目前學術界對秦始皇的生父問題存在較大分歧，唯一沒有分歧的是秦始皇的生母是趙姬。
《史記·呂不韋列傳》記載，秦始皇的母親趙姬原是呂不韋的姬妾，呂不韋將趙姬獻給異人，後來趙姬至大期生子名政;又《史記·秦始皇本紀》記載，「秦始皇帝者，秦莊襄王子也。莊襄王為秦質子於趙，見呂不韋姬，悅而取之，生始皇。」如果趙姬是先懷孕後嫁給異人的，而且是嫁給異人一年以後生下的秦始皇。這樣我們可以算一下時間，在當時醫術十分不發達的情況下，要知道自己懷孕恐怕要一個多月吧，這樣算來秦始皇是被懷了十三個月才出生的，雖然我國古代有著豐富的記載，但是依照現代醫學理論和現代醫學解釋，這種情況是不可能出現的。所以就單憑趙姬原是呂不韋的姬妾，就說嬴政應該是呂不韋之子是明顯站不腳的有人據此推斷。
秦始皇的生父是誰有三種意見。第一種意見：認為此事說不清，目前不好做定論，暫時擱在一邊，這不影響對秦始皇功過的評價。
第二種意見：認為秦始皇的生父是異人。因為記載此事的主要證據只有《史記》，而另一部重要史書《戰國策》沒有記載。沒有旁證材料，顯得力量不足。還有人認為，說秦始皇是呂不韋的兒子是那些仇視秦朝、憎恨秦始皇的好事者加上去的;是故意醜化秦始皇，其用意是，嬴秦在滅六國之前，就先滅亡了，不是秦滅六國，而是六國滅秦。
第三種意見：認為秦始皇就是呂不韋的兒子。《史記》記載得很清楚，就史料而言，《史記》的說法似乎有些單薄，但從司馬遷對歷史事件記載的嚴肅態度分析，還是不要輕易否定為好。我們每個人都可以發表不同的意見。
我們再用生活常識深入分析呂不韋、趙姬、異人，會發現這件事更有意思了。
按照《史記》的記載，趙姬懷孕之事只有呂不韋知道，那異人知道不知道呢？
一個可能是不知道，他色迷心竅，看不出來，也沒感覺，也不懷疑。從趙姬懷嬴政為「大期」可知，趙姬足月出生嬴政，異人一算時間，沒錯，是我的孩子。
再一個可能是他後來發現趙姬懷的孩子不是他的，但是守口如瓶，打死也不能說，此事一旦傳到秦國，他的孩子是個野種，異人的嫡子地位肯定泡湯了。
人們都說，孩子是父母愛情的結晶，孩子身上有父母的遺傳基因，長相最明顯。一般而言，孩子的長相一定有的地方像父親，有的地方像母親，有的地方是父親母親的結合體。如果孩子一點都不像父親，只有像母親的地方，那可就怪了！一定有問題！如果這孩子是呂不韋和趙姬所生，這孩子肯定長得不像異人。異人有那麼傻，一點兒破綻也看不出來嗎？異人見孩子越長越不像自己，而怎麼看怎麼都像呂不韋，那不嚇死才怪，如果真傳出去，他的孩子是別人的，是個野種，在非常重視血統的王室，怎麼會容他，他的太子地位肯定會丟的。
據分析，異人、呂不韋、趙姬，也可能達成了某種默契;或心照不宣，呂不韋為了政治投機成功，趙姬為了當上王后，異人為了當上秦王，他們各有各的打算，誰也不說，誰也不點破這層窗戶紙，都忍著。尤其異人，打死也不能說，這可是人頭落地的大事！後面事情的發展，極可能與這個問題有關。
親子鑒定，用現代科學技術檢驗並不難，但要準確測定二千多年前的古人就不容易了，也許等秦始皇陵挖掘的時候真出現了秦始皇的屍骨，還要找到呂不韋的屍骨，甚至異人(莊襄王)的屍骨，才能準確判斷秦始皇究竟是誰的兒子。只是由於考古技術、資金等原因，秦始皇墓目前還不能開挖。
據《史記》記載：秦始皇十三歲(公元前246年)即秦王位，即位後不久，就在酈山開始營建陵墓。統一天下後，又從全國征發來七十多萬人參加修築。直至秦始皇五十歲死葬時(公元前210年)還未峻工，秦二世時又接著進行了兩年，前後費時近四十年，真可謂工程浩大。許多考古工作者認為，秦始皇未遭破壞，他還在墓中安眠。