，朱瞻基還要斬草除根，接著把作為他嬸子和堂兄弟的朱高煦的正妃韋氏和所有十個兒子統統殺掉。朱高煦一生共生有十一子，除第一子朱瞻壑因在永樂十九年八月夭亡，被謚封為懿莊世子外，第二子朱瞻圻，洪熙年間因告發父親被發配去守祖陵，未封王，第三子朱瞻垣，於永樂二十二年十月被封為漢世子，第四子朱瞻垐，永樂二年被封為濟陽王，第五子朱瞻域，永樂二年封臨淄王，第六子朱瞻垶，永樂二年封昌樂王，第七子朱瞻墿，永樂二年封淄川王，第八子朱瞻坪，永樂二年封齊東王，第九子朱瞻 ，永樂二年封任城王，第十子朱瞻壔，永樂二年封海豐王，第十一子朱瞻垹，永樂二年封新泰王。讀者從他們的名字上看，就知道他們與要殺他們的皇帝朱瞻基的血脈關聯(明朝皇室燕王朱棣一支，第三代均以「瞻」字加一帶「土」字旁的字命名)。至於他們和自己的母妃韋氏具體是怎樣被殺戮的，史書沒有記載，大家盡可以去想像。就這樣，幫助父親朱棣奪得江山的朱高煦，最後的結局是慘遭滅門。而對於明成祖朱棣來說，儘管他奪得了江山，但所傳三支(三個兒子)中的一支終遭滅絕，也是他所得的陰報和付出的後續代價。
寫完朱高煦的結局，這裡還需要說明一點，那就是以往讀者所看到的有關對朱高煦的記載和描述，一般多是只言片鱗，而且都受《明史》等正史資料「成王敗寇」觀念的影響，從少年的「高煦不肯學，言動輕佻」，到最終把朱高煦刻畫得莽撞無能，都屬於「帶著有色眼鏡」得出的不準確形象。對此，生活在明末清初的學者錢謙益就已經認為這是史家「嚴辭溢惡」，不可盡信，是「成王敗寇」的觀念使然。另據香港學者趙令揚先生考證，歷史上真實的朱高煦並不完全是一介武將，不僅詩作「成一代之規模」，而且書法「雄偉飛動」，也可從一方面訂正正史中對朱高煦形象的歪曲和醜化。