為了眉目醒豁起見，成祖內犯陷京師的經過，我再撮要提示一遍：六月初燕師以都督陳瑄投降，得以渡江，取道鎮江、龍潭，直薄京師;大約在六月十三，谷王及李景隆開京城西北的金川門迎燕，燕王入城，分遣諸將守城，致書建文帝;其時皇城已閉，燕王不願以武力破宮，還駐龍江驛。約在午後不久，皇宮火起，成祖派兵馳救，火息搜索，由成祖的太監，找出一具屍首，說是建文帝已*。其實不是。那麼建文帝到哪裡去了呢？這個謎，留待以後再研究，先談成祖入承大位之初的殘忍暴虐。
成祖的本意，希望建文帝遜位讓國，及至皇宮火起，才知如意算盤落空，於是一面拷問宮嬪太監，追問建文帝的下落;一面大事搜索，捉拿所謂「奸臣」。這兩件事，前者無結果，不得已肯定建文帝*，而在破城後的第八天將那具屍首下葬;建文馬皇后亦無下落，相傳被指為帝屍者，實為後屍。方孝孺是明太祖開國文臣第一位的宋濂的得意弟子，兩蒙召見，太祖看出他是亂世忠臣的氣質，認為一時用不著他，派為陝西漢中的學官。蜀王慕名聘為他的世子——嫡長子的老師，以禮相待，題其書齋名為「正學」，後世尊稱他為「正學先生」的出典在此。
建文帝即位，方孝孺奉召入京為翰林院侍講，這個官銜，顧名思義是侍奉皇帝講讀，實際上就等於建文帝的老師之一，第二年升為侍講學士，權責也加重了，成為建文帝的最高顧問，凡有大政事裁決，往往先徵詢他的意見。不久，又成了建文帝的副手或代表：臨朝奏事，當面決定了可否，建文帝往往就命方孝孺代為批答章折。一有空，君臣二人便商量如何臻於三代之治，甚至想復行經王莽試驗失敗了的井田制。建文帝對他的尊敬和信任，已駕乎齊、黃以上。
燕兵內犯，朝廷鎮壓，一切詔旨檄令，都出於方孝孺之手，自然也參贊軍事。他出的那些計策，道衍一望即知，不會上當。譬如說，仁宗為燕世子時留守北平，方孝孺知道他的弟弟高煦狡詐，曾想奪嫡，於是定了條反間計，在成祖兵次徐、淮時，特遣一名錦衣衛千戶攜帶詔書賜燕世子，想為高煦製造口實，引起燕府的內亂，哪知燕世子不拆詔書，連同那名千戶一起送至軍前，輕易破了方孝孺的計策。但是那些義正辭嚴的*詔檄，卻引起了道衍惺惺相惜之心，所以成祖最後一次出兵時，道衍特以方孝孺為托。
道衍是這樣對燕王說的：「到了京城，方孝孺一定不肯投降，請不要殺他。殺了方孝孺，天下讀書種子絕了！」成祖當時答應了他的要求，等方孝孺被捕下獄，成祖記起道衍的話，同時想借重他的名望及文筆，於是派人把他召入宮內，草擬即位詔書。方孝孺一進宮就放聲大哭，響徹殿庭，成祖親自從御榻上走下來勸他說：「方先生不必如此悲苦，我不過想傚法周公輔成王的故事而已。」成王是指建文帝。所謂「成王之子」，是指建文帝的兩子，長子名文奎，年方七歲，陷城後不知所終，大概是焚宮之時，燒得屍骨無存也。次子則尚只兩歲，名文圭，禁錮禁中五十五年，號為「建庶人」，從小沒有接觸過高牆以外的人世，所以釋放以後，形同白癡，連豬犬都不認得，此真人間慘不可言之事，「不幸生在帝王家」，正此之謂。
