公元前211年，當羅馬人和迦太基人為了爭奪地中海霸權而戰，迦太基人漢尼拔漸漸陷入頹勢，發明出「浮力的大小等於它排開水的重量」的阿基米德先生所在的城市（敘拉古城）也因為支持漢尼拔一方而被羅馬人攻破。阿基米德先生一邊做算術，一邊不小心被羅馬士兵殺死了。而這時候，在亞歐大陸最東端，一個叫做碣石島的小山上，有一個偉大人物正袖著手，看東海的日出。
這個人就是五十歲快要死了的秦始皇。
秦始皇喜歡駕車自虐游：作為有十年駕齡（駕馭中國的年齡）的皇帝，他曾五次巡行中國（平均每兩三年就出巡一次）。他坐著木轱轆車，目的不在於遊玩，而是彈壓東方和南方這兩片不穩定的新占區，以及查看北方邊境的安全。每次他都是春來秋往，跨月兼季，在跑路的里程上，古來君王中只有大禹能跟他相比。即便不出巡的時候，他也每天都要看一百二十斤重的竹簡文件，不看盡此數，不躺下睡覺。看得出來他是個勤勉的皇帝。
秦始皇勤勞政事之餘，還富餘了一些體力，於是就去幹一些糊塗事：當他年逼五十，兩鬢生霜的時候，開始致力於登仙不死。大騙子徐福跟他要了一萬斤黃金（當時的錢分兩種，黃金是主幣，青銅的「秦半兩」是輔幣。一斤黃金得一萬枚「秦半兩」），徐福帶著幾千半熟少年入海尋神藥。神藥沒有找到，徐福和錢卻沒回來——似乎去了日本。現在日本三重縣有徐福的墳墓和墓碑，和歌山縣也有墳墓（他實在闊氣，連墳墓都有兩個）。總之日本人並不諱言徐福，徐福的碗還被當地名人望族世代傳藏。日本有一百多處與徐福有關的遺跡和遺物。
徐福在日本據說還泡到了一個媳婦叫「阿辰」。金立神社的日本人每五十年要祭祀一次徐福，把他的神像抬出來逛街，一直抬到「阿辰」的廟裡見見面才回來。據說這個傳統已經有兩千多年了。雖然徐福去日本的事情沒有定論，但當時日本尚處於石器時代卻沒什麼爭議。不過，考古發現，此後的日本就有了快速發展，很快出現銅器和鐵器，並且產生了類似春秋戰國的百多個小國，互相攻伐。
不說日本的事了，秦始皇還在中國等著徐福回來呢。等了半天也不回來，於是「盧生」又跑來騙他說：煉神藥需要神仙掌勺，但神仙是很靦腆的物種，怕見生人，您必須藏起來，神仙才肯來。於是可憐巴巴的秦始皇又把自己藏起來了。他在咸陽城擺了個巨大的迷宮，方圓達兩百里，辦法是用天橋、甬道（兩側帶牆的道）連接咸陽城內外的二百七十多個離宮別殿。他在迷宮裡邊悄悄走過，除了老鼠以外誰也找不到他。當然他也定期（也許是每天）從迷宮裡鑽出來，在咸陽宮裡面見群臣理政決事。
辦完一天的公事，他又回迷宮裡睡覺。他睡覺的地方（往往睡無定所）也絕對不許透露，否則死罪。
他希望自己躲在這麼隱秘的地方，神仙會來找他。
有一次，他又在迷宮裡玩鬼撞牆，突然看見丞相的車騎從遠處過來了。丞相的車騎非常煊赫，秦始皇不太高興，覺得丞相用車超標，於是嘟囔了幾句。
當時秦朝的丞相設左右兩名，一個是李斯，一個是馮去疾。這個超標的不知是其中哪個。但不管怎麼樣，該丞相聞訊後立刻減損車馬，不敢擺闊。秦始皇知道了，大怒，心想一定是身邊某個太監洩露了我抱怨丞相的話。「我不是說好了嗎，不許洩露我在迷宮裡的行動和言語。不然神仙不敢來了！」於是他把那天在場的身邊值勤太監全宰了。
