皇太極之繼位是否以庶奪嫡？凡此，都涉及到他的出身。弄清皇太極是嫡出抑或庶出，關鍵在於考察他繼位前其生母孟古在努爾哈赤諸妻妾中是否有正室的身份。
清太宗皇太極究竟是嫡出還是庶出，由於尚無專門研究，迄今仍是個疑案。《清實錄》中，皇太極的生母孟古被稱為皇后也即嫡妻，但是《清實錄》是皇太極繼位後所修，繼帝位者追尊生母為皇后乃是慣例，這是母以子貴，不能作為其嫡出的依據。如美國學者恆慕義主編的《清代名人傳略》即明確稱：「1636年皇太極成為名副其實的皇帝並採取許多項漢族制度之後，卻追尊生前地位本來是妾的生母為孝慈皇后。」
皇太極之出身關係到他的繼位，因此是影響清初政權的重要問題。皇太極是眾人推舉之汗，如果他是庶出，將表明滿族宗法無嫡庶差別，庶出者也可繼承汗位。還有一種觀點，認為皇太極乃是奪多爾袞之儲位。按多爾袞是嫡子，如果皇太極是庶出，而且是奪位，那麼他的繼位將是明顯的以庶奪嫡事件。究竟皇太極之繼位是否以庶奪嫡？凡此，都涉及到他的出身。弄清皇太極是嫡出抑或庶出，關鍵在於考察他繼位前其生母孟古在努爾哈赤諸妻妾中是否有正室的身份。
努爾哈赤共有十六個妻子，大部分的側妃和庶妃都是出於政治擴張的需要而娶，按照清太宗時所修《清太祖武皇帝實錄》(下簡稱《武錄》)的說法，努爾哈赤之「後」即正室有四人：最早為佟佳氏，實錄稱其為「先娶元妃」，生子褚英、代善。在佟佳氏去世後，入繼正室者為富察氏，名滾代，生子莽古爾泰、德格類，實錄稱其「繼妃」。葉赫那拉氏，名孟古，稱「中宮皇后」，僅生一子皇太極。烏拉那拉氏，名阿巴亥，《武錄》稱「繼立之後」，後來改稱「大妃」，生子阿濟格、多爾袞、多鐸。
由於《武錄》是皇太極在位時修成的文字，其稱孟古為「中室皇后」是否史實，仍難斷定。不過給我們提供了一條線索，即孟古是在繼妃富察氏與最後的大妃阿巴亥之間，以及在她死後，努爾哈赤才又把阿巴亥「接續立為大福晉」，而且又明確說明，孟古是在富察氏之後為「中宮皇后」的，而阿巴亥又是在孟古死後才被繼立為「大妃」的，接續的是孟古而不是富察氏入繼正室，所述之事有具體的人物、事件緣由、時間，言之鑿鑿，有一定可信度，這使我們可以沿著這個線索作進一步的考察。
自萬曆二十四年(1596)，太祖第十子德格類出生後，富察氏似乎就慢慢從太祖身邊消失了。直到天命五年(1620)，「妃得罪，死」。但是種種跡象表明，富察氏是在天命五年之前很長一段時間都已經不得寵了，而且似乎還喪失了正妃的地位。《滿文老檔》有這樣一段記載：皇太極在奪取汗位後回憶說自己幼時常把吃穿的東西送給莽古爾泰，因為太祖基本上沒有照顧到莽古爾泰的生活，所以莽古爾泰是依靠皇太極而生活的。假如富察氏的大妃位置沒有被動搖，那麼她的兒子是絕不會有這樣的遭遇。關於富察氏死亡的記載，史書上也是有矛盾的。《清史稿》中在《諸王傳》和《滿文老檔》中都記載莽古爾泰御前拔刀一段，皇太極氣憤至極說莽古爾泰曾經「弒其母而邀寵」。而按照《清史稿》的記載，富察氏似乎更有可能是獲罪賜死的。
在富察氏被廢之後，繼之被扶正的正應是孟古，所以其子皇太極才得父直接「養育」，生活富足，對於幼年的夥伴莽古爾泰也能「每推食食之，解衣衣之」，將衣食給未能得父愛護的莽古爾泰。
岳托貝勒幼年的事跡也可說明這一時期孟古正室的身份。據《八旗通志》初集《岳托傳》載：岳托，「太祖高皇帝深愛之，撫育宮中」。皇太極也說：岳托乃「我母自幼撫養之弟」，自幼由「皇考太祖、皇妣太后撫養為子」。岳托得努爾哈赤喜愛而被「撫養宮中」，是與努爾哈赤同室生活，撫養他的是皇太極之母，說明當時皇太極之母與努爾哈赤同室而居，也即居於正室。岳托生於1598年，而皇太極之母死於1603年，可知皇太極之母在這五年間及以前一段時間為正室。
孟古取得正室的地位，與其出身門第及本人的姿質有一定的關係。明萬曆十年(1582)，在努爾哈赤與元妃成婚的第五年，他路過孟古的娘家——海西女真葉赫部，該部是海西女真四大部之一。當時孟古的父親楊吉努慧眼識英，將時年八歲的小女兒孟古許配給太祖，並贈予大量的馬匹與甲胃。出於聯盟的需要，明萬曆十六年(1588)秋，楊吉努之子納林布祿將妹妹送到太祖身邊，時年孟古十四歲。《清史稿》記載太祖親自率領了諸位貝勒大臣去迎接她，並且隆重地迎娶了她。按照孟古的身份和葉赫貝勒曾經的幫助與賞識，她絕不可能是庶妃，但是從繼妃富察氏失寵的年份看，她也不可能是正妃，所以孟古是以側妃的身份嫁給太祖的。根據《清史稿》的記載，孟古的品性溫順純良，恪守婦道，不參與外事，殫精竭慮服侍太祖，深得后妃之道。這中間不排除太宗朝對孟古的美化，但就孟古的大家閨秀出身來看，她應該是位品貌俱佳的女子，因而甚得努爾哈赤歡心，被努爾哈赤稱作「愛妻」，感情頗篤，以致她死時，太祖愛不能捨，令四個奴脾殉葬，並宰殺牛馬各一百以祭祀，並齋戒月餘。最為誇張的是，努爾哈赤還將孟古葬在自己居住的院中長達三年，後葬十尼亞滿山岡。天命九年(1624)，努爾哈赤遷都遼陽，孟古的遺骨也隨之遷到東京陵。
在一夫多妻的大家庭中，眾妻的嫡庶之分應有三個因素：一是出身，即母家門第的高低。二是受丈夫的寵愛程度。三是來嫁的先後。孟古嫁努爾哈赤雖在富察氏之後，但其他條件都優於富察氏。所以可以猜測，由於富察氏失寵而被驅出正室後，出身較高而且受寵的孟古得以由側扶正是理所當然的。
由此可見，《清實錄》稱其為「中宮皇后」也即嫡妻，並非皇太極繼位後其母以子貴的追尊之稱，而是孟古在努爾哈赤時期的真實身份地位。因此可以認為，努爾哈赤時期的皇太極，憑借的是「子以母貴」，因其生母葉赫那拉氏孟古之嫡妻身份而為嫡子，因而才得以與其他嫡子如代善、莽古爾泰、阿濟格等一樣被封為旗主，為正白旗主，領正白全旗的牛錄屬人。從而與代善、阿敏、莽古爾泰一起被封為汗之下地位最高的大貝勒。以後他被推舉為汗，當然也是以嫡子身份繼位，這與滿族之重嫡、嚴嫡庶之分的宗法也是一致的。他的繼位，也不存在以庶出而奪嫡的問題。