經過兩個多月的身心療養，善耆被任命為崇文門稅務衙門監督。崇文門稅務衙門是個日進斗金的政府機構。誰擔任稅務衙門的監督，誰就能一夜暴富。這個肥差是許多王公大臣夢寐以求的官職。善耆的前任奕劻和他的後任那桐都在崇文門稅務衙門任上發了橫財。
這份美差，是慈禧對善耆堅貞不渝、忠於朝廷的「族臣心」的表彰，獎賞他隨扈有功，讓他發一筆令人垂涎的大財，當然也包含著收買善耆的意思。
而善耆真的是「故里歸來魂甫定，翩然又動昔年思」，他帶著心中的陣陣酸痛開始為朝廷辦差，忘我地為保住祖宗的基業效力，根本不把錢財那些身外之物放在眼裡。
崇文門稅務衙門是負責對進入北京的商品徵稅的機構，當時對酒、煙、茶、油、布匹以及寶石等奢侈品都要課稅。崇文門稅務衙門，就是北京稅務總局，下設23個地方稅務分局，盧溝橋、長辛店、南口都設有稅務衙門。
稅務衙門的官吏，不拿朝廷俸祿，朝廷允許每年由稅銀中提12萬兩歸稅務官員留用。稅務官吏還可以為業主代辦報關手續收取佣金，從逃稅商品中撈取賄賂那是平常事，不接受賄賂才不正常。
朝廷也不斷嚷嚷著叫官員們自律，可官員們不自律也沒有人追究，實際上是縱容腐敗。貪腐是大清朝廷及各級官吏罹患的、不可救藥的絕症。
善耆不識「好歹」，不領慈禧這份兒情，沒有陷入貪污腐敗的泥淖，卻把取得這一差事用作革故鼎新的機遇。善耆實在是辜負了太后老佛爺的一片真情！善耆走馬上任後，提倡廉潔奉公，制定了一系列反腐倡廉的法規條令，明令禁止下屬官吏仗勢欺人，強行加稅，禁止索賄及私吞稅款，並將知法犯法、有法不依、執法不嚴、玩忽職守、故意犯禁的官吏拿辦，一切照章辦理，決不姑息養奸。
善耆採取的變革措施，一掃種種腐敗弊端，得到了京城內外大小守法業主們的讚揚，一些正直人士反映，大清的官吏都能像善耆那樣乾乾淨淨地辦差，大清朝廷定會中興崛起。
善耆手下一些吃慣了賄賂的官員，卻抱怨這位年輕的王爺不食人間煙火、小氣、不通人情。他們甚至預言，像善耆這種干法，肯定「兔子尾巴，長不了」，不被參掉才是怪事。
那些偷稅漏稅、行賄受賄、走私販毒的不法分子，被善耆嚴厲整治京城稅務的舉措，嚇得膽戰心驚，同時加緊活動，設法把善耆拉下馬。世上所有的猴子身上都長毛，突然冒出一個身上沒有毛的猴子，它的命運注定是被眾猴子掐死。
善耆的廉政之舉引起了貪官污吏們的不滿和朝廷部分重臣的妒嫉，他們說善耆「輕佻、喜功」。有位王爺說，善耆想爬上正一品，位居一人之下萬人之上，是野心家，對他要多加提防。
有個來自權勢集團的大煙販子，請人給善耆送信：只要善耆讓他的屬下，睜隻眼閉只眼，願意出大價錢孝敬他，包括給善耆修王府，給老肅王修陵寢。同時也勸告善耆，大家互相給個方便，對誰都有好處。如果善耆不給面子，也未必就做不成生意，但善耆也許會吃點虧。
這件事兒提醒善耆，稅務衙門要把緝毒、禁煙擺在自己工作的重要位置上。經過深入查訪，善耆終於找到了煙販子的蛛絲馬跡，他的屬下丁士源確認，大太監李蓮英在暗中組織販運煙土。
善耆本想把這個大案奏報朝廷，但是他不願意給老佛爺添亂，討個沒趣。因為這時候(1901年2月)，慈禧正在根據列強的要求降旨懲辦參加反洋教的王公大臣：賜載勳自盡;載漪、載瀾發配新疆，永遠監禁;毓賢即行正法;剛毅革職;董福祥革職降調;英年革職，斬監候;徐桐、李秉衡革職，撤銷恤典。
看到幾位曾經和自己一起隨扈西行的人，竟落到如此田地，下場如此悲慘，善耆的心一時也好像落入冰冷的冰窖裡。朝廷的事情讓善耆憤慨，但是他挽救大清江山於腐爛的決心依然。
善耆很快從孤寂、憤慨的陰影中走出，下令對於大案和要案一定一查到底，不管查到誰，哪怕是天王老子也要查。善耆腰桿子就是硬，因為他無私，他能身體力行，滴水不沾。他常常以沒有幹一件對不起祖宗的事情而自豪，他是朝廷內外公認的清官。
有善耆撐腰，好較真兒的丁士源，表現出他和腐敗勢不兩立的氣派，勇敢地捅了馬蜂窩，把李蓮英的大湮沒收了。此案當年曾經震懾京城內外。有人說，各行各業都出個肅親王，國家自然就得救了。有人說，等著瞧吧，善耆早晚要倒霉，李蓮英一定下毒手整治他，太后老佛爺不會護著肅王。預言家說：「不出一年，肅王準保被拉下馬。」
1901年9月7日，清政府與十一國代表在北京簽訂《辛丑條約》，帝國主義從政治上、經濟上、軍事上控制了清政府，中國徹底墜入半殖民地半封建社會的深淵。
10月2日，慈禧再次下達懿旨，表示「變法自強」的決心，在袁世凱、張之洞、劉坤一等封疆大吏推動下，晚清「新政」開始啟動。
10月6日，慈禧一行由西安啟程返回北京。在返京途中，在開封發佈懿旨：撤去溥俊大阿哥封號，令其立即出宮。
1902年1月8日，慈禧回到北京。慈禧以女元首的身份會見各國駐華使節，她第一次撤掉掛在面前的簾子，露出了她那飽經風霜的老臉，熱情地接見各國外交使節。
慈禧為表彰善耆的扈從有功，賞戴三眼花翎，但是卻免去了善耆的崇文門稅務衙門監督的職務，補正白旗侍衛內大臣。
善耆離開崇文門稅務衙門後，朝中有人要拿辦丁士源。善耆聞訊立即送丁士源到英國留學，使丁士源躲過了一劫。從此，丁士源成了肅親王的親信，得到肅親王親屬的待遇，後來憲東兄弟們都尊稱丁士源為丁大哥。
被調離崇文門稅務衙門，是善耆意料中的事情。中興大清的渴望依然在善耆胸中燃燒，而且越燒越旺，他沒有感到失落。善耆懷抱著更大的期待，相信報效朝廷的新機遇一定會出現。