在歷史上，雍正皇帝開始討厭年羹堯，主要在1724年(雍正二年)冬年羹堯第二次進京陛見為導火線的：
在赴京途中，他令都統范時捷、直隸總督李維鈞等跪道迎送;到京時，黃韁紫騮，郊迎的王公以下官員跪接，年羹堯安然坐在馬上行過，看都不看一眼;王公大臣下馬向他問候，他也只是點點頭而已;更有甚者，他在雍正皇帝面前，態度竟也十分驕橫，「無人臣禮」;年羹堯進京不久，雍正皇帝獎賞軍功，京中傳言這是接受了年羹堯的請求;又說整治阿靈阿等人，也是聽了年羹堯的話。這些話大大刺傷了雍正皇帝的自尊心。
年羹堯結束陛見回任後，接到了雍正皇帝的諭旨，上面有一段論述功臣保全名節的話：「凡人臣圖功易，成功難;成功易，守功難;守功易，終功難。……若倚功造過，必致反恩為仇，此從來人情常有者。」在這個朱諭中，雍正改變了過去嘉獎稱讚的語調，警告年羹堯要慎重自持，此後年羹堯的處境便急轉直下。
在歷史上，雍正皇帝之所以最終殺掉年羹堯，其實與大臣們的態度關係不大。最主要是年羹堯的所作所為已經完全成為威脅皇權的最主要因素。這主要表現在以下幾點：
第一，擅作威福。
年羹堯自恃功高，驕橫跋扈之風日甚一日。他在官場往來中趾高氣揚、盛氣凌人，贈送給屬下官員物件，「令北向叩頭謝恩」;發給總督、將軍的文書，本屬平行公文，卻擅稱「令諭」，把同官視為下屬;甚至蒙古扎薩克郡王額附阿寶見他，也要行跪拜禮。
對於朝廷派來的御前侍衛，理應優待，但年羹堯卻把他們留在身邊當作「前後導引，執鞭墜鐙」的奴僕使用。按照清代的制度，凡上諭到達地方，地方大員必須迎詔，行三跪九叩大禮，跪請聖安，但雍正皇帝的恩詔兩次到西寧，年羹堯竟然「不行宣讀曉諭」。
更有甚者，他曾向雍正皇帝進呈其出資刻印的《陸宣公奏議》，雍正皇帝打算親自撰寫序言，尚未寫出，年羹堯自己竟擬出一篇，並要雍正皇帝認可。年羹堯在雍正皇帝面前也行止失儀，「御前箕坐，無人臣禮」，雍正心中頗為不快。
還有一件離譜的事情，說是有一年的冬天，年羹堯將軍出行，跟他同車的士兵都把手放在車把上面。大雪紛飛，年羹堯怕他們被凍僵。然後就說，去手。意思是你把手拿下來得了。這些士兵就誤會了。一聽，去手？大將軍讓我們去手，遂拿起刀把手砍了。可見年羹堯的權威已經達到了無以復加的地步。所以這些士兵如此聽他的，這讓雍正皇帝害怕。
第二，結黨營私。
當時在文武官員的選任上，凡是年羹堯所保舉之人，吏、兵二部一律優先錄用，號稱「年選」。他還排斥異己，任用私人，形成了一個以他為首，以陝甘、四川官員為骨幹，包括其他地區官員在內的小集團。
許多混跡官場的拍馬鑽營之輩眼見年羹堯勢頭正勁、權力日益膨脹，遂競相奔走其門。而年羹堯也是個注重培植私人勢力的人，每有肥缺美差必定安插其私人親信，「異己者屏斥，趨赴者薦拔」。比如他彈劾直隸巡撫趙之垣「庸劣紈褲」，「斷不可令為巡撫」，而舉薦其私人李維鈞。趙之垣因此而丟官，於是轉而投靠年羹堯門下，先後送給他價值達20萬兩之巨的珠寶。年羹堯就藉著雍正二年進京之機，特地將趙帶到北京，「再四懇求引見」，力保其人可用。遭到年羹堯參劾降職的江蘇按察使葛繼孔也兩次送上各種珍貴古玩，年羹堯於是答應日後對他「留心照看」。此外，年羹堯還借用兵之機，虛冒軍功，使其未出籍的家奴桑成鼎、魏之耀分別獲得了直隸道員和署理副將的官職。
第三，貪斂財富。
年羹堯貪贓受賄、侵蝕錢糧，累計達數百萬兩之多。而在雍正朝初年，整頓吏治、懲治貪贓枉法是一項重要改革措施。在這種節骨眼兒上，雍正皇帝是不會輕易放過他的。
雍正皇帝對年羹堯的懲處是分步逐漸進行的。
第一步是在雍正二年十一月年羹堯陛見離京前後，此時雍正皇帝已做出決定，要打擊年羹堯。年羹堯離京後接到的那份朱諭就是對他的暗示。
第二步是給有關官員打招呼。一是雍正皇帝要求他的親信要與年羹堯劃清界限，揭發年羹堯的劣跡，以爭取保全自身;二是年羹堯不喜歡的人，使他們知道皇帝要整治年羹堯了，讓他們站穩立場;三是與年羹堯關係一般的人，讓他們提高警惕，疏遠和擺脫年羹堯，不要站錯了隊。這就為公開處治年羹堯做好了準備。
第三步把矛頭直接指向年羹堯，將其調離西安老巢。到了雍正三年正月，雍正皇帝對年羹堯的不滿開始公開化。年羹堯指使陝西巡撫胡期恆參奏陝西驛道金南瑛一事，雍正皇帝說這是年羹堯任用私人、亂結朋黨的做法，不予准奏。
最終年羹堯被雍正帝削官奪爵，列大罪九十二條，於公元1726年(雍正四年)賜自盡。