咸豐七年(1857年)，曾國藩借父喪之機，向咸豐帝攤牌索要更大權力。清廷以為太平天國行將覆滅，斷然令曾國藩在籍守制。不料三年後，江南大營再次崩潰，太平天國基本控制了富庶的江南地區，切斷了清王朝賦稅、漕糧的主要供應渠道。咸豐、同治年間，太平天國起義的烈火迅速從廣西燃向全國，此前清廷依靠的八旗與綠營不堪重用，為湘軍登上歷史舞台提供了機會。隨著湘軍興起，國家的一些重要權力也逐漸移向地方，轉入漢人手中。統治者既要依靠湘軍鎮壓農民起義，又恐其尾大不掉，不情願將權力拱手相讓，由此展開了清廷與以湘軍集團為首的地方勢力對權力的爭奪。
晚清湖南地方軍隊被稱為湘軍。咸豐、同治年間，太平天國起義的烈火迅速從廣西燃向全國，此前清廷依靠的八旗與綠營不堪重用，為湘軍登上歷史舞台提供了機會。隨著湘軍興起，國家的一些重要權力也逐漸移向地方，轉入漢人手中。統治者既要依靠湘軍鎮壓農民起義，又恐其尾大不掉，不情願將權力拱手相讓，由此展開了清廷與以湘軍集團為首的地方勢力對權力的爭奪。
太平天國起義迅猛發展，湘軍的地位和作用也日益凸顯，湘軍集團逐漸取得地方軍政大權。咸豐五年(1855年)，清廷任命胡林翼(晚清中興名臣之一、湘軍重要首領——編者注)署理湖北巡撫，與他同在武昌主政的是湖廣總督官文。清代官制中總督偏重軍政，巡撫偏重民政，軍權應歸於官文。可官文貪鄙庸劣，見識淺薄，只因是滿洲正白旗貴族而為咸豐帝所重用，所部軍隊戰鬥力極差。胡林翼撫鄂之初，官文每多掣肘，胡雖申奏，但咸豐帝仍下嚴旨要其會同官文辦理湖北軍政。不得已之下，胡林翼改變策略，轉而與官文結交，在公文中每列官文為首功，每月撥鹽厘3000兩相贈，還讓自己的母親認官文寵妾為義女，進而與官文兄弟相稱。不過，胡林翼並非與官文同流合污，而是試圖加以利用。官文也深知在此戰爭環境，多少督撫因為不善帶兵，或死於戰事或被罷職免官，於是也樂於依靠這個對自己恭敬備至的胡林翼。在官文看來，既然胡林翼滿足了自己對聲色貨利的喜好，自己贊同他的軍政主張，也算是禮尚往來。於是，胡林翼大刀闊斧厲行改革，穩定湖北局勢，從而在同太平天國爭奪長江中下游地區時處於有利地位。
但事實上，清廷並沒有放棄對地方權力的嚴格控制和打壓。所以，如果不是胡林翼巧妙運用權術，讓清廷認為改革措施多為官文主張，湘軍集團是難以迅速發展起來的。咸豐七年(1857年)，曾國藩借父喪之機，向咸豐帝攤牌索要更大權力。清廷以為太平天國行將覆滅，斷然令曾國藩在籍守制。不料三年後，江南大營再次崩潰，太平天國基本控制了富庶的江南地區，切斷了清王朝賦稅、漕糧的主要供應渠道。於是，山窮水盡的朝廷陷入兩難境地：要麼拘泥於不輕易授予漢人實權的舊制而坐以待斃，要麼聽任湘軍壯大勢力，但可以利用他們來度過亡國危機。在太平天國大軍的逼迫下，捨湘軍而無其他勁旅可以依靠，清廷只能容忍湘軍將領執掌地方軍政大權，於是，任命曾國藩署理兩江總督。可以說，湘軍集團能夠取得多大的權力，與太平天國給清廷帶來的危機程度，以及清廷解決危機時對湘軍的依靠程度是密切相關的。
日益激烈的太平天國戰事和辛酉政變的發生，將湘軍集團的權力推向頂峰。咸豐十一年(1861年)，咸豐帝在避暑山莊去世，遺詔以年方六歲的載淳繼位，同時任命戶部尚書肅順、怡親王載垣等八大臣為「贊襄政務王大臣」。經過一場驚心動魄的宮廷政變，形成了兩宮皇太后與恭親王奕共治天下的局面。為最大限度地發揮湘軍集團的作用，清廷由被迫放權轉向主動授予他們更大的權力。這年十月，命曾國藩督辦江、皖、贛、浙四省軍務。十二月，任命左宗棠為浙江巡撫，李續宜為湖北巡撫，彭玉麟為兵部侍郎。次年正月，命曾國藩以兩江總督協辦大學士。八月，劉長佑補授兩廣總督。十二月，劉長佑調任直隸總督。同治二年(1863年)，左宗棠升任閩浙總督，曾國荃補授浙江巡撫，唐訓方補授安徽巡撫，郭嵩燾補授廣東巡撫，劉蓉補授陝西巡撫。次年，楊載福補授陝甘總督。短短幾年間，湘軍集團勢力急劇膨脹，南至兩廣，北到直隸，東到兩江，西至陝甘，諸多地方由湘人出任督撫。而他們手中所握有的權力，遠遠超過此前的清代督撫。
依照清代舊制，總督主軍政，但是除了自己的督標營之外，並不能越過提督直接干預營務;巡撫主民政，除了自己的撫標營外，也不能干預營務;布政使掌財政，直屬戶部;按察使掌司法、監察，直屬刑部。可見，軍政大權都集於中央，地方大員各負其責，互不統屬，誰都不能自行其事，只能聽命於中央。而鹹同年間，特別是同治初年，大批湘軍將領位任督撫，他們既主軍又主政，兵、政合一之勢已成，再加上兵餉自籌，釐金完全由督撫支配，原本應該上交戶部的地丁、漕折、關稅、鹽課等項銀兩也被督撫截留，大半充作軍餉。這樣，一省三憲——即巡撫、布政使、按察使鼎足而三的局面再也不復存在，督撫專權的局面勢將形成，湘軍集團的權力在此情形下也達到了頂峰。