「主少則國疑」，所以「國賴長君」這句話，還勉強可以辯解，但「長君」應另有人——建文帝行二，他下面還有三個弟弟：吳王允熥、衡王允、徐王允，因而方孝孺反駁：「何不立成王之弟？」駁得成祖啞口無言，只好這樣說了：「這是我的家事。」叫左右拿筆墨來，堅決地說：「詔告天下，非先生來寫不可！」方孝孺一下子反了，把筆札擲在地上，且哭且罵：「死就死！詔書絕不寫。」成祖勃然變色，提出警告：「你難道不怕滅九族？」「滅十族又如何？」「好！」成祖接口，「我就滅你的十族。」
方孝孺當然「磔死」，死時年四十六歲，絕後。方孝孺有此決絕的表示，是因為他相信建文帝已殉社稷——這也是他的主張;如果他知道了建文帝生死成謎，或許會忍死須臾，以謀匡復。方孝孺既死，即位詔書還得有人來擬，成祖找到另一個宋濂的學生，侍讀樓璉。他當面不敢辭謝，回到家對他妻子說：「我甘於學方孝孺那樣而死，但怕連累了你們。」當夜自縊，不負本心。
成祖破京之初，類似的忠烈孤臣，比比皆是，其中有個卓敬，需要特加介紹。卓敬字唯恭，浙江瑞安人，洪武二十一年中進士後，除戶科給事中。給事中與御史同為言官，御史以省分道，如「浙江道」、「山東道」等，而給事中配合六部分科，所以合稱「科道」。卓敬為言官時，耿直無所避忌。建文初他上一道密疏，說燕王智慮絕倫，雄才大略，酷類先帝;北平形勝之地，士馬精強，金、元由此而興，所以不宜讓燕王鎮北平，建議徙封南昌，就近監視，萬一有變，亦易於控制。這確是曲突徙薪、防患未然的救時良方，可惜建文帝不聽。
卓敬被捕，成祖雖責以離間骨肉，但頗有憐才之意，把他下在獄中，勸他投降。卓敬不屈，成祖亦不殺。哪知道衍與卓敬有仇隙，便在成祖面前進讒：「如果卓敬的建議見諸實行，皇上哪裡會有今天？」成祖因而斬卓敬、誅五族。至於鐵鉉，本來一直守山東，燕軍南侵，建文帝命東遼總兵楊文領兵十萬會合鐵鉉，絕燕歸路。楊文無用，所部入關，為燕將攔截，無一能至濟南。建文四年四月，鐵鉉與盛庸戰燕軍於淮、徐之西，時有斬獲，不幸平安一軍垮了下來，盛庸亦遭敗績，鐵鉉不得已屯兵淮上。京師淪陷，所部潰散，鐵鉉被擒，解至京師，成祖親自審問，鐵鉉背對殿上，醜詆成祖不仁不義，死時年三十七歲。
明太祖最受人批評的一事，是侮辱衣冠，至成祖又變本加厲，清朝章學誠曾指出：「前朝虐政，凡縉紳籍沒，波及妻孥，以致詩禮之家，多淪北裡。」在明太祖時，於南京幹道橋設「富樂院」，罪人眷屬，發此為官妓。成祖處置建文孤忠的妻孥，實在與流寇的作風無甚分別。如《國朝掌故》所記：「鐵鉉妻楊氏年二十五，送教坊司。勞大妻張氏，年五十六，送教坊司。張氏旋故，教坊司安政於奉天門奏，奉聖旨：『吩咐上元縣，抬出門去著狗吃了。欽此！』」請想，這是什麼皇帝！
成祖的嚴苛好殺，出自天性，在他晚年，宮中還掀起了一件殺人盈千、株連極廣的大獄。事起於一名來自朝鮮的妃子，因爭寵，謀害了另一名來自朝鮮的權妃。成祖因為有朝鮮血統，飲食非權妃照料不能適意，所以對權妃被害震怒不息，窮治其事。《明史》中對此隻字不載，傅斯年先生曾根據朝鮮《李朝實錄》考證其始末。此是另一個宮闈故事，這裡從略。仁宗即位後，立即赦免「靖難之變」中的死難諸臣的家屬，遣戍者大都放還，並有「御札」，凡「建文中『奸臣』家屬初發教坊、錦衣衛、浣衣面習匠、功臣家奴，今有存在，並宥為民，給還田土」。善於為父補過，不愧為「仁」。