毛文龍，生於1576年，錢塘人。年輕時善於騎射、曉暢兵法。後來他的舅舅沈光祚擔任兵部主事，推薦他到遼東總兵李成梁的麾下。當年9月又參加武舉考試，名列第六名，此後先後擔任安山百戶、瀋陽千總、守備、游擊等職。
1621年5月遼東巡撫王化貞派遣毛文龍前往遼東沿海一帶「招致遺民，恢復疆土」。毛文龍僅率領200人，乘坐4艘海船，攜帶500石米出發。毛文龍一路上招集難民、安撫百姓，先後收復了鹿島、長山島、色利島等十多個島嶼。在朝鮮登陸後，又一舉攻破了鎮江城。
消息傳來，明朝廷大喜，立即任命毛文龍為廣寧都司、副總兵;而後金方面努爾哈赤派遣皇太極率軍前往鎮江彈壓。勢單力孤的毛文龍敗逃至朝鮮，此後駐紮在皮島。並以此為中心，招納遼東難民，作為根據地，此後皮島被升格為東江鎮，毛文龍本人被任命為總兵官。
毛文龍為增強在遼東沿海的牽制力，向朝廷上書要求撥發餉銀30萬兩、兵3萬。而兵部認為：「文龍滅奴則不足，牽制則有餘」，只是象徵性的撥發餉銀5萬兩、兵3千。朝廷依然將防禦的重點放在山海關-寧遠一線，重山海，輕沿海。
開鎮東江後，毛文龍頻繁派兵襲擾後金沿海地區，取得了幾次每次多則兩三百人，少則幾十人。客觀而言雖然每次戰果不大，但卻有效的牽制後金的注意力，開闢了對後金作戰的第二戰場，頗有古代游擊戰的風格。毛文龍本人也先後被封為左都督，掛將軍印，賜尚方劍。
毛文龍率軍孤懸海外，難免日漸驕縱，肆意妄為，手下幾乎全是他的義子、義孫，結成黨羽，橫行無忌，連朝鮮對他們都非常不滿，說毛文龍「時稱海外天子，部下諸凶，肆害尤甚」。而且毛所上奏的事情往往存在「水分」，而且索餉過多，一年竟達120萬兩。
此外毛文龍違背禁令，「廣招商賈，販易禁物」，「鬻參販布為業」。也許招商貿易有籌措軍餉的目的，但這是公然違反大明法律的行為，因此遭到朝臣們的猛烈的抨擊。而袁崇煥擔任遼東巡撫時，曾上書請求核查毛文龍的軍餉問題，毛文龍抗疏辯駁，自此兩人交惡。
1629年5月底袁崇煥以犒軍為名前往皮島。6月5日袁崇煥宣佈毛文龍的十二條大罪，用尚方寶劍將其誅殺。毛文龍僻據海外，犯有過失，這是事實。但袁崇煥的「十二條罪狀」，並非件件屬實。冒領軍餉、殺降請功、軍紀敗壞這種行為當時普遍存在，只處罰毛文龍一人似乎太過牽強。十二罪狀這裡不一一列舉了。
十二大罪狀只是殺死毛文龍的一個借口，其實隱藏在這背後的是朝廷裡不同政治利益集團的鬥爭-黨爭。天啟、崇禎年間，朝廷內部東林黨與閹黨進行著你死我活的政治鬥爭。也許是出於自保的目的，天啟年間毛文龍「與魏忠賢相結」，與閹黨成員相勾結，從此無形中捲入了這場政治鬥爭。
崇禎即位後，東林黨主政，閹黨遭到打擊，但與閹黨人物崔呈秀有關係的溫體仁成為崇禎皇帝的寵臣。溫體仁則先通過打擊東林黨骨幹錢謙益，成為內閣大學士;又排擠東林黨重要人物文震孟等人，徹底與東林黨交惡。而毛文龍與主導朝政的溫體仁關係莫逆，曾多次向溫進獻財物，自然而然毛文龍也成了東林黨的眼中釘。
那麼袁崇煥跟東林黨什麼關係呢？嚴格意義來講，他可能不算東林黨核心成員。但他和東林黨淵源頗深，袁崇煥本人是當時的內閣大學士、東林黨骨幹韓爌的門生;當年極力推薦他的侯恂、孫承宗等人也與閹黨勢不兩立的人物;而崇禎初年，在朝中極力支持的他、與他一起謀劃殺死毛文龍的正是東林黨黨魁、內閣大學士錢龍錫。
1628年7月在袁崇煥入京，第二次督師遼東前，錢龍錫曾特意到袁的寓所與他商議如何處置毛文龍問題，此後誅殺毛文龍也被列入提到了袁崇煥的遼東恢復計劃之中。最終毛文龍難逃一死。
在毛文龍在被殺5個月後，皇太極引兵直抵北京城下。在溫體仁以及王永光等閹黨成員的大肆攻擊下，「專戮大帥」成為一項重要罪名，袁崇煥被捕下獄，次年8月被凌遲處死。9月內閣大學士錢龍錫被捕下獄，第二年被判處流放。而在袁崇煥死之前，韓爌也因遭到彈劾，致仕還鄉。
溫體仁借助毛文龍之死與袁崇煥的關係，成功的打擊了東林黨的勢力。而毛文龍與袁崇煥成了政治鬥爭中的犧牲品。如果非要評價誰是誰非的話，毛文龍駐兵皮島，確實對後金起到了很大的牽制作用，但如果僅憑毛來收復遼東也是不現實的。
作為一介武夫，毛文龍不該捲入複雜的政治鬥爭中。前車之鑒，抗倭名將戚繼光曾與張居正關係莫逆，張居正死後，戚繼光遭到打擊，最終在淒涼中死去。後來的事例就更多了，例如二戰名將朱可夫、隆美爾等等。古往今來，軍人捲入政治往往不會有好結果。
當然袁崇煥對於毛文龍的處置，顯然有失偏頗，一方面或許也和他本人的性格有關，在那個重文輕武的時代袁崇煥不善於同武將搞好個人關係，如與滿桂等人。另一方面，在袁崇煥的計劃中，恢復遼東還是以山海關-寧遠一線為主戰場，遼東沿海地區顯然不在他的戰略規劃中，所以為防止日漸形成尾大不掉之勢，必須果斷解決毛文龍。
事實證明，處決毛文龍是袁崇煥人生的一大敗筆，此後不僅袁本人因此在黨爭中慘死，遼東沿海的毛文龍舊部也陷入混亂，紛紛降清。毛文龍之死產生了一連串的連鎖反應，歸根結底都是黨爭惹的禍。反觀崇禎皇帝雖有有心整頓國家，但積重難返，加之性格多疑猜忌、剛愎自用，最終適得其反，無力回天。
外有後金騎兵不斷襲擾，內有烽煙遍地農民起義，而大明王朝還在不斷的黨爭中消耗著那最後一點有生力量，最終不可避免的走向了覆亡。