可是，儘管秦始皇這麼虔誠，靦腆的神仙們還是不肯親臨咸陽一露芳容。負責拉皮條的盧生，一看自己拉不來神仙，就在騙局即將被揭穿前捲著錢逃跑了。臨走還把秦始皇大罵了一場，罵他心不誠（原話是「貪於權勢」，意思是秦始皇整天忙著處理政務，不適合當神仙）。
秦始皇從迷宮裡出來，發現盧生已經跑了，自己還挨了罵，罵詞已經傳到了咸陽民間，於是他的憤怒可想而知。作為老百姓，被人騙了，也要一哭二罵三上吊，作為皇帝，則只有殺人了。他展開大搜捕，要坑殺這些騙子加誹謗者。
當時雲聚咸陽的文學方術士甚眾。這些傢伙有分工，文學士是歌頌太平的，作《仙真人詩》之類，幹些幫閒的事。方術士是煉藥的，治病求長生圓滿，大搞封建迷信，總之他們的特點就是跑來蒙事，以求「奸利」，也就是抓錢。
秦始皇下令在咸陽的這幫「文學方術士」中間排查類似徐福、盧生這種欺騙並且（或者）誹謗我的人，最終互相揭發，確定了四百六十餘個有問題的人，秦始皇把他們都坑殺了。
這件事情後來卻成了秦始皇的盛名之累，所謂坑儒。其實「坑儒」到底是怎麼回事，到底坑的是不是儒？歷來眾說紛紜，似乎永遠說不清了。據不佞的揣測，秦始皇並非專意要坑儒者，而是坑騙子和誹謗者。坑他們的目的用《史記》上的話講叫「以懲後」，以避免天下人再來騙皇帝和誹謗皇帝，而不是懲罰他們學了儒學。
後來公子扶蘇的話也印證了這一點。扶蘇這人心比較軟，在給這些要被坑的文學方術士們求情時說：「這些人都是誦法孔子的，請陛下原諒了他們吧！」
扶蘇誇講這些人「誦法孔子」，宣揚他們學儒這個優點，以便得到饒恕。也就是說，在扶蘇和他老爹之間存在著這樣一個假設前提：學儒、學孔子的是好人，所以請饒了他們吧。可見大秦朝和秦始皇並沒有一貫把儒者列為打擊的對象，否則扶蘇能這麼誇人來救人嗎？換句話說，如果「學儒」是他們的罪名，秦始皇專意是要「坑儒」，扶蘇還用這樣的「罪名」為他們求情，豈不是腦袋進水了。
秦王朝雖然歷來倡導法家，沒有抬尊儒者，但也並沒有要滅絕儒家。事實上，秦始皇、秦二世身邊一直都有很多儒者色彩的「博士」。秦始皇與人的對話，在《史記》的記載中，除了與丞相等人，主要就是與這些儒者色彩的博士了，可見這些博士地位蠻高，常能在御前議事，而且丞相王綰等人身上，也帶著鮮明的儒家特色。秦始皇在泰山琅等處的刻石文字也表達了對儒家學說的敬重，其中很多言辭是典型的儒家術語，譬如「專隆教誨、男女禮順」。後來即使到了秦二世時代，陳勝吳廣起義了，對於這樣的大事，胡亥還曾召「博士諸儒生」問對策，有博士諸儒生三十餘人上前回答問題，可見儒生是一直不同程度地參與到秦政府的高級決策層的。
總之，秦始皇並不是有意要與儒家為難。這四百六十人被秦始皇坑殺了，是因為秦始皇痛恨他們像盧生那樣欺騙或者散佈詆毀秦始皇的話，犯了誹謗罪，而並非懲罰他們學了儒。秦王朝並沒有專意要「坑儒」，最多是坑了政見不合者，而且只是這一次行動。
實際上，「坑儒」一詞是很晚出的很不嚴謹的一種說法，《史記》裡原本說的是「坑術士」，另一個漢朝人伍被也說是「殺術士」。至於後代司馬光、蘇東坡這些比較嚴謹的文人，也都是說「屠術士」。