朱允炆失誤之一：重用齊泰黃子澄激化矛盾
朱元璋在登上帝位的第一年，就立嫡長子朱標為皇太子。洪武二十五年（公元1392年）四月，朱標病故。九月，朱元璋立皇孫朱允炆為皇太孫，朱允炆是朱標第二子，因朱標長子朱雄英早死，故朱允炆被立為皇太孫。朱元璋晚年，功臣宿將被誅殺殆盡，而不少藩王都擁有重兵，皇太孫朱允炆對此深感憂慮。由於朱元璋的二子秦王朱樉、三子晉王朱棡先後死去，鎮守北平的第四子朱棣勢力最大，便成為朱允炆的心腹大患。洪武三十一年（公元1398年），朱元璋病逝。朱允炆即皇帝位。燕王「自北平奔喪」，朱允炆稱太祖有遺詔，令諸王不得來京奔喪。諸王認為哪裡有父死遺令子孫不得奔喪之理，對遺詔的真偽頗有懷疑，一時之間流言四起，朱允炆與眾多叔父之間的關係驟然緊張起來。
朱允炆起用齊泰為兵部尚書，黃子澄為太常卿兼翰林院學士，同參軍國事。齊黃二人堅決主張削藩，於是朱允炆與他們密謀削藩之事。對於如何著手削藩，齊泰和黃子澄有不同的看法。齊泰想先削燕王，黃子澄說：「不然，周、齊、湘、代、岷諸王在先帝時多不法，削之有名。今欲問罪，宜先周。周王，燕之母弟，削周是剪燕手足也。」他認為削藩應先從有不法行為的藩王開始，這樣才能名正言順。周王朱橚是燕王朱棣的同母兄弟，又有不法行為，應先削周王。恰逢周王次子告其父謀不軌，並牽連到燕王、齊王、湘王。朱允炆便命曹國公李景隆到開封把朱橚抓回京師。沒過多久，朝廷又逮捕齊王朱榑、代王朱桂、岷王朱梗等，對朝廷早有戒心的朱棣更加「疑懼」。
朱允炆失誤之二：不聽卓敬高巍言引發戰爭
戶部侍郎卓敬也在思考朝廷應如何解決藩王擁兵自重的問題，他秘密上疏朱允炆：「燕王智慮絕倫，雄才大略，酷類高帝。北平，形勝地，士馬精強，金元所由興。今宜徙封南昌，萬一有變，亦易控制。」建議把燕王改封為南昌王，把他調離北平。第二天，朱允炆召見卓敬，說：「燕王，朕骨肉至親，卿何得及此！」卓敬叩頭說：「臣所言天下至計，願陛下察之。」但朱允炆不採納他的意見。吏部官員高巍對朝廷削藩持不同意見，他上書朱允炆，稱：「高皇帝分封諸王，比之古制，既皆過當。諸王又率不法，違犯朝制，不削則朝廷紀綱不立，削之則傷親親之恩。賈誼曰：『欲天下治安，莫如眾建諸侯而少其力。』今蓋師其意，勿行晁錯削奪之謀，而效主父偃推恩之策。在北諸王子弟分封於南，在南子弟分封於北。如此，則不削之削也。」
高巍提到的賈誼、晁錯、主父偃均為西漢人。漢初同姓王勢力強大，賈誼建議漢文帝把大國分為小國，晁錯屢次向漢文帝建議削奪諸王的封地。漢景帝時，吳王跋扈，晁錯又上「削藩策」，景帝用晁錯之策，引起「七國之亂」。漢武帝時期，諸王雖不像以前那樣強大難制，但有的王國仍然「連城數十，地方千里」，威脅著中央政權。漢武帝並未採用削藩措施，而是採納主父偃的建議，允許諸侯王推「私恩」把王國土地的一部分分給子弟，並封其子弟為列侯。推恩詔下後，諸侯王紛紛請求把土地分給子弟，西漢王朝「不行黜陟而藩國自析」。武帝以後，王國轄地不過數縣，諸侯王強大難制的問題就這樣基本解決了。高巍勸朱允炆「勿行晁錯削奪之謀，而效主父偃推恩之策」，與卓敬的建議有異曲同工之妙，應是解決明初藩王強大難制問題的良策。但朱允炆優柔寡斷，「嘉之而不能用」。他堅決推行削藩，很快就把火燒到燕王朱棣身上。
