伏波將軍馬援有一個侄女，嫁給王莽的遠房侄子王磐為妻。馬援活著的時候，就很不喜歡王磐和那些達官顯貴交往，擔心他遲早有一天會出事。別人似信非信，總以為那些王子勢力強大，應該沒有什麼問題。哪知那被廢的郭皇后於建武二十八年(公元52年)六月死後，便有人上書皇帝，說王磐和王肅父子二人本是漏網之魚，不思悔改，反而成了王侯的座上賓，這樣下去恐怕會生出事端，要早加提防。
劉秀十分憤怒，下令抓捕王磐父子以及那些王子的賓客，有一千多人因此事受到牽連，被關進大牢。後來又出了一件大案，牽連到王磐父子。從前，劉玄兵敗時，劉秀曾經封其子劉鯉為壽光侯。劉鯉卻記著父仇未報，遷怒劉盆子兄弟，將劉盆子之兄劉恭刺死。劉鯉和郭後之子、沛王劉輔向來友善，劉鯉犯罪下獄時，沛王也一同下獄。劉秀恨上加恨，於是將王磐父子及那些賓客，一齊處死。沛王劉輔被關進大牢後，經人極力求情，才被釋放出來。劉秀下令讓那些王子回到封地，不准在京城逗留。
皇太子劉莊漸漸長大成人了，劉秀準備給他選一些老師，輔導太子。群臣都推薦太子的舅舅原鹿侯陰識，只有博士張佚反對，他說：「現在冊立太子，究竟是為了誰呢？如果是為了陰氏一門，陰侯便可以做太子的老師;如果是為了天下，則應該選用天下賢才！」劉秀點頭稱善，當即拜張佚為太子的老師，張佚當仁不讓，接受了這個職位。劉秀另外任命博士桓榮為太子少傅一缺。桓榮是榮沛郡人，資格和聲望比張佚還高，少年時遊學長安，十五年都沒有回過家鄉，也是一個飽學之士。
建武三十年(公元54年)春，劉秀下令東巡，走到濟南，隨行的大臣建議皇帝在泰山舉行封禪大典，劉秀認為這不過是沽名釣譽的舉動，沒有同意這樣做。
建武三十二年(公元56年)正月，劉秀偶然讀起《河圖會昌符》一書，看見書上有這樣的讖語：「赤劉之九，會命岱宗」，頓時迷信起來，想起上次東巡時群臣勸他封禪一事，認為是天意要他如此，於是命虎賁中郎將梁松和司空張純等人準備封禪的事情。選定了黃道吉日後，大隊人馬浩浩蕩蕩地出了洛陽，來到東嶽泰山，仿照從前的制度封禪，在石碑上刻了許多歌功頌德的套話。封禪完畢後，張司空驟然得病，醫藥無效，三五天後便一命嗚呼。劉秀有些掃興，匆匆回到京城。
既然舉行了封禪大禮，就不得不按照慣例大赦天下，免去泰山郡一年的田租;四月臆，又改本年為中元元年。這年六月升太僕馮魴繼任司空沒多久，司徒馮勤又一病不起，劉秀更加惆悵，直到冬天才封司隸校尉李欣為司徒。這時候，一些歌舞昇平的話也在四下流傳，於是劉秀又親自前去祖廟祭祀，在北郊修築方壇，昭示天下。
當初劉秀相信所謂的讖文，才做了皇帝，現在卻漸漸對那些讖文不滿意起來。給事中桓譚不知好歹，貿然上書規勸皇帝，結果惹得劉秀大怒，桓譚嚇得不輕，叩得頭上流血，劉秀才稍稍平息了怒氣，將他降為六安郡丞。桓譚也只得怏怏上任。還有大中大夫鄭興，也因為劉秀迷信讖文而直言相勸，一直沒有受到重用，後來被侍御史彈劾，說他出使成都時私買奴婢，於是被貶回開封原籍養老。鄭興喜歡古學，精通《左氏》《周官》，擅長天文和數學，後來朝廷多次請他出山為官，鄭興始終不肯答應，最後壽終正寢。
中元二年(公元57年)，光武帝已經六十二歲，還親自主持朝政。太子劉莊常常暗示他頤養天年，劉秀卻樂此不疲。但畢竟劉秀已經年老力衰，到了這年二月間，劉秀病重不治，在南宮前殿中壽終歸天。
劉秀去世後，太子劉莊即位，是為漢明帝。明帝此時已經三十歲。明帝下令命太尉趙熹主持喪事。劉秀生前曾有遺言：自己死後一切後事都要從儉，不得浪費。當時，各地的王子紛紛前來奔喪，和新皇帝同坐一席。那些藩國的官吏也能夠隨便出入宮廷，完全忽視皇室的禮儀和威嚴。太尉趙熹仗劍上殿，扶下那些王子，讓他們分清尊卑;又派人監視藩國的官吏，整肅禮儀，不准擅自出入。
光武帝劉秀總計在位共三十三年，從舂陵起兵至今，歷經艱險，削平群雄，終於光復了漢朝。劉秀智勇雙全，天下平定後棄武從文，崇尚氣節，講求經義，是漢朝少有的賢明皇帝。