廷杖是明朝開國皇帝朱元璋創立的不人道、嚴酷的刑罰之一，主要用來對付不聽話的官員。大庭廣眾之下，讓校尉用棍子打屁股，這不僅是對肉體的傷害，也是對人格的侮辱。
但事物總在不斷地變化，因為觸怒聖顏而被廷杖的多是耿直之士，往往獲得輿論的同情，有辱斯文的廷杖便演變成一種榮譽性標誌。黃仁宇評價道：「有的人卻正好把這危險看成表現自己剛毅正直的大好機會，即使因此而犧牲，也可以博得捨生取義的美名而流芳百世。」正德朝的王陽明說得很明白：「為名與為利，雖清濁不同，然其利心歸一。」
廷杖通常由司禮監太監監督，行刑人和監督太監心有默契，看監督者站立姿勢決定下手的輕重。若監督太監靴尖朝外成八字型，就下手較輕，高高揚起，輕輕地拍一拍；若朝內成八字型，則下手較重，往死裡打。
這番首輔很生氣，後果很嚴重，當然要往死裡打。掌管禮儀大事的禮部尚書馬自強(字體健，陝西同州人)、翰林院的長官王錫爵(字元馭，蘇州太倉人)兩大重量級人物前來求情都沒有用，連張居正兒子張嗣修的同年好友沈懋學(字君典，寧國府宣城人)拜託嗣修向父親求情，也被拒絕。這沈懋學和張家的關係不一般，張嗣修中進士前，張居正物色天下的才子陪自己兒子讀書，相互促進。沈欣然答應，後來中了狀元，另一位大才子、《牡丹亭》的作者湯顯祖(字若士，江西臨川人)拒絕了，直到張居正死後才考取進士。
吳、趙兩人被打六十棍後，發回原籍為民。打完後，吳中行口鼻流血，奄奄一息。中書舍人秦柱(字汝立，常州府無錫人)很仗義，帶著醫官趕來治理才救了一命。這要擔很大的風險，親朋好友前來探視受傷的吳中行，看管的士兵都要詢問記錄，朝廷要瞭解哪些人在同情他。趙用賢是個大胖子，廷杖時，一片片手掌大的肉脫落，他老婆乾脆將脫落的肉醃製起來收藏，留給子孫做傳家寶。現在想來這種方式真有些恐怖。
艾穆、沈思孝罵張居正更厲害，因此他倆的刑罰更重。兩人被杖八十，三天後才甦醒，然後被發配到邊疆充軍。
被杖的四人一下子成為天下士大夫仰慕的楷模，當時皇帝經筵的講官許國(字維楨，徽州歙縣人)送給吳中行一隻玉杯，上刻詩曰：「斑斑者何？卞生淚。英英者何？蘭生氣。追之琢之，永成器。」送給趙用賢犀角杯一隻，上刻詩曰：「文羊一角，其理沉黝。不惜剖心，寧辭碎首。黃流在中，為君子壽。」對二人做出高度的評價和美好的祝福。可世事難料，張居正死後，吳、趙二人重新回朝廷做官，許國已做到內閣中僅次於首輔的二把手，和吳、趙成為政治上的對手，許國譴責二人，「意氣感激，偶成一二事，遂自負不世之節，號召浮薄喜事之人，黨同伐異，罔上行私，其風不可長。」真乃此一時，彼一時也。
今天看來，張居正這種危機處理方式霸道殘酷，但在當時他能找到更好的辦法麼？不像一個民主社會裡，可以到議會替自己辯護，又沒有一個中立的仲裁機構。當時只可能一方不惜自己的生命博取輿論，另一方利用國家權利進行懲罰。上疏彈劾張居正不丁憂，既不是個純粹的道德問題，也不是個純粹的法理問題，而是各種因素攪和在一起的政治問題，對萬曆帝和張居正而言，不快刀斬亂麻將攪得沒完沒了。