1402年6月燕王朱棣率領「靖難」大軍兵臨南京城下，奉命守城的谷王朱橞、曹國公李景隆等開門投降，南京陷落。就在「奉天靖難」大軍進城時，皇宮冒出了滾滾濃煙。
在一具燒得面目全非的「建文帝」屍體前，朱棣假惺惺的滴下了幾滴鱷魚淚，隨即下達了全國第一號通緝令，目標就是建文帝手下的五十多個「奸黨」為此朱棣任命心腹紀綱為錦衣衛都指揮使，酷吏陳瑛為都察院左都御史負責此事。奉天靖難後一場充滿血腥的大清算就此拉開序幕。
齊泰，建文帝的兵部尚書，削藩的主要倡導者。南京陷落時尚在外地，聞聽消息後他便打算到外地起兵繼續對抗朱棣，於是喬裝，把自己的白馬塗上墨汁，但馬走了一段路後因出汗而墨汁褪色，被人認出捉獲。（齊泰的邏輯很怪，難怪會失敗）押解回京後，不向朱棣屈服，被凌遲處死。堂兄弟也被連坐處死，幾個叔叔被發配邊疆。
第二號人物是黃子澄，也是削藩的主要倡導者。南京陷落時，他藏匿在嘉興的一位退休官員楊任的家中，謀劃反抗，結果被人告發。逮捕至京城後，朱棣親自審問。黃子澄抗辯不屈，被凌遲處死，族人無論少長一律被殺。唯有一子更名換姓為田經，逃到了湖廣咸寧。同時倒霉的還有藏匿黃子澄的楊任。他本人被凌遲，兩個兒子被斬首，親屬全部戍邊。
接下來就是被姚廣孝稱為「天下讀書人種子」的方孝孺，南京城破當日他就被逮捕。起兵前姚廣孝一再叮囑朱棣不要殺方，同時朱棣也想借助方孝孺的名氣來安撫天下，於是逼迫方孝孺草擬即位詔書。
沒想到方孝孺接過筆後寫上了「燕賊篡位」後擲筆於地，罵道：「死即死耳，詔不可草。」朱棣見方孝孺寧死不屈，就威脅道：「汝不顧九族矣！」方孝孺斥責說：「便十族奈我何！」惱羞成怒朱棣怒不可遏，命人將其凌遲處死，據記載場面極其殘忍，以至於「斷舌碎骨」。方孝孺死後，德慶侯廖永忠的兩個孫子因為埋葬方孝孺的遺骸獲罪被殺。
所謂九族，有幾種說法，其中有父三族、母三族、妻三族之說，還有父族四、母族三、妻族二之說，不論如何牽連面甚廣。而在此之前，為免受凌辱，方孝孺的妻子、兒子自縊身亡，兩個女兒女兒也投入秦淮河。至於第十族就是方孝孺的那些門生們。據記載方氏一案連坐被殺者達八百七十三人，其他外親之發配充軍者高達千餘人。
鐵鉉，曾經幾次打敗朱棣的一個文人。被俘後背對朱棣坐在朝堂之上，厲聲謾罵，也被凌遲，八十多歲的老父老母被發配海南島。
此外還有御史中丞練子寧、副都御史茅大芳、左僉都御史周璿、戶部侍郎卓敬、郭任、盧迥，禮部尚書陳迪、禮部侍郎黃魁、巨敬、給事中陳繼之、韓永、葉福、暴昭等幾十位因不屈服朱棣而被處死的官員，這些人或被誅三族，或被誅九族。
其中有一個耿景清的官員之前與朱棣還有些私交，朱棣即位後，讓他仍然擔任之前的官職。一日他穿著緋色衣服，懷揣利刃想早朝之時行刺，正好欽天監向朱棣奏報「異星赤色犯帝座」（有赤紅色星星對皇帝的星座不利），結果只有耿景清一人穿著緋紅色衣服，利刃當場被搜出。朱棣震怒之下，將耿景清凌遲，同時查抄他的家鄉，結果親朋好友轉相攀染，連坐了整個村子。
當然沒有株連九族的也有，他就是當劉伯溫的次子劉璟。在被逮入京城後，還稱呼已經稱帝的朱棣為「燕王殿下」，並且說：「殿下百年後，逃不得一『篡』字。」結果死於獄中。官員提出株連家屬，朱棣看在已經死了的劉基面上，沒有同意。
對於這些人來說，被處死是殘酷的；但對他們的妻兒兄弟來說，死可以說是一種解脫。這些人的妻女姐妹充入教坊司（官辦妓院）備受凌辱，下面引述兩段官員與朱棣奏對，各位看官一看便知。
教坊司官員上奏：「齊泰的姐並兩個外甥媳婦，又有黃子澄妹的四個婦人。每一日一夜，二十條漢子守著，年小的都懷有身孕，除夕生了小龜子，又有一個三歲的女兒。」朱棣批答：「小的長到大，便是搖錢樹兒。」——《奉天刑賞錄教坊錄》
教坊司官員上奏：茅大芳妻張氏發教坊司病故；朱棣批答「著錦衣衛分付上元縣抬去門外，著狗吃了。」——《國朝從記》
不屈服的人都處理了，那麼屈服的人呢？對於屈從的中下級文官，朱棣紛紛提拔重用，例如此後的三楊等人。對於高級文官、武將，朱棣也沒放過。
盛庸，曾和鐵鉉一起幾次打敗朱棣。朱棣進入京師後，盛庸率兵投降，朱棣命他鎮守淮安，之後退休在家。結果當年就遭到酷吏陳瑛的彈劾，說他圖謀不軌。也許是為了保護家屬，盛庸自殺。
與盛庸情況類似的還有老將耿炳文、平安、何福、茹瑺等人。此外朱元璋的妹夫、駙馬梅殷在被迫歸順後，竟然上朝時被人推到金水河裡活活淹死。就連當年主動開門投降曹國公李景隆、谷王朱橞也先後被冠上罪名，幽禁而死。
1424年8月朱棣病死， 11月新即位的皇帝朱高熾為齊泰、黃子澄、方孝孺等建文舊臣平反正名，並赦免尋訪其後人。
歷來一個王朝非正常的皇位更迭通常都是伴隨著血與淚的。作為一個政治家，為了鞏固自己的統治，必然會採取一些強制，乃至血型手段，朱棣只是做了這些人都會做的事。相比較而言，朱棣與其父親朱元璋相比較，其殘暴有過之而無不及。
PS：或許本文會招致一些朱棣粉絲的詆毀、謾罵。無可否認朱棣是一位開明、進取的皇帝，但人無完人。本文只是從「靖難大清算」方面談及，並不能完全概括朱棣的一生，正所謂千秋功過後人評。