對於楊文幹事件，正史(具體而言，就是《舊唐書》和《新唐書》)當中是這樣描述的：太子李建成屢次謀害秦王李世民不成，氣急敗壞的他終於決定鋌而走險。武德七年六月，他趁李淵帶著世民和元吉去仁智宮避暑的機會，勾結自己的死黨慶州都督楊文干，讓楊文干為自己招募驍勇，陰謀發動政變。結果，負責送盔甲給楊文干的爾朱煥和橋公山在極端的恐懼之下，主動向李淵報告了這件事情。又氣又怕的李淵趕忙召李建成覲見，陰謀敗露的李建成只得前來認錯。與此同時，李淵也派遣使者宇文穎下詔給楊文干，召其覲見。楊文干見事情敗露，便發動了蓄謀已久的兵變。為了平息暴亂，李淵允諾，只要李世民平息了叛亂，未來的太子之位就是他的。後來，楊文干兵敗被殺。可是，在太子黨徒的蒙蔽之下，昏聵的李淵又一次忽悠了李世民，寬宥了膽大妄為的李建成。
但是，通過深入研讀和分析大量史料之後，此次事件疑點甚多：首先，如果李建成確係謀反，那他為什麼非要跑到李淵那裡去認罪呢。是的，如果他真的謀反，眼見事情已經敗露，與其甘為魚肉，為何不放手一搏，索性發動政變，拚上一拚呢，說不定還會拼出個柳暗花明新天地呢！其次，李建成讓楊文干為自己招募驍勇充當衛士和送楊文干盔甲這兩件事情並不足以成為他謀反的證據。李建成是太子，他有權力選拔一些素質優良的人來充當衛士。況且，當時的法律並不禁止太子做這件事情。別說太子了，任何一個王爺(包括秦王李世民)都可以這麼做。李建成送楊文干盔甲，那很有可能是為了表達自己對當年老部下的關懷以及對楊文干為己招募驍勇的感謝之意。更何況，他僅僅送了一副盔甲(如果是一萬副，那事情的性質肯定就變了)給楊文干。再說了，李建成為什麼不寫一封密函，白紙黑字難道不會比盔甲的暗喻更加明顯嘛，犯得著讓大老粗楊文干抓耳撓腮地去費力猜測嗎？
再次，如果真如正史所言，李建成主動承認了謀反的事情，那麼李淵為什麼還要召楊文干覲見呢？楊文干已經謀反了，你召他，他會來嗎？這樣做不是擺明了脫褲子放屁——多此一舉嗎？唯一合理的解釋是：李淵覺得事件本身有蹊蹺，所以他要召見楊文干前來對質，澄清疑點。又次，7月21日楊文干正式發動叛亂，僅僅過了4天，到了25日，他就兵敗身死了。如果真是蓄謀已久的叛亂，怎麼會出現士兵紛紛潰散、僅僅維持了四天就失敗的結果呢？可能的合理的解釋是這樣的：楊文干的反叛是臨時決定，倉促之間他既沒有做好士兵的思想動員，也沒有在軍事上做任何有力的準備，所以很快就遭到了失敗。最後，如果說是李建成謀害李世民，那麼李世民就完全沒有過錯，而且他不僅沒有過錯，還在平叛的過程中立下了大功。如果真是這樣，那麼對李世民和秦王黨理應加以封賞。可是，在事件最後的處理當中，秦王黨的杜淹和太子黨的王珪均遭流放。可以說，李淵對秦王黨和太子黨各打了五十大板，這又是為什麼？
透過以上五處疑點，得出了一個驚天駭地的結論：「楊文幹事件」實際上是李世民為了扳倒太子而精心策劃的一個大陰謀。整個事情的經過實際上是這樣的：就在太子黨不斷尋釁對付秦王黨的同時，秦王黨也策劃了一次精妙的反攻。武德七年六月，滾滾熱浪席捲了整個長安城。最近的這幾年，兩個兒子之間的爭鬥已經讓李淵很難受了，偏偏老天爺又來湊熱鬧。心情煩躁的李淵決定外出散散心，去仁智宮(在今陝西耀縣)避暑。避暑歸避暑，兒子們之間的爭鬥不能不管，所以他決定留下太子建成監國，自己帶著世民和元吉。把他們幾個分開，這樣他們就不能掐架了。
事實證明，這是李淵一廂情願的想法。就在他自以為得計的時候，他的寶貝二兒子正精心地編織著一張天羅地網。據東宮線人的報告，最近太子李建成和慶州都督楊文干書信來往甚秘。太子讓楊文干從慶州為自己挑選一些素質較高、體能較好的驍勇做東宮的衛士。而且，太子還打算讓自己的部下郎將爾朱煥和校尉橋公山送一副精緻的盔甲給楊文干。李世民頓時感到這是個扳倒太子一黨的絕佳契機。他收買了爾朱煥和橋公山。爾朱煥和橋公山到了幽州，就改道直奔仁智宮，在李淵的面前狠狠地告了李建成一狀。讓太子黨的人去告太子本人，這樣李淵就不會懷疑到自己的身上。這招借刀殺人，委實是厲害得很呢。果不其然，李淵起初並沒有看出什麼破綻。
爾朱煥和橋公山向李淵告狀的消息很快就傳到了李建成的耳中。李建成當時就慌了，因為他根本就沒有政變的意思和舉動。爾朱煥和橋公山擺明了是被李世民收買了。他不知道該怎麼辦了。正在他慌張猶豫的工夫，李淵的詔書到了。李淵在詔書中隻字未提，只是以另外一個借口，召李建成到仁智宮見駕。接到了這個詔書，李建成更慌了。父親明明知道這件事情，可他偏偏找了另外一個理由召自己。這說明什麼，這說明李淵確實懷疑自己。李淵當然會懷疑李建成。事實上，他下這道詔書正是在考驗李建成。他也知道，爾朱煥和橋公山向自己告密的消息肯定會通過李元吉很快地傳遞到李建成的耳中。他之所以這樣做，是為了試探李建成。以他對建成的瞭解，他不相信建成會發動政變。但事情畢竟是發生了，雖然不可全信，但是確實是不得不防。
