康熙為什麼三十年不葬祖母孝莊皇太后？6歲的福臨被擁立為新皇，是權力鬥爭的微妙結局，但是在眾多的皇子中選中福臨，而多爾袞表示同意，這就和福臨的母親孝莊太后分不開了。對於孝莊與多爾袞的關係，民間有很多傳說，這也是清初四大疑案之一。傳言的產生，始於張煌言(即張蒼水)所寫的七言絕句。在這首題為《建夷宮詞》的詩中寫道：
上壽觴為合巹尊，慈寧宮裡爛盈門。
春宮昨進新儀注，大禮躬逢太后婚。
掖庭猶說冊閼氏，妙選孀閨作母儀。
椒寢夢迴雲雨散，錯將蝦子作龍兒。
這首詩成於順治七年(1650年)，是當世人的記載，造成了極大的轟動，在民間快速流傳開來。可是，如果清初真有太后下嫁攝政王多爾袞，封攝政王為「皇父」一事，必然有頒詔告諭之文。然而，雖然傳言眾多，但一直沒有關於太后下嫁的可靠的史料佐證。這有可能是被皇室後人、歷代帝王所隱滅造成的。
孝莊與多爾袞相戀是否屬實
民間流傳著太后下嫁攝政王的傳言，很可能與孝莊和多爾袞相戀的事實有關。清初努爾哈赤和皇太極在創業過程中，皆得力於政治婚姻。太宗的孝端、孝莊兩位皇后都出自於博爾濟吉特氏。滿洲皇室與這個家族累世結姻，早已成為國戚第一家。
孝莊皇后生於萬曆四十一年(1613年)，《清史稿》中記載她「於天命十年二月來歸」，那時的孝莊不過是13歲的孩子，按當時的情況估計，她是來投靠她的姑姑，等到年齡合適的時候再擇佳偶婚配，本沒有打算要成為太宗的妃子的。而多爾袞生於萬曆四十年，長孝莊一歲。由於在努爾哈赤崩逝時，四大貝勒處於政治利益的考慮，逼迫多爾袞的母親大妃陪葬，這樣尚且年幼的多爾袞和弟弟多鐸，就由太宗撫養。此時多爾袞15歲，孝莊14歲，共同生活在一個屋簷下，朝夕相處，而且年歲相當，滋生情愫，是極為正常的事。而傳說中，多爾袞毫不避嫌，「親到皇宮內院」的事，為了孝莊的可能性要大於其他任何人。此外，多爾袞是否曾自稱為「皇父攝政王」也是這場傳言的一個疑點。《朝鮮實錄》中記載「皇父」這個稱呼只是清朝官吏與朝鮮使臣之間私下的稱謂，單憑此一條，不能完全證明有無下嫁之事，只能證明在詔書與使節的官方辭令中，沒有公開承認太后下嫁的文字而已。但是，不管怎樣，有「皇父」之稱傳出，即使孝莊沒有真的下嫁於多爾袞，也必然與其有曖昧關係。
孝莊因何不與太宗合葬
康熙二十六年(1687年)，75歲的孝莊離開了人世。但是，出人意料的是，孝莊並沒有與皇太極合葬於關外昭陵，而是要求別葬於關內盛京之西的昭西陵。如此出於情理之外的請求，引發了多方的揣測，世人以為發生這種變故很可能是下嫁之故。
史書記載，孝莊太皇太后在臨終之時，告訴聖祖康熙，由於太宗陵寢奉安已久，且已有孝端皇后合葬，不可因為自己而輕動土木，而且，自己心中還時刻惦念著順治與康熙父子，所以，應當在順治孝陵附近安陵。但這不過是官方文書藻飾之辭，不能夠令人折服。而且，在事實上，康熙年間也認為這事難辦，難堵眾人悠悠之口。終康熙一朝也始終未能安葬孝莊，孝莊的梓宮一直停放在順治孝陵之側。直到雍正三年(1725年)，雍正服父喪27個月之後，才動工興修昭西陵。
在中國傳統的喪葬禮節中強調的是「入土為安」，但康熙卻三十多年不葬祖母，雖然雍正解釋為康熙與祖母感情篤深，不忍下葬，但這始終是說不過去的，其中必有迫不得已的隱衷。在孝莊崩逝之後，康熙違反常規執意要在宮中為祖母守三年之喪，後因朝臣反對，康熙也戴孝將近兩年。康熙的言行留給世人的感覺是，在純孝之外，似乎還對祖母懷有一份非常濃重的歉疚之心，希望有所補償。而這份歉疚來源於何，必然是康熙的一份不可告人的隱痛。這隱痛就是孝莊為了保存皇太極的遺孤，保住皇太極一生奮鬥而來的事業，不得不做出有悖倫常的事情。在這一點上，孝莊不僅沒有辜負太宗，而且應當為太宗諒解，甚至是感激。但是，礙於世俗禮法，孝莊竟然不能與太宗合葬，遭受了莫大的委屈，背負著不白之冤，這是康熙心中永遠的隱痛，至死不休。
當時，多爾袞提攜原本不受重用的滿達海、阿巴泰、尼堪繼承了王位。他們成為議政王之後，自然對多爾袞唯命是從。此時，八旗兵力的分配情況是：兩黃旗，名義上歸世祖，實際上由多爾袞以攝政王的身份指揮。正白旗，為多爾袞的嫡系武力。鑲白旗，本由多爾袞胞弟豫親王多鐸為旗主，此時亦歸多爾袞。正藍旗，本為太宗所有，順治初又歸多爾袞，而名義上的旗主為豫王之子多尼。正紅旗，此旗為代善所有，現在旗主為滿達海。鑲紅旗，旗主為克勤郡王岳托，英親王阿濟格亦持有一部分。這樣，多爾袞握有兩黃、兩白、正藍五旗，對兩紅旗亦有影響力，只有完全屬於鄭親王濟爾哈朗的鑲藍旗是唯一的敵對勢力。
在這樣的壓倒優勢之下，何事不可為？作為攝政王的多爾袞貶斥了鄭親王濟爾哈朗，誅殺了豪格，手握重兵，黨羽密佈，所有的反對勢力都已臣服，他唯一有所顧忌的，就是孝莊太后。那麼，多爾袞由未入關以前想奪皇位而不能，到此時能奪皇位而不奪，其真實原因究竟是什麼呢？唯一可以解釋的就是孝莊。作為少年時的愛侶，孝莊太后以萬縷柔情，約束多爾袞的「最後行動」，其間綢繆委屈，調護化解，不知費了孝莊多少苦心。
至此，可以判斷孝莊決無下嫁多爾袞之事，但其失身卻是不可避免的。孝莊太皇太后留下遺旨不與太宗合葬，就是認為自己白璧有玷之身無法再與太宗同穴。康熙完全瞭解孝莊當年辱身以存太宗天下的苦心，所以孝養無微不至。孝莊去世之時，不能葬於皇太極昭陵，但是康熙不忍心讓祖母孤零零地別葬他處，所以才形成了停孝莊梓宮數十年，而無法下葬的局面。孝莊不能與太宗合葬的苦心不僅康熙瞭然，朝臣心中也如明鏡似的。