經過三年的靖難之戰，燕王朱棣攻佔了南京，在位僅僅四年的建文帝朱允炆，被他的四叔用武力趕下台，而下台後的建文帝下落不明，從而成了我國歷史上的千古疑案，後世對於建文帝的下落眾說紛紜。經過總結主要有以下幾種說法。
第一種說法，自焚說。
這種說法是最早被記入正史中的，根據永樂年間《太宗實錄》和《明史稿》中的記載，建文帝繼位以後，採用了朝中重臣的建議，定策削藩。燕王朱棣聽聞以後，打看清君側的旗號，起兵南下，發起「靖難之役「。短短三年時間裡，燕王朱棣便攻破南京城，兵臨金川門，建文帝試圖求和但遭到燕王朱棣的拒絕，只好死守。但是這時候他的主帥李景隆卻打開了金川門迎接朱棣大軍進城，文武百官紛紛投降。建文帝見大勢已去，只得下令焚燒宮殿，並帶看馬皇后跳入火中自焚，其他妃殯和侍從們也大都跳入火中而死。朱棣入宮以後，四處查找建文帝的下落。宮中的太監和宮女們都紛紛表示建文帝已經自焚而死，並且從火堆中找出一具燒焦的屍體來證明。朱棣見屍體已被燒得面目全非，分不清楚男女，並且慘不忍睹。朱棣繼位以後，只得按照天子的禮儀安葬了建文帝。《明史.成祖本紀》和(明史.方孝孺傳》等古籍中都紛紛支持這一說法。
但是，後世也有人對這一說法持懷疑態度。他們認為建文帝並未葬身火海。主要依據就是《明史》中的相關記載。根據《明史.恭閡帝本紀》中的記載，建文帝的死亡記載如下：「都城陷，宮中起火，帝不知所終，燕王遣中使出帝后屍於火中，越八日王申葬之。「對於這段記載，後世人們不禁疑竇叢生。既然是「不知所終「，又是如何認定被燒得面目全非的屍體就是建文帝呢？而且既然已經發現了建文帝的屍首，為何又要說「不知所終」呢？如此自相矛盾的說法豈不讓人懷疑嗎？根據康熙年間補纂的《明史本紀》中的記載，明確說出了當時根本就沒有找到建文帝的屍體。
第二種說法，削髮為僧說。
朱棣攻破南京當日，建文帝無可奈何，便想一死了之，被身邊的人救下，然後由親信程濟等22人帶領從地道中逃跑了。那麼，逃走之後的建文帝又去向什麼地方了呢？後世流傳著他被宮中的主錄僧溥洽削髮，然後假扮成和尚，藏匿在某個寺院中，也有人說他南逃到海外等各種傳聞。建文帝出家為僧是眾多說法中流傳最為廣泛的一種說法。根據古籍記載，建文帝在南京失陷以後出家當了和尚，並且在晚年的時候還回到過京城，去世以後被埋葬在北京西山。《明史.程濟傳》中就有此種說法的記載。根據《明朝小史》中的記述：朱元璋臨終前，留給建文帝一個只有危難關頭才可以打開的箱子。如今都城失陷，打開箱子一看，裡面有三張度煤，就是做僧人的證明，於是立馬削髮為僧，換上僧衣，從御溝中逃出。從此，建文帝以僧人的身份四處流浪，直到朱棣死後才回歸京城，死後葬在北京西山，沒有加任何封號，只是號稱「天下大師。記述這段故事的王鏊生於1450年，同「老僧」所出現的時間非常相近，之後又做了戶部尚書、文淵閣大學士，所以他的說法基本可信。
朱棣對社會上廣泛流傳的建文帝尚在人世的消息頗為擔優，畢竟朱棣是冒看「奪嫡」和「篡位」的罪名登基為帝的，建文帝尚在人世或者出逃在外對他來說都是一個非常大的威脅。為了安定人心，他不得不一邊煞有介事地發佈建文帝已死的詔書，另一邊又根據傳聞四處尋找建文帝的下落。後世關於朱棣尋找建文帝的故事非常多。
根據《明史.姚廣孝傳》中的記載，84歲高齡的姚廣孝臨終之時，朱棣曾經親自到廣壽寺看望他。姚廣孝說：「和尚溥洽關押太久，希望能夠放掉他。「溥洽是何許人？就是皇宮裡的主錄僧，也就是傳聞中幫建文帝剃頭換裝，知道建文帝下落的人。這樣一個和尚被關押了整整十六年，可見朱棣對建文帝的下落有多擔優。
後世還有人推測，鄭和下西洋的主要目的就是為了尋找建文帝的下落。根據《明史.鄭和傳》中的記載，朱棣懷疑建文帝逃到海外，想要找尋建文帝的下落，並且為了顯示中國富強，去他國炫耀國力強盛。如此看來，「不知所終」才是建文帝結局的最真實的結論.不管怎樣，建文帝下落之謎至今仍未揭開，雖然就目前來說，已經有了自焚說和削髮為僧說兩種說法，但是仍然不能確定哪種說法是正確的.建文帝下落之謎，仍然是後世學者們爭相探究考證的一個疑團。