朱允炆失誤之三：講仁義重蹈宋襄公覆轍
公元1399年7月，朱棣起兵造反的消息傳到京師後，朱允炆決定出兵伐燕，並佈告天下。他任命老將長興侯耿炳文為大將軍，以附馬都尉李堅、都督寧忠為副，率師三十萬北伐。又命安陸侯吳傑、江陰侯吳高、都督耿瓛、都指揮使盛庸、平安等分道並進。當時朱允炆方銳意文治，每天與學士方孝孺等人討論周官法度，把軍事決策權交給齊泰、黃子澄二人。在部隊出發前，朱允炆告誡將士：「一門之內自極兵威，不祥之甚。今爾將士與燕王對壘，務體此意，毋使朕有殺叔父名。」朱允炆天性仁孝，他明令諸將不得傷害燕王，相信是真心之言。但他沒想到這句聖旨直接關係到這場戰爭的勝敗。俗語說，擒賊先擒王，只有消滅了敵人的首領，才能徹底戰勝敵人。燕王以逆犯順，全靠他個人的威信，如果他一死，「靖難之師」便失去了靈魂，燕軍便會不戰自潰。朱允炆在將士出征前說出這樣的話，給朱棣提供了保護傘，使將士面對朱棣時不敢放手一搏。
在長達數年的戰爭中，朱棣每每身先士卒，雖然「瀕於危者數」，但明軍諸將「莫敢加刃」。在東昌（今山東聊城）之戰中，燕師大敗，主將張玉戰死。燕師敗退時朱棣獨自一人殿後，追者數百人不敢逼。在滹沱河之戰中，朱棣竟然在對方陣地中野宿，被明軍發現後又穿營而過，而官軍將士「莫敢一矢相加遺」，眼睜睜地看著朱棣揚長而去。春秋時期，宋襄公用仁義道德指導戰爭，在泓水（今河南柘城西北）之戰中坐失戰機，被楚軍打得大敗，宋襄公自己也做了「仁義」的犧牲品。朱允炆不懂得戰爭的規律，在關鍵時刻講仁義，重蹈宋襄公的覆轍，最終被朱棣打敗，給後人留下深刻的教訓。
燕王朱棣福大命大：幾場關鍵戰役均得風助
朱棣之所以發動「靖難之役」，實在是逼於削藩的無奈之舉。令很多人意想不到的是，實力相對較弱的朱棣竟打敗了實力強大的朝廷軍隊，贏得了這場戰爭的勝利。總結其原因，除了朱允炆用人不當、指揮失誤和朱棣善於用兵外，還有一點不能忽視，就是「天時」對朱棣的眷顧，在幾場重大戰役中，天氣都幫了朱棣的大忙，使他轉敗為勝，轉危為安。戰爭初期，朱棣在北方戰場進展順利，燕軍先後攻下通州、薊縣、懷柔等地，屢挫朝廷軍隊。面對耿炳文率領的三十萬大軍，朱棣厲兵秣馬，出奇兵在真定（今河北正定）大敗耿炳文。建文元年八月，朱允炆以曹國公李景隆代替耿炳文為大將軍，率領五十萬大軍伐燕。
