西漢初年，漢高祖與丞相蕭何之間的關係充分展示了皇權和相權之間的內在矛盾與衝突。蕭何是劉邦的故友，從劉邦起兵反秦開始，蕭何就追隨劉邦，勤勤懇懇、兢兢業業，為劉邦奪取天下傾注了一生的心血，劉邦也對蕭何恩賞有加。當天下平定以後，論功行封，群臣爭功，一年多時間不能決定。高祖認為蕭何功勞最大，名列第一，封為侯，並任命為相國，特准帶劍上殿，入朝不趨。眾將認為蕭何從來沒有在前線打過仗，反而功列第一，都不服氣。高祖力排眾議，說：「比如打獵，眾將之功，好比獵犬;發現野獸蹤跡而指示獵犬捕獲者，乃人也，蕭何之功即為人功。名列第一，豈不宜乎？」
但是蕭何任為相國以後，居一人之下，處萬人之上，位尊權重。他總理百官，協理萬機，一切國事皆由其管轄。相國權位既重，禮遇亦隆。高祖特恩准蕭何帶劍上殿，入朝不趨，奏事不名。皇帝為了表示對丞相的禮敬，「御座為起，在輿為下」，丞相生病，皇帝還要到丞相府親自慰問。丞相權力的增大，必然與皇權發生衝突。皇權與相權的矛盾是我國兩千多年封建專制集權制度中的突出特點。這在漢高祖與蕭何之間就表現得非常突出。蕭何雖然功勳卓著，有豐富的治國經驗，但他不像韓信那樣不知自持，他對劉邦的為人知之甚深。每當劉邦對他稍有猜忌時，即能機智地予以化解。劉、蕭之間以權術相角力的故事引起了史學家司馬遷的濃厚興趣，他在《史記·蕭相國世家》中以濃墨重彩描寫了這兩位早年的好友、後來的君臣之間的三次權術之爭。
第一次是在楚漢戰爭時，蕭何任丞相，鎮守關中，漢王與項羽相持於京索之間。漢王數次派遣使者回關中慰勞丞相，這顯然不是一個正常的現象。蕭何手下有一位姓鮑的人對他說：「漢王在外風餐露宿，卻多次派使者慰勞丞相，恐怕是有疑君之心。依我之見，丞相不如把親族中可以當兵的子弟全部送到漢王軍中服役。這樣，漢王不僅不會懷疑您，而且會更加信任您。」蕭何採納了鮑生的意見。這一天，漢王正準備與楚軍決戰，忽報丞相派遣宗族子弟前來助戰。漢王一聽，非常高興，立即召見蕭何的親屬，向他們詢問丞相的近況。他們回答道：「丞相托漢王之福，一切安好，惟念大王親臨戰場，櫛風沐雨，備受艱辛，恨不能相隨左右，特遣我等前來供大王使喚，乞大王恩准。」漢王見狀大喜，說道：「丞相為國操勞，公而忘私，真乃忠臣也。」蕭何把自己的宗族子弟送往漢王處，實際上是以他們為人質，果然漢王對鎮守關中的蕭何放心了。
劉邦不得已曾分封了九位異姓諸侯王，但他對這些異姓諸侯王卻如骨鯁在喉，必欲去之而後快，於是設計予以剪除，或親自帶兵征剿。每當他出征時，對在京城的蕭相國總是極不放心。越到晚年，漢高祖的這一心態越是明顯，因而皇權與相權之間的衝突日益突出。漢高祖十一年(公元前196年)，陳謀反，漢高祖親自帶兵征邯鄲。哪知又有人密告韓信在關中謀反，蕭何輔佐呂後用計誅殺了韓信。漢高祖在邯鄲得知韓信被誅，除去了心頭隱患，心中當然非常滿意，但他對蕭何也不放心，於是派遣使者回京師，拜蕭何為相國，增加五千戶封邑，同時又命一名都尉率五百名士兵作為相國的警衛部隊。這樣做，既是為了籠絡蕭何，同時也有監視的意思。
