普寧清真寺始建於清乾隆二十七年(1762年)，乾隆二十八年(1763年)竣工，與中南海的寶月樓(今新華門)隔街相望。由於是乾隆皇帝降旨御批、動用國庫內帑並由專人督工建造的「敕建」項目，可以想像當年這座清真寺的規模和奢華。
當時附近的維吾爾族和回族同胞均在此清真寺禮拜，曾經的盛況，正像如今保存在歷代帝王廟中，乾隆皇帝親筆撰文的那方滿漢蒙回四體碑文中所記述的一樣。清代在求同存異、尊重習俗、包容信仰方面的胸襟，在碑記中表達得淋漓盡致。
整座清真寺佔地二十多畝，寺內蒼松翠柏，建築恢弘，風格獨特，別具一格。非對稱的佈局建築採用磚石結構，正方形綠琉璃瓦頂的大殿坐西朝東，四周各建有角亭一座，形成拱衛之勢。重簷攢頂環廊的設置呈現出阿拉伯的建築風格，碧色瓦頂與朱色盲柱相映壯麗，極盡輝煌。寺的拱券形正門位於寺北臨街，高大的穹頂與邦克樓融為一體，成為寺中最具濃郁民族特色的建築，穩重中不失飄逸，清雅中不失綺麗，充分體現出中國西域建築與傳統建築相融合的瑰麗特徵。
券門之上四柱單簷九脊頂的四壁軒敞樓閣高高聳立，玲瓏秀美，振翅欲飛，它就是拜前喚禮用的「邦克樓」，亦稱喚禮樓。每當深夜登樓呼喚禮拜之時，悠揚的喚禮聲俯掠中南海水面，遠播數里，成為當時的「京城第一門樓」。
這個清真寺的建立和乾隆皇帝有著極大的關係。乾隆二十年(1755年)五月，清廷派兵平定新疆阿睦爾撒納的叛亂，解救了大和卓與小和卓兩人。可這兩個人竟以怨報德，組織叛亂活動。
新疆和卓家族分為阿帕克和卓與額賴瑪特和卓，香妃一家所屬的額賴瑪特和卓擁護朝廷，反對分裂，遭到大小和卓的欺辱。乾隆二十二年，清廷再次進兵新疆平定大小和卓的叛亂，香妃的叔、兄積極配合清軍，乾隆二十四年叛亂被平息。乾隆二十五年(1760年)，香妃的胞兄、五叔、六叔和其他五位首領等應召入京，被封官晉爵，史稱「八爵進京」。
乾隆皇帝十分重視這支由八位維族首領和回教領袖帶領的少數民族部眾，將其編入八旗並下詔封居，安置在寶月樓南側今東安福胡同一帶，史稱「回回營」，又稱紅帽子回回。隨叔、兄奉旨進京的香妃被召入宮，乾隆皇帝將她冊封為和貴人。顯然，這是乾隆皇帝統一新疆後，實行因俗而治的政治聯姻，以便達到長久穩固邊陲的目的。此後，乾隆皇帝又下旨在回回營中興建普寧清真寺，供營中回人禮拜之用。
民間傳說這座清真寺為「香妃寺」。說乾隆皇帝建寶月樓，是為讓香妃登樓與隔街對面邦克樓內的父母謀面，互訴衷腸，以解香妃思鄉之苦，故民俗稱寶月樓(新華門)為「望家樓」。而香妃的父母思女來京，不能入宮，藉登邦克樓與寶月樓中的香妃隔街相望，了卻相思之情。查史溯源，寺雖不稱「香妃寺」，但回回營、寶月樓確與香妃有關。寶月樓雖建於香妃入宮前兩年，但香妃進京後，鑒於特殊的宗教信仰、生活習俗，她沒有被安排住進皇宮，而是住在寶月樓。
香妃在京生活了二十八個春秋，乾隆下江南、巡泰山等，香妃都曾親自隨駕。在她香消玉殞三年後，年已八旬的乾隆於寶月樓前仍感慨萬千、暗自神傷：「卅載畫圖朝夕似，新正吟詠夕今同。」這也就難怪民間會演繹出那麼一段美麗的傳說來。
民間圍繞著香妃產生的故事盛傳不衰。在乾隆所有的妃子中，只有容妃一人來自新疆，無論從清宮檔案還是官家文書都記載證明了這一點。二人都是維吾爾族，封號都是妃，家鄉籍貫、民族信仰都一樣。容妃的五叔、六叔、哥哥的名字亦是相同。由此看來，香妃和容妃皆是一人。在民間傳說中體生異香的香妃，即是容妃無疑。
民國初年，袁世凱任大總統時，把中南海作為他的總統府，將原本不與外邊相通的寶月樓改建為總統府的大門，以「新中華民國」之意取名為「新華門」。同時在門內修建影壁，並將端王府一對石獅移於門前。從此，新華門取代西苑門，成為中南海的正門。而新華門對面的清真普寧寺，袁世凱遂以不宜直對政府為名，下令強行將寺門、禮拜殿等建築拆除，修築了一溜兒灰色花磚牆，用以遮擋路南的民居。