明王朝的科舉制度，經過南北榜案這次重大的變革。從此明朝的科舉錄取，不再是「全國統一劃線」，相反分成了「南北榜」，即南北方的學子，按照其所處的地域進行排名，分別錄取出貢生後，再統一參加殿式。
這個制度不但此後沿用於整個明清兩朝，與當下高考中的「分區劃線」，也有異曲同工之意。
朱元璋用「搞平衡」的辦法處理了這次震撼明王朝的科舉大案，但案件背後的謎團依然未曾解開。
南北榜案同時在一定程度上體現了全國統一形勢發展中南北政治平衡的要求，也體現了朱元璋打擊和限制江南地主的政策，此事件開明朝分南北取士之先例，至洪熙帝以後遂成定制。