選誰來繼承皇位，朱棣一開始很是糾結。他有兩個選擇：一個是大兒子朱高熾，一個是二兒子朱高熙。按道理說，在重視長幼觀念的古代，大兒子本來就是合理的法定繼承人，可是朱高熾身體條件不太好，生下來就是個殘疾人，而且腦子也不太聰明，和朱棣比起來差遠了。
難怪老二朱高熙會心裡不平衡，朱高熙不論相貌體魄，還是軍事謀略，都遠勝朱高熾，而且，在靖難之役攻打南京時，朱高熙立了很多戰功，還曾救過朱棣一命。
朱高熙跟朱棣一樣孔武有力，有勇有謀，朱棣非常喜歡他。相反，朱高熾不僅殘疾，甚至連意志都不堅定。更讓朱棣不喜歡朱高熾的是，朱高熾太有仁愛之心。進入南京後，朱棣大開殺戒，朱高熾沒考慮時局的需要，硬著頭皮勸朱棣手下留情。朱棣渴望建立千秋偉業，需要一位非常強硬的繼承人，朱高熾如此文弱，自然不討朱棣喜歡。可是，皇位一般都要傳給長子，如果處理不好繼承人問題，朱棣辛苦打來的天下，可能就會被別人搶去。
因此，在立太子的問題上，即使是英明果斷的朱棣，也甚是犯難。自己不好拿主意，朱棣就去問群臣。但是，關於這個棘手的問題，群臣也分成兩派，一派是武將，一派是文臣。武將中，大多來自靖難之役的功臣。朱高熙在南京一戰中立了大功，這是眾人皆知的事實。再說，如果是一個愛好武功的人繼承皇位，朱棣所施行的「軍事貴族」制度就會得到沿襲，甚至發揚光大。相反，如果讓文弱的朱高熾繼承皇位，他會提升文官的地位，消弱武將的重要性，因為他不喜歡動用武力。
支持朱高熾的文臣以解縉、楊士奇、楊榮和楊溥等人為首，他們的傳統觀念很重，認為自古皇位都是由長子繼承。如果長子被拋棄，不僅不合慣例，有時甚至會引發國家內亂。這批文臣大多遭遇過靖難之役，他們不想再遇到一次為了皇位的戰亂。而且，朱高熾的仁義之心也正是相對和平的形勢下所需要的，這種難能可貴的品質，不論在朱棣還是朱高熙身上都是極其缺乏的。
朱高熾有文臣支持，朱高熙有武將支持，彼此勢均力敵。手心手背都是肉，朱棣很是為難。
幸好，朱高熾並非一無是處的人。據說，太祖朱元璋對朱高熾就頗為欣賞，認為他性格溫和，對政治也很感興趣，不僅才氣出眾，而且行政能力也很強。在靖難之役的時候，朱高熾手下只有一萬士兵，卻巧妙的組織了城防，並挫敗了李景隆的有力攻擊。可見朱高熾並不是一個迂腐之人。在關鍵時刻，他能擔當重任，也會拿起武器，勇敢戰鬥。在靖難之役中，朱高熙是先鋒，功勞不小，但是，也不能忽略朱高熾守衛大後方的作用。
另外，朱高熾還有一個致勝的籌碼，就是他的兒子朱瞻基。朱瞻基文武雙全，深得朱棣喜愛。朱棣最終決定立朱高熾為太子，是考慮到將來這個孫子能繼承大統，這樣朱高熾只是一個過渡。
太子之爭落定了，但不代表皇位之爭結束。
朱高熙都安排到雲南駐守邊疆，他心裡一直懷恨在心。他是一個自命不凡的人，本以為勝券在握，可是最終落空，實在不甘心。後來他在朱棣面前裝可憐，又被調回京城。這下，他終於有機會施展拳腳興風作浪了。
不可否認，朱高熙整治人的手段很毒辣。經過他周密的連環計劃，朱高熾幾經陷害，一度還被打入了牢獄。凡是太子黨的人，只有兩條出路可走，第一是跟隨朱高熾一起坐牢，第二是倒向朱高熙。朱高熾最堅定的支持者為解縉和「三楊」等人，他們是文官的中樞力量，這也是朱高熙難以攻克的一道關。
可這個朱高熙偏偏愛把自己比作李世民，一直想發動「玄武門事變」。後來，朱棣覺察到了朱高熙的野心，朱棣便告訴朱高熙讓他去駐守青州，朱棣是意思是想試試朱高熙的反應。如果朱高熙高興的接受，說明他不會造反，如果他仍然拖拖拉拉，不肯離京，這就暴露了他圖謀不軌。
果然，只是一個小小的試探，朱高熙就上當了。他死乞白賴，就是不想走。如此一來，朱棣更加懷疑，下定決心，一定要趕朱高熙出城。
朱棣不顧朱高熙的不情願，硬將他分封到山東，這是強行命令，無論朱高熙怎麼哀求，都必須走。帶著家眷和侍衛，朱高熙幾乎是一步一回頭的走了。
之後，朱棣大赦了曾因支持朱高熾而倒霉的那群文官。可是，因為朱棣當了太久的皇帝，等到朱高熾繼位後，只做了十個月的皇帝就死去了。