李自成逃禪石門夾山一說，流傳極廣。湖南省的石門縣古稱澧陽，又稱澧州。據清代乾隆年間的《澧州志林》所收澧州知州何的《李自成傳》一文稱，李自成兵敗，獨竄石門之夾山為僧，法名奉天玉和尚。文中所指夾山即夾山寺，該寺位於石門縣東15公里的三板橋，是一座唐代古剎，也就是本文一開始講到的那個地方。寺內遺有與此說相關的一些碑記塔銘、詩文殘板，以及奉天玉和尚的骨片和包括宮廷玉器在內的許多遺物，包括在1980年的考古發掘中發現的諸多文物。這些無疑構成了此說的有力佐證。
何的說法也是有關「闖王」出家的最早記載。據言，何曾到夾山進行考察，見到了一位服侍過奉天玉和尚的、口音像陝西人的70歲老和尚，他告訴何，奉天玉和尚是順治初年來寺的，並取出其畫像。據說畫上人酷似史書所記李自成的模樣。有人根據李自成曾自稱「奉天倡義大元帥」，後又稱「新順王」，斷定「奉天玉」即「奉天王」多一點，是為隱諱。而奉天玉和尚墓葬中發現的骨灰和磚刻《塔銘》，墓葬中，其弟子野拂所撰碑文及有關文物，都與何之文相印證。據持此說法的人推測，「野拂」就是李過，李過就是李自成的親侄兒李錦，由此可證，被野拂精心侍奉的奉天玉和尚就是李自成。在夾山寺裡還發現了記述奉天玉和尚《重修夾山靈泉禪院功德碑》(康熙碑)和《重修夾山靈泉寺碑壇》(道光碑)及密藏牆洞的《支那撰述》、詠梅殘版和野拂撰文殘碑、野拂墓碑、闖王令牌、臨澧蔣家傳世文物、6枚「永昌通寶」銅幣、7個「西安王」銅馬鈴，更有夾山寺地道地宮密室發現的石雕龜形敕印。敕與詔一樣，都只有君王才能使用，一般人是不能用敕和詔的。敕印與奉天玉詔這一切似乎進一步證實了奉天玉和尚就是李自成本人的事實。
持此說的另一依據是從戰略推理上得出來的，認為李自成去當和尚，是為情勢之所迫，是為了聯明抗清。當時，李自成領導的大順軍的主要敵人，已經不再是明朝的勢力，而換成了氣勢洶洶的清軍。抗清已成為了當務之急。聯合國內的其他武裝力量便也顯得舉足輕重了。當時可以聯合抗清的，只有唐王朱聿鍵手下的湖南何騰蛟。但與何騰蛟談判，部隊必須交何指揮，而何是唐王的宰臣，李自成則是皇帝，這在情理上是難以接受的。況且，李自成逼死了崇禎皇帝，深恐唐王不能諒解。於是，李自成遂採取假死、隱居的做法，巧妙地迴避了矛盾，讓皇后高氏和李過出面與何騰蛟聯合，共同抗清。
然而，反對「逃禪說」的學者認為此說是經不起推敲的：奉天玉和尚雖然確有其人，但據塔銘記載，奉天玉曾歷經清要。何為清要？《朝野類要》卷二曰：「職慢位顯謂之清，職緊位顯謂之要，二者兼之，謂之清要。」李自成則與清、要毫無干係，塔銘的作者劉萱為明朝遺臣，他是忠於大明朝的，怎能為農民領袖李自成寫銘記功呢？這是無法理解的。況且，在1982年冬湖南慈利縣新發現的《野拂墓碑》中有「久恨權閹……也逐寇林……方期恢復中原」等詞句，這也表明野拂是痛恨宦官的明朝武官。而野拂對奉天玉和尚事謹慎的態度也說明他們之間關係的密切，同時說明奉天玉可能也是明朝遺臣。有記載說，奉天玉乃是順治年間從四川到石門縣夾山寺的雲遊和尚，他初到夾山，見古剎破敗，便拋頭露面、沿門托缽，求乞多方支持，以修復寺廟。若果然是自成逃禪隱居於此，怎能如此張揚，不懂得保密呢！
其實在四月下旬，大順軍主力行進到距離江西九江不遠的地方就被清軍又一次追上。一通混戰之後，清軍攻入了大順軍的老營，將汝侯劉宗敏、軍師宋獻策、李自成的兩位叔父(趙侯、襄南侯)以及一批將領家屬俘獲。這一突然事變使得大順軍將士的士氣大沮。由於清軍已經追擊到九江一帶，大順軍東下的路途就有可能在長江下游被截斷，因為這時清軍的東路豫王多鐸部正在取道河南歸德府、安徽泗州向南京迫近，隨時有可能回師而上對大順軍實施包圍。李自成於是很敏銳地覺察出這一點，改變戰略，掉過頭來準備穿過江西北部轉入湖南。於是在途經湖北通山縣和江西寧州(今修水縣)交界的九宮山下的時候，李自成本人發生了意外。這一幕一定是驚心動魄的場面，在明、清兩方的文書裡面則都有記載。南明的五省總督何騰蛟在隆武元年所寫的《逆闖伏誅疏》中就說：
