故事得從遠古時代講起。那時候，地球上出現了最早的生物，猿猴。隨著地理變遷，一部分猿猴留在了陸地，一部分猿猴住進了水裡。慢慢地住進水裡的猿猴雙腳蛻化變成了魚尾。人與魚類一直和平共處，直到六百年前。這一時期，人類文明得以快速發展，尤其是航海業逐漸興起。
在遙遠的東方有一個文明古國，國家出現了一個人。生於1371年的三寶。1381年，三寶因為戰爭被閹變成太監，被送至朱棣的燕王府。隨後，屢立戰功深受燕王賞識。1404年燕王登基，史稱明成祖。而三寶被賜名鄭和，受皇帝之命造船航海，下西洋以揚國威。1405年三寶率領兩萬餘名官兵出航，先後到達各國。在途徑印度洋西海岸古裡海域時，撞見了一名海盜頭領，陳祖義。陳祖義盤踞馬六甲10多年為海盜，集團成員超過萬人，戰船百艘，是明成祖的心頭大患。
是時只見陳祖義眾人正在瘋狂捕殺海中魚類，三寶見狀立即率領艦船靠前。等到靠近時才發現，海盜們捕殺的不是一般魚類，而是上身為人下身為魚的生物。三寶沒有想太多，立即向敵船開炮，雙方戰鬥數個時辰，終於擒獲陳祖義。隨後搜查盜賊船隻時，發現船艙全是半人半魚的生物，或死或傷。追問下才得知陳祖義名為海盜，實為追蹤捕殺海洋的「美人魚」，以提煉藥物延長壽命。三寶生性善良耿直，毅然放走了所有的人魚，人魚也央求三寶不要對外界透露他們的存在。
1407年三寶回國，陳祖義被皇帝下詔砍頭，不料臨刑前對皇帝說「海上有魚，上身為人，得之可長生不老，我願意前往替...」話聲未完，三寶手起刀落，「皇上，切勿聽信小人之言。」皇帝一言未發，走了。十幾天後，三寶又一次受命二下西洋。臨行前，皇帝對三寶委婉表達了尋找人魚之事，三寶愁雲滿面的點了頭。1409年，在外佯裝圍捕人魚兩年後，三寶回國，稱未找到人魚。同年十月，三寶第三次受命下西洋，隨行的還有皇帝主要謀士姚廣孝。姚廣孝是一代高僧，法名道衍，皇帝的心腹。
皇帝之意三寶心知肚明。船隊出發，行至印度海域時，姚廣孝終於發現人魚蹤跡。面對堅船利炮，縱使人魚本領通天，終究輸給了冷兵器。人魚悉數落入姚廣孝之手，就在啟程回國之時，三寶偷偷告訴姚廣孝，人魚知道佛牙的下落。佛牙指的就是釋迦牟尼佛未燒盡的遺骨殘片的牙齒，也就是舍利。對一個僧人來說，世間恐怕難有比這更為貴重的東西了。為得佛牙，姚廣孝決定依靠人魚之力。人魚一族遂聽從三寶的建議，帶領船隊到達印度洋海域的獅子國(今天的斯里蘭卡)，在那裡取得佛牙。姚廣孝想捉拿人魚回國交差，卻被三寶及時勸阻。
一方面，長生不老只是道聽途說，沒有可信根據。另一方面，朱棣篡位建文帝上台，為了證明自己的正統地位也需要效仿古代帝王迎佛牙，以平息民間的不滿和反抗情緒。此次佛牙到手，既可以圓皇帝心願，也能避免殘殺無辜，也算功德無量之事。姚廣孝本為出家之人，自然懂得其中利害，於是放走人魚，於1411年回國。皇帝見迎回佛牙，自然大喜，於是不再追究圍捕人魚失利之事。而三寶一心想再見人魚，所以自動請纓，以弘揚國威捉拿人魚的名義又下西洋三次。
第四次和第五次下西洋，三寶教會了人魚製造兵器、建造戰船等技藝。在第六次下西洋途中，船隊遭遇風暴，險些喪命，所幸得到人魚相救，船隊才得以返回。1422年，高祖皇帝去世，仁宗即位。見三寶下西洋並無實獲，於是下令停止下西洋的行動。三寶日日思念人魚，終於向皇帝求情，願意再替皇帝去海域尋找傳說中的人魚，以獲長生之術。皇帝應允。1431年，三寶七下西洋。臨行前他告訴皇帝，自己若是以身殉國，還請善待鄭家後代。隨後，在行至印度西海岸古裡時，船隊遭遇風暴，風暴過後三寶於人間消失。
消息傳回國後，皇帝厚待其家人。並下令翻閱查看七下西洋的航海記錄，以期找到人魚線索。不料三寶航海資料憑空消失，加之朝中再無卓越航海家，皇帝遂作罷。而在遙遠的印度洋某個角落，三寶繼續將畢生所知教給人魚一族，以保族類平安。