準噶爾興起
準噶爾部是厄魯特蒙古的分支，明清之際興起於巴爾喀什湖以東伊犁河一帶。清朝初年，準噶爾首領巴圖爾琿台吉及其子僧格曾遣使入貢。僧格弟噶爾丹繼位後，依舊向清廷稱臣。
康熙十八年(1679年)，噶爾丹得到五世達賴喇嘛授予的「博碩克圖汗」稱號，上疏要求清廷確認其汗號，並授予敕印。然而噶爾丹並非成吉思汗黃金家族後裔，按照蒙古傳統，不可使用可汗稱號。理藩院以厄魯特部稱汗者不得入貢的先例為辭，指斥噶爾丹「擅稱汗號」，但又准許其納貢。此後數年間，噶爾丹出兵降服了天山南路的葉爾羌汗國，征服吉利吉思(布魯特)、費爾干納盆地，擊破哈薩克部落，開始稱霸中亞。
喀爾喀內亂
清初，遊牧於漠北的喀爾喀蒙古分為三大部落：札薩克圖汗部、土謝圖汗部、車臣汗部，被稱為「外喀爾喀」，即清末之外蒙古。三部首領為「汗」，臣屬於清朝皇帝，但不受內地官員的直接統治。
康熙二十三年(1684年)，札薩克圖汗部發生內亂，部份屬民逃往土謝圖汗部。新即位的札薩克圖汗成袞向土謝圖汗察琿多爾濟索要逃逸人口，察琿多爾濟不與，二人反目成仇。不久成袞卒，其子沙喇繼位。康熙二十六年(1687年)，噶爾丹與沙喇結盟，共同對抗土謝圖汗部。察琿多爾濟偵知沙喇動向，於是聯絡阿拉善的羅卜藏袞布拉布坦，決定先發制人。
康熙二十六年(1687年)秋，土謝圖汗察琿多爾濟領兵一萬出擊札薩克圖汗沙喇，將其殺害，喀爾喀陷入內戰。噶爾丹之弟多爾濟扎布也被察琿多爾濟、羅卜藏袞布拉布坦聯軍所殺。噶爾丹乘機揮師東進，意欲將喀爾喀三部置於準噶爾統治之下。