朝中大臣見蕭相國如此受高祖寵信，紛紛前往蕭何府上祝賀。唯有一個名叫召平的人，他來到蕭府，不僅不表示祝賀，反而對蕭相國說：「公將大禍臨頭矣。皇上在外，公在朝中，既增加公之封邑，又為公設置警衛，顯然是對公起了疑心。願公上書辭讓封邑和警衛，並將家中私財悉數捐出以佐軍資，以解除皇上心中疑忌。」蕭何原本就對此次增封大惑不解，聽了召平一番話，深以為然，立即採納了他的計謀，又一次化解了漢高祖對他的猜忌。
第二年，淮南王黥布謀反，漢高祖又親自帶兵征伐。蕭何因為皇上在外征討，總是兢兢業業，勤於國事，安定民心，源源不斷地向前方輸送給養。但蕭何越是勤勉，漢高祖心中越是不踏實，他又故態萌發，常常派使者回長安詢問相國的近況。蕭何對皇上的這一舉動很費猜量。有一位門客向他道破了高祖的心思，說：「君不久即將滅族矣。君位居相國，功稱第一，如此勤勉，還想再高昇嗎？君初入關中，至今已十餘年了，深得百姓擁戴。皇上之所以近來不斷地詢問君的作為，就是怕您深得民心，傾動關中。依臣之見，君不如在京師多置田地，強迫百姓賤價賣地，使關中百姓都罵君賤買民地。這樣，皇上知道君僅僅貪財，沒有政治野心，他也就放心了。」蕭何自任丞相以來，公忠體國，不謀私利，但為了解除皇上對自己的猜忌，他不得不採納這位門客的計謀，自污以免禍。果然，蕭何的罵名很快就傳到了高祖那裡，漢高祖聽了，心裡如同吃了蜜一般甜。高祖征討黥布歸來，關中百姓攔道向高祖上書，控告蕭相國強迫賤買民田宅。高祖回朝，蕭何拜謁。高祖笑著對蕭何說：「相國竟如此『利民』呢！」隨即便把百姓的上書交給蕭何，說：「君自己去向百姓謝罪吧！」於是蕭何將所有的田宅全部退還於民。
蕭何鑒於關中地狹民眾，農民占田普遍不足，便乘機向高祖建議將皇家御園上林苑中的空地分給無地之民。漢高祖一聽，不覺勃然大怒，說：「原來相國受了商人的錢財，竟然來向朕要上林苑。」下令把蕭何交與廷尉，關押在監。
過了幾天，一位姓王的衛尉見皇上的氣已經消了，便問道：「相國有何大罪，陛下竟如此重懲？」高祖回答說：「朕聞李斯相秦始皇，有善則歸於主上，有惡則自己承擔。今相國收受商人的錢財而為民分朕御園，收買民心，故此將他關押起來。」王衛尉勸道：「蕭何為相國，有便於民者則請之，此乃宰相職責，陛下為何竟懷疑相國收受商人的錢財？當年陛下與楚數年相爭，後來陳、黥布謀反，陛下親征，相國守關中，若有所為，則函谷關以西非陛下所有也。
相國不在此時謀利，竟在天下大一統以後收受商人的金錢嗎？況且秦之所以亡國，其中很重要的一個原因就在於聽不到批評意見，李斯歸惡於己，又何足傚法哉！」一席話說得漢高祖無可辯駁，其實他也知蕭何是一個謹小慎微之人，於是當天就派使者持節赦免蕭何出獄。年邁的蕭何從獄中出來，不先回家，跣足入朝向漢高祖謝恩。高祖看著蕭何衰老年邁的樣子，也不免生出惻隱之心，說：「算了吧，相國！相國為民請御園，朕不許，朕不過為桀紂主，而相國為賢宰相而已。故此朕將相國關押起來，讓天下百姓都知道朕的罪過。」
蕭何一生謹慎，謙恭自守，不居功，不自傲，對漢高祖忠心耿耿，也不免遭到皇帝的猜忌，竟然以自污免其禍，臣下侍奉君主之險惡由此可見一斑。