建文二年（公元1400年）四月，雙方戰於白溝河。在鏖戰之際，突然刮起一陣旋風，吹折李景隆的大將旗。燕軍乘風縱火，官軍大亂，奔聲如雷，李景隆狼狽逃竄。九月，朝廷再次換將，命盛庸代替李景隆。次年三月，燕軍與盛庸戰於夾河，燕將譚淵戰死，燕軍不利。次日，朱棣整眾再戰，雙方從早上打到中午仍不分勝負。正在雙方難分難解之際，又刮起一陣東北風，兩軍咫尺不相見，燕軍乘風大呼進擊，盛庸軍大敗，退保真定。過了幾天，兩軍又在稿城（今河北石家莊東部）相遇，官軍列方陣於西南，燕軍從四面攻擊，朱棣率精銳攻其東北隅，「會大風起，發屋拔樹，燕軍乘之」，官軍大潰，朱棣乘勝追擊，斬首六萬餘級。燕軍在白溝河、夾河和稿城三場大戰中皆得風助，朱棣深感慶幸，他認為：「此天授，非人力也。」後來，朱棣改變以往只顧攻城略地的戰略，揮師南下，疾趨京師，於建文四年（公元1402年）六月攻陷南京。朱允炆縱火焚燒宮殿，不知所終。傳言朱允炆從地道逃出皇宮，追隨者有翰林院編修程濟、御史葉希賢等四十餘人。
「靖難之役」源於「分封太侈」
明初叔侄相爭的「靖難之役」之所以發生，表面上是建文帝朱允炆削藩引起的，而深層次的原因是朱元璋「分封太侈」。是否分封諸子或功臣為王是歷代開國皇帝都要面對的重大問題。秦朝開國之初，丞相王綰等人曾向秦始皇提出分封諸子為王，理由是國家幅員遼闊，「燕、齊、荊地遠，不為置王，無以鎮之。」秦始皇叫大臣們討論分封諸子為王是否妥當。廷尉李斯提出反對，他說周初大封同姓子弟，但年代久遠之後，親屬關係疏遠，「相攻擊如仇讎，周天子弗能禁止」。李斯主張不必分封諸子和功臣，用「公賦稅重賞賜之」就可以了，他認為這才是「安寧之術」。秦始皇接受了李斯的意見，結果留下了天下大亂後王室孤立無援的後患。
漢朝建立後，漢高祖劉邦吸取「秦孤立而亡」的教訓，「大封同姓以填撫天下」。起初是同姓王與異姓王並存，後來劉邦逐步除掉異姓王，只保留同姓王。由於當時同姓王勢力太大，後來終於造成「七國之亂」。晉初，武帝司馬炎也大封同姓子弟為王，這些同姓王都握有軍政大權，結果釀成「八王之亂」。唐代採用折中措施，雖封皇室子弟為王，但「有名號而無國邑」。宋代對唐代的做法稍作改動，封王只及自身，不得世襲。元代封皇子為王，並將他們派往各行中書省，專制一方。朱元璋總結歷代經驗教訓，最終決定封諸子為藩王。他說：「天下之大，必建藩屏，上衛國家，下安生民。今諸子既長，宜各有封爵，分鎮諸國。聯非私其親，乃遵古先哲王之制，為久安長治之計。」但朱元璋封諸子為藩王只考慮到有利的一面，對其弊端考慮不周，而且在具體分封措施上也有失妥當，藩王雖無行政權，但封國很大，還握有軍權，其護衛「少者三千人，多者至萬九千人」，北邊防禦蒙古的幾個藩王，所統兵都遠遠超過萬人，導致後來朱允炆不得不削藩。
葉伯巨上書直言「侈封」弊端
對於朱元璋「分封太侈」的弊端，當時很多大臣都看不出來，反而在平遙縣當訓導的葉伯巨看得一清二楚。洪武九年（公元1376年），星變屢次出現，欽天監奏「五星紊度，日月相刑」，朱元璋下詔「求直言」。葉伯巨應詔上書，直言「當今之事，太過者三」。葉伯巨所說朱元璋做得太過分的三件事是「分封太侈、用刑太繁、求治太急」。對於「分封太侈」一事，葉伯巨認為，古代聖王分封諸侯，其目的是「強幹弱枝，遏亂源而崇治本」，而今天「裂土分封諸王」，是「懲宋元孤立，宗室不競之弊」。但在具體措施上，「秦、晉、燕、齊、梁、楚、吳、蜀諸國無不連邑數十，城廓宮室亞於天子之都，優之以甲兵衛士之盛」。葉伯巨指出：「數世之後，尾大不掉。然後削其地而奪之權，則必生觖望，甚者緣間而起，防之無及矣。」
