朱棣生母：皇后馬秀英
稱朱棣的母親為馬皇后，最為廣泛。在清人朱好陽編纂的《歷代陵寢備考》中有記載，「後生懿文太子、泰王樉、晉王桐、成祖、周王」。這裡說得十分清楚了，朱棣為朱元璋與馬皇后所生的第四個兒子。
這一說法，來源於明朝當時的史書，如《太祖實錄》、《太宗實錄》、《靖難事跡》、《玉牒》等。《靖難事跡》中有相同的文字：「高皇后生五子，長懿文皇太子，次秦愍王挾，次晉恭王桐，次上，次周定王。」朱棣更是親口說過，他的母親是皇后馬秀英，「每自稱曰：『朕高皇后第四子也』」。
但也有秘史稱，馬皇后根本就沒有生育能力，一世無子，正史上記載的包括太子朱標、燕王四子朱棣在內，幾個兒子都是別人所生。馬皇后採用了過去皇家最慣常的手法，把別的妃子所生育的孩子據為己出，是一出明版「狸貓換太子」。這種說法，為朱棣的生母之謎平添了一份神秘。
朱棣生母：朝鮮女子李氏
稱李氏為朱棣生母不少人很相信，認為證據很充分。《南京太常寺志》有這樣的文字：「孝陵祀太祖高皇帝、高皇后馬氏。左一位淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晉恭王;左二位皇妃，生楚王、魯王、代王、郢王、齊王、蜀王、谷王、唐王、伊王、潭王;左三位皇貴妃，生湘獻王、肅王、韓王、沈王;左四位皇貴人，生遼王;左五位皇人，生寧王、安王;右一位槓妃，生成祖文皇帝。」
太常寺為皇家機構，《南京太常寺志》自然算是皇家文字，其記載應該有很高的真實性和可信度。明人沈玄華在《敬禮南都奉先殿紀事十四韻》中有：「高後配在天，御幄神所棲。眾妃位東序，一妃獨在西。成祖重所生，嬪德莫敢齊。」因此，包括當代著名歷史學家吳晗先生在內，都深信朱棣的生母為「槓妃」李氏
朱棣生母：元順帝妃洪吉喇氏
這個說法，可上溯到朱元璋沒有稱帝前。在至正年間，朱元璋跟隨郭子興起兵反元，郭子興病死後，朱元璋取而代之，南征北伐，先佔領集慶(現在的南京)，後又攻下大都(現在北京)。元順帝看看大勢已去，遂棄大都，退守蒙古。朱元璋入城後親臨元順帝后宮，看到落難人群裡有一位美女，姿容嬌美、眉目含情，頓時引起朱元璋的注意，遂收她為妃子。
這個女子即元順帝的第三位妃子格勒德哈屯，她是元順帝洪吉喇托太師的女兒。故事到此複雜了：早在朱元璋攻佔北京之前，洪吉喇氏已懷孕七個月，元順帝出逃時，不方便帶上，讓朱元璋白白地撿了一個女人和一個兒子。兩個月後，洪吉喇氏生下一個男小子，此即朱棣。
據說，當時朱元璋心中知道此子非己子，並不想認這個兒子，但看到朱棣相貌不凡，朱元璋就喜歡上了。況且，說自己的後宮女人生了其他男人的孩子，傳出去可是一樁天大的皇家醜聞，朱元璋也不得不認下這個兒子。
民間對這種說法傳得神乎其神的，而朱棣與其他幾個兄弟相貌長得確實不一樣，一點也不像麻臉朱元璋(朱元璋相貌疑雲，見上篇)，這也加大了這種猜疑，民間據此稱朱棣是蒙古人。但史上記載，大都失守是至正二十八年，即公元1368年，而朱棣生於至正二十年，即1360年，時間相差七八年呢。
因此，這種說法也最不靠譜，朱棣生前也從未承認過。之所以出現這種情況，是民間在罵朱元璋和朱棣。前者殺人如麻，不仁;後者則是非法當上皇帝的，用今天的話來說，是通過軍事政變上台的，不孝。
朱棣生母：蒙古女子翁氏
與洪吉喇氏一樣，翁氏也是蒙古女子，也是元順帝的妃子。但民間之所以還有翁氏一說，可能是「洪」、「翁」譯音上的相似而以訛傳訛。這裡就先姑且算翁氏是第四個媽媽吧。劉獻廷所著《廣陽雜記》稱：「明成祖，非馬後子也。其母翁氏，蒙古人。以其為元順帝之妃，故隱其事。宮中別有廟，藏神主，世世祀之，不關宗伯，有司禮太監為彭恭庵言之。余少，每聞燕之故老為此說，今始信焉。」
用大白話來說，就是朱棣不是馬皇后生的兒子，他的母親是蒙古人翁氏，因為曾是元順帝的妃子，所以史書上不方便提這事。但朱棣沒有忘記這位蒙古生母，而是在宮中另外建廟，供奉她的牌位，讓世世代代紀念她。劉獻廷為清朝人，他的文字，就如筆者現在這文字一樣，僅是自己的觀點。況且，他的依據是來源於北京一帶的坊間傳言(「每聞燕之故老為此說」)，而且是小時候聽說的，你說這靠譜麼？
另有一說，出自民國學者王謇的《孤廬雜綴》。書中記載：「往余幼從吳夢輒師恩同游，師告余曰：『克金陵時，官軍得明成祖御碣於報恩寺塔座下，其文略謂：成祖生母為翁吉剌氏，翁故為元順帝宮人。生成祖，距入明宮僅六月耳。明制：宮人入宮，七月內生子者，需受極刑。馬後仁慈，遂詔翁以成祖為馬後所生。實則成祖生日，距懿文太子之生，僅十月稍強也。
翁自是遂抑鬱而歿，易簣前，以己之畫像一幀，授成祖乳母，且告以詳，命於成祖成年就國後告之。成祖封燕王，乳母如命相告。
於是，成祖始知己之來歷，乃投袂奮起，而靖難之變作矣！』」王謇所記也是「聽來的」，老師是聽曾國藩的幕僚馮桂芬說的。這麼「據說」顯然不足為憑。