太子已經冊立，國本之爭算是結束了，可事實並不是這樣的。在冊立之後，朱常洛的待遇並沒有因此得到改善，地位也沒有因此而提升，處境依然很危險，萬曆三十一年的「妖書案」就是一個很好的證明。「妖書」的大意是說神宗立朱常洛為東宮只是迫不得已，以後必定會改立常洵。
類似的「妖書」早在萬曆二十六年就曾出現過，名《憂危竑議》，此書假托朱東吉之口揭露了鄭氏的奪嫡之念，但由於神宗的壓制，此案未起波瀾。「妖書」在太子冊立後再次出現提醒廷臣，太子的位置依然不穩固。而且，「妖書」的出現也不是空穴來風，它與福王朱常洵之國的問題密切相關。為什麼這麼說呢？按照明代的定制，福王成年後就應該到他的封地去，謂之「之國」，但鄭氏對於立儲並沒有徹底死心，還是把福王留在京師不讓他就藩，而神宗也是三番兩次地故意拖延，這實際上就釋放出一個信號，那就是雖然太子已立，但隨時都有可能被福王取代。於是廷臣爭相奏請福王之國。對此，神宗先以福王府邸未成為借口;四十年冬，福王府邸落成，首輔葉向高奏請福王之國，神宗傳諭說福王將於明春之國;到了第二年春天，並不見福王有之國的跡象，於是兵部尚書王象乾又奏催福王之國，對此，神宗說親王之國的時間是在春天，現在已經快過了，明年再去吧。
對於神宗的推延政策，大臣早就洞悉，不斷上疏力爭。不久，神宗又傳旨說要想讓福王之國，必須要為他準備四萬頃莊田。對於這一苛刻條件，首輔葉向高表示不可能辦到，但神宗仍堅持四萬傾之說，並不退讓，欲以此繼續拖延時間。後又傳諭內閣，欲以為太后祝壽為借口拖延之國日期，但此議為葉向高封還，他本人也以辭退力爭。後來在李太后的幫助下，福王終於四十二年三月就藩。至此，前後延續了近三十年的國本之爭才最終落下帷幕。
國本之爭中，神宗其實是傾向於立寵妃鄭氏之子為太子的，這種意向較為明顯。若非大臣前赴後繼地疏請、力爭，朱常洛最終能否當上太子，就很難說了。如果說明代的大臣都是唯唯諾諾地聽命於皇權，他們為什麼敢如此勇敢地勸諫甚至頂撞君主呢。如果說皇權是至高無上的，那麼為朱常洵為何未能如願以償地被冊封為太子呢？所以說明清時代遠不是人們想像的那樣，皇帝的意志統領一切，一切都是專制的。皇帝的行為如果不符合禮法、規則(比如國本之爭中，皇帝一意想立朱常洛為太子的行為並不符合中國傳統社會立儲時「有嫡立嫡、無嫡立長」的原則)，也會遭到官員們的反對，從而在壓力下放棄自己的不合理行為。
更進一步說，中國傳統政治文化中是存在約束皇權的力量的，只不過這種約束並非來源於制度性的強硬規定，而是官員對於政治合法性的理性堅守，以勸諫、力爭甚至請辭等各種方式表達出來。當然，我們不宜將這種約束看得過高，畢竟，這種約束並不能時時束縛住君權的越軌行為。