在一般人眼裡，朱元璋選擇鍾山作為自己的寢陵是看中了這裡的風水，後人看待這個問題時，多以迷信的觀點來解釋其玄奧。昨天，南京大學文化與自然遺產研究所賀雲翱教授告訴記者，明孝陵的選址過程體現最多的，其實還是古代的環境科學和精妙的建築規劃理論。賀雲翱教授說，在這處龐大的帝陵區域內，設計者將整座鐘山以及部分水面作為重要的「風水」景觀一起納入孝陵的建築規劃設計中，從而實現了「因山為陵」、「天人合一」的中國帝陵建築傳統和文化理念。
譬如，鍾山古稱「龍山」，早在東漢末年，已被諸葛亮、孫權等政治家視為「龍蟠」之地。朱元璋作為大明開國之君，擇金陵「龍脈」以為葬地，這完全符合風水要義。在鍾山的南面建造自己的帝陵，在鍾山的背面陪葬功臣，讓自己的臣子在死後也護衛著自己，南北對應，尊卑昭然。鍾山有東、中、西三峰，在古代的風水學上，這被稱為「華蓋三峰」。按照中國的傳統，以中峰的地位最高。而孝陵所處的獨龍阜，恰好處於中峰南面的玩珠峰下。賀雲翱教授告訴記者，最早將這塊地盤視作風水寶地的是梁代高僧寶志和梁武帝蕭衍。在孝陵之西，有一座小山，人稱「小虎山」，過去不解其意，現從風水地貌上分析，方知其正處於孝陵之右的「虎砂」位上，與孝陵之東的「龍砂」之象左右對列;而直對孝陵陵宮的「梅花山」，過去都以為乃朱元璋為讓吳大帝孫權這條「好漢」給他的陵寢看大門而留下的，其實，這一如座如屏的小山是孝陵風水中的「案山」，有著十分重要的文化象徵意義;其西南方向的前湖及逶迤南下的「鍾山浦」也具有靈動的「朱雀」風水特徵。這樣孝陵陵宮及寶城就具備了左青龍、右白虎、前朱雀、後玄武的風水「四象」，加之孝陵的三道「御河」都呈由左向右流淌的形式，這種水，在風水上稱「冠帶水」，亦十分難得。
賀教授認為，其實，這是朱元璋和他的建築設計師們在刻意利用大自然。朱元璋因勢利導，將三條河納入自己的寢陵範圍，既可以保留洩洪通道，又讓河流為陵墓增色。這是朱元璋尊重自然規律使然。如果朱元璋為建造自己的寢陵將三條河填平，山洪暴發時，其後果可想而知！孝陵就置身於這種天造地設的優美環境中，在中國明代早期之前的歷代帝陵中，像明孝陵這樣擁有如此完善的風水景觀的陵寢真可謂鳳毛麟角。
說得通俗點，在風水學上，凡是屋宅，左邊有流水的，稱為青龍;右邊有長道的，稱為白虎;前面有水塘的，稱為朱雀;後面有丘陵的，稱為玄武。這四種條件都具備的就是最好的建宅地點。但是作為現代人，可以想見，前面有水塘，後面靠著山，旁邊有河流，又緊靠交通方便的道路，環境宜人，生活在這裡豈不是最高享受？賀教授說，「風水說」是中國古代的環境科學和建築規劃理論的重要組成部分，具有豐富的科學思想和文化哲學涵義。儘管它受時代局限也夾雜著一些迷信成分，但在當代東西方學術界，人們都把它看成是中國古代文化的典型特色之一。