葉伯巨說：「議者曰，諸王皆天子骨肉，分地雖廣，立法雖侈，豈有抗衡之理？然獨不觀於漢、晉之事乎？孝景，高帝之孫也。七國諸王，皆景帝之同祖父兄弟子孫也。一削其地，則遽構兵西向。晉之諸王，皆武帝親子孫也。易世之後，迭相攻伐，遂成劉、石之患。無他，分封逾制之過也。」他認為漢朝的「七國之亂」和晉朝「八王之亂」及劉淵、石勒擾亂中原都是「分封逾制」造成的。
葉伯巨建議：「昔賈誼勸漢文帝盡分諸國之地，空置之以待諸王子孫。向使文帝早從誼言，則必無七國之亂。願陛下及諸王未至國之先，節其都邑，減其衛兵，限其疆域，以待諸王之子孫。此制一定，世為屏藩，與國同休。割一時之恩，制萬世之利，消天變而安宗社，莫先於此。」葉伯巨的意思是趕在諸王赴國就任之前，把他們的封地分成若幹份，只給他們一份，其餘先空置下來，留待以後分封給他們的子孫。這本是有利於明朝長治久安的建議，但朱元璋閱罷大怒，罵道：「小子間吾骨肉！速逮來，吾手射之！」把葉伯巨抓來後，大臣見朱元璋「怒稍懈」，建議先把葉伯巨關起來，後來葉伯巨終因此事死於獄中。「靖難之役」發生後，朝中大臣都很佩服葉伯巨的先見之明。
袁珙稱朱棣有「太平天子」相
朱棣是明太祖朱元璋第四子，生於元至正二十年（公元1360年），洪武九年被封為燕王，鎮守北平（今北京）。建文帝接受齊泰、黃子澄的削藩建議後，矛頭直指擁有重兵的朱棣。朱棣雖然暗中防備，但仍不敢公開與朝廷對抗。促成朱棣起兵的是僧人道衍和著名相士袁珙。道衍即姚廣孝，蘇州長洲（今江蘇吳縣）人，他精通儒、道、佛諸家之學和陰陽術數，對《易經》和兵法也頗有研究。在嵩山寺認識袁珙。袁珙說他：「是何異僧，目三角，形如病虎，性必嗜殺，劉秉忠之儔也，幸自愛！」劉秉忠是輔佐元世祖忽必烈打天下的開國功臣，也是僧人，故袁珙把道衍比作劉秉忠。
後來，道衍經人推薦成為燕王朱棣的重要謀士。隨朱棣至北平後，道衍住持慶壽寺。他常常「出入府中，跡甚密，時時屏人語。及高祖崩，以次削奪諸藩，周、湘、代、齊、岷等皆相繼得罪。道衍遂密勸燕王起兵」。朱棣覺得起兵沒有把握取勝，他說：「民心向彼，奈何？」道衍回答說：「臣知天道，何論民心！」
為了打消朱棣的疑慮，堅定他起兵的信心，道衍還給朱棣推薦了兩個人，一個是相士袁珙，一個是卜者金忠。《明史》稱袁珙生有異稟，嘗游海外，遇異僧別古崖，得相人術真傳。相人「百人一謬」，在元末已很出名。朱棣對袁珙的相術將信將疑，袁珙到達北平後，朱棣混雜在九個和自己長得很像的武士當中，統一裝束手拿弓矢飲於市肆中，沒想到還是給袁珙一眼就看出來，從沒見過朱棣的袁珙直接走到朱棣跟前跪下，說：「殿下何輕身至此。」朱棣不出聲起身就走。回宮後召袁珙入府。袁珙審視了一番朱棣，說：「龍行虎步，日角插天，太平天子也。」聽到這句話，朱棣終於下決心起兵造反。