所謂書吏，是中央與地方衙門中，專門負責文書處理與檔案收存人員的總稱。他們多是科舉落第的知識分子，雖無官的名分，卻行使著官員的部分職權。康熙帝晚年，「政寬事省」「無為而治」。諸多官僚作威作福、腐化愚昧、不視政事，只依靠幕友和書吏辦事，以致吏治廢弛敗壞，各衙門書吏「人多庸猥，例罕完善，甚至夾私誣罔，賄賂行文」(章學誠《文史通義》)。對書吏隊伍中的這種腐敗情弊，雍正帝曾尖銳地指出，官衙書吏「一塵不染者僅一、二人而已」(《清世宗實錄》)，已嚴重敗壞和妨礙國家的行政。因此，在他即位後，針對部院衙門的書吏進行全面清理整肅。
諭令革除「部費」
「部費」，是中央部院的書吏向地方公開索要各種小費的俗稱，上下皆知，公然行之。以兵部為例，據檔案載，僅陝西興漢鎮(今隸屬安康市)的兵丁，每年就要攤派湊銀300兩，作為到部辦事之用，其中慶賀表箋諸事每年送部費40兩，呈報冊籍諸事每年送銀24兩，這些已成定例。
雍正帝瞭解到這一情況後，於雍正八年(1730)三月頒諭指出：興漢一處如此，則各省與此處相類者亦必不少;兵部書吏如此，則其他部院衙門收取部費者亦定是大有人在。「此皆內外胥吏等彼此串通，巧立名色，借端科派，以飽私囊。」「著通告各省營伍，若有似此陋規，即嚴行禁革。如部科書吏人等仍前需索，或於文移冊籍中故意搜求，著該管大臣等具折參奏。」(《雍正朝漢文諭旨彙編》)
嚴禁需索訛詐
刑部衙門專司刑名，人命攸關，「部中奸滑胥役，得以操縱其事，暗地招搖」。收到好處費的，則援引輕例，有的甚至將地方督撫的補參咨文沉壓下來，暗中潛消其案，求得大事化小，小事化了;沒有收到好處費的，雖然督撫聲明情有可原，應予寬免，其胥役仍欺隱矇混，不准邀免。這樣，刑部胥役幾乎把持了這類補參案件，其標準就是以是否收到好處費來定能否寬免。為根除這一腐敗弊端，雍正帝頒諭：嗣後三法司會議案件，凡有行令補參者，督撫咨文到部，其或處或免作何完結之後，令刑部知會畫題衙門，公同刷卷，「如此，則胥役不得萌逞故智上下其手矣」。(《雍正朝漢文諭旨彙編》)
就刑部書吏的勒索舞弊問題，監察御史耿大烈在雍正十一年三月十七日具呈的一道奏折中談到：充軍流放人犯，例可贖罪者，由刑部查明所犯情由奏聞，請旨定奪。然而，刑部「不法書吏竟敢任意作奸，或稱具呈有費，批呈有費，以及查對原案具奏先後遲速之間，百計勒索訛詐」(《雍正朝漢文朱批奏折彙編》)。雍正帝據耿大烈所奏，指令刑部各官「嚴禁書吏，不得借端需索」。
書吏不得主稿
書吏作弊，還往往在援引案例上做文章。清朝刑罰，律無明文的多比照舊案。由於例案多變，辦案人員可以隨意比附，而且藉此還可以推卸責任，於是書吏便往往從私利出發，斷章取義。蔣良騏《東華錄》載，雍正朝刑部書吏在查閱文書檔案提供例案時，「往往刪去前後文詞只摘中間數語，即以所斷罪承之。甚有求其彷彿比照定議者，或避輕就重，或避重就輕，高下其手，率由此起」。
針對這種情弊，雍正十一年三月，刑部右侍郎覺河圖具折指出，刑部衙門責任重大，一切「稿案」自應由司員主稿，不得假手書吏，致滋弊端。在實際辦案過程中，常常是司員酌定主意，而敘稿成文卻出於書吏之手，致使書吏得以舞文弄弊，作奸犯科。為此，覺河圖奏請：「嗣後各司一應檔案，仍令各司主事稽查」，滿漢各官「親自主稿」。(《宮中檔雍正朝奏折》)雍正帝對此表示贊同，諭令照其所請實行。
嚴防增刪案卷
清初舊例，各部院衙門司官陞遷調轉，其所掌管的案卷新舊交接時，一般是在案卷的封面上註明司官姓名，接縫處或標「封」字，或用司印，沒有統一的規定。制度上的漏洞，給掌管案卷的書吏進行徇私舞弊提供了機會，常有增刪案卷的事情發生。
雍正帝就此於元年三月頒諭各部院衙門：「收貯案卷，封禁雖嚴，而翻閱查對，不能脫書吏之手，盜取文移，改易字跡，百弊叢生，莫可究詰。嗣後司官遷轉，將所掌卷案新舊交盤，各具甘結，說堂存案。」一個月後，雍正帝又進一步指令：各衙門案卷，「有添寫處，亦用堂印。並設立印簿，開明年月、用印數目、用印司官姓名。如此，則無騰挪之弊，卷案亦按簿可查。傳諭各衙門一體遵行」。(《雍正朝漢文諭旨彙編》)此諭令從制度層面上嚴格約束了管理檔案的吏員。
禁止書吏饋送
雍正帝認為書吏「狡猾性成，或以小忠小信趨奉本官，得其歡心」。為此，他嚴禁各部院司官書吏向堂官饋贈送禮。
雍正十年九月二十六日，雍正召見各部尚書、侍郎，當面指出：「部院事務，每有本衙門堂官為司官書吏所蒙蔽，不能盡知。」同時更談到，各部院的司官書吏為往上爬，往往向堂官送禮，他說：「即使所饋無多，而一經收受，則舉劾之際，不無瞻徇牽制。如其人果屬可舉，而曾經收受饋遺，則雖公亦私，轉滋物議;如系不堪之人，因平日受饋，情面難卻，或姑為容留，或濫行舉薦，必致貽誤公事，有違國家澄清吏治之大典。」(《雍正朝漢文諭旨彙編》)因此，雍正帝明令禁止部院堂官收受司官書吏的饋送。
禁止長期任職
雍正帝注意到，在各部院供職的書吏，時間一長，便會在衙門內、在京城結下關係網，容易徇私作弊。為此，他規定，部院衙門的書吏必須五年一換，期滿不得再留。
上有禁令，下有對策。書吏們不能在本衙門繼續留職，「役滿之後，每復改換姓名，竄入別部，舞文作弊」。有的則「盤踞都中，呼朋引類，遇事生風，影射撞騙，靡所不為」。有鑒於此，雍正帝又多次頒發諭旨，查拿這類書吏。他命令「都察院飭五城坊官嚴查訪緝，其有潛匿京師及附京州縣者，該地方官定以失察處分。有能拿獲者，以名數多寡，分別議敘」，「嚴禁缺主、掛名、冒籍、頂替」之徒混充官衙書吏。(《雍正朝漢文諭旨彙編》)由於雍正帝對中央機關書吏的大力整頓，「奸徒漸知斂跡，部務得以整齊」。乾隆帝登基後，還特地重申，沿用其父這套管束書吏的辦法。