崇德八年(公元1643年)農曆八月九日，皇太極像平常一樣忙碌：先是接見和賞賜了土默特部落前來貢馬的甲喇章京大諾爾布、小諾爾布等十五人以及他們的隨從;之後，他獎勵了護送格隆喇嘛來盛京的土默特部落車克車章京所屬諾木習禮和從人;隨後他同皇后、諸妃在崇政殿召見遠嫁察哈爾、科爾沁蒙古的固倫公主，並挑選最好的綢緞賞賜固倫公主和科爾沁一同來朝的福妃、賢妃及諸福晉。這一天，他沒有表現出任何異常。
而就在這天夜裡，皇太極端坐在正寢清寧宮東暖閣的南炕上離世，年僅五十二歲。
史上最離奇香艷的謀殺傳聞
皇太極從小身體很好，中年以後身體發福，有些偏胖，官方史書從未記載過他有任何病史，而後有關的清代官修史書幾乎都記載說皇太極死時是「無疾而終」。後世野史更將皇太極之死說成是被多爾袞或多爾袞與莊妃謀害，演繹成了一起香艷離奇的謀殺事件。金大俠的《碧血劍》中更是活靈活現地寫到，是袁承志親眼見到皇太極趕到莊妃的寢宮，被正在和莊妃幽會來不及逃走的多爾袞行刺而死。憑什麼這樣說呢？不過是因為「大妃阿巴亥之死」、「孝莊下嫁多爾袞」兩件謎案。大妃阿巴亥是否是被皇太極逼死的，我們在之前已經講過了。那麼，「孝莊下嫁多爾袞」就更不足以作為兩人謀害皇太極的理由了。皇太極死時，順治年幼，皇太極的幾個兄弟手握兵權對皇位虎視眈眈。孝莊皇后為了保全順治的皇位下嫁給實力最強的多爾袞，並封多爾袞為攝政王。得到多爾袞的幫助後，順治的皇位得到了保證，順利成為第一個入關進京登上帝位的滿清皇帝。而多爾袞一直到死時，都沒有對皇位產生不軌的念頭，可以說孝莊皇后的下嫁功不可沒。
可見，皇太極是被多爾袞或多爾袞與莊妃合謀害死的傳說是毫無根據的。
皇太極真正的死因很可能是「痰疾」
從崇德五年開始，清史的記載中屢次出現「聖躬違和」或「聖躬不豫」的字樣。
第一次聖躬違和：崇德五年農曆七月二十七日，皇太極第一次「聖躬違和」，到安山(今鞍山)溫泉療養。
第二次聖躬違和：崇德六年農曆八月，松山大戰前夕，明十三萬大軍來勢洶洶，前線告急。皇太極調集各路人馬，決定親自前往前線坐鎮指揮。本來定於農曆八月十一日出發，不巧他患上鼻衄(即鼻出血)，血流不止，不得不將出發的日期一拖再拖。八月十四日，出血仍未緩解，而前線軍情告急。皇太極抱病出征，一路急行，三天後，病情才有好轉。
第三次聖躬違和：崇德七年(公元1642年)農曆十月二十日，「聖躬違和，肆大赦。凡重辟及械系人犯，俱令集大清門外，悉予寬釋。」顯然皇太極這次病得相當重，不但用大赦的方式上向天祈求康復，而且都察院的官員們還上疏建議：皇上不必事必躬親，可讓各旗、六部諸大臣處理一些日常事務，至軍國大事再向皇太極奏聞，以減輕政事活動，得以靜心休養。
明顯感覺力不從心的皇太極不得不同意了這份奏疏的建議，決定以後的政事由和碩鄭親王代善、和碩睿親王多爾袞、和碩肅親王豪格、多羅武英郡王阿濟格合議處理。
這是一次重大的行政體制的變革。通過這次變革，皇太極基本上交出了處理日常行政事務的大權。這證明他確實病得不輕，或者是宸妃的死，促使他重新掂量生命中的輕與重。當明白死亡正在逼近之時，對生命的依戀之情就會油然而生。
第四次聖躬違和：同年農曆十二月，皇太極率眾往葉赫出獵，到達一個叫開庫爾的地方時，又「聖躬違和」了，隨同前往的諸王、貝勒、大臣都請求停止行獵返回盛京，但皇太極因為此行沒有收穫，不願空手而歸。就在大家左右為難的時候，年僅五歲的皇九子福臨射中一狍，當年一箭可射穿兩黃羊的皇太極見狀，心中大喜，這才與眾人啟駕還宮。
第五次聖躬違和：崇德八年正月初一，因皇太極「聖躬違和」，免群臣的新春朝賀禮。命令和碩親王以下副都統以上諸人前往堂子，代替自己向上天和歷代祖先行禮祈禱。
第六次聖躬違和：農曆三月十七日，因「聖躬違和」大赦，死刑犯以下的人都得到了赦免。
第七次聖躬違和：農曆四月初一日，「聖躬違和」，連續兩天向盛京城及境內各地的寺廟禱告，施白金。
農曆四月初六日，皇太極遣人至李氏朝鮮世子館中，要求朝鮮方面進貢一種名為竹瀝的藥材，並且選派名醫前來會診。而據李氏朝鮮方面的史書記載，皇太極所遣傳諭詔令的人曾經告訴李朝世子說皇太極患有風眩之病。
竹瀝是竹子中的汁液，入藥可鎮咳，祛痰。從崇德七年開始，明清處於最後爭奪的關鍵時期，事務繁多，皇太極夙興夜寐，宵衣旰食，加逢喪妃之痛，難免痰火上升而頭暈目眩，病情加重。如果李氏朝鮮方面的史書記載無誤的話，那麼皇太極很可能死於「痰疾」。
崇德八年開始，「聖躬違和」的次數越來越頻繁，這說明皇太極的病連續發作。但是從四月開始，這種情況似乎得到了緩解，皇太極的身體狀況相對平穩，所以官方史書才會有「無疾而終」的說法。