公元881年1月16日，黃巢在長安登上皇帝寶座，國號大齊。但他這個皇帝，也像多數農民領袖一樣，在正史中並沒有給自己贏得一席之地。兩年之後，黃巢就被從長安的皇帝寶座上趕下，只好帶著他的軍隊和一大堆宮女轉戰山東，不久即在山東泰安附近兵敗自殺(一說他殺，也有說出家為僧的)。
黃巢老家山東菏澤，三代都是私鹽販子。販私鹽在唐朝是死刑的買賣，但是利潤奇高。唐安史之亂後，朝廷為了籌錢斂財，把每斗鹽的價格由10錢陡然提高到110錢。國家財政十之八九都要仰仗鹽利，而平民百姓因此只好淡食。作為私鹽販子，黃巢家裡並不缺錢，所以在各地貧民百姓因為吃不上飯而造反的時候，黃巢的造反更多的是一種藉機獲取更大利益的策略。
王仙芝也是販私鹽的，當他率領的造反隊伍，攻郡克縣，獲利頗豐的時候，他販私鹽時的合夥者黃巢也拉起幾千人馬相呼應。後兩家合兵一處，實力壯大，但採取的策略還是流動作戰，即並不以攻佔城池為目標，而是打下一城，搶劫一城，然後丟棄該城，尋找下一個目標。
在隊伍勢力不斷壯大的過程中，王仙芝和黃巢開始以自己手中握有的武裝力量為籌碼，向朝廷投降求官。第一次投降求官失敗後，王仙芝和黃巢在薊州分道揚鑣。877年，王仙芝一年之中七次向朝廷投降求官，但雙方都沒有談攏。878年王仙芝戰敗被殺，黃巢收留王的殘部，也與唐廷玩起了投降求官的遊戲。當黃巢在軍事上得勢的時候，他就向朝廷要個大官;當他在軍事上不利的時候，他就向朝廷討要個小官，或者以此作為緩兵之計。
但是北方歷來多戰事，朝廷防守相對嚴密。黃巢在中原地區作戰不利，即率兵奔襲南方各城，竟然一路打到廣州。佔領廣州後，恰好嶺南爆發瘟疫，黃巢即率軍隊立刻殺回北方。因為一路之上，各地藩鎮擁兵自保，並不出力阻攔，黃巢不久就攻至潼關。
黃巢部隊的戰鬥力在實戰中檢驗的結果表明，這並不是一隻英勇善戰的部隊。但打到潼關下，黃巢部隊的士氣已經起來了，守衛潼關的官兵則是士氣不振。黃巢把他的六十萬軍隊在潼關前面的山坡上全部擺開，親自到陣前率軍隊擂鼓吶喊(注意，是吶喊，而不是攻城)。在最有可能阻擋黃巢進入長安的最重要的關口，守關官兵竟被這陣勢嚇到，棄關而逃。
於是，黃巢進入潼關。長安城裡的唐朝皇帝，在黃巢到達之前，就倉皇逃往四川。黃巢得以不費一兵一卒，以一個勝利者的姿態，在全城百姓的夾道歡迎下，乘坐金轎進入長安，並在幾天後登基稱帝。
但是，黃巢登上帝位的這一天，也是黃巢大齊王朝覆滅的開始。缺少基本的軍事才能和真正的政治遠見，黃巢進入長安後，一不設法禦敵，二不設法安民，馬上就專心做自己的皇帝，長安很快就被唐朝軍隊圍困起來。
缺乏真正戰鬥力的大齊王朝很快就處於崩潰的邊緣，黃巢大將朱溫投降唐朝，把大齊王朝往崩潰的邊緣更推進了一步。在唐朝請來的少數民族援軍面前，黃巢部隊以多敵少，也是屢戰屢敗。軍事上的節節失利，導致黃巢被迫戀戀不捨地退出長安。在退出的同時，黃巢軍隊一把大火把長安燒了個精光。這個曾經的帝王之都，自此再也沒有恢復元氣。
圍聚在黃巢身邊的兵馬，隨著他的退出長安，霎時也四散奔逃。與至死不肯過江東的項羽不同，黃巢帶著幾千人直接逃回老家山東。但是此時家鄉也不能保護他，他只好逃到山裡躲避，最終走投無路，被迫自殺。這一天距離他登上皇帝寶座那一天只有不到1200天。
黃巢部隊所建立的王朝，像中國歷史上多數農民起義建立的王朝一樣，是個短命王朝。但是，相比於其他農民起義，黃巢及其部隊受到了史學界更廣泛的批評，甚至有人根本不同意給予黃巢造反以「農民起義」的稱呼。黃巢本人造反的真實意圖也受到質疑。他的「滿城盡帶黃金甲」的豪言壯語也成為他善於虛張聲勢的「罪狀」。但是，史學界觀點的爭論應該成為農民起義研究的推動力，而不應演變為觀點相左者之間的黨同伐異，更不能成為政治上互相打擊的借口。