秦始皇死後，趙高採取了說服胡亥威脅李斯的手法，三人經過一番密謀，假造秦始皇發佈詔書，由胡亥繼承皇位。同時，還以秦始皇的名義指責扶蘇為子不孝、蒙恬為臣不忠，讓他們自殺，不得違抗。在得到扶蘇自殺的確切消息後，胡亥、趙高、李斯這才命令車隊日夜兼程，迅速返回咸陽。為了繼續欺騙臣民，車隊不敢捷徑回咸陽，而是擺出繼續出巡的架勢，繞道回咸陽。由於暑天高溫，秦始皇的屍體已經腐爛發臭。為遮人耳目，胡亥一行命人買了許多魚裝在車上，迷惑大家。到了咸陽後，胡亥繼位，是為秦二世，趙高任郎中令，李斯依舊做丞相，但是朝廷的大權實際上落到了趙高手中。趙高陰謀得逞以後，開始對身邊的人下毒手。他布下陷阱，把李斯逐步逼上死路，李斯發覺趙高陰謀後，就上書告發趙高。秦二世胡亥不僅偏袒趙高，並且將李斯治罪，最後將李斯腰斬於咸陽。趙高昇任丞相，由於他可以出入宮禁，特稱「中丞相」。
秦朝有史官，留有著作《秦紀》，司馬遷應該是根據這部史書寫的秦朝的事情，而且秦朝那麼多官員，必定有人著書立說，其中的信息能夠作為旁證。不過，這些書後人看不到了，司馬遷通過他們的記述，自己重新編寫，後人便可以根據《史記》來瞭解秦朝的狀況。其實，篡改秦始皇遺照這件事一定也會有秘密的記載的，而秦朝的秘密文件到漢朝則不再是秘密，於是司馬遷可以光明正大的記述了，後人因此便可以知道秦始皇遺詔是被篡改的。
遺詔是皇帝死後才公佈的，秦始皇自己生前沒有相關的詔書，所以遺詔本身的真實性就值得懷疑，而趙高和李斯合謀，之後又殺死李斯，起草偽詔的李斯就是這件陰謀的參與者，他的遺言結合其他旁證史料，就確實了偽詔的事實。
其實說法很多，但都只是猜測。因為秦始皇自己生前沒有相關的詔書，所以遺詔本身的真實性就值得懷疑，二世又昏庸，秦始皇怎麼又會把皇位傳給他。
秦始皇有多少子女，秦始皇死後這些子女下落如何，幾千年來，一直沒有人能說清楚，見於史書有名可考的秦始皇子女只有長子扶蘇，少子胡亥、公子高、公子將閭四人。有史書說秦始皇有12個兒子，史書中還有秦始皇第10個女兒被殺的記載，這樣看來，秦始皇至少有兒女二三十人。據專家考證，秦始皇共有子女33人。秦始皇的33位子女，除胡亥在趙高、李斯合謀下篡得皇位，做了秦二世，其餘32人皆死於非命。長子扶蘇被篡改的遺詔賜死，胡復稱帝后，怕其兄長不滿而殘酷殺戮他們，史書記載的有，將"六公子戮死於杜"，將十二公子殺戮於咸陽市。公子高準備逃跑，又恐家屬被族，只好上書，請求為秦始皇殉葬，胡亥准其請求，公子將閭昆弟3人，被迫"拔劍自則，胡亥不僅處死了他所有的哥哥，對其姐妹也不放過，史書記載：胡亥將"十公主戮死於杜"。就這樣，胡亥為保住自己的皇垃，殘酷地殺害了自己眾多的兄長姐妹。
近年來，秦陵考古的新發現，為我們提供了這方面的線索。1976午10月，在秦陵東側上焦村附近發現了一組陪葬墓群，共17座，考古工作者發掘了其中8座，8座墓中各有一棺一停;其中7座墓中各有人骨一具，五男二女。一座墓中，棺內只有一把青銅劍，未有人骨。令人不可思議的是棺中屍骨非常零亂，有的軀體與四肢相分離，有的頭骨與軀幹相分離，有的頭骨上有箭頭，這些現象表明墓主系非正常死亡。但同時令人不可思議的是，墓中的隨葬品非常豐富，計有金、銀、銅、鐵、陶、玉、蚌、貝、骨、漆器及絲綢殘片二百餘件，這種規格說明墓主人是有一定身份的。這些有一定身份而又遭到殘酷殺害的墓主都葬在陵園附近，說明他們必然與陵園陪葬有關。這使人聯想到被殘酷殺害的秦始皇子女。在發掘過程中，人們在墓坑裡還發現了挖墓人烤火的遺跡。這說明當時天氣很冷，這與胡亥誅殺諸公子的時令相吻合。因此，專家分析，這些墓葬的主人很可能是秦始皇的兒女，在發掘中還發現了兩枚私印，一枚「榮祿」，出土於男性墓中;一枚印文為「陽滋」，出土於女姓墓中。如果惟斷正確，則「榮祿」是秦始皇兒子的名字，「陽滋」是秦始皇女兒的名字。隨著挖掘深人，人們將取得更多的證據，到時秦始皇子女下落之謎有可能被徹底解開。