「臣揣闖逆知左兵南逞，勢必窺楚，即飛檄道臣傅上瑞、章曠，推官趙廷璧、姚繼舜，咸寧知縣陳鶴齡等，聯絡鄉勇以待。闖果為清所逼，自秦豫奔楚。霪雨連旬，闖逆困於馬上者逾月，此固天亡之也。闖逆居鄂兩日，忽狂風驟起，對面不見，闖心驚疑，懼清之躡其後也，即拔賊營而上。然其意尚欲追臣，盤踞湖南耳。天意亡闖，以二十八騎登九宮山為窺伺計。不意伏兵四起，截殺於亂刃之下。相隨偽參將張雙喜系闖逆義男，僅得馳馬先逸。而闖逆之劉伴當飛騎追呼曰：『李萬歲爺被鄉兵殺死馬下，二十八騎無一存者。
何騰蛟的這份奏疏是關於李自成犧牲在湖北通山縣九宮山下的最原始文獻之一。由於幾個月以後李自成的部將接受了他的節制，他有充分的條件從大順軍將領及士兵的口中獲悉李自成犧牲的經過。
而清軍負責追擊李自成的統帥阿濟格也向清廷報告了李自成的死訊。他說，大順軍在九江地區失利後，盡力窮竄入九宮山。他們在山中到處搜尋，也沒有找到李自成。降卒和被擒的大順軍士兵都說李自成逃走時被村民圍困，不能逃脫，自縊而死了。於是找了認識李自成的人去認屍，但是屍體腐爛，無法辨認。李自成是死是活，還得繼續察訪。
阿濟格的奏疏在主要情節上(時間、地點和犧牲經過)同何騰蛟的報告相一致，因為他的消息也是由當時原屬於大順軍的兵卒所提供的，也具有相當的準確性。
清初的史家費密在其所著《荒書》中對李自成犧牲的經過作了如下的描寫：
「大清追李自成至湖廣。自成尚有賊兵三萬人，令他賊統之，由興國州游屯至江西。自成親隨十八騎由通山縣過九宮山嶺即江西界。山民聞有賊至，群登山擊石，將十八騎打散。自成獨行至小月山牛脊嶺，會大雨，自成拉馬登嶺。山民程九伯者下與自成手搏，遂輾轉泥滓中。自成坐九伯臀下，抽刀欲殺之，刀血漬，又經泥水不可出。九伯呼救甚急，其甥金姓以鏟殺自成，不知其為闖賊也。武昌已系大清總督，自成之親隨十八騎有至武昌出首者，行查到縣，九伯不敢出認。縣官親入山諭以所殺者流賊李自成，獎其有功。九伯始往見總督，委九伯以德安府經歷。」
費密的這段記載相當詳細，文中提到的牛脊嶺則的確是當地的地名，而程九伯也確有其人，康熙四年《通山縣志》有他的小傳：「程九伯，六都人，順治二年五月闖賊萬餘人至縣，蹂躪燒殺為虐，民無寧處。九伯聚眾，圍殺賊首於小源口。」另查《德安府志》職官志「國朝經歷」條下第一人即「陳九伯，通山人，順治二年任」。姓名雖稍誤，但也證明程九伯確實得到了清政府的獎賞。
根據上面列舉的史料，基本可以斷定李自成已經過世了。但是為什麼清廷和南明當時還要懷疑李自成的死訊呢？
其實多爾袞剛收到阿濟格關於李自成困死九宮山的奏疏時是相信的，他曾鄭重其事地告祭天地太廟，宣諭中外。地方官員也紛紛上表慶賀。可是，就在阿濟格班師回朝的途中，得到了大順軍重現江西的情報。由於阿濟格並沒有取得李自成的首級為驗，多爾袞因此就開始懷疑李自成的死訊不可靠。七月二十日，他派人對即將進京的阿濟格大加呵責。因為李自成犧牲以後他直接統率的那支大順軍主力確實進入了江西寧州、瑞昌一帶。考慮到明清文獻中「闖賊」一詞既可指李自成本人也可指李自成起義軍，因大順軍在江西而產生自成遁走江西的誤傳並不奇怪。所以說，所謂「自成生死終未有實據雲」，「實據」其實應該就是指自成的首級了，這是清廷方面一直沒有得到的，產生懷疑也是自然而然的了。
