對清朝
清軍平定準噶爾貴族分裂叛亂戰爭的勝利，不僅維護、鞏固了西北邊陲，消滅了準噶爾貴族分裂勢力，而且也打擊了沙皇俄國侵略中國準噶爾的野心，對於以後挫敗帝國主義勾結利用民族敗類分裂祖國的陰謀，捍衛西北邊疆的鬥爭，產生了良好影響。
清軍之所以取勝，首先，清軍進行的是維護祖國統一、反對準部貴族分裂叛亂的正義戰爭，因而得到各族人民也包括準噶爾人民的支持。其次，清廷剿撫並用的策略運用的比較成功。第三，清廷此時內部穩定，國力強盛，軍隊紀律嚴明，戰鬥力較強。第四，在戰爭指導上，能依據客觀情況，制定出切合時宜的作戰方針;康熙帝強調戰前必須有周密的謀劃和充分的準備，以期於必克;作戰時，要因情用兵，相機而行。為此，提出了"虛己以視機宜"的主張。"虛己"，就是因情應變而不固執己見。在戰爭中，他總是給予前線將領相機處理兵事的權力，反對凡事請旨而行。 康熙帝針對作戰地區地理條件的特點，認真作好戰爭準備，注意發揮騎兵快速機動作戰的能力和發揮火器部隊的作用。
對準噶爾
噶爾丹徹底地失敗，這固然與噶爾丹在政治上樹敵過多，軍事上孤軍深入等一系列決策上的失誤，以及他與之爭鬥的對手康熙皇帝和清王朝過於強大有關。最可悲的是噶爾丹與俄國交往的政治、外交實踐的失敗。噶爾丹本想借俄國力量達到自己與清王朝抗爭的目的，但卻被俄國利用，反成了俄國與清朝政府討價還價的籌碼。
另外，噶爾丹與之對陣的不是弱國庸才，而是國勢興旺的清王朝和雄才大略的康熙帝。康熙面對咄咄逼人的準噶爾鐵騎，首先在外交方面，對正在進行的中俄尼布楚談判的方針作了調整，康熙指示，俄國「若懇求尼布潮(即尼布楚)，可即以額爾古納為界」。《中俄尼布楚條約》的簽訂，使清政府在外交上贏得了主動。加之俄國政府從尼布楚條約中獲得實利，俄國的最高當局遠非如前一時期那樣，急於與噶爾丹建立聯盟，而是採取口頭上的支持，行動上敷衍的政策，並很快將戈洛文從西伯利亞調回莫斯科。1693年8月俄國政府還向各關卡監督發出訓令，嚴禁向卡爾梅克人輸出軍火。
當然，清軍平定叛亂的戰爭所以延續70年之久，除了沙俄極力插手和支持叛亂者以及民族關係等原因，增加了戰爭的複雜性外，清軍在作戰指導上的一些失誤也是重要原因(如清朝統治者對準噶爾抱有很深的敵視和不信任心理)。而准部貴族在沙俄支持下掀起的民族分裂叛亂戰爭，是違背各族人民利益的不義之戰，必然遭到各族人民的強烈反對，政治上的不得人心，及其統治集團內部的爭權奪利和軍事上存在許多不可克服的致命弱點，決定了其失敗是必不可免的。