所以，他決定試探一下。如果李建成不來，那就說明他心裡確實有鬼，確定謀反無疑。如果，他來，那就說明事情本身可能還有蹊蹺。李建成同樣面臨著兩難的抉擇：去吧，萬一父親不聽自己的解釋，那就是一個死;不去吧，自己就真的坐實了謀反之名，也是一死。害怕，十分害怕。他問計於自己的幕僚。太子舍人徐師謨勸他佔據京城，發兵起事;詹事主簿趙弘智勸他免去太子的車駕章服，屏除隨從人員，到高祖那裡去承認罪責。經過一番痛苦的思想鬥爭，李建成最終選擇去見李淵。武德七年六月廿四壬戌日(624年7月14日)，建成決定前往仁智宮。他知道自己去了或許還有一線生機，不去就死定了，因為他瞭解他的父親。
李建成來了。還沒有走完六十里的路程，建成便將所屬官員，全部留在北魏毛鴻賓遺留下來的堡柵中，帶領十多個人騎馬前去覲見高祖。果然不出李淵的意料，李建成承認的是錯誤，而不是罪責。他百般解釋，長跪不起，甚至身體猛然用力，自己摔了出去，幾乎暈死過去。在這一瞬間，李淵當然懷疑，他不僅懷疑李建成，也懷疑李世民。事關自己的安危，在那一瞬間，他誰也沒相信。眼見李建成請辭懇切，李淵確實動了惻隱之心。但是，他還是不敢全信，萬一李建成說謊蒙騙自己怎麼辦？李淵仍然怒氣不解，叫人把他看押起來，當天夜裡，高祖將他囚禁在帳篷裡，給他麥飯充飢，讓殿中監陳福看守著他。
為了證明事實，他決定下詔召楊文干前來對質。他派遣了宇文穎。宇文穎的身份既可能是太子黨，也可能是秦王黨。如果他是太子黨，可能的情形就是這樣的：李淵幽禁李建成的事情嚇壞了宇文穎。不明就裡的他一心只想著救太子。所以，他到了慶州之後，就慫恿楊文干發動兵變拯救太子。不過他是秦王黨的可能性更大，但是他總偽裝成太子黨。宇文穎到了慶州之後，也是百般慫恿楊文干發動政變，其實這都是受了李世民的指示，為了使得楊文干放棄對質的念頭，迫使其發動政變，這樣就算扳不倒李建成，至少可以除掉他在地方的武裝勢力。(果然，事成之後，為了防止宇文穎洩密，李世民很快就殺掉了宇文穎，並沒有上報李淵。)楊文干嚇壞了，知道這事絕無善果，索性就舉兵反叛了。當然，宇文穎的身份並不足以妨礙我們瞭解整個事件。
六月廿六甲子日(7月16日)，高祖傳召秦王李世民商量此事。李世民提出派遣一名將領攻擊楊文干。李淵不同意，他認為此事非普通的叛亂所可以比擬，因為事情關聯著太子，所以，可能響應的人十分之多。事到如今，必須派李世民去。因為，李世民是最合適的人選。他和太子素來有仇，一定會竭盡全力對付叛黨的。為了使李世民出力，他甚至提出了極為誘惑的條件：「回來以後，我便將你立為太子。我不願意傚法隋文帝去誅殺自己的兒子，屆時就把建成降為蜀王。蜀中兵力薄弱，如果以後他能夠事奉你，你應該保全他的性命;如果他不肯事奉你，你要捉拿他也容易啊。」果然，李世民受了李淵的忽悠，十分地賣力。七月初一己巳日(7月21日)，楊文干攻陷寧州。七月初五癸酉日(7月25日)，楊文干被自己的部下殺死，他的頭顱被傳送到京城。李世民捉獲了宇文穎，將他殺掉。
但李世民出兵後，很多人都為李建成說話，對實際事態加以分析，指出他身為太子，決沒有無故謀反的道理。李淵想想這也是實情，明白根由還在他們兄弟之間的爭奪，就把李建成放回長安，仍為留守。李世民出發以後，元吉與嬪妃輪番替李建成求情，封德彝又在外朝設法解救建成。於是，高祖改變了初衷，只以李建成致使兄弟關係不和睦的過錯而責備他。李淵雖然不能完全瞭解事情的真實情況，但是也猜出了十之七八。李建成很可能是被人陷害的，但是他在地方培訓的私人力量這次鬧出了亂子，敲打一下他也是必要的。李世民擺明了就是想當皇帝，而且他不經請示擅自殺掉宇文穎，這個行為本來就有諸多疑點。思來想去，有諸多疑點，但是沒有任何直接的有力的證據。
不過，話說回來了，不管怎麼樣，兩人都是自己的兒子，手心是肉，手背也是肉。為了敲打二人，李淵把責任推給了太子中允王圭、左衛率韋挺和天策上將府兵曹參軍杜淹，將他們一併流放到了巂州。不過，他將李世民的人杜淹、李建成的人王珪和韋挺等流放，各打五十大板，也算對得起李世民了。你們別太過分了，我也不是飯桶。此次反擊，秦王黨構思精妙，險些成功。這件事情進一步激化了兩黨之間的衝突。第一輪交手，雙方互有勝負，打了個半斤八兩，這是太子黨所不願意看到的。