和清廷的情況相類似，李自成的死訊在南明的隆武朝廷裡也激起了波瀾。何騰蛟上奏自成身亡的經過情形以後，南明的隆武帝朱聿鍵「大喜，立拜東閣大學士兼兵部尚書，封定興伯，仍督師」。儘管何騰蛟關於李自成死於九宮山團練之手的消息直接得自跟隨李自成的許多大順軍將領，其中甚至包括了李自成犧牲時就在身旁的養子張鼐，應當說是相當可靠的。但是，由於何騰蛟也未能獻上李自成的首級，隆武朝廷內部表示懷疑的便大有人在。右副都御史郭維經就曾經上書，認為李自成死於九宮山，五月死的，這些都是傳言，而且是等到七月他的部下投降何騰蛟時才知道的，又是過了年以後上報的。就這樣行大賞，似乎不太合適吧。況且李自成是生是死，是死在誰的手裡都不知道。萬一哪天殺李自成的人提著李自成的頭來請賞，真不知道何騰蛟該怎麼解釋？而且萬一李自成沒死，以後在哪個地方出現了，到那時，皇上您可怎麼辦哪？這麼一說，朱聿健也起了疑心，讓何騰蛟再報一次，然後再宣佈這一捷報。在這種情況下，何騰蛟又第二次上疏辨明「闖死確有實據，闖級未敢扶同，謹據實回奏」(即《逆闖伏誅疏》)。
這樣，明、清雙方雖然分別得到了李自成犧牲的準確消息，卻都不同程度地表示了懷疑。其根本原因就在於誰也沒有找到李自成的遺體，所以不敢十分確定。
李自成首級為什麼沒有落入彼此雙方之手呢？原因很簡單。就南明來說，大順軍在安葬了李自成遺體後就轉入江西和湖南，通山縣已屬清軍的勢力範圍。何騰蛟當時在湖南長沙，不大可能派人前往清方控制區去發掘李自成遺體。其次，何騰蛟名為五省軍務總督，實力卻相當有限，只是由於大順軍將領的主動才建立了聯合抗清陣線，「一時驟增兵十餘萬」。即便有可能派軍隊進入通山縣，何騰蛟也絕不敢開罪於實力遠勝於自己嫡系軍隊的大順軍餘部，跑去把李自成遺體挖出來梟首「報驗」。這個道理十分明顯，但他在疏中不便明說，只好含糊其辭地解釋說剿撫道阻音絕，沒法拿到他的首級報驗。
至於阿濟格未能取得李自成首級的原因，大約是由於時間相隔稍久，農曆五月以後南方天氣已相當炎熱，「屍朽莫辨」也是完全可能的。上引康熙《通山縣志》記載大順軍在領袖犧牲後曾對當地的地主武裝實行報復性打擊，殺了幾千人。而清政府真正弄清楚李自成被害的具體情節，還是在順治二年(1645)七月十五日江西湖廣等八省總督佟養和上任後，「有至武昌出首者，行查到縣」，才找到殺害李自成的兇手程九伯。阿濟格向清廷奏報的時候還沒有找到這個線索，他派去實地查驗的人在幾千具朽屍當中瞎轉，無法取得實證就毫不足怪了。
總之「闖王」李自成是中國歷史上一位千古少有的傳奇英雄，他發動和長期堅持的大規模的農民戰爭，推翻了盛極一時的明王朝，但他卻敗在關外新興的北方少數民族--滿族所建立的清廷之下。無論是失誤也好，即使有天生缺憾也罷，由於當世、後世都對於這次起義和與這次起義有關的歷史資料的禁毀，致使我們今天對李自成一生中的許多問題已不可能充分地瞭解了。因此關於李自成失敗後，直到最後歸宿的疑案，至今也同樣真相難明，雖然各方面各執一詞，但諸多的記載與傳說，還是有待於進一步去澄清和發現。
李自成處在幾方勢力的糾葛中，於明於清似乎他都不得不死，也好讓出師之人有了回復主子的理由，否則無法向各自的主子證明大順已去，平叛成功。然而，就是在這樣的情勢之下，他仍存在不死的可能性。明清兩方派出的平叛大軍都急於向主子結案，他的軍隊被滅就是一個絕大的戰績，無法東山再起也可以說就等於李自成已死。這樣，也就可以給出李自成出家的機會，事實上，也只有出家才符合情理。其實，被殺也好，出家也好，李自成以一介平民出身，肩扛反明大旗，且能進京稱帝，已然令人驚歎。可惜，他這個皇帝只當了14天。